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1.
三种猪腹泻病毒性病原多重RT-PCR检测方法的建立及应用   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据GenBank中登录的猪流行性腹泻病毒(PEDV)、传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪A群轮状病毒(GAR)的基因序列保守区,分别设计了3对引物。通过对引物浓度、退火温度等条件进行优化,建立了检测PEDV、TGEV和GAR的三重RT-PCR方法,并对其灵敏度、特异性进行了检测。该方法的最低检测量分别为PEDV 0.24pg、TGEV 2.3pg、GAR 1.5pg;特异性试验显示,它对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型、猪萨佩罗病毒、猪博卡病毒、猪环曲病毒、猪源大肠杆菌、猪链球菌2型、猪源沙门菌、空肠弯曲杆菌和金黄色葡萄球菌等均不产生非特异性扩增。利用该方法对采自四川省6个猪场的46份样品进行检测,结果,PEDV阳性率达76.1%,TGEV阳性率为19.6%,而GAR未被检出;表明同场样品中存在PEDV与TGEV的混合感染。同时用文献报道的单一RT-PCR法对上述样品进行检测,结果符合率均为100%。结果表明,建立的三重RT-PCR具有较高的灵敏度和特异性,可用于PEDV、TGEV和GAR的检测。  相似文献   

2.
本试验旨在建立同步共检猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(RV)的多重RT-PCR检测方法。参照PEDV的M基因(JQ023161)、TGEV的N基因(JX013850),RV的VP7基因(AY707788),利用Primer Premier 5.0软件设计筛选能特异性扩增PEDV、TGEV、RV相应基因的引物。并对引物浓度、退火温度等扩增条件进行优化,建立了一种能同时共检PEDV、TGEV和RV的多重RT-PCR方法。该方法对PEDV、TGEV和RV均能分别扩增出大小为347、779和510bp的预期片段;该方法灵敏度高,最低可以检测约1.5×105拷贝的阳性RNA模板;该检测方法特异性强,TGEV、PEDV、RV三种病毒核酸检测体系内无交叉反应,对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、日本脑炎病毒和伪狂犬病病毒的RNA或DNA检测均为阴性。应用该方法检测135份临床样品,TGEV、PEDV和RV的阳性检出率分别为2.96%、82.2%和2.22%,与常规单一RT-PCR的检测结果进行比较分析,符合率均为100%。上述研究结果表明该方法是一种简便、快速、同步共检PEDV、TGEV和RV的有效方法。  相似文献   

3.
针对猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪Delta冠状病毒(PDCoV)和猪轮状病毒(PRoV)基因序列,分别设计特异性引物,扩增PEDV N基因(750 bp)、TGEV M基因(544 bp)、PDCoV N基因(183 bp)和PRoV VP6基因(329 bp)。经过对引物浓度、退火温度等反应条件的优化及特异性、敏感性、重复性试验,成功建立了快速鉴别检测PEDV、TGEV、PDCoV、PRoV的多重RT-PCR方法。该方法仅对PEDV、TGEV、PDCoV、PRoV检测为阳性,对口蹄疫病毒(FMDV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和猪细小病毒(PPV)等主要病毒的扩增均为阴性。PEDV、TGEV、PDCoV、PRoV重组质粒标准品的检出下限分别为1.57×10~2、1.57×10~3、1.57×10~2、1.57×10~2copies/L。相同条件下的重复性试验获得均匀一致的结果。应用所建立的方法检测2017—2018年采集自广西各地的270份腹泻病料,结果显示,PEDV、TGEV、PDCoV、PRoV的阳性率分别为15.56%、11.48%、10.74%、1.85%,并且存在混合感染现象。上述结果表明,所建立的多重RT-PCR方法可用于PEDV、TGEV、PDCoV、PRoV的快速鉴别检测及流行病学调查。  相似文献   

4.
为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)的快速鉴别检测方法,针对PEDV基因序列设计3对特异性引物。第1对引物扩增野毒株(经典株、变异株)和疫苗株ORF3基因198 bp和148 bp片段;第2对引物扩增经典株和疫苗株S基因429 bp片段;第3对引物扩增变异株S基因274 bp片段。经过反应条件的优化,建立了能够同时检测并区分PEDV经典株、变异株及疫苗株的多重RT-PCR检测方法。该方法可以特异地检测PEDV,而与猪的其他重要病原FMDV、CSFV、PRRSV、TGEV、PRo V、PCV2、PRV无交叉反应;对重组质粒标准品的检出下限为2.62×10~2copies/L;重复试验获得了均匀一致的结果。应用该方法检测336份临床病料,PEDV阳性的120份,其中变异株96份、疫苗株21份、变异株和疫苗株混合感染3份。结果表明,本研究所建立的多重RT-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于PEDV经典株、变异株和疫苗株的快速鉴别检测和流行病学调查。  相似文献   

