猫源贾第虫16S rRNA与β-贾第素基因双位点的基因型鉴定

为了对流浪猫粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,提取虫体基因组DNA,以16SrRNA和β-贾第素基因为遗传标记,通过PCR扩增、克隆、测序、NCBI比对以及相关软件分析,建立系统进化树,确定了其基因型。结果显示,成功扩增出291bp的16SrRNA和511bp的β-贾第素基因片段,测定了2个基因片段的序列,并经NCBI比对以及DNAStar中MegAlign软件分析确定该株贾第虫为十二指肠贾第虫F型。本研究首次对我国猫源贾第虫进行了基因型鉴定,为猫源贾第虫分子生物学和分子流行病学研究奠定了基础。     

复齿鼯鼠源贾第虫新亚型B15的基因鉴定

为了对复齿鼯鼠粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,采用饱和蔗糖溶液漂浮法进行卵囊收集,然后提取虫卵的DNA,采用巢式PCR对贾第虫的β-giardin和tpi基因位点进行扩增、测序,建立了系统进化树并进行分析。结果显示,共检测到3株贾第虫分离株,其中HNSMX03分离株为新亚型,被命名为B15,HNSMX20分离株为蓝氏贾第虫的B14亚型和E型混合感染。HNSMX49分离株为蓝氏贾第虫A型。本研究是我国首次报道复齿鼯鼠感染贾第虫,新基因亚型B15的发现为进一步研究我国野生啮齿类动物的流行病学提供了一定的资料。     

四川省圈养野猪源和小香猪源贾第虫及隐孢子虫的分离与鉴定

为调查四川省野猪源及小香猪源贾第虫和隐孢子虫感染情况,采集了326份圈养野猪和小香猪的新鲜粪便,提取基因组DNA,经巢式PCR扩增贾第虫β-giardin位点基因和隐孢子虫18S r RNA位点基因,鉴定阳性粪便贾第虫集聚体和隐孢子虫虫种。结果表明:11头野猪感染蓝氏贾第虫(10头感染集聚体E,1头感染集聚体A);2头小香猪感染蓝氏贾第虫集聚体E;3头野猪和3头小香猪均感染成猪隐孢子虫;未见贾第虫和隐孢子虫混合感染。本试验首次在国内报道了野猪和小香猪感染蓝氏贾第虫和隐孢子虫,并确定了2种蓝氏贾第虫集聚体和1种隐孢子虫虫种。     

猫源蓝氏贾第虫HRM快速基因分型方法的建立

为建立一种蓝氏贾第虫的快速基因分型方法,选取β-贾第素(β-giardin)基因作为遗传标志,采用HRM技术对华南地区常见的猫源蓝氏贾第虫A型、F型进行基因分型。根据GenBank中登录的序列KJ027416.1(A型)和JX 275388(F型)设计了qPCR-HRM引物BGF和BGR,通过对反应温度和反应体系进行优化,建立了HRM基因分型方法,并对其稳定性、敏感性和准确性进行了检测。结果显示,HRM分型方法可对蓝氏贾第虫A型、F型以及混合感染情况进行检测;批内和批间重复性均良好;当样品质量浓度低至4.27×10-4 ng/μL时,HRM检测方法依然可以分辨出基因型;其准确性与测序结果完全一致。结果表明,建立的HRM基因分型方法具有快速、稳定、敏感和准确的特点,适用于猫源蓝氏贾第虫的临床检测和贾第虫病的分子流行病学调查。     

