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小鼠急性心肌梗死后不同时间点的基因表达谱
作者姓名:李昊  贾孝  白雅琴  吴鹏  郭华林  贠克明  高彩荣  郭相杰
作者单位:1. 山西医科大学法医学院;2. 证据科学教育部重点实验室(中国政法大学);3. 内蒙古医科大学
基金项目:国家自然科学基金资助项目(81971790);
摘    要:目的 探寻急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)小鼠心肌组织mRNA的差异表达及时序性变化规律。方法 从基因表达综合数据库中下载小鼠AMI相关数据集GSE4648,筛选数据集中AMI实验组和假手术对照组术后0.25、1、4、12、24、48 h 6个时间点左心室心肌组织样本各6个,空白对照组左心室心肌组织样本数据6个,共78个样本数据进行分析。使用R软件包中的Bioconductor package limma分析差异表达基因,使用clusterProfiler进行功能通路富集分析,使用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用关系(protein-protein interaction,PPI)网络、Degree拓扑算法确定关键基因,最后使用Mfuzz进行时序性聚类分析。结果 共1 320个差异表达基因与AMI发生发展有关。功能富集结果包括细胞分解代谢过程、炎症反应的调控、肌肉系统及脉管系统发育、细胞黏附等,信号通路主要富集于丝裂原活化蛋白激酶信号通路。AMI关键基因包括MYL7、TSC22D2、HSPA1A、BTG2...

关 键 词:法医病理学  生物信息学  急性心肌梗死  差异表达基因  时序性表达  小鼠
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