广东首株犬源贾第虫的基因型鉴定

为了对广东首株犬源贾第虫进行分离鉴定,采用常规方法分离犬粪便中的贾第虫包囊,通过显微镜观察对其进行形态学鉴定,并以小亚基核糖体RNA(16SrRNA)基因和谷氨酸脱氢酶(gdh)基因作为遗传标记,采用PCR方法对其进行了扩增、克隆、序列测定和分析。将扩增序列与GenBank中登录的参考序列进行比对,并用DNAStar软件建立系统进化树,以确定该贾第虫的基因型。结果显示,显微镜观察的结果与所报道的蓝氏贾第虫的形态一致;PCR扩增产物经10g/L琼脂糖凝胶电泳检测,出现299和432bp的片段,与预期结果一致;16SrRNA基因的序列分析结果显示该犬源贾第虫的基因型为A型,对gdh基因序列的进一步分析显示该基因型为A1亚型。结果表明本次分离的犬源贾第虫属于蓝氏贾第虫人兽共患的基因型。关键词:犬;蓝氏贾第虫;基因型     

猴源贾第虫新亚型B11的基因鉴定

运用饱和蔗糖溶液漂浮法收集了26份雅安市碧峰峡野生动物园不同野生动物的粪便寄生虫卵囊,提取DNA,经巢式PCR扩增β-giardin和tpi基因,扩增产物经测序后进行同源性和系统发育分析。结果显示,环尾狐猴(YARTL01)和猕猴(YARM01)感染贾第虫,其中YARTL01分离株为一个新基因亚型,被命名为B11;YARM01分离株为蓝氏贾第虫B1亚型。YARTL01分离株的β-giardin基因序列与环尾狐猴分离株6LC(GenBank登录号HQ616629)的相似率为99.4%,tpi基因序列与猕猴分离株34538(GenBank登录号JX000563)的相似率为98.6%。种系发育分析显示,YARTL01在β-giardin基因位点与聚集体B处于同一分支,而在tpi基因位点,此分离株单独成一分支。YARM01的β-giardin基因序列和tpi基因序列分别与河狸分离株Be1(GenBank登录号EU014382)、猕猴分离株36395(GenBank登录号KC441076)的相似率达到100%;在进化树中,YARM01分离株在β-giardin基因位点与聚集体B处于同一分支,在tpi基因位点此分离株与聚集体B1处于同一个进化分支。本研究是首次报道四川省猴感染贾第虫,其中YARTL01分离株为一个新基因亚型。     

猫源蓝氏贾第虫HRM快速基因分型方法的建立

为建立一种蓝氏贾第虫的快速基因分型方法,选取β-贾第素(β-giardin)基因作为遗传标志,采用HRM技术对华南地区常见的猫源蓝氏贾第虫A型、F型进行基因分型。根据GenBank中登录的序列KJ027416.1(A型)和JX 275388(F型)设计了qPCR-HRM引物BGF和BGR,通过对反应温度和反应体系进行优化,建立了HRM基因分型方法,并对其稳定性、敏感性和准确性进行了检测。结果显示,HRM分型方法可对蓝氏贾第虫A型、F型以及混合感染情况进行检测;批内和批间重复性均良好;当样品质量浓度低至4.27×10-4 ng/μL时,HRM检测方法依然可以分辨出基因型;其准确性与测序结果完全一致。结果表明,建立的HRM基因分型方法具有快速、稳定、敏感和准确的特点,适用于猫源蓝氏贾第虫的临床检测和贾第虫病的分子流行病学调查。     

四川省圈养野猪源和小香猪源贾第虫及隐孢子虫的分离与鉴定

为调查四川省野猪源及小香猪源贾第虫和隐孢子虫感染情况,采集了326份圈养野猪和小香猪的新鲜粪便,提取基因组DNA,经巢式PCR扩增贾第虫β-giardin位点基因和隐孢子虫18S r RNA位点基因,鉴定阳性粪便贾第虫集聚体和隐孢子虫虫种。结果表明:11头野猪感染蓝氏贾第虫(10头感染集聚体E,1头感染集聚体A);2头小香猪感染蓝氏贾第虫集聚体E;3头野猪和3头小香猪均感染成猪隐孢子虫;未见贾第虫和隐孢子虫混合感染。本试验首次在国内报道了野猪和小香猪感染蓝氏贾第虫和隐孢子虫,并确定了2种蓝氏贾第虫集聚体和1种隐孢子虫虫种。     

