驯鹿β-防御素-1 cDNA 3''''末端的克隆及序列分析

为进一步研究驯鹿β-防御素-1(reBD-1)基因的分子结构,利用已克隆出的reBD-1部分片段,设计了1条特异性上游引物,并以反转录引物中的部分序列即3 sites Adaptor Primer作为下游引物,采用3′RACE技术成功克隆了reBD-1 cDNA的3′末端序列.通过与已知reBD-1片段拼接,得到了192 bp的完整开放读码框(ORF)、终止密码子TAA、118 bp的3′非翻译区(3′UTR)以及poly(A)15,其中ORF编码具有64个氨基酸残基的reBD-1前原肽.     

骆驼β-防御素caBD-1 cDNA基因全序列RACE扩增方法的建立

为获得骆驼β-防御素基因(caBD-1 cDNA)的全长序列,采用锚定PCR RACE技术,根据已获得的骆驼β-防御素基因的部分已知序列,设计了1条特异性引物作为上游引物,将反转录引物中的部分序列即3′接合器引物作为下游引物,成功地克隆了caBD-1 cDNA的3′末端序列;采用反向嵌套PCR RACE技术,根据已获得的骆驼β-防御素cDNA的部分序列,设计了1条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和2对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将mRNA反转录的cDNA进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,成功地克隆了骆驼β-防御素caBD-1cDNA的5′末端序列。结果显示,获得了骆驼β-防御素caBD-1 cDNA基因的全序列。证实,RACE技术用于防御素基因的扩增是可行的。     

口蹄疫病毒Asia 1/JSWX株基因组全长感染性克隆的体外拯救与序列分析

通过反转录聚合酶链反应,获得了口蹄疫病毒(FMDV)Asia1/JSWX株基因组3′端长片段(长约7.5kb)和5′UTR中ploy(C)前后的2个短片段。5′UTR的2个短片段经融合PCR扩增得到长约710bp的片段。用引物在基因组5′末端引入AflⅡ酶切位点和T7启动子,在5′UTR内引入SpeⅠ酶切鉴定位点,在3′末端引入NotⅠ酶切位点,将融合片段和3′端长片段顺次连接到载体pSL1180。经T7体外转录系统获取的RNA转录本与脂质体共转染BHK21细胞。测序结果表明,构建的病毒基因组全长cDNA为8 197nt,分别包括1个长为1 095nt的5′UTR[含有1个17nt的ploy(C)];1个长6 990nt的ORF;1个长为93nt的3′UTR;之后是18nt的poly(A)尾巴。该全长cDNA克隆与Asia 1/Jiangsu/China/2005株基因组序列的同源性为98.4%。测序和酶切鉴定结果均表明,该口蹄疫病毒株全长cDNA克隆已构建成功,该方法极大地简化了获得FMDV全长cDNA克隆的过程。通过反转录聚合酶链反应、间接免疫荧光试验和蚀斑试验等鉴定,本试验获得了感染性分子克隆;体外拯救获得的基因工程病毒连续传代培养后,可致BHK21细胞产生病变。上述结果表明,构建的cDNA克隆可以作为基因操作的载体,为深入研究安全性好、稳定性高和免疫原性强的基因工程疫苗奠定了基础。     

河北省猪圆环病毒2型ORF2基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2基因的核苷酸序列,设计了1对特异性引物。采用此引物从PCV2疑似病料的3个样品中扩增出了ORF2片段。将扩增片段克隆入pMD18-T载体中,筛选获得了含有相应片段的阳性重组质粒pMDHB-ORF2。对质粒中的插入片段测序后,应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV2序列与GenBank中的国内外PCV毒株进行了同源性比较。结果,3个样品间ORF2基因的核苷酸同源性为100%;它们与浙江分离株之间核苷酸序列的同源性极高,达99.5%。     

马动脉炎病毒大囊膜蛋白和膜蛋白基因的克隆与序列分析

参考GenBank收录的马动脉炎病毒(EAV)读码框大囊膜蛋白基因 ORF5、膜蛋白基因ORF6的核苷酸序列,分别设计了2对引物,对EAV的这两种主要结构蛋白基因进行了 RT PCR;将扩增产物克隆于pUC18通用载体,对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序,证实克隆片段的可靠和准确性。测序结果,ORF5目的片段包含768 bp,编码255个氨基酸组成的多肽;ORF6目的片段包含489 bp,编码162个氨基酸组成的多肽。与EAV NC 002532标准毒株比较,ORF5、ORF6核苷酸的同源性分别为99.1%和99.4%;推导氨基酸的同源性分别为96.9%和98.2%。     

