焦磷酸测序在法医学中的应用及其评价

利用高灵敏度、全自动化的方法对微量和痕量样本的DNA分型一直是法医学工作的重点与难点.焦磷酸测序技术具有实时监测、高通量、无需胶检测和荧光标记、定量性能好、结果准确和可自动化的优势.本文就焦磷酸测序化学反应测序的原理、流程及其在法医学SNP分型、建立标准化分型体系、大规模人群数据库建设及与其他常用分型技术的比较做一综述.     

焦磷酸测序在法医学中的应用及其评价

利用高灵敏度、全自动化的方法对微量和痕量样本的DNA分型一直是法医学工作的重点与难点.焦磷酸测序技术具有实时监测、高通量、无需胶检测和荧光标记、定量性能好、结果准确和可自动化的优势.本文就焦磷酸测序化学反应测序的原理、流程及其在法医学SNP分型、建立标准化分型体系、大规模人群数据库建设及与其他常用分型技术的比较做一综述.     

焦磷酸测序在法医学中的应用及其评价

利用高灵敏度、全自动化的方法对微量和痕量样本的DNA分型一直是法医学工作的重点与难点。焦磷酸测序技术具有实时监测、高通量、无需胶检测和荧光标记、定量性能好、结果准确和可自动化的优势。本文就焦磷酸测序化学反应测序的原理、流程及其在法医学SNP分型、建立标准化分型体系、大规模人群数据库建设及与其他常用分型技术的比较做一综述。     

焦磷酸测序技术及其法医学应用

焦磷酸测序技术是一类高通量、稳定、无需电泳、实时检测和定量的自动化测序技术,并广泛地应用于序列分析、遗传变异检测及定量分析的领域。对该技术的新进展及其在法医学和群体遗传学的应用作一综述。     

SNRPN基因rs220030位点的分型及甲基化亲缘相关性

目的建立变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术与焦磷酸测序技术对小核核糖核蛋白多肽N(small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N,SNRPN)基因rs220030位点的分型方法。建立应用焦磷酸测序技术分析CpG甲基化状态的方法,探讨rs220030位点用于亲缘等位基因判定的可行性。方法应用DGGE技术对97例上海地区汉族家系血样rs220030位点进行分型,同时应用焦磷酸测序技术对其中25例血液来源的家系样本的rs220030位点分型,并对两种方法在SNP分型结果上进行比较。通过重亚硫酸盐修饰联合焦磷酸测序技术分析随机2组家系样本rs220030位点上游CpG甲基化状态,判断甲基化是否有亲缘相关性。结果经DGGE检测97例家系血样rs220030位点分型结果为C纯合子20例,T纯合子29例,C/T杂合子48例。经焦磷酸测序检测25例血液来源的家系样本结果与DGGE检测结果一致。经重亚硫酸盐修饰联合焦磷酸测序技术分析,2组血液来源的家系子代的rs220030位点上游CpG甲基化状态均与母亲较相似。结论相比DGGE技术,焦磷酸测序技术更精确、方便,适合大样本、高通量SNP分型。重亚硫酸盐修饰联合焦磷酸测序技术可以精确分析CpG甲基化状态。rs220030位点可用于亲缘等位基因判定。     

焦磷酸测序技术分析单核苷酸多态性在法医学中的应用

单核苷酸多态性（SNP）是新一代的法医学遗传标记,有望成为法医实践中解决高度降解检材及特殊案件DNA鉴定的重要工具。近年来涌现出许多高通量的SNP分析方法,如引物延伸结合时间飞行质谱分析法、微测序法、SNP lex以及焦磷酸测序法等。本文重点对焦磷酸测序技术的原理、步骤及其在法医学中的应用进展进行简要的综述。     

二代测序技术在法医学中的应用

随着二代测序技术的快速发展,其高通量和低成本在生命科学领域应用广泛,测序的通量更高,测序时间和成本不断下降,使得其被广泛应用于微生物研究、古DNA研究、临床诊断、法医学研究等。本文阐述了二代测序技术平台及其遗传标记在法医学中的应用,包括STR分型、SNP分型、HLA基因型预测以及在降解检材中的应用等。     

焦磷酸测序分析短片段牙釉质蛋白基因进行性别鉴定

目的采用焦磷酸测序技术分析短片段牙釉质蛋白基因进行性别鉴定并用于骨骼及腐败生物检材的检测。方法应用blast软件,确定牙釉质蛋白基因(Amel)上1段含有3个SNP位点及1个插入/缺失(indel)位点的序列作为待测靶序列,设计引物,扩增该段序列,应用焦磷酸测序技术分析扩增序列,进行性别鉴定。对方法进行准确性、灵敏度、种属特异性的测试,并用于对骨骼和高度降解DNA的检测。结果 PCR产物分别为44bp(Amel X)和45bp(Amel Y),女性测序结果为:G/G,T/T,…/…,C/C,男性测序结果为:G/T,T/A,…/C,C/A,分型图谱清晰。应用本文方法检测100份已知性别的DNA样本,结果均正确无误,方法最低DNA模板量为0.5ng,具有较好的人类种属特异性。用于高度降解DNA分析,较IdentifilerTM试剂盒具有更高的成功率且骨骼样本也得到清晰的分型结果。结论本文采用焦磷酸测序技术分析Amel的方法在法医学性别鉴定中有较好的应用价值。     

DNA甲基化年龄推断模型在华东汉族人群中的跨平台应用

目的 评估基于DNA甲基化年龄推断模型在华东汉族人群中的法医学应用价值,为探索适用于不同检测平台的年龄推断模型提供理论依据。方法 根据已发表的中国汉族人群血液DNA甲基化年龄推断模型中6个年龄相关甲基化位点,使用焦磷酸测序和下一代测序（next-generationsequencing,NGS）技术分别检测48例样本的DNA甲基化水平,分别将其代入年龄推断模型后计算预测年龄,并与真实年龄进行比较。结果 两种检测技术下6个甲基化位点都与年龄相关,使用焦磷酸技术的R2为0.85,平均绝对误差（medianabsolutedeviation,MAD）为4.81岁,使用NGS技术的R2为0.84,MAD=4.41岁。结论 该血液DNA甲基化年龄推断模型可以在焦磷酸测序与基于NGS的多重目的区域甲基化富集测序技术下使用,并能够较为准确地推断年龄。     

STR分型中无效等位基因的分析研究

PCR-STR自动分型技术是当前法医学个体识别和亲权鉴定的主要技术,具有高灵敏度、高鉴别能力和标准化自动分型等特征[1].在STR自动分型时,也会出现一些影响其准确分型的因素,本文结合1例三联体亲权鉴定中父亲与孩子Penta基因座上不符合遗传规律现象,通过用3种不同试剂盒、改变退火温度、重新设计引物以及测序等方法,对STR分型中无效等位基因现象进行分析和探讨.