猫源贾第虫16S rRNA与β-贾第素基因双位点的基因型鉴定

为了对流浪猫粪便中分离的贾第虫滋养体进行基因型鉴定,提取虫体基因组DNA,以16SrRNA和β-贾第素基因为遗传标记,通过PCR扩增、克隆、测序、NCBI比对以及相关软件分析,建立系统进化树,确定了其基因型。结果显示,成功扩增出291bp的16SrRNA和511bp的β-贾第素基因片段,测定了2个基因片段的序列,并经NCBI比对以及DNAStar中MegAlign软件分析确定该株贾第虫为十二指肠贾第虫F型。本研究首次对我国猫源贾第虫进行了基因型鉴定,为猫源贾第虫分子生物学和分子流行病学研究奠定了基础。     

藏羚羊十二指肠贾第虫感染情况的调查

调查中国西藏自治区藏羚羊十二指肠贾第虫的感染情况并掌握其集聚体分布,基于十二指肠贾第虫的bg基因位点,采用巢式PCR法共检测了305份西藏不同地区的藏羚羊粪便DNA样本,总感染率为0.7%(2/305)。此外,发现西藏藏羚羊贾第虫感染率与性别没有相关性。遗传分析表明西藏藏羚羊感染的十二指肠贾第虫集聚体为集聚体E。虽然西藏地区藏羚羊的十二指肠贾第虫感染率低于国内大部分地区,但仍是该地区人类感染贾第虫的潜在传染源,本研究为我国藏羚羊及其他宿主的十二指肠贾第虫防治提供了基础参考资料。     

四川省骆驼源隐孢子虫的分离与虫种鉴定

为调查四川省骆驼的隐孢子虫感染情况,采用蔗糖溶液漂浮法检测了成都动物园和雅安市碧峰峡野生动物园共6匹成年骆驼的新鲜粪便,通过巢式PCR扩增了阳性分离株的18SrRNA位点基因,并采用MLST方法测定了该分离株在MS1、MS2、MS3和MS16基因位点单元型;同时构建了系统发育树,鉴定了感染的隐孢子虫虫种及亚型类别。结果显示,2匹骆驼(CDBC01、SCBCO2)感染了隐孢子虫,18SrRNA序列与安氏隐孢子虫人源分离株(GenBank登录号KF271478)的相似率均为100%;经MLST分析,该2株亚型分别为A6、A5、A2、A1和A4、A4、A4、A1,与先前在骆驼与牛上的报道一致。本试验首次在四川省骆驼体内发现安氏隐孢子虫,并确定为2种隐孢子虫亚型。     

乌骨鸡J亚型禽白血病病毒的分离及其全基因组遗传进化分析

为了解云南地方品种盐津乌骨鸡感染禽白血病病毒（ALV）的情况,从云南省盐津县某规模化盐津乌骨鸡种鸡场中分离ALV,并对1株ALV-J(YN2021株)的全基因组进行序列分析。结果显示,该场乌骨鸡的ALV感染阳性率为16.66%,以ALV-J亚型感染为主,也存在ALV-B亚型单独感染和ALV-J/B亚型混合感染。测序表明YN2021株基因组全长7 618 bp,与参考毒株核苷酸同源性为65.0%～97.1%,其中env基因N端糖基化位点与参考毒株存在差异;遗传进化分析显示,YN2021株可能是由ALV广东株和广西株重组产生的。本研究首次报道了云南地方品种盐津乌骨鸡中ALV-J的全基因序列,为我国研究ALV-J遗传进化奠定了基础。     

华南地区黑冠松鼠猴(Saimiri vanzolinii)弓形虫虫株的分离鉴定

采用基于弓形虫虫株529 bp重复序列的PCR方法对采集的病料进行弓形虫分子鉴定。将该弓形虫阳性病料匀浆接种于BALB/c小鼠腹腔,经连续传代分离获得弓形虫速殖子。同时,根据弓形虫B1基因的PCR方法对该分离虫株进行鉴定,扩增出弓形虫B1基因特异条带。测序结果表明,此虫株扩增片段基因序列与GenBank中的弓形虫B1(AF179871)基因序列完全一致。通过PCR-RFLP分型鉴定,所分离的SS弓形虫虫株与传统Ⅰ型RH株、Ⅱ型PRU株和Ⅲ型VEG株的酶切谱系均有所不同,同时与Chinese#1型也有所不同,其被判定为国内另一种独特基因型弓形虫虫株,这为国内乃至华南地区弓形虫基因库的建立收集了样本,也为下一步野生动物弓形虫检测和防控提供了依据。     