鹅Ⅰ型禽副粘病毒融合蛋白基因3′端cDNA片段的分子克隆

参考禽副粘病毒的融合蛋白基因 (F基固 )cDNA序列 ,设计并合成了 1对引物 ,以分离到对鹅有致病力的Ⅰ型禽副粘病毒GPMV/QY97 1株的核酸 (RNA)为模板 ,用逆转录聚合酶链反应 (RT PCR)对其融合蛋白基因 3′端进行扩增 ,获得了预计的 884bp左右的片段。将该片段克隆进 pGEM TEasy质粒载体 ,获得重组质粒T GPMVF3′ ,采用限制性内切酶和PCR方法对该重组质粒进行鉴定 ,证明所克隆的片段即为目的基因片段 ,这为进一步开展鹅Ⅰ型禽副粘病毒的分子生物学研究奠定了基础     

猪戊型肝炎病毒swCH196株ORF3基因的克隆与序列分析

为分析猪戊型肝炎病毒的基因特征,设计了1对套式引物,利用RT-PCR方法克隆出了猪戊型肝炎病毒甘肃分离株swCH196的ORF3基因cDNA片段。序列测定结果表明,swCH196株的ORF3基因长345bp,编码114个氨基酸,与GenBank中登录的其他毒株的核苷酸序列同源性为83.5%～97.7%,系统发育进化树分析结果表明,该分离株为基因Ⅳ型。     

猪戊型肝炎病毒广西株ORF2三段连续基因编码蛋白的表达及抗原性分析

为了确定猪戊型肝炎病毒(HEV)ORF2抗原性片段的分布,参考中国T1株序列设计套式引物,从新鲜猪粪中扩增出HEV部分基因片段,长1725bp,位于ORF2第205～1929bp之间,命名为HEVORF2-A。根据HEVORF2-A序列设计了3对引物,分别扩增HEVORF2-A三段连续的基因片段,命名为HEVORF2-B1、HEVORF2-B2、HEVORF2-B3,分别位于HEVORF2-A第1～576bp,577～1149bp,1150～1725bp之间。将这4段扩增的基因片段分别与表达载体pET32a(+)连接,并转入BL21(DE3)pLysS感受态细胞,经IPTG诱导,SDS-PAGE分析。结果显示,经1mmol/LIPTG37℃诱导6h后,除pET32a-A在82.6ku处有微量融合蛋白表达外,pET32a-B1、pET32a-B2、pET32a-B3分别在41.3ku、41.5ku、41.8ku处有高水平的融合蛋白表达。用自然感染猪血清和北京万泰HEVELISA诊断试剂盒阳性对照血清进行Western-blot分析,结果3个短的融合蛋白均能检测到明显的条带,表明构建的3个表达载体具有良好的抗原性。     

PRRSV兰州分离株ORF3和ORF5基因的克隆与序列分析及其杆状病毒表达载体的构建

根据GenBank中猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)中国代表株CH-1a的基因组序列,设计包含完整ORF3、ORF5基因序列的2对特异引物,利用RT-PCR技术扩增PRRSV兰州分离株(Lanzhou株)的ORF3和ORF5基因,并对其进行序列测定,同时与已发表的13株PRRSV进行同源性比较.将扩增的PRRSV Lanzhou株ORF3、ORF5基因分别克隆到杆状病毒表达载体pFastBacHTA上,将经酶切及测序鉴定的阳性重组质粒pFastBacHTA-ORF3、pFastBaeHTA-ORF5分别转化到DH10Bac感受态细胞.结果显示,ORF3、ORF5基因长度分别为765 bp、603 bp,发现核苷酸的同源性分别为88.0%～99.2%、87.3%～99.0%,获得了重组转座子rBacmid-ORF3、rBacmid-ORF5.     

