应用RAPD技术分析禽多杀性巴氏杆菌广西分离株的DNA多态性

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术 ,以随机引物单条或成对组合的方式对 9株禽巴氏杆菌 (PM )广西分离株和 3个参考株的DNA进行了多态性分析。结果显示 ,在选用的 2 0个引物中 ,有 4对引物 (4条引物成对组合 )扩增的条带为 1～ 16条 ,其长度在 90～ 2 6 0 0bp。相似指数分析显示 ,PM广西分离株GX2与GX4的相似指数最高 ,为 0 .97;GX7与B2 6T12 0 0的相似指数最低 ,为 0 .2 1,C4 8 1标准强毒株与PM广西分离株间的相似指数为 0 .33～ 0 .6 4。表明广西当地的流行株呈现多样性 ,与PM标准强毒株存在差异。     

用SDS-PAGE分析鸡毒霉形体广西分离株的结构蛋白

应用SDS PAGE对鸡毒霉形体 (Mycoplasmagallisepticum ,MG) 4个标准株和 5个广西分离株的结构蛋白进行了比较分析。结果 ,在凝胶电泳图谱中 10～ 10 0ku蛋白分子质量之间 ,F株缺少 87ku蛋白带 ,Y3株在最靠近 87ku蛋白带的上方和下方各缺少 1条蛋白带 ,H2株和Y2株缺少 6 4ku蛋白带 ,CH株缺少 2 9ku蛋白带 ,97、75、4 3ku处的蛋白带为 4个MG标准株和 5个MG分离株所共有。表明 9个MG供试菌株的结构蛋白都存在一定的差异 ,广西MG分离株的结构蛋白呈现多样性。     

利用随机扩增多态性DNA指纹技术对猪链球菌进行基因分型

通过优化反应条件和筛选随机引物 ,应用 10 0条随机引物对分离的 2 0株猪链球菌做随机扩增多态性DNA(RAPD)分型研究。结果表明 ,有 2 7条引物呈现良好的多态性和稳定性 ,可产生稳定、复杂的指纹图谱。采用SPSS10 .0软件分析了不同菌株之间的遗传距离 ,绘制出了菌株间的亲缘关系树状图 ,结果 ,2 0株猪链球菌被分为 4个聚类群     

鸡鲍氏志贺菌与痢疾志贺菌鸡白痢沙门菌及肠致病性大肠杆菌RAPD鉴别方法的建立

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对鸡鲍氏志贺菌、鸡白痢沙门菌、肠致病性大肠杆菌和痢疾志贺菌的基因组DNA进行了研究,在此基础上分析了鸡鲍氏志贺菌与其他6个菌株的亲缘关系.结果显示,有4条随机引物的扩增多态性良好,共扩增出了64个DNA片段,其中4种菌共有的谱带有3条,而显示多态性的片段有61条,占95.3%.引物P2的扩增图谱不能将志贺菌和大肠杆菌鉴别开,但可将这2种菌与沙门菌鉴别出来;引物P6的扩增图谱清晰且3种菌间有明显差异,可用于上述3种细菌的鉴别.不同细菌间的遗传距离为0.128～0.790,根据遗传距离可将鸡鲍氏志贺菌等7个菌株分为3个聚类群,鸡鲍氏志贺菌分离株位于人痢疾志贺菌类群中,可能是人志贺菌的一个新的亚种.     

鸭疫里氏杆菌鸭源致病性大肠埃希氏菌和鸭沙门菌的RAPD研究

以 4株不同血清型的鸭疫里氏杆菌、5株不同血清型的鸭源致病性大肠埃希氏菌和 5株同一血清型的鸭沙门菌为研究对象 ,分别提取基因组DNA ,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对其基因组DNA进行了分析。结果 ,从 2 0条随机引物中筛选出了 38条能在这 3种菌中有较好多态性的随机引物 ,8个有效引物共扩增出了 10 2个DNA片段 ,其中 14个菌株共有的谱带仅有 1条 ,显示多态性的片段有 10 1个 ,占 99.0 % ;对RA的 4个菌株扩增出的谱带数为 5 1条 ,共同片段有 12条 ,多态性片段 39条 ,占 76 .5 % ;对沙门菌的 5个菌株扩增出的条带数为 4 6条 ,共同片段为13条 ,多态性片段 33条 ,占 71.7% ;对大肠埃希氏菌的 5个菌株扩增出的条带数为 4 8条 ,共同片段 4条 ,多态性片段 4 4条 ,占 91.7%。在 8条引物中进一步筛选出 1条引物G12 ,其图谱中 5 35bp的条带为鸭疫里氏杆菌所特有 ,330bp的条带为沙门菌所特有 ,12 2 7bp的条带为大肠埃希氏菌所特有 ,表明G12可作为分子标记用来鉴别这 3种细菌。     

