利用16S rDNA序列鉴定常见嗜尸性蝇类种属

目的通过分析16S rDNA 551bp基因序列,鉴定常见嗜尸性蝇类种属。方法随机采集17个地区放置于室外草地的家兔尸体上7个种24只嗜尸性苍蝇样本,经形态学鉴定种类后,提取胸肌DNA,对16S rDNA 551bp基因片段进行PCR扩增,产物纯化、测序后上传GenBank;利用MEGA 4.0软件构建序列间的系统发育树,分析建立种内及种间进化分歧表。结果 24只样本16S rDNA序列分析显示7种蝇类可以较好聚类;其中棕尾别麻蝇种内进化分歧整体均数为2.8%,家蝇为1.5%,丽蝇科的5个种均在0.7%以内。上述7个蝇种的种间进化分歧均数在1.6%～7.1%之间。其中,棕尾别麻蝇、家蝇与其它蝇类的种间分歧均数在4.0%～7.1%之间。结论本文分析结果显示,蝇种间同源性相差明显,采用mtDNA 16S rDNA中551bp基因序列分析,可进行蝇种鉴定。     

NCBI数据库在常见嗜尸性蝇类种属鉴别中的应用

目的探讨NCBI数据库比对分析对常见嗜尸性蝇类种属鉴别中的应用价值。方法收集2009年1月至2012年12月重庆市常见嗜尸性蝇类不同发育历期2科5属7种样本52份,采用Chelex100法提取mtDNA,利用2对引物扩增细胞色素C氧化酶辅酶I基因,分别截取498bp和841bp相同长度的序列,采用MEGA软件计算种内及种间进化分歧情况,并分别在NCBI数据库进行序列BLAST搜索种属同源性比对分析。结果所得序列种内进化分歧均数在0%~0.7%之间,种间进化分歧均数在7.5%~16.1%之间;7个种属的样本序列I和序列II分别有5个和6个种属完全比对正确,样本总体的正确率分别达到96.15%和98.08%,Max ident值均在97%以上。结论采用序列同源性比对分析,并借助NCBI数据库强大的检索分析功能,可准确进行常见嗜尸性蝇类的种属鉴定,为法医学死亡时间推断提供重要参考依据。     

mtDNA COI和ND5基因用于鉴别常见嗜尸性蝇类

目的对蝇类mtDNA 523bp COI和347bp ND5基因片段进行序列分析,评价其在以嗜尸性蝇类种属鉴定中应用的可行性。方法从广州(广东省)、湛江(广东省)、韶关(广东省)、沈丘(河南省)及蜂蛹寨(四川省)采集7种嗜尸性蝇类标本,进行形态学种属鉴定,取其腹部肌肉提取DNA,利用基因特异性引物对线粒体COI、ND5基因进行PCR扩增,产物经纯化后进行测序,MEGA 3.0软件对DNA序列进行碱基组成、进化分歧率和系统发育分析。结果进化分歧率ND5基因种内小于1.83%,种间大于2.62%;种间与种内进化分歧率范围间没有交叉;COI基因种间在0.48%～14.8%之间,种内在0.24%～8.3%之间,种内进化分歧范围与种间进化分歧范围存在交叉。结论 ND5基因片段可在种水平有效鉴别常见嗜尸性蝇类,也可鉴别近缘种。而单独运用COI基因不能有效进行种属鉴定。     

NCBI数据库在常见嗜尸性蝇类种属鉴别中的应用

目的探讨NCBI数据库比对分析对常见嗜尸性蝇类种属鉴别中的应用价值。方法收集2009年1月至2012年12月重庆市常见嗜尸性蝇类不同发育历期2科5属7种样本52份,采用Chelexl00法提取mtDNA,利用2对引物扩增细胞色素C氧化酶辅酶I基因,分别截取498bp和841bp相同长度的序列,采用MEGA软件计算种内及种间进化分歧情况,并分别在NCBI数据库进行序列BLAST搜索种属同源性比对分析。结果所得序列种内进化分歧均数在0％～0．7％之间,种问进化分歧均数在7．5％～16．1％之间;7个种属的样本序列Ⅰ和序列Ⅱ分别有5个和6个种属完全比对正确,样本总体的正确率分别达到96．15％和98．08％,Maxident值均在97％以上。结论采用序列同源性比对分析,并借助NCBI数据库强大的检索分析功能,可准确进行常见嗜尸性蝇类的种属鉴定,为法医学死亡时间推断提供重要参考依据。     

