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目的建立硅藻UPA条形码基因的实时荧光定量PCR检测方法,探讨其在溺死诊断中的应用价值。方法对Gene Bank中登录的硅藻UPA基因序列进行比对获得同源序列,据其设计硅藻门通用引物。对2种人体常见共生菌(大肠杆菌、双歧杆菌)、3种浮游细菌、15种浮游藻类、32具尸体(其中生前溺水死亡28例,死后抛尸1例,陆地死亡3例)的组织样本(肺、肝、肾)及尸体发现地水样提取DNA,采用设计的引物进行特异性、灵敏度、重复性试验,分析检材中硅藻检出情况,统计硅藻阳性率,以上述组织样本的微波消解-真空抽滤-自动扫描电镜法检测结果对建立的q PCR检测方法进行比较评估,比较该方法与PCR-毛细管电泳检测法的灵敏度。结果引物UPA99仅对硅藻标准株(针杆藻、舟形藻、直链藻、小环藻、菱形藻)DNA具有扩增,扩增产物熔解曲线平稳,峰尖且窄,熔解温度为(87±1)℃。以p MD18-T重组质粒为标准品,检测区间为1.56×10~2-1.56×10-5ng/μL,建立实时q PCR方法的灵敏度为1.56×10-5ng/μL,而PCR-CE方法的灵敏度为1.56×10-3ng/μL。批间及批内变异系数均低于2%,具有较高的重复性和稳定性。对于生前溺水尸体肺、肝、肾的检出率依次为89.3%,71.4%,64.3%。结论基于硅藻UPA基因设计通用引物,建立的q PCR硅藻检验法特异性高、灵敏度高、重复性好,应用于溺死诊断具有较好的应用前景。 相似文献
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目的比较有机法+QIAquick纯化法和DNA IQ磁珠法对陈旧骨骼和牙齿DNA的纯化效果。方法选择10份陈旧骨骼和12份牙齿样本,进行消化后分别采用有机法+QIAquick纯化法和DNA IQ磁珠法进行提取纯化,进行DNA定量后用SinofilerTM试剂盒进行检测。结果 2种方法纯化的骨骼、牙齿DNA的IPC CT值无显著差异。有机法+QIAquick纯化法纯化的骨骼、牙齿DNA平均浓度分别为0.180ng/μL±0.068ng/μL和0.132ng/μL±0.027ng/μL,所有样品均获得全部基因分型。DNA IQ磁珠法纯化的DNA平均浓度分别为0.038ng/μL±0.028ng/μL和0.036ng/μL±0.007ng/μL,有5份骨骼和6份牙齿样本仅获得部分基因分型或未能分型。结论有机法+QIAquick纯化法对陈旧骨骼、牙齿DNA的纯化效果优于DNA IQ磁珠法。 相似文献
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Chelex-100提取生物检材DNA实时PCR定量研究 总被引:3,自引:1,他引:2
目的研究Chelex-100法提取的生物检材DNA用量与复合STR分型成功率的关系。方法113份各种生物检材采用Chelex-100法提取DNA,应用Quantifiler人类DNA定量试剂盒在ABI 7500荧光定量PCR仪上进行实时PCR定量,同时用Identifiler复合扩增系统在ABI 3100遗传分析仪上对这些DNA样品进行STR分型。结果各种生物检材提取的DNA浓度分别为:37份滤纸、纱布血痕0.042~5.28ng/μl,16份口腔拭子1.15—4.21ng/μl,18份烟头0.016~1.46ng/μl,10份肋软骨0.531—14.40ng/μl,8份肌肉5.75—24.80ng/μl,7份指甲0.788—11.50ng/μl,17份精斑0.79~99.50ng/μl。在建立的8μl扩增体系中,根据上述结果,调整用于复合STR扩增的DNA模板量在0.5—3ng之间,大部分样品可获得完全的STR分型。结论Chelex-100法提取的检材DNA模板用量在0.5—3ng之间可得到有效STR扩增,浓度为0.5ng/μl以上的DNA样品,用小体积模板(1μl)比大体积(3μl)模板扩增效果好。 相似文献
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目的探讨生物检材采集与保存套管在法医学中的应用价值。方法在不同温、湿度环境下,观察悬空放置在生物检材采集与保存套管、有孔与外界相通的套管及密闭管内的湿润棉签的干燥时间30次;分别用生物检材采集与保存套管和医用棉签采集纸袋保存口腔细胞、血液、皮肤脱落细胞样本各20例,磁珠法提取DNA并进行DNA定量;用生物检材采集与保存套管采集口腔脱落细胞和血样进行DNA直接扩增。结果在温度4~30℃、相对湿度21%~90%的环境下,湿润棉签在套管内的平均干燥时间为7.89h,有孔管内的为23.30h,密闭管内观察15天仍不干燥,出现霉斑。生物检材用套管采集保存比医用棉签采集纸袋保存方式获得的DNA量显著提高,平均高达0.968倍;用套管采集口腔细胞和血样进行直接扩增,操作简单方便,成功率高。结论生物检材采集与保存套管具有快速干燥、对检材无损耗和浓缩等优点,可提高检材DNA的提取效率,且适合直接扩增。 相似文献
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豫鄂汉族人群9个STR基因座频率调查 总被引:5,自引:2,他引:3
调查了河南、湖北两省D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S5l、D5S818、D13S317、D7S820等9个STR基因座在汉族人群中的频率分布,对696份汉族无关个体的血样检测结果进行了统计分析,9个STR基因座分别观察到8个等位基因和20、27、70、36、49、63、28、28、26种基因型;统计学计算结果显示两群体9个STR基因座基因频率无显著性差异,9个STR基因座组成的复合扩增系统应用于法医学个体识别及亲权鉴定有很高的实用价值. 相似文献
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本文结合典型案例,尝试采用增加PCR循环次数的方法,提高严重降解DNA样本STR分型的检出率,并就其优点及注意事项等进行讨论。1案例资料2004年3月28日,广州市某河涌中发现一个高度腐败的头颅,要求与2004年3月15日该区某小学侧路边草丛中发现的一具无头女尸相比对。作者通过增加循环次数得到理想结果。2方法与结果采用酚/氯仿抽提法提取该头颅右耳廓软骨DNA后,用Promega公司DNA IQTM系统分离纯化,采用AB I公司IdentifilerTMPCR Amplification K it常规扩增28个循环,效果不佳(图1)。增加至38个循环扩增后,扩增产物用AB I3100型遗… 相似文献