四川省骆驼源隐孢子虫的分离与虫种鉴定

为调查四川省骆驼的隐孢子虫感染情况,采用蔗糖溶液漂浮法检测了成都动物园和雅安市碧峰峡野生动物园共6匹成年骆驼的新鲜粪便,通过巢式PCR扩增了阳性分离株的18SrRNA位点基因,并采用MLST方法测定了该分离株在MS1、MS2、MS3和MS16基因位点单元型;同时构建了系统发育树,鉴定了感染的隐孢子虫虫种及亚型类别。结果显示,2匹骆驼(CDBC01、SCBCO2)感染了隐孢子虫,18SrRNA序列与安氏隐孢子虫人源分离株(GenBank登录号KF271478)的相似率均为100%;经MLST分析,该2株亚型分别为A6、A5、A2、A1和A4、A4、A4、A1,与先前在骆驼与牛上的报道一致。本试验首次在四川省骆驼体内发现安氏隐孢子虫,并确定为2种隐孢子虫亚型。     

鸡源多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及其毒力基因的检测

取病死鸡肝接种于血清琼脂平板,挑取符合巴氏杆菌特征的单菌落进行纯化培养和染色镜检;对纯培养菌提取核酸,进行16S r RNA、kmt1和cap A基因的PCR鉴定,7个管家基因的PCR扩增和多位点序列分型,以及12个毒力基因的PCR检测;并进行分离菌的动物回归试验。结果显示,分离的2株病原菌(HN-1和CZ-6)均为两极浓染的革兰阴性短杆菌,16S r RNA和kmt1基因序列与多杀性巴氏杆菌的同源性均高于99%,荚膜血清型鉴定为A型,基因型为ST129型,除tox A、ptf A、nan H之外的9个毒力基因均被检出,动物回归试验表明分离菌对鸡的致病性较强。结果表明,这2株鸡源多杀性巴氏杆菌的分离鉴定为我国禽源菌株的遗传特性研究提供了一定参考。     

犬源环孢子虫PCR检测方法的建立

为了建立犬源环孢子虫的PCR检测方法,根据该环孢子虫18SrDNA基因序列,设计1对特异性引物;通过阳性参照摸索出该检测方法的最佳反应条件,进行了特异性和敏感性试验;并对临床样品进行了检测。结果显示,该PCR检测方法能特异性地扩增出犬源环孢子虫18SrDNA中379bp的片段,与牛源环孢子虫、柔嫩艾美耳球虫、人隐孢子虫、蓝氏贾第虫、刚第弓形虫、毛首线虫、大片吸虫、犬弓首蛔虫等8种虫体基因组DNA无交叉反应;最低能检测到84fg的阳性参照DNA,检测的157份临床样品中8份为阳性,比传统镜检方法多出3份。结果表明,建立的PCR检测方法具有较高的特异性和敏感性,可用于犬环孢子虫的临床检测。     

黑龙江尚志地区莱姆病伯氏疏螺旋体的鉴定与遗传进化分析

自我国黑龙江省尚志市野外采集的蜱体内分离出1株莱姆病伯氏疏螺旋体,并对其进行了形态观察及分子生物学分析。利用BSK H分离培养法,经暗视野显微镜和姬姆萨染色观察,菌体呈螺旋状。根据已报道的伯氏疏螺旋体16S rRNA基因序列设计引物,结合参考文献设计的外膜蛋白A(OspA)基因引物经PCR扩增并测序,与GenBank中的各种伯氏疏螺旋体基因型建立系统发生树并进行同源性分析。结果表明,16S rRNA基因核苷酸序列与GenBank中的伽氏疏螺旋体(Borrelia garinii)DK27(X85193)具有较高的同源性,可达99.5%;OspA基因核苷酸序列与报道的Borrelia gariniiKhab(AY502600)有较高的同源性,为93.6%。根据序列分析结果,认为该分离株属于Borrelia garinii基因型,命名为SZ,该菌株16SrRNA基因和OspA基因核酸序列已提交到GenBank(登录号分别为HM007279和HM007278)。     

