猫源贾第虫16S rRNA与β-贾第素基因双位点的基因型鉴定

为了对流浪猫粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,提取虫体基因组DNA,以16SrRNA和β-贾第素基因为遗传标记,通过PCR扩增、克隆、测序、NCBI比对以及相关软件分析,建立系统进化树,确定了其基因型。结果显示,成功扩增出291bp的16SrRNA和511bp的β-贾第素基因片段,测定了2个基因片段的序列,并经NCBI比对以及DNAStar中MegAlign软件分析确定该株贾第虫为十二指肠贾第虫F型。本研究首次对我国猫源贾第虫进行了基因型鉴定,为猫源贾第虫分子生物学和分子流行病学研究奠定了基础。     

广东首株犬源贾第虫的基因型鉴定

为了对广东首株犬源贾第虫进行分离鉴定,采用常规方法分离犬粪便中的贾第虫包囊,通过显微镜观察对其进行形态学鉴定,并以小亚基核糖体RNA(16SrRNA)基因和谷氨酸脱氢酶(gdh)基因作为遗传标记,采用PCR方法对其进行了扩增、克隆、序列测定和分析。将扩增序列与GenBank中登录的参考序列进行比对,并用DNAStar软件建立系统进化树,以确定该贾第虫的基因型。结果显示,显微镜观察的结果与所报道的蓝氏贾第虫的形态一致;PCR扩增产物经10g/L琼脂糖凝胶电泳检测,出现299和432bp的片段,与预期结果一致;16SrRNA基因的序列分析结果显示该犬源贾第虫的基因型为A型,对gdh基因序列的进一步分析显示该基因型为A1亚型。结果表明本次分离的犬源贾第虫属于蓝氏贾第虫人兽共患的基因型。关键词:犬;蓝氏贾第虫;基因型     

复齿鼯鼠源贾第虫新亚型B15的基因鉴定

为了对复齿鼯鼠粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,采用饱和蔗糖溶液漂浮法进行卵囊收集,然后提取虫卵的DNA,采用巢式PCR对贾第虫的β-giardin和tpi基因位点进行扩增、测序,建立了系统进化树并进行分析。结果显示,共检测到3株贾第虫分离株,其中HNSMX03分离株为新亚型,被命名为B15,HNSMX20分离株为蓝氏贾第虫的B14亚型和E型混合感染。HNSMX49分离株为蓝氏贾第虫A型。本研究是我国首次报道复齿鼯鼠感染贾第虫,新基因亚型B15的发现为进一步研究我国野生啮齿类动物的流行病学提供了一定的资料。     

四川省圈养野猪源和小香猪源贾第虫及隐孢子虫的分离与鉴定

为调查四川省野猪源及小香猪源贾第虫和隐孢子虫感染情况,采集了326份圈养野猪和小香猪的新鲜粪便,提取基因组DNA,经巢式PCR扩增贾第虫β-giardin位点基因和隐孢子虫18S r RNA位点基因,鉴定阳性粪便贾第虫集聚体和隐孢子虫虫种。结果表明:11头野猪感染蓝氏贾第虫(10头感染集聚体E,1头感染集聚体A);2头小香猪感染蓝氏贾第虫集聚体E;3头野猪和3头小香猪均感染成猪隐孢子虫;未见贾第虫和隐孢子虫混合感染。本试验首次在国内报道了野猪和小香猪感染蓝氏贾第虫和隐孢子虫,并确定了2种蓝氏贾第虫集聚体和1种隐孢子虫虫种。     

牛脊柱畸形综合征HRM-非标记探针检测方法的建立与应用

为建立用于牛脊柱畸形综合征(CVM)检测的高分辨率熔解曲线(HRM)非标记探针法,根据Gen Bank中SLC35A3基因序列设计PCR引物及非标记性探针,构建G/G型、G/T型、T/T型3种标准质粒,利用质粒作为标准品建立HRM特征图谱。采用优化的HRM-非标记探针法对305份荷斯坦奶牛血样及冷冻精液样品中SLC35A3位点的基因型进行检测,同时采用测序法进行验证。结果,305份样本中9份冻精样本为CVM携带者,携带率为2.95%,检测结果与测序法检测结果一致,准确率达100%。上述研究结果表明,本研究建立的针对牛CVM中SLC35A3基因G-T位点突变检测的HRM-非标记探针方法是一种简单快速、灵敏特异、高效准确的牛CVM有害基因分型检测技术。     

