1对同卵双生新生儿DNA甲基化谱差异分析

目的 探索1对同卵双生新生儿之间DNA甲基化谱的差异.方法 应用甲基化免疫共沉淀结合高通量测序法对1对同卵双生新生儿的DNA甲基化谱进行检测,分析基因组DNA甲基化特点及其之间的差异,筛选适用于法医学分析的甲基化位点.结果 两样本各获得7300万原始测序序列(raw reads)数据,与人类基因组参考序列比对,各得到4800万和5000万唯一比对reads,其中大部分分布在重复区域,且在Alu序列分布最为广泛.两样本DNA甲基化富集区域(peak)各检测到257 362条和197 272条,基因组覆盖率分别为6.53％和5.29％,分布在基因组不同区域,以中间内含子区含量最多.分析两样本甲基化差异区域得到2205条差异的甲基化序列,其中595条位于基因区域,1610条位于基因间区,从中筛选出113条序列,用于进一步深入研究其法医学应用价值.结论 本研究初步证实了DNA甲基化用于同卵双生子鉴定的可行性,为筛选同卵双生子DNA甲基化差异位点提供了基础数据.     

番鸭细小病毒MDPV YZ株VP2和VP3蛋白基因的克隆和序列测定

根据国外已发表的番鸭细小病毒(MDPV)FM株基因组核苷酸序列设计了1对引物,应用PCR技术扩增了MDPV YZ株的VP2和VP3蛋白基因片段.将扩增后的VP2和VP3蛋白基因克隆到pCR 3.1 T载体上,MDPV YZ株基因大小为1764 bp,编码528个氨基酸,并对插入片段进行序列测定.测定结果表明,我国分离的MDPV YZ株蛋白基因序列与国外发表的序列的同源性为98.5%.     

二代测序技术在Y染色体遗传标记分型中的法医学应用

法医遗传学领域常利用Y染色体的父系遗传特点,对非重组区遗传标记进行检测并用于亲缘关系鉴定、混合斑检测、家系排查以及种族推断等研究.目前毛细管电泳仍是应用最为广泛的检测技术,基于该技术的商业化检测试剂盒及数据分析处理系统十分成熟.随着生物信息量的增长,传统检测技术通量低的弊端逐渐显现,推动了法医DNA分型技术的革新.近年...     

基于16S rRNA基因测序探讨加味交泰丸对腹泻型肠易激综合征患者肠道菌群的影响

目的 探究加味交泰丸对腹泻型肠易激综合征(diarrhea-predominant irritable bowel syndrome, IBS-D)患者肠道菌群的影响。方法 将60例IBS-D患者随机分为中药组和西药组,每组30例。另选健康者10例作为健康对照组。中药组采用加味交泰丸治疗,西药组采用地衣芽孢杆菌治疗。采用IBS严重程度评分系统(irritable bowel syndrome-severity scoring system, IBS-SSS)评估两组患者临床疗效,采用16S rRNA基因测序法检测肠道菌群。结果 两组患者治疗前IBS-SSS评分比较,差异无统计学意义(P>0.05);治疗4周后,两组患者的IBS-SSS评分均较治疗前显著下降(P<0.05),且中药组评分降低程度更显著(P<0.05)。与健康对照组比较,IBS-D患者的肠道菌群α多样性显著降低(P<0.05),β多样性也有显著差异(P<0.05),但中药及西药治疗对肠道菌群的多样性无显著影响;在属水平上,加味交泰丸治疗显著增加了优势菌Eubacterium＿eligens＿g...     

降解生物检材DNA分析研究新进展

在法医检案过程中,如何从降解生物检材中获得正确的DNA分型是法医学界的一个难题.本文对降解生物检材DNA分析研究取得的新进展进行综述,从检案的各个环节出发对近年来提高DNA分型成功率的方法和技术进行了详细介绍,例如新型遗传标记的开发和二代测序技术的应用等.希望为降解检材的分析提供新的思考和方法.     

鼠抗人转铁蛋白单链抗体基因序列测定及分析

从携带人转铁蛋白单链抗体基因载体转化的大肠杆菌菌株中提取质粒,经电泳分析及筛选、纯化出线状质粒DNA,定量后以载体上人转铁蛋白单链抗体基因插入子两边的已知DNA序列经合成后作为引物进行测序扩增凝胶电泳,将得到的人转铁蛋白单链杭体基因序列重轻链可变区部分同基因库中鼠抗体重轻链进行同源比对,证明人转铁蛋白单链抗体基因确由鼠抗体重轻链可变区基因构成,在此基础上,进一步对基因核苷酸序列的可变区结构特征作推断分析,并推导出其对应的氨基酸序列.     

伪狂犬病病毒gG-gD基因片段的扩增及克隆和序列测定

以伪狂犬病病毒(PRV)HB-9304株的基因组为模板,利用聚合酶链反应(PCR)对其gG-gD基因片段进行扩增,获得了预定大小的片段,将这一片段克隆到质粒载体pPK中.对重组质粒pPKGD进行限制性内切酶分析、PCR鉴定和克隆片段的序列测定,证实了克隆片段的可靠性.     

基于高通量测序进行无创产前亲子鉴定的可行性

目的初步探讨基于高通量测序进行STR分型的技术方法应用于无创产前亲子鉴定的可行性。方法选择13个STR基因座(6个常染色体STR基因座,6个Y染色体STR基因座,1个性别判定基因座),进行复合PCR扩增和高通量测序文库构建后,采用Ion PGM400高通量测序平台进行测序,并采用自主研发软件NGS-STR genotyper(perl脚本)进行STR分型,本文简称上述过程为NGS-STR分型。对13个母子配对混合样本(母亲:儿子=2%~50%)、1组家系样本进行了上述NGS-STR分型,旨在(1)了解其在混合样本中的灵敏度及分型情况;(2)了解其在无创产前亲子鉴定中的应用可能性。结果 (1)当混合样本中低组分(儿子)的比例超过8%,所有基因座均可检出低组分的STR信息;(2)对1例血浆样本进行NGS-STR分型,共计69.2%的基因座可检出胎儿的STR基因型信息,且所有检出基因座均符合孟德尔遗传规律。结论初步证明了NGS-STR分型技术具有进行无创产前亲子鉴定的可行性。     

Legal,Technical, and Interpretational Considerations in the Forensic Analysis of Viruses

The forensic evaluation of viruses presents new challenges to the forensic science community. Although many criminal cases have been adjudicated involving the deliberate transmission of viruses, especially HIV, this review provides a general approach to viral forensics, especially in light of significant biodefense challenges. Newly emerging techniques of nucleic acid sequencing are discussed in a forensic context. Human mitochondrial DNA analysis, wherein mixed profiles are routinely assessed in a forensic context, provides the groundwork for an interpretational approach to the issue of mixed DNA sequences. The importance of phylogenetic classification is discussed as both providing an integrated graphical depiction of the structure of viral nucleic acid variation as well as offering a tool that can be used to assess the relatedness of complex populations of nucleic acids.