2种陈旧骨骼、牙齿DNA纯化方法的比较

目的比较有机法+QIAquick纯化法和DNA IQ磁珠法对陈旧骨骼和牙齿DNA的纯化效果。方法选择10份陈旧骨骼和12份牙齿样本,进行消化后分别采用有机法+QIAquick纯化法和DNA IQ磁珠法进行提取纯化,进行DNA定量后用SinofilerTM试剂盒进行检测。结果 2种方法纯化的骨骼、牙齿DNA的IPC CT值无显著差异。有机法+QIAquick纯化法纯化的骨骼、牙齿DNA平均浓度分别为0.180ng/μL±0.068ng/μL和0.132ng/μL±0.027ng/μL,所有样品均获得全部基因分型。DNA IQ磁珠法纯化的DNA平均浓度分别为0.038ng/μL±0.028ng/μL和0.036ng/μL±0.007ng/μL,有5份骨骼和6份牙齿样本仅获得部分基因分型或未能分型。结论有机法+QIAquick纯化法对陈旧骨骼、牙齿DNA的纯化效果优于DNA IQ磁珠法。     

广西猪圆环病毒2型感染的流行病学调查

结合流行病学、临床症状、病理变化,采用PCR技术,对2004年1月至2005年5月采自广西14个市97个疑似猪圆环病毒2型(PCV2)感染发病猪场的197份组织病料(脾、肺、淋巴结)进行了PCV2检测;同时,对鉴定为PCV2阳性的组织病料和猪场进行了猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪流感病毒(SIV)和猪伪狂犬病病毒(PRV)的检测,另外,对6个地(市)11个生猪屠宰场采集的外观健康屠宰猪的295份组织样品(脾、肺、淋巴结)进行了PCV2检测。结果显示,在197份组织样品中检出PCV2阳性病料108份,平均阳性率为54.82%(108/197),阳性猪场62个,平均阳性率为63.92%(62/97)。PCV2与PRRSV、CSFV、SIV、PRV混合感染的组织病料总阳性率为42.13%(83/197),混合感染的猪场总阳性率为57.73%(56/97)。从21头外观健康屠宰猪的组织样品中检测到PCV2,阳性率为7.10%。由此可见,PCV2感染在广西猪群中已普遍存在,混合感染和健康带毒现象使病情更加复杂。     

犬新孢子虫不同靶基因PCR检测方法的比较

为筛选出检测犬新孢子虫更为特异、敏感的PCR方法,分别以MAG1、SAG1和Nc5为靶基因进行PCR检测,并从敏感性、特异性和临床样本检出率等方面进行了比较。结果显示,以Nc5为靶基因的PCR方法敏感性最高,最小检测DNA量为17.8fg/μL;以MAG1为靶基因的PCR方法敏感性最低,最小检测DNA量为17.8pg/μL;而以SAG1为靶基因的PCR方法的最低检测量为178fg/μL;3种靶基因引物均扩增不出刚地弓形虫、牛瑟氏泰勒虫、猪附红细胞体等基因片段,具有较好的特异性;对28份已攻犬新孢子虫标准株的BALB/c小鼠组织样本的检测结果表明,以Nc5基因设计的引物检出率最高,为75.0%(21/28),明显高于SAG1基因的67.9%(19/28)和MAG1基因的53.6%(15/28)。本试验为新孢子虫病的诊断及流行病学调查提供了更为敏感、特异的检测技术。     

Evaluation of Degradation in DNA from Males with a Quantitative Gender Typing,Endpoint PCR Multiplex

Evidentiary samples submitted to a forensic DNA laboratory occasionally yield DNA that is degraded. Samples of intact chromosomal DNA (both nuclear and mitochondrial) were subjected to a heating protocol to induce DNA degradation. The DNAs were then analyzed using a multiplex PCR assay that amplifies targets of low and high molecular weight on the X/Y and mitochondrial chromosomes. If degradation is random, the amplification of larger DNA targets should be more adversely affected by degradation than smaller targets. In nuclear and mitochondrial DNA from a male donor, exhibiting degradation, DNA quantity estimates based upon higher molecular weight amplicons (HMW) are significantly lower than estimates made using low molecular weight (LMW) Q‐TAT amplicons. DNA degradation estimated using this approach correlated well with actual fluorescence associated with HMW and LMW STR alleles amplified from the same genomic DNA templates. Q‐TAT is thus useful not only as a quantitation tool, but also as an indicator of template degradation.     