猴源贾第虫新亚型B11的基因鉴定

运用饱和蔗糖溶液漂浮法收集了26份雅安市碧峰峡野生动物园不同野生动物的粪便寄生虫卵囊,提取DNA,经巢式PCR扩增β-giardin和tpi基因,扩增产物经测序后进行同源性和系统发育分析。结果显示,环尾狐猴(YARTL01)和猕猴(YARM01)感染贾第虫,其中YARTL01分离株为一个新基因亚型,被命名为B11;YARM01分离株为蓝氏贾第虫B1亚型。YARTL01分离株的β-giardin基因序列与环尾狐猴分离株6LC(GenBank登录号HQ616629)的相似率为99.4%,tpi基因序列与猕猴分离株34538(GenBank登录号JX000563)的相似率为98.6%。种系发育分析显示,YARTL01在β-giardin基因位点与聚集体B处于同一分支,而在tpi基因位点,此分离株单独成一分支。YARM01的β-giardin基因序列和tpi基因序列分别与河狸分离株Be1(GenBank登录号EU014382)、猕猴分离株36395(GenBank登录号KC441076)的相似率达到100%;在进化树中,YARM01分离株在β-giardin基因位点与聚集体B处于同一分支,在tpi基因位点此分离株与聚集体B1处于同一个进化分支。本研究是首次报道四川省猴感染贾第虫,其中YARTL01分离株为一个新基因亚型。     

猫钩虫PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种特异、敏感的检测猫钩虫的方法,根据钩虫内转录间隔区(ITS)部分序列的保守引物AF和AR,建立PCR检测方法,对反应条件进行优化,并进行特异性和敏感性试验;采用该方法对112份流浪猫粪便进行临床检测。结果显示,建立的PCR方法能特异性扩增猫钩虫相应的基因片段,其长度为404bp,与猫弓首蛔虫、犬复孔绦虫、狐毛尾线虫的虫卵的基因组DNA以及蓝氏贾第虫包囊、猫等孢球虫卵囊基因组DNA无交叉反应;最低能检测到1.07fg的钩虫基因组DNA。通过临床样品检测,该方法比碘液染色镜检的检出率提高了9%,其敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值均为100%。结果表明,该PCR方法具有敏感、特异的特点,适用于钩虫的临床检测和钩虫病的分子流行病学调查。     

犬源环孢子虫PCR检测方法的建立

为了建立犬源环孢子虫的PCR检测方法,根据该环孢子虫18SrDNA基因序列,设计1对特异性引物;通过阳性参照摸索出该检测方法的最佳反应条件,进行了特异性和敏感性试验;并对临床样品进行了检测。结果显示,该PCR检测方法能特异性地扩增出犬源环孢子虫18SrDNA中379bp的片段,与牛源环孢子虫、柔嫩艾美耳球虫、人隐孢子虫、蓝氏贾第虫、刚第弓形虫、毛首线虫、大片吸虫、犬弓首蛔虫等8种虫体基因组DNA无交叉反应;最低能检测到84fg的阳性参照DNA,检测的157份临床样品中8份为阳性,比传统镜检方法多出3份。结果表明,建立的PCR检测方法具有较高的特异性和敏感性,可用于犬环孢子虫的临床检测。     

含扩增内标的犬巴贝斯虫PCR检测方法的建立

为了提高犬巴贝斯虫的PCR检测方法准确性,采用复合引物重组方法构建两端含有检测巴贝斯虫18S r RN A基因的PCR检测引物的扩增内标质粒(含鸡特异性基因片段),通过优化扩增内标质粒的添加量,建立了一种新的检测犬巴贝斯虫PCR方法。结果显示,在25 L的PCR反应体系中加入1×106copies的扩增内标的可有效地检测犬巴贝斯虫基因组D NA,该PCR方法最低检测限为1×105copies。本试验建立的含扩增内标的PCR检测方法能快速、准确、简便的检测犬巴贝斯虫感染,同时能有效的避免假阴性现象的产生。     

应用三磷酸核苷水解酶基因检测弓形虫方法的建立

用Primer Explorer V4软件针对弓形虫三磷酸核苷水解酶(NTPase)基因设计了6条环介导等温扩增(LAMP)特异性引物,建立弓形虫LAMP反应体系,并进行特异性和敏感性试验。结果显示,用该反应体系30 min即可检测出弓形虫NTPase基因,产生瀑布状的特异性条带,检测极限为20 copies,敏感性比PCR高10倍。与犬新孢子虫、鹦鹉热衣原体、柔嫩艾美耳球虫、吕氏泰勒虫、羊巴贝斯虫未定种和牛巴贝斯虫间无交叉反应,且重复性良好。应用此方法,可以在攻虫后第2天于试验猪血液中检测出弓形虫,比PCR方法提前2 d。表明将弓形虫NTPase基因作为环介导等温扩增检测弓形虫的目的基因,具有特异性强、敏感性高的特点,是快速诊断弓形虫病的一种新方法。     

