祖孙双单亲比对的匹配概率研究

目的推导祖孙双单亲比对的匹配概率(PMGDS)公式,并以随机模拟法进行验证。方法首先,根据定义推导PMGDS的数学公式,依据此公式在19个基因座上计算PMGDS的数值。其次,以随机模拟法设计实验,在19个基因座上计算PMGDS的模拟值。最后,以模拟值对比公式值的方式,对公式进行实验验证。结果研究获得了PMGDS的数学公式,经模拟实验验证显示出良好的符合。结论祖孙双单亲比对的错判概率较低,具有很好的应用价值。     

单细胞分析精子获得完整分型概率的理论研究

目的推导单细胞分析精子获得完整分型概率(CP)公式,并以随机模拟法进行验证。方法首先根据定义推导CP的数学公式,在15个基因座上计算CP的公式值。其次以随机模拟法设计实验,在15个基因座上计算CP的模拟值。最后,以模拟值对比公式值的方式,对公式进行实验验证。结果 CP公式符合模拟实验验证。在同一系统中,CP与精子数(M)成正相关。当M相同时,CP与常染色体基因座数成负相关。Identifiler系统检测15个精子获得完整分型的概率超过99.9%,检测18个精子获得完整分型的概率超过99.99%。结论本文结果对于单细胞分析精子的实践应用具有一定的指导意义。     

单亲案亲权鉴定结果判定策略

目的探讨用STR基因座进行单亲鉴定出现矛盾基因座时下结论的策略。方法根据基因频率和遗传规律,推导单亲案亲权鉴定时的非父排除率。根据平均单亲非父排除率和平均突变率,用二项分布公式分别计算出现不同数目矛盾基因座时真父和假父的概率和似然率(亲权指数)。结果对STR共显性基因座,其单亲非父排除率的计算公式为:PEM=∑i=n1pi2(1-pi)2 ∑i相似文献   

标准三联体非父排除率计算公式的推导和验证

目的对标准三联体亲子鉴定的非父排除率(PE)进行公式推导和实验验证。方法基于PE定义自行推导公式:PE=sum(P_i~2(1-P_i)~2)from i=1 to n+sum(P_iP_j(1-P_i)~3)from ij to n+sum(P_iP_j(1-P_j)~3)from ij to n+sum(P_iP_j(P_i+P_j)(1-P_i-P_j)~2)from ij to n。将该公式与前人报道的5个公式(1)~(5)进行对比,计算AGCU EX20系统19个常染色体STR基因座的PE值。根据1 000例单亲样本和1 000个无关个体样本设计真实实验,计算PE真实实验值。以随机模拟法产生1 000万对模拟亲母子和1 000万个随机个体,设计模拟实验计算PE模拟实验值。在19个基因座,统计各基因座的等位基因频率之和(S),将PE的公式值、真实实验值和模拟实验值进行对比。结果当S=1时,公式(1)、(2)、(5)、(6)计算结果完全一致,且符合真实和模拟双重实验验证。当S≠1时,公式(1)、(2)、(5)、(6)计算结果有较小误差。公式(3)、(4)的计算结果有较大误差。结论本研究推导的公式(6)与经典公式(1)、(2)、(5)均可用于标准三联体亲子鉴定。S值对PE公式计算有一定影响。     

家系基因型重建法在单亲祖孙关系鉴定中的应用研究

目的对有参考个体参与的单亲祖孙关系鉴定中家系基因型重建方法的应用及计算思路的选择进行探索研究。方法依据河北汉族人群38个常染色体短串联重复序列遗传学数据,用计算机模拟8000个祖孙家系,选择生母及不同数量父辈个体作为参考样本进行单亲祖孙关系鉴定,应用家系基因型重建法的三种不同计算思路:期望值法、最小概率值法及改良的最小概率值法计算祖孙关系指数(grandparent index, GI),通过诊断实验设定累积祖孙关系指数(combined grandparent index,CGI)界值,并用60例实际案例进行验证。结果父辈参考个体数目显著影响单亲祖孙关系的判定,随着参考个体数目的增加,判定的准确性增加。若以104、10-4作为认定与排除的界值,即使只有1个父辈参考个体,期望值法获得的判定准确度也在90%以上,2个父辈个体参与时准确度达99.8%,而最小概率值法的灵敏度较低,假阴性率较高,改良的最小概率值法介于二者之间。60例实际案例验证结果显示,以期望值法计算CGI值,除有一个单参考个体真家系不能判定外,其余家系均被准确认定或排除。结论在单亲祖孙关系鉴定中,生母及父辈个体参与鉴定时,应用家系基因型重建法可以有效利用更多被检个体的遗传信息,提高鉴定效力;在讨论的三种计算思路内,期望值法能更准确的估计亲缘关系成立的可能性,其效力和安全性均足以满足该类鉴定需求。     