伪狂犬病病毒Min-A株gE基因的克隆及序列分析

参考GenBank中伪狂犬病病毒 (PRV) gE基因的序列设计了 1对引物 ,对PRVMin A株进行了PCR扩增 ,扩增产物克隆于 pGEM TEasy载体。对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序 ,证实了克隆片段的可靠性。测序结果表明 ,目的片段包含 1个 174 0bp的开放性阅读框(ORF) ,编码由 5 79个氨基酸组成的多肽。同源性分析表明 ,PRVMin A株与PRVEa株、SH株gE基因的核苷酸同源性分别为 99.2 %、98.7% ;推导氨基酸的同源性分别为 98.6 %、97.2 %。     

鸡白细胞介素-17基因的克隆和序列分析

根据GenBank中收录的鸡白细胞介素-17(ChIL-17)基因的cDNA序列设计了1对特异性引物,以经ConA刺激3h的鸡脾淋巴细胞总RNA为模板,用RT-PCR方法成功克隆了ChIL-17的cDNA。该cDNA全长725bp,其中第2~508位是该基因的阅读框(ORF),共编码169个氨基酸。与已报道的序列相比较,二者核苷酸序列的同源性为99.6%(722/725),共有3个碱基发生变异,其中有2个变异位于阅读框之内。DNAssit软件分析表明,二者推导的氨基酸序列同源性为100%。同时,以鸡脾淋巴细胞DNA为模板,用PCR方法首次扩增获得了ChIL-17的基因组DNA序列,经序列分析,其序列全长1934bp,由2个内含子和3个外显子组成,3个外显子分别位于第2~27、569~815和1484~1720bp处。     

猪胸膜肺炎放线杆菌apxⅠA基因的克隆及其原核表达

参照GenBank上登录的猪胸膜肺炎放线杆菌血清5 型菌株(AF363361)的apxⅠA基因序列设计了1对特异性引物,用PCR法扩增apxⅠA基因,获得了3 069 bp的片段,将其克隆到pMD 18 T载体,经酶切、PCR鉴定和序列分析,表明克隆是成功的。再将长为1 149 bp的apxⅠA基因的部分片段(编码ApxⅠ的N 端的片段)插入到原核表达载体pET 28(a)中,构建了重组表达质粒pET apxⅠA,转化大肠埃希氏菌JM109(DE3),在IPTG 诱导下获得了高效表达,经SDS PAGE检测,证实表达产物大小约为41 ku。     

堆型艾美球虫广东株3-1E基因的克隆与序列分析

根据GenBank中登录的堆型艾美球虫31E基因序列,设计了3条引物,以广东株堆型艾美球虫裂殖子总RNA为模板,利用反转录聚合酶链反应(RTPCR)扩增获得了31E基因部分片段,将这一片段克隆至pGEMTEasy载体中,经PCR、限制性内切酶分析和克隆片段的序列测定、比较,证实了克隆片段的可靠性。序列比较发现,所克隆的基因片段与Eimeriaacervulina美国株(US)、E.acervulinaQH株31EcDNA的核苷酸同源性分别为99.0%和99.2%,推导氨基酸的同源性分别为98.2%和97.6%。     

猪圆环病毒Ⅰ型ORF1基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达

根据GenBank中猪圆环病毒Ⅰ型(PCV1)ORF1基因序列,设计合成了1对引物,对PCV1 ORF1基因进行PCR扩增,将扩增出的ORF1基因(939 bp)克隆入pMD18-T载体,将筛选获得的重组质粒命名为pMD-ORF1。测序分析表明,克隆的ORF1与广东分离株DQ659154的核苷酸序列同源性高达99.6%,推导的氨基酸序列同源性为99.4%。将ORF1双酶切产物插入原核表达载体pET-41a,得到的重组子命名为pET-ORF1。用IPTG进行诱导表达,收集菌液进行SDS-PAGE和Western-blot分析,结果表明,PCV1ORF1在pET-41a中获得了高效融合表达,其表达蛋白的分子质量约为67.6 ku。     

鹅IL-18基因的克隆和原核表达及其多克隆抗体的制备

参考GenBank中鸡、火鸡和鸭IL-18基因序列,设计了1对特异引物,以提取的鹅脾细胞总RNA为模板,应用RT-PCR扩增、克隆鹅IL-18基因中间的333bp序列。序列分析结果表明,其与鸭IL-18基因对应序列相似性最高,达99%。参考鸭IL-18全基因序列设计上、下游引物各3条,以梯度PCR探索扩增、克隆鹅IL-18全基因。以上述策略成功扩增、克隆了3个广东地方杂交品种鹅的IL-18基因。序列分析表明,这3个杂交品种鹅的IL-18基因序列一致,长642bp,含一个603bp的ORF,编码200个氨基酸,分子质量为23.2ku。ORFN端的30个氨基酸为前导序列,其余170个氨基酸为功能蛋白序列。在GenBank中注册了第一条鹅的IL-18基因序列,登录号为EF159728。随后,构建了鹅IL-18基因ORF的重组原核表达质粒pET-GIL-18,经诱导表达、纯化获得重组鹅IL-18融合蛋白,并以其制备了兔抗重组鹅IL-18多克隆抗体。     