5.
根据G en Bank中已登陆的猪流行性腹泻病毒(PED V)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(RV)的参考基因序列,设计3对引物分别用于扩增PEDV的N基因、TGEV的M基因、RV的VP7基因的目的片段;通过优化反应体系,建立了同时检测PEDV、TGEV、RV的三重PCR检测方法。敏感性和特异性试验的结果表明,该方法对这3种病毒的最低核酸检出量分别为39.5 pg(PEDV)、38.1 pg(TGEV)和51.6 pg(RV)。该方法可同时扩增477 bp(PEDV)、263 bp(TGEV)、355 bp(RV)的特异性基因片段,而对猪瘟病毒(CSF V)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和伪狂犬病病毒(PRV)等病毒的检测结果均为阴性。三重PCR与单一PCR的符合率为100%。上述结果表明,该方法的建立对于这3种病毒的临床快速检测与流行病学调查具有十分重要的意义。  相似文献   

6.
分别以猪流行性腹泻病毒(PEDV)M基因、猪轮状病毒(Po RV)VP6基因、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因、猪源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)Npro基因为靶基因,参照Gen Bank上登录的基因序列,利用DNAStar和Oligo7软件设计了4对引物。采用PCR分别扩增各病毒基因,并克隆至p MD18-T载体,获得4个阳性重组质粒。以重组质粒为模板,进行多重PCR方法的优化。特异性试验检测可分别扩增出相应的病毒基因片段;敏感性试验结果显示,检测PEDV、TGEV、Po RV及BVDV质粒的最低拷贝数分别为730copies/L、547 copies/L、6.47×103copies/L、705 copies/L。应用该方法对猪场44份猪腹泻样品进行检测,结果检出15份PEDV样品,3份TGEV样品,2份BVDV样品,其中PEDV与TGEV混合感染样品2份,TGEV与BVDV混合感染样品1份。随机抽取其中2份PEDV阳性样品进行病毒分离,病毒经细胞传3代以上PCR检测均为阳性,对PCR产物测序证实为PEDV。结果表明,本研究建立的多重PCR方法具有快速、简便、特异性强、敏感度高的特点,能够对PEDV、Po RV、TGEV和BVDV单个或混合感染的临床样品进行快速鉴别诊断。  相似文献   

7.
为建立一种能够快速、准确检测猪德尔塔冠状病毒(PD Co V)的方法,根据G en Bank上已发表的PDCo V的M基因序列,设计并合成1对特异性引物,扩增的目的基因片段的大小为359 bp。通过优化反应条件,建立了检测PDCo V的RT-PCR方法,并对其敏感性、特异性和重复性进行了检测。结果显示,仅PDCo V阳性模板可扩增得到约359 bp的目的条带,而猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、轮状病毒、牛病毒性腹泻病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型、伪狂犬病病毒、猪链球菌2型、大肠杆菌的扩增结果均为阴性。敏感性试验结果显示,该方法能检测到的最低核酸质量浓度为1 ng/L。应用该方法对110份临床疑似发病的腹泻猪样品进行检测,结果检出13份PDCo V阳性,阳性检出率为11.8%。应用Blast对测序结果进行比较分析,结果表明检测的阳性样品与其他PDCo V序列的同源性为92.2%~100%。M基因的系统进化分析表明,阳性样品与PDCo V中国分离株的亲缘关系较近。以上结果表明,本研究成功建立了PDCo V的RT-PCR方法,该方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,可用于PDCo V的临床诊断及流行病学监测。  相似文献   

8.
猪丁型冠状病毒病(PDCo VD)是新近报道的呈现世界流行性的猪肠道病毒病。为掌握我国猪丁型冠状病毒(PDCo V)的遗传变异特征,本研究对2014年11月至2015年5月之间采集的我国3个省的10个猪场的64份样品进行了检测,并对8个PDCo V毒株的S基因全长以及其中一个毒株的全基因组序列进行了测序分析,PDCo V的检测率为23.4%,比猪流行性腹泻病毒(PEDV)的检测率17.2%要高,同时PDCo V的单独感染率为17.2%,与PEDV混合感染率是6.4%,系统进化树表明本试验中的SXD1毒株与之前我国香港报道的毒株HKU15-44和HKU15-155的同源性最近,而这些毒株可能来自于中国大陆地区,且Song等进行的回溯性检测检到了PDCo V,表明PDCo V是一种重要的猪病毒性腹泻病病原,早就存在但未被检出。S蛋白的第52位氨基酸编码基因的缺失可以作为区分我国PDCo V毒株和韩国以及美国PDCo V毒株的标记。同时PDCo V毒株基因组上的ORF1a、S基因和N基因的变异提示我国应加强PDCo V的监控,尽快研制出针对PDCo VD的疫苗。  相似文献   