贵阳地区常见尸食性蝇类mtDNA分子标记的检测

目的应用mt DNA中COI(348bp)、COII(637bp)及16Sr DNA(513bp)基因序列鉴定贵阳地区常见尸食性蝇类的种属。方法收集贵阳地区常见尸食性蝇类标本,经形态学分类鉴定后提取胸肌DNA,扩增COI(348bp)、COII(637bp)及16Sr DNA(513bp)基因片段,测序后用DNAMAN 4.0序列分析软件进行序列拼接,NCBI中的BLAST、MEGA 5.2软件包对所得序列分析建立种内及种间进化分歧率,并构建系统发育树。结果 COI种间平均进化分歧率为12.55%,种间范围在3.0%~18.6%,种内范围在0%~0.7%;COII种间平均进化分歧率为13.73%,种间范围在5.3%~21.6%,种内范围在0%~0.6%;16Sr DNA种间平均进化分歧率为4.54%,种间范围在0.4%~7.6%,种内范围在0%~0.4%。结论 COI、COII及16Sr DNA可用于尸食性蝇类的种属鉴定,该方法可作为传统分类方法的补充手段。     

基于28SrRNA基因序列对洛阳地区嗜尸性蝇类的分子鉴定CSCD

目的通过检测嗜尸性蝇类28S r RNA基因中715 bp序列,鉴定常见嗜尸性蝇类种属,解决其形态学鉴定难题,为死亡时间推断提供技术支持。方法收集洛阳地区常见嗜尸性蝇类标本29只,经形态学鉴定后,用Chelex-100法提取腿部DNA,并对28S r RNA基因片段进行扩增和测序,与Gen Bank和EMBL数据库中的28条相应蝇种序列进行比对,用MEGA7.0软件进行序列整理,通过BLAST搜索进行序列比对,并分析所得序列碱基组成,建立种内及种间进化分歧率,构建系统发育树。结果形态学鉴定29只嗜尸性蝇类归属于3科5属6种。获得28S r RNA基因中715 bp的序列,在线BLAST比对结果显示相似度100%。系统发育树显示5种蝇类可以较好聚类。不同蝇种种间差异0.007~0.045,种内差异0~0.001,种间差异和种内差异没有交叉。结论 28S r RNA靶基因序列片段对嗜尸性蝇类有良好的鉴别能力,可以作为新的嗜尸性蝇类种属鉴定遗传标记。     

基于28SrRNA基因序列对洛阳地区嗜尸性蝇类的分子鉴定

目的通过检测嗜尸性蝇类28S r RNA基因中715 bp序列,鉴定常见嗜尸性蝇类种属,解决其形态学鉴定难题,为死亡时间推断提供技术支持。方法收集洛阳地区常见嗜尸性蝇类标本29只,经形态学鉴定后,用Chelex-100法提取腿部DNA,并对28S r RNA基因片段进行扩增和测序,与Gen Bank和EMBL数据库中的28条相应蝇种序列进行比对,用MEGA7.0软件进行序列整理,通过BLAST搜索进行序列比对,并分析所得序列碱基组成,建立种内及种间进化分歧率,构建系统发育树。结果形态学鉴定29只嗜尸性蝇类归属于3科5属6种。获得28S r RNA基因中715 bp的序列,在线BLAST比对结果显示相似度100%。系统发育树显示5种蝇类可以较好聚类。不同蝇种种间差异0.007~0.045,种内差异0~0.001,种间差异和种内差异没有交叉。结论 28S r RNA靶基因序列片段对嗜尸性蝇类有良好的鉴别能力,可以作为新的嗜尸性蝇类种属鉴定遗传标记。     

