安徽省猪生殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学调查

从2006～2008年采自安徽省的高致病性猪生殖与呼吸综合征病毒的病料中扩增得到7株PRRSV ORF5基因序列,并进行了序列分析和抗原位点预测.结果表明,安徽省的地方PRRSV流行毒株与VR-2332、CH-1a、JXA1毒株的氨基酸同源性为85.1%～86.1%、90.5%～92.5%、96.5%～98.5%;安徽省地方分离株之间氨基酸同源性较高,介于97.O%～98.5%之间.与2006年以前获得的毒株相比,安徽省流行毒株与JXA1、TZ、CXN-1等高致病性毒株具有相同的氨基酸突变位点(G9→C9、S16→F16、S35→N35、V94→A94、V185→A185),这些关键氨基酸位点的变异可能导致PRRSV毒力增强.对GP5蛋白表面抗原位点的预测发现,安徽省地方分离株与JXA1株存在6个主要抗原位点;与VR-2332、CH-1a毒株相比,由于抗原表位氨基酸位点的突变(A27→V27,L39→139,V185→A185,I189→L189)导致了抗原位点抗原性发生了变化.遗传进化树分析显示,安徽省地方流行毒株与JXA1、TZ等毒株具有较近的亲缘关系,推断2006～2008年安徽省流行的PRRSV毒株由同一毒株演化而来,且变异程度不大.     

2004-2010年浙江省及其周边地区PRRSV GP5基因的分子进化与变异分析

用RT-PCR方法对分离自浙江省及其周边地区部分猪场的50个猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株和3个疫苗毒株的GP5基因进行了扩增、克隆和序列分析,并与国内外的代表性毒株进行了序列比对。结果表明,2004-2010年检测的PRRSV毒株均属于美洲型,大部分毒株属于亚群1,各毒株间的核苷酸和氨基酸同源性分别在81.6%～100%和72.1%～99.5%之间,浙江省及其周边地区亚群1毒株与我国最早分离到的美洲型毒株CH-1a的核苷酸和氨基酸同源性分别为84.5%～95.7%和78.6%～95.0%,与疫苗株的核苷酸和氨基酸的同源性分别为88.1%～99.2%和85.4%～99.0%。糖基化位点以及抗原表位都有一定程度上的变异。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离及其基因组变异特征的研究

为了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)在河南省新乡地区猪体内的进化情况,笔者对河南省新乡地区某猪场送检的疑似猪繁殖与呼吸综合征的病料进行了病毒的分离鉴定,并采用PCR扩增得到了该病毒的全基因组序列,同时对分离病毒株的GP5和NSP2序列进行了比对分析。结果显示:成功分离并鉴定出1株美洲型PRRSV(XX2015),与中国代表毒株CH-1a中的核苷酸同源性是92.8%,与高致病性(HP)-PRRS病毒代表株Hu N4、Hu B1、He Nan-1、He NAN-A14株的核苷酸同源性则分别为97.2%、97.0%、97.2%、94.4%。对基因组的进一步分析表明,该毒株GP5蛋白非中和性表位处存在氨基酸变异,NSP2蛋白在第481位、第485~488位、第533~561位共缺失34个氨基酸。XX2015分离株是HP-PRRSV的一个代表株,该病毒株在NSP2蛋白中存在跳跃性突变,为进一步研究猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子进化提供了分子证据。     

2006～2008年重庆部分区县PRRSV分离株ORF5和Nsp2基因的遗传变异分析

为了解重庆市PRRSV流行毒株的遗传变异情况和分子流行病学背景,对2006～2008年分离到的14株重庆市内的PRRSV流行毒株进行了Nsp2和0RF5基因序列的测定和分析.结果显示,与2006年以来国内流行的变异毒株相比,Nsp2与ORF5基因的核苷酸同源性分别达到97.3%～99.5%和98.2%～99.7%,这2个基因推导的氨基酸序列同源性分别达到95.7%～99.2%和98.0%～99.5%.与传统毒株相比,Nsp2和ORF5基因及其推导的氨基酸都存在点突变,并在Nsp2基因内部存在编码30个氨基酸的碱基对的不连续缺失,ORF5基因未存在缺失.从遗传进化以及变异情况看,重庆市流行的PRRSV主要为变异毒株,属于美洲型中的亚群Ⅱ.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒河南株HNxy的分离鉴定及遗传进化分析