猪源弓形虫的分离鉴定及基因型的研究

本研究的目的是分离鉴定江西省某猪场猪感染的弓形虫虫株并研究其多位点基因型。以江西省某猪场病死的后备母猪肺门淋巴结为材料,经触片、瑞氏染色,镜检可见弓形虫滋养体;将该阳性病料腹腔接种BALB/c小鼠,经连续传代分离得到弓形虫虫株(命名为TgPJX13),用基于B1基因的半巢式PCR方法对该分离虫株进行鉴定,得到弓形虫的特异条带。测序表明,TgPJX13株扩增片段序列与NCBI中的弓形虫B1基因序列完全一致。用PCR-RFLP方法在11个基因位点(其中SAG1、SAG2、SAG3、5′+3′SAG2、BTUB、GRA6、c22-8、c29-2、L358和PK1为核基因位点,Apico为顶质体基因位点)对TgPJX13虫株进行基因型鉴定,确定该虫株的基因型为ToxoDB#9。弓形虫TgPJX13株的成功分离和鉴定为进一步研究其毒力及生物学特性奠定了基础。     

2007-2010年间我国西北地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学调查

在过去的两个时间段内,作者从我国西北地区的15个猪场分离出32个病原样品,通过基因分子检测和测序分析以确定猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的感染和PRRSV的基因型。结果显示,PRRSV阳性检出率为35.9%,2007-2008年和2009-2010年的平均发病率分别为46.5%和29.3%。依据GP5完整基因的核苷酸序列所做的遗传进化树分析表明,所有的32株PRRSV田间流行株的基因型都属于北美洲型,且属于高致病性的PRRSV亚型。分离自新疆的毒株形成一个相对密切的基因分支,与以BJ0706株为代表的分子进化中间型的其他分离株也有较为密切的进化关系。此外,通过比较2007-2008年和2009-2010年分离自同一养猪场的毒株,发现16个分离株中15株表现相同的氨基酸突变,即V29→A29和N34→S34。调查结果表明,自2007年到2010年间PRRSV在我国西北地区和其他地区相继出现,而且显示一定的地域特征。同时,2009年之后的分离株在GP5基因上出现新的氨基酸突变。     

猪瘟病毒浙江分离株体外生长特性及其囊膜糖蛋白E2分子的变异分析

为了研究分离于浙江省衢州和杭州的2株猪瘟病毒基因2型流行毒株QZ-07、HZ1-08在猪肾细胞(PK-15)和猪睾丸细胞(ST)中的生长特性及其囊膜糖蛋白E2的分子进化特征,采用间接免疫荧光、效价测定和进化分析等分子生物学方法将基因2型流行毒株与基因1型石门株进行了比较。结果表明,石门株在PK-15细胞中的增殖效率明显高于ST细胞;感染PK-15细胞后第48小时,细胞内的效价可达107TCID50/mL,而在ST细胞中的效价只有105.25 TCID50/mL。基因2型毒株在PK-15细胞中的增殖水平明显低于ST细胞,尤其以HZ1-08株更为明显;感染ST细胞后第48小时,细胞内的效价为105 TCID50/mL,而PK-15细胞中的效价只有102.75 TCID50/mL。两基因型毒株E2的核苷酸同源性低于90%,氨基酸同源性约为90%。表明,基因2型毒株的体外生长特性及其E2的分子特性均与基因1型毒株存在差异。     

一株金丝猴源毕氏肠微孢子虫的基因鉴定

采用巢式PCR法鉴定1株来自成都动物园猴源毕氏肠微孢子虫分离株(CDR01)的基因型。通过饱和蔗糖溶液漂浮法收集孢子,提取DNA后经PCR扩增ITS、MS1、MS3、MS4和MS7基因,扩增产物经测序后进行同源性和系统发育分析。结果表明,CDR01分离株的ITS、MS1、MS3、MS4和MS7基因序列与人源分离株(Gen Bank登录号:AF101200)、K-88恒河猴源分离株(Gen Bank登录号:KF305606)、秦岭羚牛源分离株1-QY25(Gen Bank登录号:KR048567)、NY-22恒河猴源分离株(Gen Bank登录号:KF305616)、人源分离株6975(Gen Bank登录号:HQ615922)的同源性均为100%。基于ITS的种系发育结果显示,CDR01与参考序列KU194595位于同一分支,ITS基因型为D型。MS1、MS3、MS4和MS7基因形成了一个MLG基因型。本研究首次报道了四川省金丝猴感染微孢子虫D型,并且用MLST法确定了该分离株的基因亚型。     