犬源韦氏巴贝斯虫的分子鉴定和系统发育研究

无菌采集疑似巴贝斯虫感染血样,进行全血基因组DNA的抽提,用保守引物5-22F和1661R进行巴贝斯虫18SrRNA基因的PCR扩增,扩增产物经克隆、测序后,获得大小为1 677bp的核苷酸序列。序列比对和系统发育分析发现,该序列与韦氏巴贝斯虫(AB083374)18SrRNA基因的相似性达100%,而与犬巴贝斯虫(AY072926)、罗氏巴贝斯虫(L19079)和吉氏巴贝斯虫(AF271081)18SrRNA基因的相似性分别为98.0%,95.2%和93.4%。从分子水平证实了韦氏巴贝斯虫在广东宠物犬的存在,同时也对巴贝斯虫的分类进行了讨论。     

血清4型猪链球菌的分离鉴定及其致病性和药物敏感性分析

为了确定扬州市某猪场发病猪的病原,本研究从送检的病死猪肺组织中分离了1株细菌。经16S r DNA测序和gdh基因PCR扩增,证实分离的细菌为猪链球菌。用猪链球菌分型引物进行PCR扩增鉴定分离菌株的血清型,结果显示,该菌株为猪链球菌4型。生长曲线分析显示,在添加10%新生牛血清的TSB培养基中,分离菌株比猪链球菌2型SC19菌株生长迅速。小鼠感染试验结果显示,分离菌株具有高致病性。药敏试验结果显示,分离菌株对青霉素类和头孢类药物敏感。本研究为猪链球菌4型的防控提供了理论依据,也为后续猪链球菌4型的致病机制研究奠定了基础。     

甘肃犬瘟热病毒流行株N蛋白和H蛋白基因的序列分析

采用RT-PCR方法扩增了3株犬瘟热病毒(CDV)分离株的N、H蛋白基因,将其克隆入pGEM-T Easy载体并进行序列分析。结果表明,获得的N蛋白基因序列与GenBank上登录的其他国家和地区的CDV分离株相应序列的同源性为92.5%～99.9%,获得的H蛋白基因与其他国家和地区的CDV分离株相应序列的同源性为81.7%～100%。由N蛋白基因和H蛋白基因推导的氨基酸序列构建的遗传进化树可知,这3株CDV流行株均处于野毒株的分支上,在N蛋白基因的遗传进化树上,CDV流行株呈现明显的地域性差异,而在H蛋白基因的遗传进化树上,不同国家和地区的CDV分离株之间虽有一定的地域联系,但与N蛋白基因相比,其地域性联系并不明显。说明这3株CDV流行株为野毒株,H蛋白基因的变异水平明显高于N蛋白基因,而N蛋白基因更能显示毒株与地域的关系。     

河北省猪圆环病毒2型ORF2基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2基因的核苷酸序列,设计了1对特异性引物。采用此引物从PCV2疑似病料的3个样品中扩增出了ORF2片段。将扩增片段克隆入pMD18-T载体中,筛选获得了含有相应片段的阳性重组质粒pMDHB-ORF2。对质粒中的插入片段测序后,应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV2序列与GenBank中的国内外PCV毒株进行了同源性比较。结果,3个样品间ORF2基因的核苷酸同源性为100%;它们与浙江分离株之间核苷酸序列的同源性极高,达99.5%。     

芽胞杆菌的分离鉴定

为了确定实验室筛选的6株芽胞杆菌(Bacillus spp.)的种名,利用形态学、DNA促旋酶A亚单位基因(DNA Gyrase Subunit A,gyr A)和DNA促旋酶B亚单位基因(DNA Gyrase Subunit B,gyr B)序列的单基因系统发育分析和PCR相结合的方法进行鉴定。结果表明,6株芽胞杆菌的单菌落生长特征相似,革兰染色呈阳性,具有芽胞;以gyr A和gyr B基因构建的单基因系统发育树显示6株菌均与贝莱斯芽胞杆菌(Bacillus velezensis)归于同一分支,自展值(Bootstrap)较高;特异性PCR结果也证实它们均为贝莱斯芽胞杆菌阳性。结论,实验室分离的6株芽胞杆菌均属于贝莱斯芽胞杆菌,这为它们的深入研究奠定了基础。     

