100重微单倍型复合检测体系建立及其在BGI-500RS和MiSeq测序平台的应用

目的 建立一个在BGI-500RS和MiSeq测序平台均适用的微单倍型复合检测体系，评估此微单倍型体系在两个测序平台的检测效能。方法 针对100个微单倍型基因座设计扩增引物并优化复合检测体系，分别采用扩增后酶连接头的方法实现BGI-500RS和MiSeq双平台的文库构建，对11名个体DNA样本分别在两个平台进行测序。结果 本研究建立了一个包含100个微单倍型基因座的复合检测体系，该体系在BGI-500RS和MiSeq测序平台均适用。利用本体系在BGI-500RS和MiSeq平台检测11份样本，97%以上的基因座在两平台均可稳定检出。两个平台所有杂合子基因座的平均等位基因覆盖率都在0.7以上，说明基因座内均衡性良好。同一样本在两平台均检出的基因座的分型一致性达100%。结论 本研究建立了一个包含100个微单倍型基因座的复合扩增体系，该体系在BGI-500RS和MiSeq测序平台检测结果的均衡性、稳定性相当。相同样本在两个平台均检出的基因座分型完全一致，测序深度的差异源自测序平台的通量差异。