洛阳地区5种嗜尸性麻蝇分子鉴定研究

目的应用经典DNA条形码和28S r RNA基因鉴定洛阳地区5种常见嗜尸性麻蝇种属,评价其在常见嗜尸性麻蝇种属鉴定中应用的可行性。方法收集洛阳地区常见嗜尸性麻蝇类标本18只,经形态学分类鉴定后,Chelex-100法提取足部DNA,扩增并测序线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)和28S核糖体核糖核酸(28S r RNA)基因片段,BLAST比对后,与来自DNA条形码数据库(Barcode of Life Data,BOLD)的中国和韩国地区20条相应蝇种序列进行比对,用MEGA 7.0软件整理分析所得序列,计算碱基组成、种内及种间进化分歧率,并构建系统发育树。结果形态学鉴定18只嗜尸性麻蝇归于3属5种。每个样本获得COI和28S r RNA的扩增长度分别为646bp和721bp。在线BLAST比对结果显示样本COI序列相似度99%以上,邻近法构建发育树Bootstrap值为1 000,5种麻蝇可以较好聚类,与形态学鉴定结果一致。38个样本COI种内范围为0~0.022,棕尾别麻蝇、酱亚麻蝇和急钩(亚)麻蝇种间范围在0.057~0.090;赤尾麻蝇和红尾粪麻蝇种间范围在0~0.086。5种麻蝇的28S r RNA序列发育树显示,棕尾别麻蝇和急钩(亚)麻蝇明显各自聚类,其余3种成一类。结论对于本研究中的5种嗜尸性麻蝇,基于COI基因的DNA条形码可以有效区分棕尾别麻蝇、酱亚麻蝇和急钩(亚)麻蝇,28S r RNA基因只可以区分棕尾别麻蝇,二者可作为形态学鉴定之外的重要方法补充。     

16SrDNA序列分析在嗜尸性蝇类鉴定中的应用

目的通过mtDNA上16SrDNA中551bp基因序列分析,解决依据COI和COII上278bp和635bp基因序列难以鉴别丝光绿蝇、铜绿蝇种类的难题,为法医学嗜尸性苍蝇种类的鉴别提供依据。方法随机采集放置在呼和浩特及成都地区室外草地家兔尸体上的铜绿蝇和丝光绿蝇,对其mtDNA上16SrDNA中551bp基因序列进行分析、比对,构建系统发育树。结果通过对嗜尸性蝇类mtDNA上16SrDNA的551bp基因序列分析可以对丝光绿蝇和铜绿蝇进行鉴别。结论16SrDNA上551bp基因序列分析是对嗜尸性蝇类(尤其是铜绿蝇和丝光绿蝇)进行种类鉴定的有效方法,是对依据COⅠ和COⅡ序列分析方法鉴别嗜尸性苍蝇种类的重要补充。     

利用COI序列序列鉴定常见嗜尸性蝇种

目的 检测嗜尸性蝇类线粒体DNA(mtDNA)细胞色素氧化酶辅酶Ⅰ(COI)中278bp序列,鉴定蝇科3属5种嗜尸性蝇,解决其形态学种类鉴定的难题,为死亡时间推断提供技术支持.方法 从15省、市(地区)室外草地家兔尸体上采集蝇科3属5种共计18个蝇类成蝇样本,提取mtDNA进行PCR扩增,序列测定且上传GENBANK,...     

嗜尸性苍蝇mtDNA中COⅡ基因序列检测

目的利用线粒体DNA(m tDNA)上细胞色素氧化酶辅酶Ⅱ(COⅡ)中635bp基因序列,解决嗜尸性苍蝇及其卵和幼虫种类鉴定的难题。方法随机采集放置在呼和浩特地区室外草地家兔尸体上的嗜尸性苍蝇、幼虫、苍蝇腹中的卵。利用Chelex方法提取上述苍蝇m tDNA;通过Perk in-E lm er 9600扩增仪进行PCR扩增;琼脂糖水平电泳和银染显色技术进行扩增结果检测;PCR胶回收试剂盒纯化;AB I 377测序仪测序;DNAMAN 4.0序列分析软件,进行序列比对,截取等长度片段;MEGA2.1软件包进行序列分析和构建系统发育树。结果上述嗜尸性苍蝇m tDNA上COⅡ基因序列在双翅目嗜尸性苍蝇的种内差异均数小于1%,种间差异均数大于3%,成虫与幼虫、卵无明显差异。以此能够根据COⅡ序列差异判断两个个体是否同种。然而,对于亲缘关系非常接近的铜绿蝇和丝光绿蝇来说,由于二者的种内、种间进化分歧均数非常接近,运用上述两个片段则很难区别。结论m tDNA上COⅡ序列分析能有效地对绝大多数嗜尸性苍蝇进行种类鉴定。该检测方法快速、简便和精确,能作为法医鉴别嗜尸性苍蝇种类的依据。     