牛巴贝斯虫巢式PCR检测方法的建立

为建立一种适用于基层兽医实验室特异、敏感、快速检测牛巴贝斯虫感染的方法,以牛巴贝斯虫球状体蛋白4(SBP4)基因为靶基因设计引物,建立检测牛巴贝斯虫的巢式PCR方法。结果表明,该方法可特异性地检测牛巴贝斯虫感染,与14种动物梨形虫无交叉反应。该方法能够检测到1 copy的SBP4基因,其敏感性分别是对应的内、外引物普通PCR的10倍和1 000倍。应用该巢式PCR方法,对田间随机采集的136份野外样品进行检测,检出阳性样品9份,显著高于AbouLaila等报道的方法(5份)。这些数据表明,建立的巢式PCR方法可用于基层兽医实验室敏感、准确地检测牛巴贝斯虫感染。     

牛瑟氏泰勒虫二温式PCR检测方法的建立及应用

为建立一种能快速、特异、敏感地检测牛瑟氏泰勒虫的方法,根据GenBank中的牛瑟氏泰勒虫MPSP基因(GQ180198.1)设计合成了1对特异性引物,建立了检测牛瑟氏泰勒虫的二温式PCR方法。该方法与犬新孢子虫、猪支原体和弓形虫RH株均无交叉反应,能检测到的最低DNA含量为1.7pg/μL。结果表明,该二温式PCR检测方法具有较高的特异性和敏感性。本研究为牛瑟氏泰勒虫的快速检测提供了一种方法。     

A型动物流感病毒RT-RPA检测方法的建立及初步应用注

根据A型流感病毒M基因核苷酸序列设计引物及探针,建立了一种灵敏度高、特异性强、检测迅速、操作简便的重组酶聚合酶扩增技术(RT-RPA)。选用常见动物疫病病原验证引物探针的特异性,设计多对引物及探针,筛选出最适反应体系及反应条件,并与实时荧光RT-PCR方法比较。结果显示,本研究建立的RT-RPA方法特异性强,只有A型动物流感病毒呈阳性,其他相关常见病原均为阴性;反应时间短,检测反应所需时间仅20 min;灵敏度高,最低可检测到A型动物流感病毒核酸浓度为0.96×10~(-2)μg/mL。与实时荧光RT-PCR方法相比,其灵敏度稍低。本研究建立的检测A型动物流感病毒的RT-RPA方法特异性强,灵敏性高,操作简单,检测快速,适合现场检测以及在基层实验室推广应用。     

犬产气荚膜梭菌的分离和PCR检测方法的建立

从 12头疑似产气荚膜梭菌感染的猝死警犬中分离获得了 18株病原菌 ,经生化试验及毒素中和试验 ,确定为A型和C型产气荚膜梭菌。参考GenBank中登录的基因序列 ,设计合成了针对产气荚膜梭菌α、β、ε、ι、CPE和 β2共 6对分型毒素基因的引物 ,对以前昆明地区分离的 1株产气荚膜梭菌进行了PCR扩增 ,结果扩增出了与预期大小相同的 6个基因片段 ,分别为 2 33、196、32 4、4 46、5 6 7和 6 6 5bp。建立的PCR方法能同时用于产气荚膜梭菌鉴定和毒素分型 ,较细菌毒素检测方法快速 ,与细菌分离鉴定的结果一致。     

环形泰勒虫感染对单核细胞中NOD样受体信号通路相关基因转录的影响

根据Gen Bank发表的相关序列,分别设计针对牛NOD样受体(NLRs)信号通路10个相关分子NOD1、NOD2、NLRP1、NLRP3、NLRC4、NAIP、RIP2、CASP1、IL-18和IL-1β基因设计Real-time PCR特异性引物,通过优化反应条件后对其特异性、敏感性和重复性进行评价,并分别检测环形泰勒虫感染细胞Ta NM中靶基因的转录水平及其与对照的差异。结果显示,所建立的分别检测10个靶基因的Real-time PCR方法特异均非常,其敏感性均在1~100 copies/L之间;而在F10代Ta NM细胞中,NOD1、NOD2、NLRP1、NLRP3、NLRC4、NAIP、RIP2、CASP1和IL-18基因的转录水平均显著低于对照组外周血单核细胞(P0.01),而IL-1β在F10代Ta NM细胞中的转录水平却显著高于对照组(P0.01)。本研究结果为开展环形泰勒虫对宿主细胞天然免疫机制的研究奠定了基础。     