免疫鸽群中2株新城疫病毒的分离鉴定及遗传进化分析

为了研究目前免疫鸽群中新城疫病毒(NDV)感染发病的原因,对2011年从江苏省和湖南省2个免疫过的发病鸽场分离到的2株鸽源NDV进行了生物学特性的测定以及遗传进化分析,并将其与疫苗株La Sota进行交叉中和试验。结果显示,NT-10株为强毒株,HuN株为中等毒力。对其F基因的遗传进化分析表明,二者均为Ⅵb亚型NDV,均为强毒裂解位点,F蛋白上有3个区别于其他基因型的特征性氨基酸位点,即132S,259H,380N。中和试验结果表明,2个NDV分离株与La Sota的抗原性差异很大。结果表明,Ⅵb亚型仍然是鸽群中新城疫病毒的主要流行株,该亚型具有明显的宿主感染特异性;鸽源Ⅵb亚型NDV分离株与La Sota的抗原性差异较大,这可能是免疫鸽群中发生NDV感染的重要原因之一,有必要研制用于预防鸽群中Ⅵb亚型NDV感染的新型疫苗。     

中华按蚊源日本脑炎病毒的分离鉴定及其分子特征的分析

为了解上海市蚊源日本脑炎病毒(JEV)的分子特征,2014年从上海市嘉定区猪场采集蚊媒样品1万余份,采用BHK21和C6/36细胞培养法进行病毒分离,通过RT-PCR和IFA技术对分离株进行鉴定。结果表明,分离到1株JEV,命名为JD-15,源自中华按蚊。用JD-15株分别感染BHK21和C6/36细胞,72 h后所有细胞均发生明显病变(CPE),其细胞半数感染量(TCID50)为1.96×106PFU。用分离株JD-15脑内接种3周龄乳鼠,结果测得半数致死量(LD50)为4.2×101PFU,表明该毒株具有较强的神经毒力。对JD-15株的E基因进行克隆测序及进化分析,结果显示,该株JEV属于基因Ⅲ型,与减毒活疫苗株SA-14-14-2的E基因核苷酸序列的同源性为98.1%,氨基酸序列的同源性为97.5%。本研究为乙型脑炎的流行病学调查提供了科学依据,对上海市蚊虫及蚊媒病的防治具有重要意义。     

H5N1亚型高致病性禽流感病毒NS基因的克隆及序列分析

采用RT PCR技术对4株H5N1亚型高致病性禽流感病毒的NS基因进行了扩增,将获得的PCR产物分别与T载体连接,获得了4个毒株的NS基因阳性克隆。序列分析结果显示,分离毒株间的核苷酸同源率为90.2%～98.7%,氨基酸同源率为82.6%～97.8%。与其他毒株比较A Goose HLJ P46 2003(H5N1)和A Goose HLJ G2 2003(H5N1)株NS基因在第264～278位处发生了15个核苷酸缺失;A Goose Jilin W2 2004(H5N1)株NS1基因蛋白编码区的第652位碱基发生T C突变,成为终止密码子,造成NS1蛋白的C末端有13个氨基酸缺失。证实不同基因型的H5N1亚型禽流感病毒在我国家禽中同时存在;H9与H5亚型流感病毒基因间存在着广泛的遗传交换。     

