Comparison of two methods for isolating DNA from human skeletal remains for STR analysis

Abstract: The quality and efficiency of a standard organic DNA isolation method and a silica‐based method using the QIAGEN Blood Maxi Kit were compared to obtain human DNA and short tandem repeats (STRs) profiles from 39 exhumed bone samples for paternity testing. DNA samples were quantified by real‐time PCR, and STR profiles were obtained using the AmpFlSTR^® Identifiler^® PCR amplification kit. Overall, the silica‐based method recovered less DNA ranging from 0 to 147.7 ng/g (average 7.57 ng/g, median = 1.3 ng/g) than did the organic method ranging from 0 to 605 ng/g (average 44.27 ng/g, median = 5.8 ng/g). Complete profiles (16/16 loci tested) were obtained from 37/39 samples (95%) using the organic method and from 9/39 samples (23%) with the silica‐based method. Compared with a standard organic DNA isolation method, our results indicate that the published silica‐based method does not improve neither the quality nor the quantity of DNA for STR profiling.     

猪水泡病病毒结构蛋白编码区核苷酸的序列测定与分析

以猪水泡病病毒 (Swinevesiculardiseasevirus ,SVDV)HK’70为材料 ,用特异性引物扩增出P1区的 2个重叠目的片段 ,连接于pMD 18 T载体 ,转化JM 10 9感受态细胞。经重组质粒的双酶切 ,PCR鉴定后测序。序列分析表明 ,HK’70P1区核苷酸组成中A含量较高 ,G C含量较低 ,且A G、C T转换率较高。P1序列同源性分析表明 ,SVDVHK’70与J1’73、H/3’76、SVDV(Seechurn等测株 )、NET/1/92的核苷酸序列同源性分别为 97.8%、98.1%、97.6 %和 89.3% ;相应地 ,推导的氨基酸序列同源性分别为 98.8%、98.7%、98.8%和 96 .5 %。     

盘龙七片调控SIRT1/NF- κB通路对骨关节炎软骨细胞凋亡的影响

目的 观察盘龙七片对骨关节炎（osteoarthritis,OA）小鼠沉默信息转录调控因子（silent information regulator type 1,SIRT1）/核因子- κB（nuclear factor- kappa B,NF- κB）通路及软骨细胞凋亡的影响。方法 手术切除右膝关节内侧半月板和前交叉韧带复制小鼠OA模型。将小鼠分为正常对照组,模型组,阳性对照组,盘龙七片低、中、高剂量组。通过番红O- 快速绿染色观察膝关节结构变化,进行Mankin评分评估关节炎严重程度,流式细胞术检测软骨细胞凋亡指数,qRT- PCR检测Bax、Bcl- 2、Caspase- 3 mRNA表达水平,Western blot法检测软骨细胞 SIRT1、NF- κB蛋白表达水平。结果 与正常对照组比较,模型组小鼠膝关节软骨细胞凋亡率增加,Bax、Caspase- 3 mRNA和NF- κB蛋白表达水平显著增加,Bcl- 2 mRNA和SIRT1蛋白表达水平显著降低,差异均有统计学意义（P<0.05）;与模型组比较,阳性对照组与盘龙七片低、中、高剂量组小鼠膝关节软骨细胞凋亡率显著降低,Bax、Caspase- 3 mRNA和NF- κB蛋白表达水平显著降低,Bcl- 2 mRNA和SIRT1蛋白表达水平显著增加,差异均有统计学意义（P<0.05）,盘龙七片的作用呈明显的剂量依赖性。结论 盘龙七片可抑制OA小鼠膝关节软骨细胞凋亡,其作用机制可能与调节SIRT1/NF- κB信号通路相关。     