潍坊地区六种常见嗜尸性蝇类mtDNA COI区序列研究

目的解决蝇类成虫、蛹和蛆快速、准确鉴定的难题。方法随机采集潍坊地区人尸周围环境中的蝇类成虫、蛹和蛆,提取其mtDNA,经PCR扩增、产物检测与纯化、测序等,比较其序列差异。结果六种常见嗜尸性蝇类相互之间序列差异明显,同一种蝇的成虫、幼虫、蛹之间未见差异。结论mtDNACOI区序列分析可作为法医学嗜尸性蝇类种属鉴别的可靠方法。     

提取CO Ⅰ基因片段鉴定嗜尸性蝇类

目的通过扩增蝇类COⅠ基因片段,结合形态学特征鉴定嗜尸性蝇类的种类。方法运用改良平衡酚—tris饱和酚法提取蝇类DNA,进行COⅠ序列扩增和测序,与数据库序列进行比对和分析。结果改良平衡酚—tris饱和酚提取DNA方法可获得有效的蝇类DNA,并可应用于COⅠ基因片段扩增,进而进行蝇类种类的鉴定。结论平衡酚—Tris饱和酚法提取的噬尸性蝇类虫体DNA作为模板,用于COⅠ序列扩增,测序后与数据库目的序列分析比对,可准确鉴定嗜尸性蝇类的种类;和传统的昆虫形态学特征鉴定方法比较,该体系更准确,应用范围更广。     

Forensic applications of the sequencing of mitochondrial DNA cytochrome oxidase subunit I gene for sarcosaphagous flies (Diptera) in Huhhot and Dunhuang district

OBJECTIVE: To solve the problems of identification of Sarcosaphagous flies and their larvae, pupas and eggs. METHODS: Sarcosaphagous Flies (Diptera) Samples were collected on the corpses of rabbits in the Huhhot district and a pig in the Dunhuang district. A 278bp region in the cytochrome oxidase subunit I (CO I) gene in mtDNA was analysed by DNA sequencing, A neighbour-joining tree using the Tamura and Nei model of nucleotide substitution was also constructed using the MEGA2.1 package. RESULTS: A 278 base pairs region of the gene for CO I encoding region of mtDNA of above all samples was showed less than 1% sequence divergence within species and about 3% divergence between species. CONCLUSION: It is an effective, easy and accurate method to be used for identification of these Sarcosaphagous Flies (Diptera) to species group by sequencing the 278 base pairs region of the CO I encoding gene of mtDNA.     

DNA‐Based Identification of Forensically Important Lucilia (Diptera: Calliphoridae) in the Continental United States*

Abstract: Correct species identification is critical when dipteran larvae are used for inference of the postmortem interval. To facilitate DNA‐based identification of forensically important flies of the genus Lucilia in the continental United States, we develop a vouchered reference collection and DNA sequence database. A total of 122 specimens were collected for nine of the 10 species of Lucilia reported to occur in the continental United States. Using the polymerase chain reaction and DNA sequencing, data were obtained for an 1100‐bp region of the mitochondrial gene encoding cytochrome oxidase I (COI). We consider a species suitable for DNA‐based identification if it is exclusively monophyletic in >95% of bootstrap pseudoreplicate phylogenetic analyses. Seven of the nine species meet that criterion. Two species (Lucilia coeruleiviridis and Lucilia mexicana) share COI sequence and cannot be distinguished using our reference database. We conclude that DNA‐based identification is likely to be successful for the other seven species.