为了解河南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的变异特性,本试验从河南省信阳市某疑似猪繁殖与呼吸综合征发病猪场采集的肺组织中分离到1株PRRSV,并命名为HNxy,该毒株能产生明显的细胞病变。全基因组进化分析和同源性比对分析结果显示,HNxy株与中国高致病性毒株位于同一分支;与欧洲型毒株Lelystad-virus同源性最低,仅为60.0%;与美洲型经典毒株VR-2332的同源性为89.2%;与中国高致病性毒株JXwn06、JXA1和HUN4的同源性分别为98.4%、98.3%和98.4%;HNxy与JXA1-P80同源性最高,为98.7%;与NADC30和NADC30-like毒株HENAN-HEB、JL580、CHsx1401同源性分别为84.6%、84.7%、87.3%和83.6%。NSP2序列比对结果显示,HNxy在高变区存在30个不连续氨基酸的缺失。GP5序列比对结果显示,HNxy在GP5抗原表位上有氨基酸的突变,结果表明,HNxy属于美洲型高致病性毒株疫苗株,且在抗原表位上有一定程度的突变。     

河北省规模猪场猪生殖与呼吸综合征病毒的变异分析

为了解河北省规模猪场猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况,采用RT-PCR方法对2004～2007年采集的12个典型发病场的病料样本进行了PRRSV Nsp2和ORF5基因扩增、克隆和测序,利用DNAStar和DNAMAN软件对所测序列进行了分析.结果显示,扩增的ORF5基因氨基酸序列同源性为98.7%～100%,与美洲型和欧洲型PRRSV参考株的同源性分别为88.9%～100%和62.9%～63.5%;扩增的Nsp2基因氨基酸序列同源性为82.8%～100%,与参考毒株的同源性为76.5%～100%;从2006~2007年的样本中扩增的6个PRRSV Nsp2基因均在第481位和533~561位共缺失30个氨基酸;系统进化树分析表明,这6个样本株均属于美洲型,分属于2个基因亚群,其中HB0503株与BJ4、NJ1、HN1、LP1和VR-2332遗传关系较近,其他株与JXA1、SX和BJ株遗传关系较近.结果表明,危害河北省规模猪场的PRRSV已经发生了较大的变异,其中2004～2005年的样本株属低致病性PRRSV毒株,而2006～2007年的样本株属高致病性PRRSV毒株.     

广西地区2004-2010年猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5及ORF7基因的遗传变异分析

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的分子遗传进化情况,对2004-2010年间广西的PRRSV阳性病料进行了ORF5、ORF7基因扩增和序列分析。结果显示,所获得的毒株均属于美洲型毒株,其ORF5基因间的氨基酸序列同源性为89.6%～99.5%,与VR-2332、Ch-1a、JXA1株的氨基酸序列同源性分别为84.6%～91%、89.6%～95.5%和93%～99%,而与LV的同源性为54.7%～56.7%;ORF7基因间的氨基酸序列同源性为87.1%～99.2%,与VR-2332、Ch-1a、JXA1株的氨基酸序列同源性分别为91.1%～96%、91.9%～96%和89.5%～99.2%,而与LV的同源性为55.6%～58.1%。基于ORF5和ORF7基因核苷酸序列绘制的遗传进化树,可将所有PRRSV分离株分为4个亚群,广西地区的毒株分布在以CH-1a为代表的Ⅱ亚群、以HB-1为代表的Ⅲ亚群和以JXA1为代表的Ⅳ亚群,以Ⅳ亚群为主。表明当前广西PRRSV流行毒株以美洲型Ⅳ亚群为优势基因亚群,并且各毒株间的ORF5和ORF7基因序列存在一定差异,但没有明显的地域特征。     