参地颗粒对系膜增生性肾小球肾炎大鼠单个核细胞凋亡及炎症紊乱的干预作用

目的 观察参地颗粒作用于系膜增生性肾小球肾炎(mesangial proliferative glomerulonephritis,MsPGN)大鼠后,外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)的凋亡,B淋巴细胞瘤-2(B-cell lymphoma-2,Bcl-2)蛋白、Fas蛋白的表达,单核细胞趋化蛋白-1(monocyte chemotactic protein 1,MCP-1)、转化生长因子-β1(transforming growth factor-β1,TGF-β1)水平的变化,探讨其作用机制.方法 从60只SD大鼠中随机抽取10只作为正常组,剩余50只均用于MsPGN模型复制,模型制作成功后,再分为模型组(11只)、缬沙坦组(10只)、参地颗粒组(10只).各组大鼠在模型复制完成后第21天开始给药,缬沙坦组每日予缬沙坦溶液灌胃,参地颗粒组予参地颗粒溶液灌胃,模型组、正常组予生理盐水灌胃,连续干预12周.光学显微镜下观察各组大鼠病理损伤情况,实验室方法检测各组大鼠24 h尿蛋白(24-hour urinary protein,24hUPr)、PBMCs凋亡率、Bcl-2蛋白、Fas蛋白表达水平及血清MCP-1、TGF-β1水平.结果 治疗第8、12周参地颗粒组24hUPr水平较缬沙坦组显著降低(P<0.05).与正常组比较,模型组大鼠PBMCs凋亡率、血清MCP-1、TGF-β1水平升高(P<0.05),Bcl-2蛋白表达水平下降,Fas蛋白表达水平上升(P<0.05);与模型组比较,缬沙坦组、参地颗粒组PBMCs凋亡率、MCP-1、TGF-β1水平均降低(P<0.05),Bcl-2蛋白表达水平上升,Fas蛋白表达水平下降(P<0.05);参地颗粒组PBMCs凋亡率、血清TGF-β1水平低于缬沙坦组(P<0.05),Bcl-2蛋白表达水平上升程度大于缬沙坦组(P<0.05).参地颗粒组MsPGN大鼠肾脏系膜细胞增生被明显抑制.结论 参地颗粒可以减轻肾脏炎症反应,消减尿蛋白,改善MsPGN大鼠的肾脏病理损害,其机制可能是通过调节凋亡调控蛋白Bcl-2、Fas蛋白表达水平,降低MsPGN大鼠PBMCs凋亡率,下调MCP-1、TGF-β1的表达水平实现的.     

基于SIRT1/PGC-1α通路探讨电针联合丰富康复训练对脑缺血大鼠氧化应激的影响

目的探讨电针联合丰富康复训练对脑缺血大鼠急性期神经损伤的保护机制。方法随机选取15只SD大鼠为假手术组,另将模型复制成功的大脑中动脉闭塞(middle cerebral artery occlusion,MCAO)模型大鼠60只随机分为模型组、电针组、丰富康复训练组(康复组)和电针联合丰富康复训练组(联合组),每组15只。假手术组和模型组不进行干预,电针组和联合组于“百会”“大椎”进行电针治疗;康复组和联合组予以丰富环境与康复训练,每次30 min,每日1次,连续治疗3 d。观察大鼠缺血侧皮质区脑血流量、组织形态学、阳性细胞率的动态变化,检测缺血侧皮质中丙二醛(malonic dialdehyde,MDA)、超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)含量;RT-PCR检测沉默信息调节因子1(silent information regulator 1,SIRT1)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ共激活因子1α(peroxisome proliferator-activated receptorγcoactivator-1α,PGC-1α)、B淋巴细胞瘤-2(B-cell lymphoma-2,Bcl-2)、半胱氨酸蛋白酶-3(cysteinyl aspartate specific proteinase-3,Caspase-3)及半胱氨酸蛋白酶-9(cysteinyl aspartate specific proteinase-9,Caspase-9)mRNA的表达水平。结果分组因素对缺血侧皮质中MDA、SOD水平和SIRT1、PGC-1α、Caspase-3、Caspase-9、Bcl-2 mRNA表达水平的主效应均有统计学意义(P<0.05)。与假手术组比较,模型组大鼠脑血流量,SOD水平,SIRT1、PGC-1α、Bcl-2 mRNA表达水平均显著降低(P<0.05),阳性细胞率,MDA水平,Caspase-3、Caspase-9 mRNA表达水平均显著升高(P<0.05);与模型组比较,各治疗组SOD水平,SIRT1、PGC-1α、Bcl-2 mRNA表达水平显著上升(P<0.05),MDA水平和Caspase-3、Caspase-9 mRNA表达水平显著降低(P<0.05);联合组与电针组、康复组比较,上述各指标表达水平均有统计学意义(P<0.05);电针联合丰富康复训练对缺血侧皮质MDA、SOD水平和SIRT1、PGC-1αmRNA表达水平的影响具有交互作用(P<0.05),对Caspase-3、Caspase-9、Bcl-2 mRNA表达水平的影响无交互作用(P>0.05)。结论电针联合丰富康复训练可通过调控SIRT1/PGC-1α通路,提高抗氧化能力,改善神经细胞损伤,发挥神经保护作用。     