鸭沙门菌的随机扩增多态性DNA分析

以5株同一血清型的鸭沙门菌为研究对象,分别提取基因组DNA后,用20条随机引物对其进行RAPD分析。结果,20条随机引物中不能扩出任何条带的引物有2条,能扩出条带但扩增图谱中没有特异性条带出现的引物有10条,能扩出条带且扩增图谱具有多态性的引物有8条。对筛选到的具有多态性的8条引物进行分析,共扩增出46个DNA片段,片段大小为0.2～3.2kb,其中5个菌株共有的片段有13条,显示多态性的片段有33条。     

应用PCR-RFLP分析鉴别广西鸡毒霉形体

针对鸡毒霉形体 (MG) 16S和 2 3SrRNA基因间的高变区序列设计合成了 1对引物 ,对MG菌株进行了PCR扩增 ,获得了 1条 899bp的DNA片段 ,而其他禽病病原DNA无扩增。扩增产物经用限制性内切酶AfaⅠ和DraⅠ进行酶切片段长度多态性分析 ,表明各MG菌株酶切图谱间均存在差异。     

聚合酶链反应检测鉴别鸡毒霉形体强毒株和弱毒疫苗株的研究

根据鸡毒霉形体 (MG)强毒株和弱毒疫苗株基因组结构特点 ,分别设计合成 2对引物XZ1、XZ2 和XZ4 5、XZ4 6 ,建立了可检测MG强、弱毒株的PCR方法。以引物XZ1、XZ2 对MG强毒株和弱毒株进行的PCR ,均可扩增出 732bp的特异性片段 ;而以另 1对引物XZ4 5、XZ4 6 对MG弱毒株进行PCR ,可扩增出 5 2 4bp的特异性片段 ,但对鸡毒霉形体标准强毒株和野毒株的PCR ,则扩增不出任何条带。特异性试验表明 ,这 2对引物对其他种类鸡毒霉形体及其他对照禽病病原核酸模板的扩增均为阴性。敏感性试验结果显示 ,2对引物PCR均能检出 10 0fg的MGDNA。研究结果表明 ,通过上述 2对引物的 2次PCR扩增 ,在数小时内即可鉴别出MG毒株是强毒株还是弱毒疫苗株     

聚合酶链反应检测绵羊肺炎霉形体的研究

参照基因库中已发表的绵羊肺炎霉形体Y98株的 1 6SrDNA序列 ,设计合成了 1对引物 ,建立了聚合酶链反应 (PCR)检测绵羊肺炎霉形体的方法。结果显示 ,所建立的PCR能特异扩增绵羊肺炎霉形体的DNA ,而对照的菌株均为阴性 ;其敏感性可达 1pg。经对绵羊肺炎霉形体分离株HD 1的扩增产物进行测序 ,并与绵羊肺炎霉形体标准株Y98的 1 6SrDNA序列进行比较 ,发现有 6个碱基的差异     

应用多重聚合酶链反应检测四种霉形体的研究

根据鸡毒霉形体 (MG)、滑液囊霉形体 (MS)、衣阿华霉形体 (MI)和火鸡霉形体 (MM )的基因文库 ,设计了 4对分别与MG、MS、MI和MM某段基因序列互补的引物 ,用这 4对引物对同一样品中的MG、MS、MI和MM的DNA模板进行多重PCR扩增。结果 ,均同时得到了 4条特异性的大小与试验设计相符的 732bp(MG)、2 0 7bp(MS)、2 99bp(MI)、85 0bp(MM )多重PCR扩增带 ,而对其他 6种禽病病原体的PCR扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明 ,此多重PCR能同时检出 1pg的MG、MS、MI和MMDNA模板     