鸡病毒性关节炎病毒C-98分离株S1基因的克隆与序列分析

提取鸡病毒性关节炎病毒(AVAV)内蒙古分离株(C-98株)总RNA,参考GenBank中禽呼肠孤病毒(ARV)S1133株S1基因序列设计了2对引物,应用RT-PCR技术扩增了病毒S1基因,将S1基因cDNA克隆到pGEM-T Easy载体后测序。将测定序列拼接后与参考毒株ARV-176、ARV-138、ARV-S1133、MDRV-YJL的S1基因序列进行了比较。结果显示,AVAV C-98分离株的S1基因与强毒株ARV-176株的同源性最高,达99.9%;与MDRV-YJL的同源性为99.3%,与弱毒疫苗株ARV-S1133的同源性也达97.9%;与ARV-138株的同源性最低,为81.2%。表明,AVAV C-98株与参考毒株的差异较小,与疫苗株ARV-S1133有很高的同源性。     

鸡传染性支气管炎病毒中国分离株S1基因的序列分析

采用RTPCR方法扩增了12株鸡传染性支气管炎病毒中国分离株的全长S1基因,并进行了序列分析。通过与GenBank中登录的其他IBV参考毒株S1基因序列比较,进行了系统进化分析。结果表明,12株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群。其中11株分离株与国内一些分离株亲缘关系最近,属于同一进化亚群,而广西分离株GX041则与欧洲毒株4/91亲缘关系较近,属于另一亚群。这些结果说明,中国各地的流行毒株变异较大,实际免疫中要根据流行毒株的特性选择合适的疫苗株来进行。     

不同动物源性大肠杆菌多重耐药调控基因rob的同源性分析

为研究大肠杆菌多重耐药调控基因rob与不同动物源性及多重耐药水平之间的关系,选取临床分离的不同动物源性大肠杆菌5株及大肠杆菌药敏质控株ATCC25922,在对其进行主要治疗药物耐药性检测的基础上,分别以其染色体DNA为模板,通过PCR反应扩增出大肠杆菌多重耐药调控基因rob,将该基因分别与克隆载体pMD18-T连接,连接产物转化至大肠杆菌JM109感受态细胞中,对经酶切与PCR反应鉴定为阳性的克隆质粒进行了核苷酸序列测定。测序结果表明:不同动物源性大肠杆菌的rob基因与Gen-Bank中该基因的核苷酸序列及所推导的氨基酸序列的同源性较高。不同源性大肠杆菌的rob基因的核苷酸序列与其动物源性有关,该基因的核苷酸序列的个别突变位点可能影响AcrAB外输泵的表达水平,进而影响其多重耐药水平。     

双峰驼朊蛋白基因的克隆和序列分析

分别从4峰双峰驼全血中提取基因组总DNA,用所设计的引物扩增了细胞型朊蛋白(PrP)基因,并克隆到pMD 18-T载体。序列分析表明,所克隆的4个双峰驼PrP基因片段大小分别为768、768、792和795 bp,包含了朊蛋白基因的完整编码区序列,为包含在单一外显子内的完整开放阅读框,均与国外报道的同属单峰驼PrP序列基本相同。4个双峰驼PrP基因含5个或6个短而富含G-C的元件,可编码5个或6个八肽(九肽)重复序列Pro-His-Gly-Gly-Gly-Trp-Gly-Gln或Pro-Gln/His-Gly-Gly-Gly-Gly-Trp-Gly-Gln,其氨基酸序列含有24个氨基酸的N-端信号肽和22个氨基酸(除LT200302为23个氨基酸外)的C-端信号肽。4个双峰驼PrP基因之间相比较,其核苷酸和推导氨基酸序列的同源性为91.0%~100.0%和94.2%~100.0%。共发生133个碱基替换,其中107个为同义码替换,26个为异义突变。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒北京分离株的ORF7克隆与序列分析

