犬源韦氏巴贝斯虫的分子鉴定和系统发育研究

无菌采集疑似巴贝斯虫感染血样,进行全血基因组DNA的抽提,用保守引物5-22F和1661R进行巴贝斯虫18SrRNA基因的PCR扩增,扩增产物经克隆、测序后,获得大小为1 677bp的核苷酸序列。序列比对和系统发育分析发现,该序列与韦氏巴贝斯虫(AB083374)18SrRNA基因的相似性达100%,而与犬巴贝斯虫(AY072926)、罗氏巴贝斯虫(L19079)和吉氏巴贝斯虫(AF271081)18SrRNA基因的相似性分别为98.0%,95.2%和93.4%。从分子水平证实了韦氏巴贝斯虫在广东宠物犬的存在,同时也对巴贝斯虫的分类进行了讨论。     

死亡人体组织中rRNA亚基的稳定性及影响因素评价

目的探讨人尸体组织中rRNA亚基表达水平的稳定性及影响因素。方法选取3例成人、3例婴幼儿大脑皮质和脾组织,在尸检即刻、48、72、96、120、144、168、192、216、240h,采用实时荧光定量RT-PCR法检测5s、5.8s、18s、28s rRNA的表达水平。结果两个年龄组两种组织中4种rRNA亚基表达量相比较均显示有差异(P0.05)。同种组织比较:脑组织中两个年龄组最后一个时间点与第一时间点4种rRNA亚基的表达量均有差异(P0.05),其他各时间点与第一时间点无显著性差异(P0.05);脾组织中婴幼儿5s rRNA在最后一个时间点,其余3种rRNA亚基最后两个时间点与第一时间点比较有差异(P0.05);成人5s rRNA最后一个时间点,5.8s rRNA亚基最后两个时间与第一时间点比较差异(P0.05),其余两种亚基各时间点与第一时间点相比较均无差异(P0.05)。结论尸体组织中rRNA亚基表达稳定性好,适于作为晚期死亡时间推断的内参基因使用,但需注意指标、组织和年龄段差异性。     

基于28SrRNA基因序列对洛阳地区嗜尸性蝇类的分子鉴定CSCD

目的通过检测嗜尸性蝇类28S r RNA基因中715 bp序列,鉴定常见嗜尸性蝇类种属,解决其形态学鉴定难题,为死亡时间推断提供技术支持。方法收集洛阳地区常见嗜尸性蝇类标本29只,经形态学鉴定后,用Chelex-100法提取腿部DNA,并对28S r RNA基因片段进行扩增和测序,与Gen Bank和EMBL数据库中的28条相应蝇种序列进行比对,用MEGA7.0软件进行序列整理,通过BLAST搜索进行序列比对,并分析所得序列碱基组成,建立种内及种间进化分歧率,构建系统发育树。结果形态学鉴定29只嗜尸性蝇类归属于3科5属6种。获得28S r RNA基因中715 bp的序列,在线BLAST比对结果显示相似度100%。系统发育树显示5种蝇类可以较好聚类。不同蝇种种间差异0.007~0.045,种内差异0~0.001,种间差异和种内差异没有交叉。结论 28S r RNA靶基因序列片段对嗜尸性蝇类有良好的鉴别能力,可以作为新的嗜尸性蝇类种属鉴定遗传标记。     

mtDNA 12S rRNA基因序列测定在腐烂动物肌肉样本鉴定中的应用

目的利用mtDNA12SrRNA基因序列测定法对宁波森林公安局查获的一例腐烂动物肌肉样本进行种属鉴定,并探讨该方法在腐烂动物肌肉样本鉴定中的应用价值。方法用酚/氯仿法从腐烂动物肌肉样本中提取出基因组总DNA,再用一通用引物通过PCR技术扩增mtDNA上12SrRNA基因的部分片段并进行序列测定。测序结果在GenBank上进行BLAST搜索,再利用DNAMAN软件进行同源性分析。结果扩增产物序列与东北虎的线粒体DNA的12SrRNA基因序列的部分片段的同源性高达99.9%。结论该动物样本为东北虎,本研究所用方法在野生动物案件的样本鉴定中有极高的应用价值。     

进口鱼粉和肉骨粉病原性沙门菌的分离鉴定及其16S rRNA序列的同源性分析

从进口的 17批饲料用鱼粉、肉骨粉样品中分离得到 4株细菌 ,采用生化和血清学方法鉴定 ,提取其DNA ,用细菌 16SrRNA基因通用引物进行PCR扩增 ,并对PCR扩增产物测序 ,将测定的 16SrRNA序列在NCBI数据库中进行序列同源性比较 ,确证为沙门菌 ,其中样品 2、8与鼠伤寒沙门菌的序列同源性大于 99% ,样品 10、11与伤寒沙门菌的序列同源性大于 99%。由此可以认定样品 2、8为鼠伤寒沙门菌 ,样品 10、11为伤寒沙门菌     