TGF-β1在SCN5A基因变异所致心源性猝死中调控作用

SCN5A基因变异所致心源性猝死发生机制尚不清楚。目前研究显示TGF-β1介导心肌纤维化以及离子通道重构调节机制的异常可能是SCN5A基因变异导致SUNDS发生的主要原因。本文就转化生长因子β1对SCN5A基因变异所致心源性猝死调控的影响机制研究进展进行综述,以期为心源性猝死法医学研究和实践提供参考。     

事件相关电位客观评估视敏度的法医学应用

目的研究不同视敏度水平的事件相关电位(event-related potential,ERP)成分特征,以期为视敏度的客观评定提供理论依据。方法选取16名被试进行单眼刺激。要求被试眼平视前方屏幕,注意屏幕中央的视觉刺激并对朝向不同的刺激进行计数。屏幕的中央会显示3种不同视敏度水平所对应的视标刺激图片,分别记录其ERP结果。结果 (1)阈上视敏度水平一致刺激的P_1振幅高于阈值、阈下视敏度水平一致刺激的P_1振幅,阈值和阈下视敏度水平一致刺激的P_1振幅差异无统计学意义,冲突刺激与一致刺激在3种视敏度水平的趋势类似。(2)阈上和阈值视敏度水平都出现了潜伏期在340~500 ms内的P300成分;阈下视敏度水平在相应的时间窗内无P300成分。3种视敏度水平的P_(300)振幅差异有统计学意义,振幅由大到小分别为阈上、阈值、阈下视敏度水平。结论 ERP技术可以成为法医学客观评定视敏度的新手段。     

城市规模灰色系统动力分析及预测

分析了柳州市城市规模变化趋势,运用灰色系统分析法对影响城市规模变化的驱动因素进行分析。研究表明:社会系统压力、经济发展、投资和工业发展是影响柳州市城市规模变化的主要驱动力。通过灰色预测模型GM(1,1),预测柳州市2010年的城市规模。     

口蹄疫病毒A/WH/09株结构蛋白P1基因的克隆及其B细胞抗原表位的预测

对口蹄疫病毒(FMDV)A/WH/09株P1结构蛋白基因进行了扩增、克隆及序列测定。结果显示,FMDV A/WH/09株P1基因长2 208bp,包含完整的开放阅读框,编码736个氨基酸,其中VP1长636bp,编码212个氨基酸;VP2长654bp,编码218个氨基酸;VP3长663bp,编码221个氨基酸;VP4长255bp,编码85个氨基酸。采用DNAStar Protean软件对P1蛋白的二级结构、可塑性、亲水性、表面可及性及抗原指数等参数进行了综合分析,并预测其B细胞的抗原表位分布。结果表明,VP1、VP2和VP3上均有多个区域为B细胞抗原优势表位,VP4上也有少量潜在的B细胞抗原表位。与已鉴定的B细胞抗原表位相比,本试验所用方法预测的结果有较高的准确度,是一种较为先进的表位研究方法。