随机模拟法进行单亲累积亲权指数分析

目的以随机模拟法进行大量单亲累积亲权指数(CPI)统计分析。方法针对Identifiler、PP18D、PP21、AGCU EX20、AGCU 21+1等5个试剂盒,使用自主研发软件,随机模拟100万组单亲组合并计算单亲PI,统计各试剂盒单亲极低CPI比率(R_(VLCPI))、各基因座的PI中位数(M_(PI))和39个基因座的平均单基因座单亲PI(PI_(solo)),并推导增加检测的基因座个数(N)的计算公式。结果 Identifiler、PP18D、AGCU EX20、PP21、AGCU EX20AGCU 21+1的R_(VLCPI)分别为24.9%、6.5%、1.4%、0.7%、0.000 1%。在各试剂盒的基因座存在包含关系的前提下,R_(VLCPI)和常染色体基因座数成负相关。PI_(solo)为1.843 2。M_(PI)与PE_(duo)呈显著的正相关(r=0.956,P0.001)。增加检测的基因座个数公式为N=「log_(1.843 2)(10 000/P)■。结论本文结果和公式对单亲鉴定案具有一定的应用价值。     

祖孙关系鉴定中引入不同参考个体的系统效能分析

目的 对不同祖孙关系鉴定组合进行效能分析,为选择合适的参考个体和STR检测体系进行祖孙关系鉴定提供参考.方法 构建常见的9种二个体、三个体、四个体祖孙鉴定组合场景,每种组合分别模拟10000个真家系和假家系,计算每种组合在15～65个STR基因座检测体系的祖孙关系指数,评估不同阈值下的系统效能.结果 引入参考个体的祖孙...     

STR-typer 10G/F试剂在单亲鉴定中的应用

目的观察和分析STR-typer 10G/F试剂盒在单亲鉴定中的作用。方法随机抽样湖北地区汉族个体206人静脉血样,Chelex-100法提取基因组DNA。采用STR-typer 10G/F试剂盒进行复合扩增,分型并计数基因型并计算基因频率、基因座杂合度(H)、标准三联体非父排除率(PE3)和二联体非父排除率(PE2)。结果 9个STR基因座等位基因数9～14个,基因型分布观察值与Hardy-Weinberg平衡理论值的差异均无显著性(P>0.05),杂合度在0.75以上,平均非父排除率0.57～0.75;STR-typer 10G/F试剂盒累积非父排除率(PE3)0.999 973,合并使用Identifiler Plus系统,累积非父排除率可达0.999 999 967 6。结论 STR-typer 10G/F系统多态性程度基本接近Identifiler Plus系统,在单亲鉴定时,可作为Identifiler试剂盒的有效补充。     

15个STR在单亲亲子鉴定中的排除分析

目的评估15个短串联重复(DODIS)基因座和Penta D、Penta E)在单亲亲子鉴定中的亲权排除率。方法 以644个随机个体构成207046个假想的家系,然后统计不排除或只有一个基因座排除亲权关系的例数。结果有27个假想家系15个STR均不排除亲权关系,排除率为0.999869。有384个假想家系只有一个基因座排除,占0.185％。结论用15个STR认定单亲案的亲权关系时要谨慎。出现单个基因座排除时要检测更多的遗传标记,以区分是否系突变。     

单亲案的亲权概率的计算及认定标准

确定单亲案的亲权概率计算方法和认定标准。用多基因座DNA分析方法和计算多基因座累积平均非父排除率计算公式。检测8个以上的DNA多态性基因座,在等位基因的遗传不违反孟德尔规律的前提下,父权概率都可达到或超过0.9990的标准;对不存在亲生关系的案例,在用本方法时,都有3个或更多的基因座的等位基因遗传违反孟德尔规律。对单亲案的亲权鉴定,检测的多态性基因座要在8个以上。在肯定亲生关系时,父权概率要达到或超过0.9990;在否定亲生关系时,必须有3个以上或更多的基因座违反孟德尔遗传规律。