Single Nucleotide Polymorphism Assay for Genetic Identification of Lophophora williamsii*

Lophophora is a member of the Cactaceae family, which contains two species: Lophophora williamsii and L. diffusa. Lophophora williamsii is an illegal plant containing mescaline, a hallucinogenic alkaloid. In this study, a novel method based on a single nucleotide polymorphism (SNP) assay was developed for identifying L. williamsii; this assay reliably detects SNPs within chloroplast DNA (rbcL, matK, and trnL-trnF IGS) and was validated for identifying Lophophora and L. williamsii simultaneously. The chloroplast DNA sequences from four L. williamsii and three L. diffusa plants were obtained and compared using DNA sequence data from approximately 300 other Cactaceae species available in GenBank. From this sequence data, a total of seven SNPs were determined to be suitable for identifying L. williamsii. A multiplex assay was constructed using the ABI PRISM^® SNaPshot™ Multiplex Kit (Applied Biosystems, Forster City, CA) to analyze species-specific SNPs. Using this multiplex assay, we clearly distinguished the Lophophora among 19 species in the Cactaceae family. Additionally, L. williamsii was distinguished from L. diffusa. These results suggest that the newly developed assay may help resolve crimes related to illegal distribution and use. This multiplex assay will be useful for the genetic identification of L. williamsii and can complement conventional methods of detecting mescaline.     

汉族人群五个STR基因座的多态性调查

应用PCR及PAG电泳技术研究了PLA2A、vWA、CYP19、TH和LPL五个基因座的多态性，调查武汉地区汉族无关个体，获得汉族人群的频率分布。五个基因座基因型频率分布与Hardy-Weinberg平衡吻合良好、分别计算基因座的杂合度（H）、个人识别能力（Dp）、非父排除率（PE）和多态性信息总量（PIC）。为法医学应用提供了基础数据。     

D6S2418在中国（汉族）、泰国和德国人群中的遗传多态性

目的获得D6S2418基因座的群体遗传学数据,分析其基因频率在不同群体间的分布情况是否存在差异,并分析其在法医学中的应用价值。方法采用PCR、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)及银染技术分析中国成都地区汉族、泰国曼谷地区泰国人群以及德国Maint地区德国人群中D6S2418基因座的遗传多态性,获得三个群体D6S2418基因座的群体遗传学数据。结果从300份分别采自成都地区汉族、泰国曼谷地区泰国人群以及德国Maint地区德国人群三个群体的无血缘关系个体的静脉血,共发现9个等位基因,观测到31种基因型。观测杂和度为64%～81%,个人识别机率为84.2%～93.5%,经统计学检验,基因型的频率分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。等位基因频率的分布在三个群体间有显著差异。结论D6S2418基因座的个人识别能力高,在法医学个人识别和亲子鉴定应用中有较高价值。     

中国5个群体D20S85基因座的遗传多态性

目的 了解中国5个群体D20S85基因座的群体遗传学数据,比较它们之间的遗传学差异,探讨其在法医学应用中的意义。方法 分别收集5个群体622名无关个体的血样,Chelex-100快速抽提法或饱和酚/氯仿法抽提DNA;扩增后经PAGE垂直板电泳、银染,进行D20S85基因座分型。结果 在5个群体622名无关个体中,共检出9个等位基因,并首次在广东汉族和广西壮族群体中检出等位基因14;每个群体基因频率大于0.05的均为6个,D20S85*6为最常见等位基因。5个群体共观察到35种基因型,群体内基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg氏平衡,各群体间基因型构成比无显著性差异。观察140次减数分裂未发现突变。各群体的期望杂合度为0.7720～0.7912;非父排除率,在三联体为0.7538～0.7594,二联体为0.3988～0.4297;个人识别率为0.9175～0,9272;多态信息含量为0.7442～0.7656。应用于亲子鉴定和个人识别案例,效果满意。结论 D20S85基因座是法医学应用价值较高的遗传标记系统。     

浙江汉族人群16个Y-STR基因座遗传多态性调查

目的进一步完善浙江省汉族人群Y-STR基因座遗传多态性研究,为其法医学应用提供基础数据。方法应用Y-filer荧光标记复合扩增系统,对浙江汉族203名无关男性个体进行16个STR基因座的复合扩增,统计各基因座的群体遗传学参数。结果其中15个Y-STR基因座分别检出4~13个等位基因,DYS385基因座检出47种单倍型,GD值为0.3918~0.9609;观察到16个Y-STR基因座共同构成的单倍型199种,其中196种单倍型出现1次,2种出现2次,1种出现3次,累计GD值为0.9998。结论16个Y-STR基因座具有较强的个体识别能力,适合浙江法庭科学应用。     

新Y-STR基因座DYS709在汉族人群中的遗传多态性调查

目的筛选新的Y-STR基因座,调查其在汉族人群中的等位基因频率分布,评价其在法医学及其它方面的应用价值。方法在Y染色体基因组DNA中查找候选基因座,在重复顺序两端设计引物,PCR扩增后用银染法显示结果。结果一个重复单位为CTTT的Y-STR基因座DYS709被发现。在102例汉族无关男性个体血样中共检出了7个等位基因。基因多样性为0.7063,个人识别能力(PD)和非父排除率(PE)均为0.7063。结论新筛选到的DYS709具有较高的遗传多态性,在法医学及人类遗传学方面具有应用价值。     