将北京地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（ＰＲＲＳＶ） 分离株ＢＪ２ 和ＢＪ４ 的ＯＲＦ ７ 及部分３’端非编码区（ ＵＴＲ） 的ＲＴＰＣＲ 扩增产物克隆连接于ｐ ＧＥＭＴｅａｓｙ 质粒载体上,重组质粒经ＥｃｏＲ Ⅰ酶切鉴定后进行了双链测序。测定的基因序列与欧美标准毒株已知序列比较发现,ＢＪ２ 和ＢＪ４ 株与美洲ＶＲ２３３２ 株非常接近,在其长度为５５５ ｂｐ 的ｃＤＮＡ 序列中,仅与ＶＲ２３３２ 株分别相差１ 和２ 个核苷酸,其中ＯＲＦ ７ 的核苷酸序列与ＶＲ２３３２ 株同源性分别高达１００ ％ 和９９ ．４６ ％ ,其推导的氨基酸序列与ＶＲ２３３２ 株同源性分别为１００ ％ 和９９ ．２５ ％ ,３’ＵＴＲ 则完全相同;而与欧洲ＬＶ 株则有明显差异,其核苷酸序列同源性仅为６８ ．００ ％ 和６７ ．００ ％ ,推测的氨基酸序列同源性仅有６５ ．００ ％ 和６４ ．００ ％ ,且ＢＪ２ 和ＢＪ４ 株与ＬＶ 株相比缺失了ＫＫＳＴＡＰＭ 和ＡＳＱＧ 两段氨基酸序列,而３’ＵＴＲ 则比ＬＶ 株多出３８ ｎｔ 的一段特征性核苷酸序列。序列分析结果表明,ＢＪ２ 和ＢＪ４ 株属于同一基因型,且具有ＶＲ２３３２ 株的基因特点     

腺胃病变型鸡传染性支气管炎病毒D971毒株S1基因的序列测定与分析

采用RT PCR方法扩增了鸡传染性支气管炎病毒D971毒株预期的 163 6bp的S1全基因DNA片段 ;以Sanger’s双脱氧末端终止法测定出其核苷酸序列 ,推导出了氨基酸序列 ,并用有关软件构建了S1基因进化树。结果表明 ,IBV D971毒株与国内外AF14 0 3 5 2 (山东农业大学 )、AF15 4841(山东农业大学 )、AF193 43 2 (青岛动物检疫所 )、AY0 43 3 12 (中国农业大学 )、AF3 975 2 8(四川农业大学 )、AY0 43 2 2 1(浙江农业大学 )、AF3 5 2 3 12 (浙江农业大学 )、U2 95 2 2 (澳大利亚 )和M2 1883 (英国 )毒株的核苷酸同源性分别为 99%、99%、95 %、94%、87%、86%、88%、82 %和 80 % ,氨基酸序列同源性依次分别为 93 %、93 %、87%、86%、83 %、83 %、82 %和 80 %。     

检测987p+肠毒素性大肠埃希氏菌PCR方法的建立

以 98 7p菌毛结构基因保守序列为靶序列 ,设计合成了 1对可扩增 45 9bp目的片段的引物 ,建立了检测肠毒素性大肠埃希氏菌 987p菌毛基因的PCR方法。该方法对K 88 ( 为菌毛阳性 )、K 99 、F 41 参考菌株和链球菌、葡萄球菌、巴氏杆菌的检测结果均为阴性 ;该方法的敏感度可达 10 2 CFU ,对 2 0株腹泻仔猪粪便分离物进行检测 ,有 1株为阳性 ,与血清学检测的结果一致。结果表明 ,此方法特异性和敏感性都很高 ,可用于临床 987p肠毒素性大肠埃希氏菌病的快速诊断和流行病学调查