基于12s rRNA的犀牛角制品DNA条形码鉴定分析

目的通过对几种涉案犀牛角制品的12s rRNA条形码序列比对分析,探析12s rRNA在犀牛角制品种属鉴定中的应用可行性。方法以3个案件中的涉案犀牛角制品为材料,采用改良的基因组DNA提取方法,PCR扩增DNA条形码片段12s rRNA。结果通过序列比对与分析,表明12s rRNA可将涉案犀牛角制品鉴定到种的水平。结论 DNA条形码12s rRNA可以作为一个新手段对形态上无法鉴别的犀牛角制品进行准确的种属鉴定,为案件的定性与量刑提供可靠的依据。     

Time Radically Alters Ex Situ Evidentiary Soil 16S Bacterial Profiles Produced Via Next‐Generation Sequencing,,

Previous research has revealed the potential of soil bacterial profiling for forensic purposes; however, investigators have not thoroughly examined fluctuations in microbial profiles from soil aged on evidence. In this research, soils collected from multiple habitats were placed on evidence items and sampled over time, and then bacterial profiles were generated via next‐generation sequencing of the 16S rRNA locus. Bacterial abundance charts and nonmetric multidimensional scaling plots provided visual representation of bacterial profiles temporally, while supervised classification was used to statistically associate evidence to a source. The ex situ evidence soils displayed specific, consistent taxonomic changes as they aged, resulting in their drift in multidimensional space, but never toward a different habitat. Ninety‐five percent of the 364 evidentiary profiles statistically classified to the correct habitat, with misclassification generally stemming from evidence type and increased age. Ultimately, understanding bacterial changes that occur temporally in ex situ soils should enhance their use in forensic investigations.     

用于检测仔猪致病菌的23S rRNA基因芯片的研制

以副猪嗜血杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、多杀性巴氏杆菌、大肠杆菌、肠道沙门氏菌、猪链球菌等12种仔猪致病菌为目标细菌,23SrRNA基因为靶基因,从GenBank中下载其23SrDNA全序列,在其变异区设计特异性探针,在保守区设计通用引物。通过序列分析、PCR靶标与探针杂交试验,建立了有13条寡核苷酸探针和2对通用引物的仔猪常见致病菌基因芯片检测方法。以参考菌株粗提基因组DNA的10倍系列稀释模板做PCR,扩增产物与探针杂交,检出芯片的灵敏度为100fg。对33个参考菌株用芯片检测,结果有1例不正确,只鉴定到属;在61个野外分离株中,55株的芯片检测结果与生化或测序结果一致,有6例不一致,符合率为90%。初步研究证明,该检测方法能快速、有效地鉴定多种仔猪常见致病菌,但要区分某些细菌的致病株与非致病株,还要检测毒力/毒素基因。     

大鼠死后脑组织RNA降解与死亡时间推断的研究

目的探讨SD大鼠死后脑组织中甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)mRNA、18s rRNA含量的比值与死亡时间(PMI)的关系。方法SD大鼠处死后分别置于15℃、20℃环境中,采用TRIzol试剂提取SD大鼠在死后即刻、1、2、3、5、7d时脑组织中的总RNA,采用RT-PCR方法与凝胶图像分析技术检测18s rRNA和GAPDH mRNA的含量,并将二者的比值(GAPDHmRNA/18s rRNA)与PMI进行统计学回归分析。结果SD大鼠死后脑组织中GAPDH mRNA在2d时降解不明显,但到3、5、7d时降解程度显著增加,且随着温度的升高,降解速度增加;而18S rRNA降解缓慢,直到7d仍无显著性降解变化,且降解速度几乎不受温度的影响。对GAPDHmRNA/18s rRNA值(Y)与PMI(X)进行回归相关分析:20℃时,Y=0.62-0.004X(R=-0.981,P<0.001);15℃时,Y=0.965-0.001X(R=-0.709,P<0.001)。结论SD大鼠死后脑组织中GAPDHmRNA和18s rRNA基因的相对稳定性即GAPDHmRNA/18s rRNA值与PMI存在明显相关性。     

应用mtDNA16S rRNA基因测序鉴定肉产品种属

目的 应用mtDNA 16S rRNA基因测序方法进行肉产品种属鉴定.方法 15份有关部门送检的未知动物肌肉样本,3份市购猪、牛和羊的肌肉为对照样本.常规酚-氯仿法提取模板DNA,分别用通用引物和特异性引物扩增mtDNA的16S rRNA基因片段,产物用1.5％琼脂糖电泳检测,扩增的基因片段由上海生物工程公司进行序列测...