堆型艾美耳球虫早熟系与母株11种抗原基因表达水平的比较分析

应用荧光定量qRT-PCR技术比较堆型艾美耳球虫早熟系及其母株孢子化卵囊的11种抗原基因的表达情况。提取堆型艾美耳球虫早熟系及其母株孢子化卵囊的总RNA,反转录成cDNA,在GenBank中查找堆型艾美耳球虫11种抗原基因并设计相应引物,进行荧光定量qRT-PCR扩增,用熔解曲线、扩增曲线和循环阈值(Ct值)的变化等比较分析堆型艾美耳球虫早熟系及其母株的不同基因的扩增特异性和相对表达量。结果显示,11种抗原基因得到表达;与疫苗母株相比,早熟致弱的疫苗株大部分抗原基因的表达量下降,其中HSP70基因表达量下降明显。结果表明,早熟系毒力的减弱可能与某些抗原基因表达量下降有关。     

功能基因组学研究概述

人类基因组图谱及其初步分析结果的报道[1,2 ] ,以及多种模式生物、重要生物基因组全序列的完成[3～ 11] ,标志着结构基因组学的研究已取得了重大进展。随之而来 ,生命科学研究进入所谓的“后基因组时代”[12 ] 。一个以揭示基因组的功能及调控机制为目标的功能基因组学的研究将是今后几代科学家不懈奋斗的目标。功能基因组学的研究是 2 1世纪国际研究的前沿 ,也是最热门的研究领域之一。从 1 997年迄今已发表的有关功能基因组学的论文数以千计 ,其中不少发表于国际上最著名的一些杂志 ,如Cell、Nature、Science等。就我国的情况而言 ,国…     

片形吸虫线粒体nad1基因的序列分析及种系发育

为阐明来自中国、尼日尔、法国和美国的片形吸虫分离株在线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并以pnad1序列进行种系发育研究,利用PCR扩增了中国、尼日尔、法国和美国片形吸虫分离株的pnad1序列并与GenBankTM中片形吸虫相应序列进行了比较,进行了种系发育分析.结果显示,所有片形吸虫样品的pnad1序列长度均为446 bp,中国、尼日尔、法国和美国肝片吸虫分离株与GenBankTM公布的肝片吸虫相应序列的种内变异为0.2%～0.7%,0.2%～0.9%,0.9%～2.0%,0.2%～0.9%;中国及尼日尔大片吸虫分离株与已报道的大片吸虫相应序列的种内变异为1.8%～2.7%,1.8%～3.4%;中国中间型虫株与中国及尼日尔大片吸虫分离株以及网上报道的大片吸虫的序列差异为5.6%～6.3%,5.6%～7.8%,5.7%～8.1%.中间型片形吸虫在遗传学上介于大片吸虫与肝片吸虫之间,但与大片吸虫的遗传关系更近.表明,片形吸虫pnad1序列可作为种间鉴定及种内遗传变异研究的标记;在中国的确存在中间型片形吸虫.     

弓首蛔虫线粒体cox1基因的多态性研究

应用PCR SSCP技术和DNA 序列分析对犬弓首蛔虫(Toxocara canis)线粒体DNA(mtDNA)中的细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)进行了分析研究,并与弓首属的猫弓首蛔虫、马来西亚弓首蛔虫、牛弓首蛔虫及弓蛔属的狮弓蛔虫进行了种间比较。结果显示,犬弓首蛔虫种群内的pcox1 序列差异为2.72%,与马来西亚弓首蛔虫种群间的序列差异为11.38%,与猫弓首蛔虫种群间的序列差异为11. 20%,与牛弓首蛔虫种群间的序列差异为10.40%,与狮弓蛔虫种群间的序列差异为11.48%;马来西亚弓首蛔虫种群内的pcox1 序列差异为0.57%,与猫弓首蛔虫的序列差异为8.23%,与牛弓首蛔虫的序列差异为8.70%,与狮弓蛔虫的序列差异为10.60%。研究证实,犬弓首蛔虫不同地方虫株的pcox1 有一定差异,与同属其他种类及狮弓蛔虫的差异较大;马来西亚弓首蛔虫确为一独立种。     