河北省鸡源大肠杆菌CTX-M型ESBLs基因的流行特征研究

旨在从分子水平阐明河北地区鸡源大肠杆菌CTX-M型超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)基因流行特征,探究大肠杆菌耐药性传播途径,为制定科学的防控措施奠定基础。从河北地区病鸡肝中分离大肠杆菌,通过选择性培养基培养特性观察、细菌生化试验、16S rRNA方法鉴定分离菌株;采用K-B法测定细菌的药物敏感性;通过PCR技术检测第3代头孢菌素耐药菌株中CTX-M基因(bla_(CTX-M-1)、bla_(CTX-M-2)、bla_(CTX-M-8)和blaCTX-M-9)和整合子整合酶基因(Int1、Int2和Int3)的流行情况,比对基因序列,分析携带CTX-M基因亚型的情况。参照McMLST网站数据库提供的7对管家基因序列进行MLST分型,探索不同ST型菌株中CTX-M基因亚型的流行情况。经分离鉴定试验,共检测出56株大肠杆菌,其中41株(73.21%)大肠杆菌对第3代头孢菌素类抗生素耐药,且对碳青霉烯类抗生素呈高度敏感。第3代头孢菌素耐药菌株中携带blaCTX-M-9(48.78%)、blaCTX-M-1(43.90%)和blaCTX-M-8(24.39%),未检出blaCTX-M-2。从CTX-M-9群共检出CTX-M-65(n=10)、CTX-M-14 (n=8)和CTX-M-27 (n=2)这3种基因亚型;CTX-M-55 (n=15)型在CTX-M-1群中的检出率最高,其次为CTX-M-123(n=2)和CTX-M-64(n=1);36株携带blaCTX-M大肠杆菌同时携带Ⅰ型整合子的Int1基因。MLST分型结果表明,36株携带CTX-M基因的大肠杆菌共有16种ST型,优势流行型为ST85 (n=6)和ST243 (n=6)。由此可见,河北地区鸡源大肠杆菌对第3代头孢菌素的耐药率较高,对极少数的抗生素呈高度敏感,且呈现多重耐药型,第3代头孢菌素耐药菌株普遍携带CTX-M型耐药基因,以CTX-M-55、CTX-M-65、CTX-M-14型为主。本研究结果表明,河北地区鸡源大肠杆菌普遍具有耐药性,有丰富的耐药谱型,同时多种耐药基因可存在于同一株细菌中,不同耐药基因的ST型归属特性存在差异。     

猪圆环病毒3型的分离与鉴定

为分离获得猪圆环病毒3型(PCV3),对疑似PCV感染死亡的仔猪病料进行PCR检测,将检测呈PCV3阳性的样品利用PK-15细胞进行病毒分离,同时利用原核表达的Cap蛋白制备多克隆抗体,通过IFA、免疫电镜和序列测定分析对分离株进行鉴定。结果显示,分离获得1株PCV3流行毒株,IFA检测有特异性荧光;电镜下可见圆形、直径约为20 nm的病毒粒子;与PCV1、PCV2的同源性分别为22.2%、22.1%,属于3a亚型,将其命名为LJ0603株。LJ0603株繁殖至第72小时病毒含量最高,且能稳定传代至第13代。PCV3 LJ0603株的获得为其结构功能和致病机制及免疫预防等研究奠定了基础。     

肉鸡白色念珠菌的分离鉴定与基因分型

从病鸡嗉囊分离出3株酵母状真菌;在不同培养条件下观察分离菌株的菌落与个体形态特征;用分离菌株BCA1在雏鸡上进行人工感染试验;对原分离菌株和再分离菌株BCA1-1用rDNA-ITS序列分析鉴定,并以其25SrDNAⅠ型内含子序列进行基因分型。结果显示,3个分离菌株均为白色念珠菌,归属于2个基因型,BCA2株属于A型,BCA1和BCA3株的扩增产物包括C型的2条带和介于其间的第3条带。在人工感染试验中,雏鸡发病率为88%,病死率为68%,症状与临床自然发病的相一致;再分离菌株BCA1-1与接种菌株BCA1相同。可见,导致该批肉鸡发病的病原确系白色念珠菌,3个分离株中的2株不同于已知的基因型。     

犬细小病毒广西流行株的分离鉴定及生物学特性分析

为了解当前犬细小病毒广西地方毒株的生物学特性,本研究收集广西各地疑似犬细小病毒(CPV)感染病犬的粪便通过接种F81细胞进行病毒的分离培养,并通过血凝试验、抗性分析、同源性分析和攻毒试验等对分离毒株的生物学特性及致病力进行研究。结果显示,接种3代后,细胞出现明显的病变(CPE),血凝效价为1∶512,第5代病毒的TCID_(50)为1×10~(-3.6)/0.1 m L,能抗热、酸、氯仿和乙醚;电镜观察到CPV为直径约25 nm圆形、无囊膜的结构,应用CPV特异性引物检测到长约1 419 bp和1 254 bp的特异性条带,提示成功分离到一株犬细小病毒毒株;测序分析结果表明,VP2基因与周边国家地区及我国各地方的参考毒株、流行株核苷酸同源性为98.9%~99.8%;系统进化发生分析表明,广西分离株的基因型为CPV-2a亚型,与泰国参考毒株VT148亲缘关系最近;与其它CPV-2a亚型相比,分离株的第267位、305位、324位和440位氨基酸位点发生了变异;动物回归试验结果表明,犬细小病毒广西分离株属于强毒株。本研究成功分离到犬细小病毒广西地方流行株,并对其主要衣壳蛋白VP2基因进行遗传变异分析,为更好的预防和控制犬细小病毒提供依据。