鹅Ⅰ型禽副粘病毒融合蛋白基因3''''端cDNA片段的分子克隆

参考禽副粘病毒的融合蛋白基因(F基固)cDNA序列,设计并合成了1对引物,以分离到对鹅有致病力的Ⅰ型禽副粘病毒GPMV/QY97-1株的核酸(RNA)为模板,用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对其融合蛋白基因3'端进行扩增,获得了预计的884 bp左右的片段.将该片段克隆进pGEM-T Easy质粒载体,获得重组质粒T-GPMVF3',采用限制性内切酶和PCR方法对该重组质粒进行鉴定,证明所克隆的片段即为目的基因片段,这为进一步开展鹅Ⅰ型禽副粘病毒的分子生物学研究奠定了基础.     

两株不同来源的猪圆环病毒1型ORF2基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒1型(PCV1)ORF2基因序列,设计了1对引物,应用PCR方法从PK-15细胞和疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的仔猪组织病料中分别扩增出了PCV1 ORF2全基因(702bp)。将此基因片段克隆入pMD 18-T载体,筛选获得了重组质粒pMD-PCV1-ORF2,并对其进行了测序与分析。结果表明:所克隆的PK-15来源和组织病料来源的ORF2基因的同源性为99.4%,二者与GenBank中登录的PCV1 ORF2基因的同源性为97.3%~99.9%,与PCV2 ORF2基因的同源性为67.9%~68.4%,二者编码的蛋白在几个功能区比较保守。抗原表位预测表明,PCV1 ORF2编码的蛋白具有良好的免疫原性。     

堆形艾美球虫广东株Ea1A基因的扩增与序列测定

根据GenBank上登录的堆形艾美球虫Ea1A基因序列 ,设计了 1对引物 ,以抽提的广东株的总RNA为模板 ,利用反转录 聚合酶链反应 (RT PCR)扩增获得了Ea1A基因部分片段 ,并将此片段克隆至pGEM T载体中 ,经PCR、限制性内切酶分析和克隆片段序列测定、比较 ,证实了克隆片段的可靠性     

新兴猪IFN-α成熟蛋白基因的克隆与序列分析

根据NCBI GenBank上登录的猪IFN-α基因序列设计了 1 对引物,应用 PCR技术直接从3周龄新兴猪肝细胞中扩增出了约 500 bp 的基因片段;将该片段克隆到 pMD 18-T 载体,经PCR、酶切及序列测定,该克隆片段由501个核苷酸组成,共编码 166 个氨基酸,与 NCBI GenBank上登录的 2 个猪 IFN-α基因序列(登录号为 M28623 和 X57191)比较,核苷酸的同源性分别为99.4%和99.2%。     

猪带绦虫HSP70-4的真核表达及其抗血清的制备

为了研究猪带绦虫(Taenia solium)热休克蛋白70-4(TsHSP70-4)基因序列的特征及其真核表达蛋白的抗原性,参考GeneDB中猪带绦虫基因组注释信息,设计特异性引物,RT-PCR扩增TsHSP70-4 ORF序列。根据毕赤酵母密码子偏好性,对TsHSP70-4基因密码子进行优化,连接载体pPIC9K,在毕赤酵母中进行诱导表达,通过Western-blot及质谱测序进行蛋白鉴定。将纯化后的TsHSP70-4表达蛋白免疫新西兰大白兔,制备抗血清。结果显示,成功克隆出大小为1 953 bp的TsHSP70-4 ORF序列。在毕赤酵母中进行了高效表达,获得大小约为95ku的重组蛋白。Western-blot检测和质谱鉴定表明,获得的重组蛋白即为TsHSP70-4。免疫新西兰大白兔,制备出效价高达1∶409 600的抗血清。该研究为猪囊尾蚴病新疫苗的研制提供了依据。