番鸭细小病毒与鹅细小病毒PCR鉴别诊断方法的建立

根据番鸭细小病毒(MDPV)和鹅细小病毒(GPV)基因组的非同源序列各设计了1对引物MDPVF1/R1和GPVF1/R1,建立了一种PCR方法,用该PCR方法分别对GPV、MDPV、鸭瘟病毒(DPV)、鸭肝炎病毒(DHV)、鸭呼肠孤病毒(DRV)、犬细小病毒(CPV)和猫泛白细胞减少症病毒(FPLV)的病毒培养物及其核酸进行扩增。结果,引物MDPVF1/R1仅特异性扩增出MDPV的900 bp核酸片段,引物GPVF1/R1仅特异性扩增出GPV的465 bp核酸片段。表明,建立的PCR方法可用于GPV和MDPV的鉴别诊断。     

广东省新兴县鸭圆环病毒感染的PCR诊断及序列分析

根据已发表的鸭圆环病毒(duck circovirus,DuCV)序列,合成了1对检测引物.利用此对引物对广东省新兴县发生的疑似圆环病毒感染的患病番鸭的肝、胰腺、心、肾、脾、肺、血液、腔上囊、胸腺、哈氏腺、粪便和羽毛进行了PCR扩增.结果显示,获得了与预期619 bp大小相符的DNA片段,经测序确认其为DuCV特异序列,证实鸭群感染了鸭圆环病毒.然后,再设计了2对引物从鸭组织提取的DNA中扩增出2条片段,拼接校对后获得了全基因组序列,并对其进行了分析.结果表明,在感染鸭体内各组织器官中都有DuCV存在,该株病毒基因组序列全长为1 988 bp,与部分已登录GenBank的DuCV同源性高达97.0%以上.     

PCR检测鸭瘟病毒的研究

根据鸭瘟病毒DNA聚合酶基因序列 ,设计、合成了 1对引物 ,以 1株鸭瘟病毒疫苗株DNA为模板 ,进行PCR扩增 ,扩增出预期 5 6 3bp的目的DNA片段。将扩增出的DNA片段克隆到pMD18 T载体 ,经Amp/IPTG/X gal平板筛选 ,HindⅢ、XbaⅠ双酶切鉴定 ,获得阳性重组质粒。对重组质粒进行序列测定 ,与参考序列比较 ,二者同源性为 99.3%。小鹅瘟病毒、鸭肝炎病毒、鹅副黏病毒PCR扩增均为阴性。用此方法检测人工感染和自然感染鸭瘟的组织 (脑、肝、脾 ) ,均能检测到鸭瘟病毒DNA。PCR检测鸭瘟病毒具有高度的特异性、敏感性 ,能够用于鸭瘟急性及亚临床感染的检测与诊断     

鸭疫里氏杆菌鸭源致病性大肠埃希氏菌和鸭沙门菌的RAPD研究

以 4株不同血清型的鸭疫里氏杆菌、5株不同血清型的鸭源致病性大肠埃希氏菌和 5株同一血清型的鸭沙门菌为研究对象 ,分别提取基因组DNA ,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对其基因组DNA进行了分析。结果 ,从 2 0条随机引物中筛选出了 38条能在这 3种菌中有较好多态性的随机引物 ,8个有效引物共扩增出了 10 2个DNA片段 ,其中 14个菌株共有的谱带仅有 1条 ,显示多态性的片段有 10 1个 ,占 99.0 % ;对RA的 4个菌株扩增出的谱带数为 5 1条 ,共同片段有 12条 ,多态性片段 39条 ,占 76 .5 % ;对沙门菌的 5个菌株扩增出的条带数为 4 6条 ,共同片段为13条 ,多态性片段 33条 ,占 71.7% ;对大肠埃希氏菌的 5个菌株扩增出的条带数为 4 8条 ,共同片段 4条 ,多态性片段 4 4条 ,占 91.7%。在 8条引物中进一步筛选出 1条引物G12 ,其图谱中 5 35bp的条带为鸭疫里氏杆菌所特有 ,330bp的条带为沙门菌所特有 ,12 2 7bp的条带为大肠埃希氏菌所特有 ,表明G12可作为分子标记用来鉴别这 3种细菌。     

