| 猪流行性腹泻病毒YZ2016全基因组测序与稳定性分析 |
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| 引用本文： | 王咪,张云航,张阔,兰敏,詹晶,王先炜. 猪流行性腹泻病毒YZ2016全基因组测序与稳定性分析[J]. 中国兽医科学, 2019, 0(7): 895-903 |
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| 作者姓名： | 王咪 张云航 张阔 兰敏 詹晶 王先炜 |
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| 作者单位： | 南京农业大学动物医学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31502086);国家重点研发计划项目(2016YFD0500104) |
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| 摘 要： | 2016年我国江苏扬州某规模化养猪场暴发严重腹泻,本实验室通过RT-PCR确定其病原为猪流行性腹泻病毒(PEDV)。将阳性样品接种Vero细胞,盲传5代后出现典型病变,并通过RT-PCR及间接免疫荧光试验确定成功分离到PEDV毒株,命名为PEDVYZ2016。采用分段重叠法对分离株基因组扩增测序,获得其全长序列。遗传进化分析显示PEDVYZ2016与近年流行毒株亲缘关系较近,与经典毒株亲缘关系较远。PEDVYZ2016与BJ-2011-1、LZW全基因组核苷酸序列一致性可达99.2%,与BJ-2011-1、OKN-1/JPN/2013S基因推导氨基酸序列一致性可达98.5%。此外,分离株S基因发生多处点突变,导致其抗原表位及糖基化位点均发生部分改变。同时,序列比对分析显示不同代次的S、ORF3、N基因核苷酸突变率均极低。结果表明,本研究分离的PEDVYZ2016株属流行变异毒株,且在传代过程中遗传稳定性良好。
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| 关 键 词： | 猪流行性腹泻病毒 分离鉴定 全基因组测序 序列分析 |
Complete genome sequencing and stability analysis of porcine epidemic diarrhea virus PEDV YZ2016 |
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| WANG Mi,ZHANG Yun-hang,ZHANG Kuo,LAN Min,ZHAN Jing,WANG Xian-wei. Complete genome sequencing and stability analysis of porcine epidemic diarrhea virus PEDV YZ2016[J]. Chinese Veterinary Science, 2019, 0(7): 895-903 |
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| Authors: | WANG Mi ZHANG Yun-hang ZHANG Kuo LAN Min ZHAN Jing WANG Xian-wei |
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| Affiliation: | (College of Veterinary Medicine,Nanjing Agricultural University,Nanjing 210095,China) |
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| Abstract: | WANG Mi;ZHANG Yun-hang;ZHANG Kuo;LAN Min;ZHAN Jing;WANG Xian-wei(College of Veterinary Medicine,Nanjing Agricultural University,Nanjing 210095,China) |
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| Keywords: | porcine epidemic diarrhea virus virus isolation and identification whole genome sequencing sequence analysis |
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