十二指肠贾第虫γ贾第素和δ贾第素基因疫苗的构建及其免疫保护力的评价

为了评估贾第虫γ贾第素(γ-giardin)和δ贾第素(δ-giardin)的免疫原性及免疫保护力,构建了截短型真核表达质粒pcDNA3.1-γ-giardin、pcDNA3.1-δ-giardin和pcDNA3.1-γ-δ-giardin,并将这3种质粒肌肉注射到BALB/c小鼠体内,通过血清抗体测定、脾淋巴细胞增殖试验、淋巴细胞检测、细胞因子测定和攻虫试验评价疫苗的免疫保护力。结果显示,接种了这3种真核表达质粒的小鼠产生了特异性的体液和细胞反应,与对照组相比,Ig G和Ig G2a抗体水平显著提高,并且CD3~+CD4~+CD8~-和CD3~+CD8~+CD4~-T细胞百分比显著提高, pcDNA3.1-γ-giardin和pcDNA3.1-γ-δ-giardin免疫组的细胞因子IL-4和IFN-γ水平显著提高, pcDNA3.1-δ-giardin免疫组的IFN-γ水平显著提高。攻虫试验结果显示,接种pcDNA3.1-γ-giardin、pcDNA3.1-δ-giardin和pcDNA3.1-γ-δ-giardin基因疫苗的小鼠的减虫率分别为39.1%、26.1%和18.3%,单一DNA(γ-giardin或δ-giardin)质粒和多基因DNA(γ-δ-giardin)质粒均可以诱导小鼠产生一定的免疫保护力。     

A型动物流感病毒RT-RPA检测方法的建立及初步应用

根据A型流感病毒M基因核苷酸序列设计引物及探针,建立了一种灵敏度高、特异性强、检测迅速、操作简便的重组酶聚合酶扩增技术(RT-RPA)。选用常见动物疫病病原验证引物探针的特异性,设计多对引物及探针,筛选出最适反应体系及反应条件,并与实时荧光RT-PCR方法比较。结果显示,本研究建立的RT-RPA方法特异性强,只有A型动物流感病毒呈阳性,其他相关常见病原均为阴性;反应时间短,检测反应时间仅需20 min;灵敏度高,最低可检测到A型动物流感病毒核酸浓度为0.96×10-2g/mL。与实时荧光RT-PCR方法相比,其灵敏度稍低。本研究建立的检测A型动物流感病毒的RT-RPA方法特异性强,灵敏性高,操作简单,检测快速,适合现场检测以及在基层实验室推广应用。     

猪圆环病毒3型RAA检测方法的建立及初步应用

为建立猪圆环病毒3型(PCV3)的快速简便检测方法,根据PCV3 Cap基因的保守序列设计多对引物和探针,建立了一种实时荧光RAA检测方法。通过筛选引物和优化试验条件,验证对常见动物疾病病毒的特异性,并与PCR方法在敏感性上进行比较。结果表明,PCV3与猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪A型塞内卡病毒(SVA)和口蹄疫病毒(FMDV)等核酸无交叉反应,可在39℃下20 min内快速特异完成。该方法灵敏度较高,最低检出浓度为10~2copies/μL。应用该方法对115份猪临床样品进行检测,检测结果与PCR方法一致。结果表明,该方法操作简单、快速灵敏、结果可靠,可用于PCV3的实验室检测和现场诊断。     

马泰勒虫不同PCR检测方法的比较

为寻求一种快速、有效的马泰勒虫PCR检测方法,用Bec-UF2、Equi-R;EMA-1F、EMA-1R两对引物对56份马血液样本中马泰勒虫的核蛋白体基因和表面蛋白基因进行了常规PCR方法检测,用EMA-5、EMA-6;EMA-7、EMA-8两对引物对56份马血液样本中马泰勒虫的表面蛋白基因进行了PCR和套式PCR方法检测。结果显示,以Bec-UF2、Equi-R为引物的PCR方法的阳性检出率为57.1%(32/56),以EMA-5、EMA-6;EMA-7、EMA-8为引物的套式PCR方法的阳性检出率为51.8%(29/56),以EMA-1F、EMA-1R为引物的PCR方法的阳性检出率为17.9%(10/56)。结果表明,以Bec-UF2、Equi-R为引物的常规PCR方法为检测马泰勒虫的最佳方法。     

非洲猪瘟病毒LFD-RPA快速检测方法的建立

本研究根据非洲猪瘟病毒(ASFV)B646L基因保守序列设计nfo RPA特异性引物和探针,建立了ASFV核酸LFD-RPA快速检测法。结果表明,该方法特异性强,与猪圆环病毒2型(PCV2)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、口蹄疫病毒(FMDV)、猪A型塞内卡病毒(SVA)等病原核酸无交叉反应;最低可以检测到1.57×10~2copies/μL重组质粒pUC-B646L;检测时间短,其中RPA扩增20 min,LFD检测10～20 min。应用该法及OIE推荐的荧光PCR法对24个模拟样品进行检测,检测结果一致。对50份已知的临床样品核酸进行检测,阳性符合率为73.3%。上述结果表明,本研究建立的LFD-RPA快速检测方法操作简便,为ASFV现场快速检测提供了技术支持。