我国旋毛虫地理株基因组DNA多态性的RAPD分析

以旋毛虫(Trichinella spiralis,T1)、乡土旋毛虫(T.nativa,T2)、布氏旋毛虫(T.britovi,T3)、伪旋毛虫(T.pseudospiralis,T4)、纳氏旋毛虫(T.nelsoni,T7)的国际参考株作为对照,应用随机扩增多态性DNA技术对我国7个旋毛虫地理株(河南、湖北、云南、陕西西安、天津、黑龙江同江及哈尔滨株)基因组DNA进行了PCR扩增,根据扩增产物的电泳条带进行MEGA分析,计算遗传距离并构建进化树.结果显示,T1与我国7个旋毛虫地理株之间的遗传距离均小于0.365 9,其中哈尔滨株与云南株、河南株与西安株的遗传距离小于0.166 7,其遗传相似性分别为83.33%与86.35%;天津株与哈尔滨株及云南株的遗传距离小于0.250 0;同江株与其他6个地理株的遗传距离均大于0.284 1,与T1的遗传距离小于0.263 3;湖北株与其他6个地理株及T1的遗传距离大于0.301 3.T2、T3、T4、T7与我国7个地理株之间的遗传距离均大于0.589 8.我国7个旋毛虫地理株均为T1,其中哈尔滨株、云南株及天津株归为一类,河南株与西安株归为一类,同江株与湖北株各单独归为一类.     

应用多重聚合酶链反应检测鸡毒霉形体和滑液霉形体的研究

根据鸡毒霉形体（ ＭＧ） 、滑液霉形体（ ＭＳ） 的基因文库,设计并合成了分别与ＭＧ、ＭＳ 某段基因序列互补的两对引物,用这两对引物进行多重聚合酶链反应（ ＭｕｌｔｉＰＣＲ） 同时检测ＭＧ 与ＭＳ。当样品中同时含有ＭＧ 和 ＭＳ 的目的模板ＤＮＡ 时,均同时得到２ 条大小与试验设计相符的７３２ ｂｐ（ ＭＧ） 和２０７ ｂｐ （ ＭＳ） 的ＰＣＲ 扩增带;而对其它８ 种禽病病原的扩增均为阴性。敏感性测定结果表明,该多重ＰＣＲ 技术最低能同时检出１００ ｆｇ 的ＭＧ、ＭＳ ＤＮＡ 模板量     

鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA PCR快速检测方法的建立

根据GenBank中的鸭疫里默氏杆菌(RA)1～19型16 S rRNA基因序列,分别与大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌的16 S rRNA基因序列对比,设计特异性引物,建立了基于鸭疫里默氏杆菌16 SrRNA的PCR检测方法.结果表明,用该方法对鸭疫里默氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌进行检测,只有鸭疫里默氏杆菌的DNA能扩增出680 bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;测序结果与GenBank中鸭疫里默氏杆菌相应序列完全一致;同时分别将鸭疫里默氏杆菌基因组DNA和菌液10倍稀释进行PCR扩增,对鸭疫里默氏杆菌DNA的最小检出量为1.907×10~(-5)g/L,对鸭疫里默氏杆菌菌液的最小检出量为1.5×10~4CFU/mL.证实,建立的基于鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA的PCR检测方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒北京分离株的ORF7克隆与序列分析

将北京地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（ＰＲＲＳＶ） 分离株ＢＪ２ 和ＢＪ４ 的ＯＲＦ ７ 及部分３’端非编码区（ ＵＴＲ） 的ＲＴＰＣＲ 扩增产物克隆连接于ｐ ＧＥＭＴｅａｓｙ 质粒载体上,重组质粒经ＥｃｏＲ Ⅰ酶切鉴定后进行了双链测序。测定的基因序列与欧美标准毒株已知序列比较发现,ＢＪ２ 和ＢＪ４ 株与美洲ＶＲ２３３２ 株非常接近,在其长度为５５５ ｂｐ 的ｃＤＮＡ 序列中,仅与ＶＲ２３３２ 株分别相差１ 和２ 个核苷酸,其中ＯＲＦ ７ 的核苷酸序列与ＶＲ２３３２ 株同源性分别高达１００ ％ 和９９ ．４６ ％ ,其推导的氨基酸序列与ＶＲ２３３２ 株同源性分别为１００ ％ 和９９ ．２５ ％ ,３’ＵＴＲ 则完全相同;而与欧洲ＬＶ 株则有明显差异,其核苷酸序列同源性仅为６８ ．００ ％ 和６７ ．００ ％ ,推测的氨基酸序列同源性仅有６５ ．００ ％ 和６４ ．００ ％ ,且ＢＪ２ 和ＢＪ４ 株与ＬＶ 株相比缺失了ＫＫＳＴＡＰＭ 和ＡＳＱＧ 两段氨基酸序列,而３’ＵＴＲ 则比ＬＶ 株多出３８ ｎｔ 的一段特征性核苷酸序列。序列分析结果表明,ＢＪ２ 和ＢＪ４ 株属于同一基因型,且具有ＶＲ２３３２ 株的基因特点