内蒙古中西部地区汉族、蒙古族ApoB基因遗传多态性

目的研究内蒙古中西部地区汉族、蒙古族ApoB基因遗传多态性。方法选取内蒙古中西部地区汉族、蒙古族无关个体,采用聚合酶链反应一限制性片段长度多态性技术,判断样本中是否含有ApoB基因中的稀有等位基因：XbaI（x＋）和＆DRI（E-）,并计算其基因型频率、等位基因频率及相关的群体遗传学参数。结果内蒙古汉族群体中稀有等位基因XbaI（x＋）和＆0RI（E-）频率分别为2％和4．6％,而在蒙古族群体中没有检测出此两种稀有等位基因。结论ApoB基因XbaI和＆0RI位点的等位基因频率分布在不同种族中差异较大,具有种族鉴定的应用可能。     

福建汉族和畲族人群12个STR基因座遗传多态性

短串联重复序列（STR）是存在于人类基因组DNA中的一类具有长度多态性的DNA序列,已被广泛应用于法医学个体识别及亲权鉴定中[1]。畬族是我国人口较少的少数民族之一,90%以上居住在福建、浙江广大山区。     

河南汉族人群12个STR基因座的遗传多态性

本研究采用Investigator HDplex荧光标记复合扩增系统对河南汉族人群12个STR基因座的遗传多态性进行调查,获得河南汉族人群12个STR基因座的群体遗传学参数,为法医学应用及群体遗传学研究提供基础数据.     

SMART:自主研发的混合STR图谱分析系统

目的混合STR图谱的分析是法医遗传学领域的一个难题。目前国内大多数法医DNA实验室依靠人工方法分析混合STR图谱,费时费力,且拆分效果也多有主观性,难以满足日益增长的混合STR图谱分析的需求。本文介绍一套自主研发的混合STR图谱分析系统——SMART(STR Mixture Analysis and Resolution Tools),其能够实现对混合STR图谱的自动化分析,包括拆分混合STR图谱和计算似然比。方法SMART使用的STR峰高的概率模型,考虑了影子峰、降解、基因座特异性扩增效率、峰高变异、插入峰、峰丢失等因素。模型通过比较各个基因型集合拟合当前混合STR图谱的似然值大小来推断最有可能的基因型集合,采用了马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)算法进行求解。结果SMART可应用于不同试剂盒和遗传分析仪产生的数据。经使用ABI-3500XL遗传分析仪和Global Filer试剂盒测试,SMART能够实现对2~5人的混合STR图谱的分析,输出包括混合比例、混合图谱质量、各个贡献者单人的STR基因分型、似然比等多项结果。结论SMART作为一款自主研发的混合STR图谱分析系统,其基本涵盖了国外同类分析系统所具有的功能,技术性能指标达到国际先进水平,能够满足一线法医工作者对于混合STR图谱分析的多样化需求,提高混合STR图谱结果的利用率。     

金华地区汉族人群27个Y-STR基因座的遗传多态性

Y染色体为男性特有,在减数分裂过程中,其非重组区不会与X染色体发生重组交换,因此,位于非重组区的Y-STR具有父系遗传和单倍型连锁遗传等特征。Y-STR在某些方面拥有常染色体不可比拟的优势,如在排查家系、混合斑鉴定等方面的检验分析中,都具有较高的应用价值[1]。本研究调查了27个Y-STR基因座在金华地区汉族群体中的遗传多态性,为法医学鉴定、父系溯源、Y-STR数据库建设及群体遗传学研究提供了基础数据。     