复方"连黄"对金黄色葡萄球菌耐药基因femA的影响

采用聚合酶链式反应(PCR)扩增金黄色葡萄球菌耐药基因femA;通过耐药基因失活试验,研究了中药复方"连黄"对金黄色葡萄球菌耐药基因femA的影响,探讨了中药"连黄"降低金黄色葡萄球菌对β-内酰胺类药物耐药性的作用机理。结果显示,中药"连黄"作用前后金黄色葡萄球菌的耐药基因femA在23~72碱基区发生较大改变,对应的氨基酸序列也发生改变,从而导致femA基因失活。     

生物检材采集与保存套管的应用

目的探讨生物检材采集与保存套管在法医学中的应用价值。方法在不同温、湿度环境下,观察悬空放置在生物检材采集与保存套管、有孔与外界相通的套管及密闭管内的湿润棉签的干燥时间30次;分别用生物检材采集与保存套管和医用棉签采集纸袋保存口腔细胞、血液、皮肤脱落细胞样本各20例,磁珠法提取DNA并进行DNA定量;用生物检材采集与保存套管采集口腔脱落细胞和血样进行DNA直接扩增。结果在温度4～30℃、相对湿度21％～90％的环境下,湿润棉签在套管内的平均干燥时间为7．89h,有孔管内的为23．30h,密闭管内观察15天仍不干燥,出现霉斑。生物检材用套管采集保存比医用棉签采集纸袋保存方式获得的DNA量显著提高,平均高达0．968倍;用套管采集口腔细胞和血样进行直接扩增,操作简单方便,成功率高。结论生物检材采集与保存套管具有快速干燥、对检材无损耗和浓缩等优点,可提高检材DNA的提取效率,且适合直接扩增。     

mtDNA—HVⅠ和细胞色素b片段的复合扩增及其法医学应用

目的探讨复合扩增mtDNA D环HV I和细胞色素b片段进行种属鉴定和个体识别的方法及mtDNA-HV I多态性。方法用两对引物同步扩增HV I片段与细胞色素b片段,银染显带检测扩增产物,ABI377测序仪及荧光测序技术分析扩增产物序列多态性。结果人类有279bp,358bp两条带,动物只有358bp一条带。通过对131例随机广东汉族人群个体进行mtDNA控制区(15997～16236))序列测定统计,得出此区域的序列多态性。共发现69个位点变异,平均每个个体存在2.679个碱基突变,检出67个单倍型,基因多样性为97.92％。结论mtDNA控制区(15997—16236)具有较高的序列多态性。为良好的个体识别标记。复合扩增mtDNA D环HV I与细胞色素b片段进行测序分析可以同步进行种属鉴定和个体识别。     

嗜肾型鸡传染性支气管炎W93株活疫苗的研究及其S1基因的克隆与序列测定

利用鸡胚分离法由发生肾病变型传染性支气管炎 (IB)的病鸡分离到嗜肾型传染性支气管炎病毒 (NIBV)W株 ;再通过SPF鸡胚连续传代 ,获得了NIBV疫苗毒株W93;继而借助RT PCR法扩增了其S1基因 ,并测定了S1基因的核苷酸序列 ,分析了与相关毒株间的同源性。结果显示 ,W93株在鸡胚中的病毒产量达 10 7.8EID50 /0 .1mL ,适用于所有日龄的雏鸡 ;W93S1基因的核苷酸序列与马萨诸塞型的M4 1株、H52 株和H12 0 株的同源性很高 ,分别为 96 .9%、96 .8%和 97.1%。表明 ,W93可作为制备IB弱毒疫苗的毒株     

武汉汉族8个Y染色体双等位基因标记遗传多态性

目的筛选汉族群体中具有多态性的Y染色体双等位基因标记并研究其等位基因及单体群频率分布, 为法医学应用和群体进化研究提供基础数据。方法采用片段长度差异等位基因特异性PCR和PAGE技术对武汉地区160名男性汉族无关个体的8个Y染色体双等位基因标记(M9、M89、M111、M119、M122、M134、IMS-JST003305 和SRY+465)进行分型。结果 8个双等位基因标记在武汉汉族群体中均具有遗传多态性,其基因多样性(GD)范围为 0．0126-0．4830,共检出9种不同单体群(Hg1～9),其单体群多样性(HD)为0．7776。结论 8个Y染色体双等位基因标记组成的单体群在法医学应用和群体进化研究中具有一定的实用价值,可作为Y-STRs标记的有效补充。     

Distribution of the AMPFLPs YNZ22, 3′APOB and COL2A1 in the population of Galicia (NW Spain)

Two different electrophoretic methods were used for typing three amplified fragment length polymorphisms (AMPFLPs), (3′ApoB, YNZ22 and COL2A1) in a Galician (NW Spain) population sample. Because of the problems of anomalous mobility for the 3′ApoB system and the intermediate alleles found in the COL2A1 system, the use of automated sequencers and denaturing conditions is recommended for typing these two systems. Nevertheless, simple electrophoretic methods, such as the PhastSystem, can be used for YNZ22 typing. Although intermediate COL2A1 alleles can be distinguished with the sequencers, a binning approach was adopted for comparison purposes. The population sampled was in Hardy-Weinberg equilibrium for the three systems using an exact test. This type of statistical analysis is more appropriate when the number of alleles in a system is high. No significant differences with other Caucasian populations were found for the three systems studied. The characteristics of the polymorphisms, shown by 3′ApoB, YNZ22 and COL2A1, reflected in the statistical parameters studied, demonstrate that these AMPFLPs are of considerable interest for forensic purposes.