Gc亚型检测的复合MS-PCR法及其应用

目的探讨建立Gc亚型检测的复合MS-PCR法及其应用价值。方法根据Gc基因中的2处点突变,设计2对片段相差5bp的等位基因特异性引物和1条公共引物进行复合MS-PCR,分析Gc多态性,并调查武汉地区218例汉族无关个体Gc多态性和鉴定10例亲子关系。结果复合MS-PCR检测的Gc基因型,与AmpliTypePM试剂盒的分型结果一致;武汉地区汉族人群Gc基因的3个常见等位基因Gc1F、Gc1S、Gc2的基因频率分别为0.4816、0.2592、0.2592,观察杂合度(Hobs)、期望杂合度(Hexp)、多态性信息含量(PIC)、个人识别能力(DP)、非父排除率(PE)分别为0.6193、0.6359、0.6253、0.7974、0.3480,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡;真三联体和非真三联体亲子鉴定各5例,前者不排除父子关系,与常规STR分型一致,后者经Gc-MS-PCR分型排除2例。结论建立复合MS-PCR法检测Gc亚型在法医物证鉴定中有实用价值。     

人肺癌中TNF-α基因多态性分布的意义及其对细胞凋亡的影响

目的:观察TNF-α基因启动子区-308位核苷酸多态性基因型在肺癌和对照人群中的分布,以及这种多态性对该基因表达和细胞凋亡的影响。方法:PER-RFLP分析112例肺癌和99例正常人的TNF-α基因启动子区-308位核苷酸多态性,TNF-α-308*G等位基因记做TNF-α1,TNF-α-308*A等位基因记做TNF- α2。免疫组织化学方法检测肺癌组织中TNF-α的表达,比较不同基因型肺癌病例的标本之间TNF-α基因表达的差异性。TUNEL法检测肺癌组织中细胞凋亡,并对比分析TNF-α-308位核苷酸多态性及其对肺癌组织中TNF -α表达和不同类型细胞凋亡的影响。结果:肺癌组与对照组的基因型分布为TNF-α1/1(52．7％、46．5％)。 TNF-α1/2(35．7％、48．5％),TNF-α2／2(11．6％、5．1％);等位基因频率为TNF-α1(70．5％、70．7％),TNF- α2(29．5％、29．3％),组间没有显著性差异,P>0．05。两种基因型个体在TNF-α基因表达上,TNF-α2/2基因型个体高于TNF-α1／1基因型的个体,两者差异显著,P<0．01。TNF-α表达的高低与癌细胞凋亡有比较明确的关系,TNF-α表达高的病例,肺癌细胞凋亡也多,与表达低的病例之间有明显差异,P<0．01。TNF-α表达的高低与间质细胞凋亡之间没有明确的关系。间质细胞平均凋亡指数在高、低分化的肺癌中分别为3．4±0．4和 3．1±0．5,组间没有显著性差异,P>0．015;癌细胞的平均凋亡指数在高、低分化的肺癌中分别为2．4±0．3和 1．7±0．4,两组间有显著性差异,P<0．05,,结论:TNF-α-308位核苷酸的多态性基因型在肺癌和正常人中的分布之间没有明显差别,这种多态性可能不是肺癌易感的遗传因素。但这种多态性与该基因的表达有关。TNF-α高表达肺癌细胞凋亡较多,间质细胞凋亡与TNF-α表达的高低变化之间没有明确的关系。在高分化的肺癌中, TNF-α表达较高,癌细胞凋亡也多,TNF-α-308位核苷酸的多态性可能与了肺癌的分化有关。     

Estimating Individual Contributions to Complex DNA SNP Mixtures.,

High‐throughput sequencing (HTS) of large panels of single nucleotide polymorphisms (SNPs) provides an alternative or complimentary approach to short tandem repeats (STRs) panels for the analysis of complex DNA mixture forensic samples. For STRs, methods to estimate individual contribution concentrations compare capillary electrophoresis peak heights, peak areas, or HTS allele read counts within a mixture. This article introduces three approaches (mean, median, and slope methods) for estimating individual DNA contributions to forensic mixtures for HTS/massively parallel sequencing (MPS) SNP panels. For SNPs, the major:minor allele ratios or counts, unique to each contributor, were compared to estimate contributor proportion within the mixture using the mean, median, and slope intercept for these alleles. The estimates for these three methods were typically within 5% of planned experimental contributions for defined mixtures.     

DNA指纹图在法医学鉴定中应用的研究(Ⅰ)

应用 MYO DNA 探针对中国人进行了 DNA 遗传指纹图检验。从两个家系16人及100个无关个体中取肘静脉血提取 DNA,用限制性内切酶 HinfⅠ或 HaeⅢ水解,1%琼脂糖凝胶电泳分离,经 Southern印迹转移,MYO DNA 探针杂交,获得了清晰可辨的 DNA 指纹图谱。结果每个个体在3.0Kb 以上均能检出10条以上杂交区带,个体间的相关概率<4×10~(-9),由杂交区带构成的图谱是个体特异的,杂交区带遵循孟德尔的显性遗传方式由亲代向子代遗传;具有 DNA Fingerprints 的特点。对两起亲子鉴定的案例进行指纹图检验,孩子所存在的杂交区带,除来自母亲外,其余可在嫌疑父亲带中找到,肯定了孩子与嫌疑人的父子关系。MYO DNA 探针在亲子鉴定与个人识别的法医学鉴定中有着重要的实用价值。