法医学二代测序STR分型准确度与测序深度的关联性评估

目的利用实验数据对法医学二代测序STR分型测序深度与分型结果准确度的关联性进行评估。方法使用商业化基因组DNA制备单一来源和混合的DNA样本,以Thermo Fisher公司的25重早期测试试剂盒进行目的STR片段扩增,每种扩增产物分别使用4种不同的序列标签平行建库,并控制标记每一种序列标签的文库上机量依次占一张Ion 318芯片的1/4、1/8、1/16、1/32。经Ion PGMTM基因测序仪测序,以及Ion Torrent SuiteTM软件进行数据分析;同时对庞敬博等人发表的基于相同试剂盒和测序仪检测的95名中国汉族无关个体的6928条等位基因、影子峰和噪音序列进行测序深度统计分析,寻找测序深度与STR分型准确度的关联性。结果各基因座测序深度随文库上样量减少而呈明显下降趋势。对于单一来源样本,每张芯片上样不超过8个均一化文库可实现全部基因座的完整分型;对于1∶20比例的混合DNA,每张芯片上样不超过4个均一化文库时,未发现微量组分的等位基因丢失。人群数据测序深度统计显示,该体系基因座间存在不均衡性,有必要针对各基因座分别设定分析阈值参数。结论测序深度与法医学STR分型结果的准确性密切相关,各基因座最低测序深度与平均测序深度的比值可作为设定分析阈值的重要参考指标。本研究确定的单张芯片上样数量仅适用于本实验体系,但相关实验设计和方案可供其他实验体系开展类似工作参考。     

单细胞分析精子获得完整分型概率的理论研究

目的推导单细胞分析精子获得完整分型概率(CP)公式,并以随机模拟法进行验证。方法首先根据定义推导CP的数学公式,在15个基因座上计算CP的公式值。其次以随机模拟法设计实验,在15个基因座上计算CP的模拟值。最后,以模拟值对比公式值的方式,对公式进行实验验证。结果 CP公式符合模拟实验验证。在同一系统中,CP与精子数(M)成正相关。当M相同时,CP与常染色体基因座数成负相关。Identifiler系统检测15个精子获得完整分型的概率超过99.9%,检测18个精子获得完整分型的概率超过99.99%。结论本文结果对于单细胞分析精子的实践应用具有一定的指导意义。     

指纹脱落细胞的STR检验

正现场遗留的帽子、口罩、衣服、手套等生物学检材,一般含有较多脱落细胞,DNA检验比较容易,然而对于指、掌纹短时间接触部位,由于所含脱落细胞少,且部分细胞核DNA容易降解,STR分型成功率较低。本研究对指纹脱落细胞分别应用Chelex-100、QIAamp DNA Investigator Kit、Mag Attract M48 DNA Manual Kit磁珠及直接扩增法进行STR检验,并比较分析。     

PowerPlex~ 21试剂盒扩增后的分型图谱中Y片段丢失的识别

目的依据分型图谱,直观、简便识别是否存在Amelogenin基因Y片段丢失的可能。方法采用计算分型图谱中等位基因峰高之和比值的方法,统计1 968份人员样本经Power Plex~ 21试剂盒扩增后Amelogenin与D3S1358基因座之间的均衡性、Amelogenin X等位基因与Amelogenin Y等位基因的均衡性以及D3S1358基因座不同等位基因的均衡性情况。结果 90.8%的女性样本Amelogenin X等位基因峰高不低于D3S1358基因座等位基因峰高和的60%,94.9%的男性样本Amelogenin X等位基因的峰高不超过D3S1358基因座等位基因峰高和的70%。结论 Power Plex~ 21试剂盒扩增后的分型结果中,当Amelogenin基因只检测到Amelogenin X等位基因,且Amelogenin X等位基因的峰高不及D3S1358基因座等位基因峰高之和的70%时,应考虑存在Y片段丢失的可能性。     

六色荧光标记快速PCR扩增体系的建立及验证

目的建立PCR快速扩增程序和体系,并对其技术指标进行验证。方法采用六色荧光标记技术,对24个常染色体STR基因座、1个Y-STR基因座和Amelogenin、Y-In Del基因座进行复合扩增及毛细管电泳检测,同时考察体系的灵敏度、特异性、同一性、稳定性、混合样本及批量样本测试,并观察各种常见检材及降解、脱落细胞检材的分型情况。结果所建立的体系灵敏度达0.062 5 ng,快速扩增仅耗时65 min就可获得准确分型;种属特异性高;各种纸质血样本和混合、降解、脱落细胞检材的分型正确。结论本研究建立的快速扩增体系可显著提升检验速率,分型准确、稳定,对建立STR数据库、研究群体遗传学和进行法医学鉴定有重要意义。