鉴别四种鸭源肠道易感病原菌的多重PCR的建立

为了建立能同时快速鉴别沙门菌、鸭疫里默氏杆菌、巴氏杆菌和大肠杆菌的多重PCR检测方法,参考GenBank中沙门菌invA基因序列、鸭疫里默氏杆菌OmpA基因序列、巴氏杆菌KMT1T基因序列和大肠杆菌PhoA基因序列,分别设计特异性引物,用已分离、鉴定、保存的四种细菌DNA筛选PCR缓冲体系、扩增程序,优化退火温度与引物浓度。结果表明,设计的4对引物能分别能特异性扩增出相应的靶基因,建立的多重PCR方法特异性强、敏感性高,可用于沙门菌、鸭疫里默氏杆菌、巴氏杆菌和大肠杆菌混合感染病例的快速鉴别诊断。     

鸭疫里氏杆菌外膜微孔蛋白基因的克隆和序列分析及PCR检测方法的建立

根据GenBank中的鸭疫里氏杆菌(RA)外膜磷酸盐选择性微孔蛋白(Porin)基因序列设计特异性引物,以血清1、2、6、10、11、13、14和17型RA菌株的基因组DNA为模板均扩增出大小为1 212bp的目的片段,序列比对显示该基因在8种血清型菌株间同源性均大于99.6%。针对保守性最高的357bp片段设计特异性引物,建立了PCR检测方法,对鸭致病性大肠杆菌、鼠伤寒沙门菌、鸭巴氏杆菌及鸭肝炎病毒均未扩增出目的条带,表明该方法具有较高的特异性;敏感性试验显示最小检出量为73.96pg的基因组。应用建立的PCR方法对分离自吉林、河北及北京的8个菌株进行扩增,均在357bp处扩增出清晰的目的条带,与细菌分离鉴定的符合率达100%。本研究为RA的鉴定提供了新方法,为RA外膜微孔蛋白的后续研究提供了理论依据。     

鸭沙门菌的随机扩增多态性DNA分析

以5株同一血清型的鸭沙门菌为研究对象,分别提取基因组DNA后,用20条随机引物对其进行RAPD分析。结果,20条随机引物中不能扩出任何条带的引物有2条,能扩出条带但扩增图谱中没有特异性条带出现的引物有10条,能扩出条带且扩增图谱具有多态性的引物有8条。对筛选到的具有多态性的8条引物进行分析,共扩增出46个DNA片段,片段大小为0.2～3.2kb,其中5个菌株共有的片段有13条,显示多态性的片段有33条。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒逆转录套式PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)A66株的RNA聚合酶基因序列,设计合成了2对引物,建立了适合DHV-Ⅰ快速检测的逆转录套式PCR方法(RT-nested-PCR),采用该方法对DHV-ⅠA66弱毒株和R85952强毒株进行了检测.结果显示,均能扩增到304 bp的条带,而正常鸭胚、健康鸭肝组织、鸭瘟病毒、鹅细小病毒、禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性腔上囊病病毒、减蛋综合征病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里氏杆菌和鸭源多杀性巴氏杆菌的扩增结果均为阴性.该方法第1次扩增的敏感性是100 Pg,第2次扩增的敏感性是1 fg,第2次比第1次扩增的敏感性高106倍.表明,所建立的逆转录套式PCR方法可用于鸭病毒性肝炎(DVH)的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查等.     

鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA PCR快速检测方法的建立

根据GenBank中的鸭疫里默氏杆菌(RA)1～19型16 S rRNA基因序列,分别与大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌的16 S rRNA基因序列对比,设计特异性引物,建立了基于鸭疫里默氏杆菌16 SrRNA的PCR检测方法.结果表明,用该方法对鸭疫里默氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌进行检测,只有鸭疫里默氏杆菌的DNA能扩增出680 bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;测序结果与GenBank中鸭疫里默氏杆菌相应序列完全一致;同时分别将鸭疫里默氏杆菌基因组DNA和菌液10倍稀释进行PCR扩增,对鸭疫里默氏杆菌DNA的最小检出量为1.907×10~(-5)g/L,对鸭疫里默氏杆菌菌液的最小检出量为1.5×10~4CFU/mL.证实,建立的基于鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA的PCR检测方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.     

应用降落PCR检测减蛋综合征病毒的研究

根据已发表的减蛋综合征病毒 (EDSV)核苷酸序列设计了 1对扩增长度为 1 .1kb左右的引物 ,采取降落PCR对EDSV gDNA进行扩增。结果 ,从 2份EDSV鸭胚尿囊液、3份人工感染鸡输卵管组织液的核酸抽提物中 ,均扩增出与设计大小完全一致的目的片段 ,而对照样品的扩增均为阴性 ,该方法最低可检测到 32pg的EDSV gDNA。表明该降落PCR用于检测EDSV特异性和敏感性均较强 ,可用于减蛋综合征的诊断