2021—2022年华东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学调查

为初步了解我国华东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的流行特点,2021—2022年采集华东地区480份临床疑似PRRSV样品,采用RT-PCR方法检测是否存在PRRSV,统计显示阳性为175份,阳性检出率为38.89%。对来自不同猪场的24个阳性样品的病毒ORF5基因测序,所有检测的毒株均属美洲型,共可以分为4个亚型,其中11个毒株属于高致病性PRRSV(HP-PRRSV)(Sublineage 8.7);6个毒株属于类NADC30毒株亚型（Sublineage 1.8）;4个毒株属于类NADC34亚型（Sublineage 1.5）。病毒GP5蛋白基因测序结果显示,流行毒株GP5蛋白aa3-39及aa185-200两个高变区出现变异。该研究表明我国该地区PRRSV流行毒株存在遗传多样性,基因型复杂,需要引起我们的重视。     

猪源伪狂犬病病毒福建龙岩分离株的鉴定及其TK基因和gE基因的分子特征

从福建省某规模化猪场疑似猪伪狂犬病发病仔猪的脑组织中分离到1株病毒,通过病理剖检、PCR鉴定、病毒分离培养等方法证实该病毒为伪狂犬病病毒(PRV)野毒株,并命名为Fujian-LY株。对其主要毒力基因TK和gE的分子特征和遗传进化关系进行分析,结果表明,Fujian-LY株TK基因与参考序列的核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为98.5%~99.8%和98.1%~99.4%;gE基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为97.6%~99.8%和95.5%~99.3%。氨基酸多序列比对发现,Fujian-LY株TK基因在2个位点发生了独特性的氨基酸突变,即第16位氨基酸由K→R和第129位氨基酸由S→G。其中,第16位氨基酸突变导致TK蛋白ATP结合结构域由-G**G*GK-转变为-G**G*GR-。gE氨基酸序列最具特征性的变化是第48位和第496位各有1个天冬氨酸(D)的插入,该插入特征为PRV变异毒株的重要标志。遗传进化树分析结果表明,Fujian-LY株与2012年以来国内不同省份分离的PRV变异株的亲缘关系较近,属于近年来流行的PRV变异毒株,而与PRV经典株的亲缘关系相对较远。     

2020-2021年中国部分活禽市场中classⅠ类新城疫病毒的分子特征遗传演化和耐热性分析

对2020—2021年期间分离自10个省（自治区）活禽市场不同宿主与部分环境中的新城疫病毒（NDV）进行鉴定,获得了31株classⅠ类NDV。F基因分子特征分析显示,classⅠ类NDV F基因中起始密码子存在突变,导致产生不同长度的编码序列。氨基酸序列分析结果显示,大部分毒株的F蛋白具有典型的弱毒株裂解位点基序,但个别毒株的裂解位点存在特征性的突变。F蛋白中融合肽、N-连接的糖基化位点、中和表位以及七肽重复区域在这31个毒株之间高度保守,而信号肽区域中存在众多的氨基酸替换。HN蛋白中仅N-连接的糖基化位点在31个毒株之间保守,中和表位和七肽重复区域均存在氨基酸替换。此外,首次发现了HN编码区长度为1 728 nt的突变毒株。遗传进化分析显示,与其他国家和地区的毒株不同,我国的classⅠ类NDV形成了独特的进化分支,即基因亚型1.1.2。耐热性测定结果显示,classⅠ类NDV分离株表现出不同程度的耐热特性。本研究结果为我国classⅠ类NDV的遗传变异和生物学特性研究奠定了基础。