骆驼β-防御素caBD-1 cDNA基因全序列RACE扩增方法的建立

为获得骆驼β-防御素基因(caBD-1 cDNA)的全长序列,采用锚定PCR RACE技术,根据已获得的骆驼β-防御素基因的部分已知序列,设计了1条特异性引物作为上游引物,将反转录引物中的部分序列即3′接合器引物作为下游引物,成功地克隆了caBD-1 cDNA的3′末端序列;采用反向嵌套PCR RACE技术,根据已获得的骆驼β-防御素cDNA的部分序列,设计了1条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和2对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将mRNA反转录的cDNA进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,成功地克隆了骆驼β-防御素caBD-1cDNA的5′末端序列。结果显示,获得了骆驼β-防御素caBD-1 cDNA基因的全序列。证实,RACE技术用于防御素基因的扩增是可行的。     

基于网络药理学和分子对接技术探究小柴胡汤治疗三阴性乳腺癌的作用机制

目的 通过生物信息学分析和整合药物代谢动力学数据进行多重药物靶点预测,探究小柴胡汤治疗三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer, TNBC)的作用机制。方法 基于药理学数据库获取小柴胡汤的活性成分与对应靶点;采用加权基因共表达网络分析方法识别乳腺癌高通量测序数据中肿瘤发生发展的关键基因;采用GO功能与KEGG通路富集分析进行生物功能与通路注释;通过Cytoscape软件进行核心基因鉴定;利用分子对接方法模拟关键生物标志物与小柴胡汤核心活性成分的对接模式。结果 在对小柴胡汤进行数据挖掘后获得242个有效成分和265个对应靶点,通过加权分析方法得到乳腺癌密切相关的563个疾病关键靶点,小柴胡汤与TNBC共有13个交集靶点。小柴胡汤成分靶点网络构建得到槲皮素、山柰酚、异鼠李亭素、木犀草素、豆甾醇、β-豆甾醇、牵牛花色素等主要成分。PPI网络构建后通过筛选得到3个核心靶点(CCNA2、CCNB1、CHEK1)与2个关键化学成分(槲皮素、山柰酚)。GO富集获得15个生物过程、45个细胞组分、16个分子功能,其中主要与细胞器裂变和细胞核分裂等细胞增殖过程,浓缩染色体...     

驯鹿β-防御素-1 cDNA 3''''末端的克隆及序列分析

为进一步研究驯鹿β-防御素-1(reBD-1)基因的分子结构,利用已克隆出的reBD-1部分片段,设计了1条特异性上游引物,并以反转录引物中的部分序列即3 sites Adaptor Primer作为下游引物,采用3′RACE技术成功克隆了reBD-1 cDNA的3′末端序列.通过与已知reBD-1片段拼接,得到了192 bp的完整开放读码框(ORF)、终止密码子TAA、118 bp的3′非翻译区(3′UTR)以及poly(A)15,其中ORF编码具有64个氨基酸残基的reBD-1前原肽.     

基于网络药理学研究止嗽散治疗咳嗽变异性哮喘的分子机制

目的 通过整合药物代谢动力学数据进行多重药物靶点预测,探究止嗽散治疗咳嗽变异性哮喘(cough variant asthma,CVA)的作用机制.方法 先利用大规模数据挖掘、文献检索搜集止嗽散方中所有中药的化学成分,再利用药物代谢动力学数据筛选其活性成分并用Swiss Target Prediction、SysDT和TargetNet方法进行靶点预测,并借助GeneCards和OMIM数据库获得CVA的致病基因,并与药物靶点取交集以构建蛋白相互作用网络,对获得的核心靶点进行生物学功能富集分析,最后选取若干核心靶点及其关键的成分进行分子对接验证.结果 共筛出止嗽散治疗CVA的活性成分97个(包括白前苷元C、7,4'-二羟基黄酮、甘草酸、新对叶百部碱和β-谷甾醇)及靶点144个.通过分析蛋白相互作用网络得到MAPK3、TNF、CASP3、EGFR、PTGS2和MMP-9等10个核心靶点.KEGG富集分析得到30条与CVA相关的通路.分子对接验证核心靶点中EGFR、PTGS2和MMP-9与其关键化合物有较好结合力.结论 止嗽散治疗CVA涉及多条信号通路,其分子机制可能是通过止嗽散中主要活性成分对PI3K-Akt、NF-κB和HIF-1等通路的调控,最终达到治疗CVA的效果.     

驯鹿β-防御素-1 cDNA3′末端的克隆及序列分析

为进一步研究驯鹿β-防御素-1(reBD-1)基因的分子结构,利用已克隆出的reBD-1部分片段,设计了1条特异性上游引物,并以反转录引物中的部分序列即3 sites Adaptor Primer作为下游引物,采用3′RACE技术成功克隆了reBD-1 cDNA的3′末端序列。通过与已知reBD-1片段拼接,得到了192 bp的完整开放读码框(ORF)、终止密码子TAA、118 bp的3′非翻译区(3′UTR)以及poly(A)15,其中ORF编码具有64个氨基酸残基的reBD-1前原肽。     

β-防御素caBD-1 mRNA在骆驼组织器官中的表达

根据已知的骆驼 β 防御素caBD 1cDNA序列设计了 1对预计扩增产物为 2 0 3bp的引物 ,通过RT PCR检测骆驼的整个消化道黏膜、肝、胰腺、气管黏膜、肺、肾、膀胱黏膜、卵巢、子宫内膜、脾、淋巴结、心等器官内caBD 1mRNA的表达。结果显示 :caBD 1mRNA在整个消化道、气管、膀胱、子宫等管状器官内的黏膜层有表达 ,而在实质性器官如心、肝、胰腺、肺、脾、淋巴结、卵巢、肾中无表达。提示 ,骆驼体内的这种内生性抗微生物肽有助于骆驼的黏膜宿主防御     

脑肠肽ghrelin的研究进展

介绍了近年来发现的由28个氨基酸残基组成的ghrelin的来源、分子结构、不同物种间的ghrelin组成差异、分布组织及存在形式,归纳了影响ghrelin分泌的因素,认为ghrelin在调节生长激素的释放、能量代谢、其他激素的分泌和参与调节睡觉-觉醒模式及细胞增殖方面发挥了重要生物学效应。