片形吸虫第一内转录间隔区DNA多态性的研究

以不同地区的片形吸虫虫株为研究对象 ,经PCR扩增出了ITS 1部分基因片段 ,采用单链构象多态性 (SSCP)方法 ,并结合序列分析研究了不同地区片形吸虫ITS 1DNA的多态性。不同地区的样品经SSCP分析 ,显示 3种带型 ,第 1种为大片形吸虫的带型 ,第 2种为肝片形吸虫的带型 ,第 3种为 2种带形的混合带型。广西区样品和大部分贵州省样品属于大片形吸虫带型 ;四川省、黑龙江省和部分贵州省样品为混合带型 ;南京市和甘肃省样品为肝片形吸虫带型或混合带型。测序结果表明 ,根据ITS 1基因的序列变异位点可区分 2种片形吸虫 ;表现为混合带型的样品在变异位点具有多态性。本研究结果显示 ,ITS 1片段可作为遗传标记用以区分大片形吸虫和肝片形吸虫 ,同时也证实 ,在我国除了这 2种片形吸虫外 ,还可能存在着“中间型”的片形吸虫     

猪弓形虫病特异PCR诊断方法的建立

以核糖体DNA第一内转录间隔区(ITS1)序列作为弓形虫种特异的遗传标记,建立了猪弓形虫病特异PCR诊断方法。应用人工感染的方法建立了猪弓形虫病动物模型,摸索出猪弓形虫病PCR检测的最佳条件。敏感性和特异性试验结果显示,该PCR方法最低能检测到10 个弓形虫速殖子的DNA,且与相关的8种原虫和线虫均无交叉反应,证明该PCR方法具有高度的敏感性和特异性。动物感染试验结果证明,在试验猪出现明显临床症状时(感染后第5 d),对取材的8 个组织样品用该PCR方法检测,有6个组织样品为阳性,其中检出率最高的组织为肺门淋巴结。     

应用RNA干扰技术对猪蛔虫性别相关基因功能的初步研究

针对编码猪蛔虫雌虫卵巢蛋白基因的EST序列设计了1对特异引物及连接T7启动子的引物,经PCR扩增,获得5′端连有T7启动子的双链DNA,在RNA聚合酶的作用下,转录合成dsRNA。通过浸泡的方式将dsRNA导入秀丽新杆线虫中,在浸泡后的5个不同的时间点,采用RT-PCR检测虫体浸泡后靶基因被干扰的效果。试验结果表明,在浸泡后的8~29 h能检测到同源靶标的存在;而在浸泡后的43~57 h不能检测到靶标RNA。另外,试验组没有观测到虫体明显的表型变化,而对照组在浸泡28 h后,发现部分线虫体内有发育成形的虫卵。初步认为导入虫体的dsRNA发生了干扰效应。     

基于细胞色素b氧化酶基因序列的中国大陆日本血吸虫虫株种系发育分析

为分析中国大陆日本血吸虫不同地理虫株线粒体细胞色素b(cytochrome b,cytb)氧化酶基因的遗传多态性并重构中国大陆日本血吸虫的种系发育关系,以cytb基因作为研究对象对中国大陆11个流行地区日本血吸虫虫株进行了扩增、测序.用Clustal X 1.81程序对序列进行比对,然后用Paup 4.0程序的MP法和NJ法及PUZZLE 4.1程序的ML法重构中国大陆日本血吸虫的种系发育关系;同时利用DNAS-tar 5.0中的Megalign程序进行相似性、碱基组成、转换、颠换分析.结果显示,对11个流行区的日本血吸虫PCR扩增后获得419 bp cytb部分序列,检测到7个变异位点,变异率为1.67%.种系发育关系分析发现,依据cytb基因可有效地区分我国日本血吸虫山区和湖区两种流行类型,显示种内遗传变异特点,并可将日本血吸虫与分体科的其他吸虫鉴别开来.因此,日本血吸虫cytb基因适合作为日本血吸虫分离株种系发育的遗传标记,也可以作为一种鉴别基因用于分体科吸虫的PCR鉴别诊断.     

棕蓑猫蛔虫ITS及5.8S rDNA序列的克隆与分析

以分离自广州动物园棕蓑猫体内的蛔虫为研究对象,用保守引物NC5和NC2对核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区ITS-1、ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增,扩增后的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,重组质粒通过菌液PCR鉴定后,对其进行序列测定及分析,旨在鉴定棕蓑猫蛔虫的种类。结果显示,目的片段ITS总长为907bp,2个不同样品之间的ITS序列没有差异,与狮弓蛔虫、猫弓首蛔虫和犬弓首蛔虫的ITS-1序列相似性分别为96.9%、71.3%和73.2%;5.8S序列的相似性分别为100%、95.5%和96.8%;ITS-2序列与GenBank中的狮弓蛔虫序列的相似性为94.3%,与猫弓首蛔虫、犬弓首蛔虫序列的相似性均小于60%。结果表明,此次分离的棕蓑猫蛔虫属于狮弓蛔虫。