9.
为建立一种高效、敏感、特异的用于检测猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的半巢式RT-PCR方法,本研究依据GenBank发表TGEV的N基因序列设计3条特异性引物,通过优化反应体系,建立了检测TGEV的半巢式RT-PCR方法,并对反应体系特异性和敏感性进行了检测。结果显示,该方法能够成功扩增483 bp和338 bp两条目的条带;对TGEV具有良好的特异性,与猪流行性腹泻病毒、猪轮状病毒、猪博卡病毒、猪德尔塔冠状病毒均无交叉反应;最低可检测到1.86×10~(-1)pg/μL的TGEV cDNA。用所建半巢式RT-PCR对临床50份猪腹泻样品进行检测,结果显示,阳性率为36%,高于普通RT-PCR阳性检出率,且阳性样品符合率为100%。本试验所建立的半巢式RT-PCR检测方法灵敏度高、特异性好,可准确地对TGEV感染做出诊断,为TGEV的临床检测、流行病学调查提供了有效手段。  相似文献   

10.
自2014年美国首次报道猪Delta冠状病毒(PDCoV)以来,该病毒相继在我国一些猪场检测到,由于其发病症状和病理剖检与猪流行性腹泻(PED)极其相似,且易出现混合感染,临床很难区分,给养殖业造成严重经济损失,因此建立能够同时检测且能区分这两种病毒感染的诊断方法,对于临床实践具有重要意义。根据GenBank中登录的PDCoV和猪流行性腹泻病毒(PEDV)基因序列,设计了2对分别用于扩增PDCoV N基因和PEDV M基因的目的片段的引物,通过对RT-PCR反应条件进行优化,建立了同时检测PDCoV和PEDV的双重RT-PCR检测方法,并对该方法进行了灵敏性、特异性和重复性研究。结果显示,该双重RT-PCR对PD-CoV和PEDV的最低检测量分别是3.14×10~3 copies/μL和3.88×10~4 copies/μL。该方法仅对PDCoV和PEDV检测为阳性,对猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、博卡病毒(PBoV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪伪狂犬病毒(PRV)等猪常见的感染病毒的扩增均为阴性,说明该方法具有较好的特异性。用建立的双重RT-PCR方法对111份临床样品进行检测,其中PDCoV阳性样品22份,阳性率为19.82%,PEDV阳性样品27份,阳性率为24.32%,PDCoV和PEDV共感染的样品数为10份,阳性率为9.01%。本试验所建立的双重RT-PCR方法能够快速、准确地对PDCoV和PEDV单一或混合感染的临床样品进行快速检测,为临床上对PDCoV和PEDV鉴别诊断和流行病学调查研究提供了新的技术手段。  相似文献   

11.
根据猪嵴病毒(PKV)3D基因、猪星状病毒(PAstV)ORF2基因和猪环曲病毒(PToV)M基因的序列,设计了3对引物,通过反应体系和条件的优化,首次建立了检测猪嵴病毒、猪星状病毒和猪环曲病毒的多重RT-PCR。本研究建立的多重RT-PCR对PKV、PAstV和PToV的最低检出限分别为1.51×104、1.19×103、1.26×104 copies/μL,同时也具有较强的特异性和良好的重复性。用该方法检测了40份来自四川省部分猪场的仔猪腹泻病样。结果显示,PKV、PAstV、PToV的阳性检出率分别为75.0%、30.0%和22.5%。与单一RT-PCR检测结果一致。本方法的建立对PKV、PAstV、PToV的鉴别诊断和混合感染检测具有重要的应用价值。  相似文献   

12.
为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异毒株的快速RT-PCR检测方法,根据GenBank中PEDV S基因序列设计合成1对特异性扩增引物,通过优化反应条件,建立了检测PEDV变异毒株的RT-PCR方法。结果显示,建立的RT-PCR鉴别检测方法能特异性区分疫苗株CV777和PEDV变异毒株,仅能扩增出PEDV变异毒株826bp的目的片段,与猪传染性胃肠炎病毒、A群猪轮状病毒、猪嵴病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒、猪瘟病毒及猪细小病毒均无交叉反应。敏感性试验结果显示,该方法能检测到的最低核酸质量为11.3pg。利用该方法对采集自广西部分地区的123份临床腹泻样品进行检测,临床腹泻样品中PEDV阳性率为67.5%,变异毒株占总PEDV毒株的86.7%(72/83)。结果表明,该RT-PCR鉴别诊断方法特异性强、灵敏度高、操作简单,为猪流行性腹泻的流行病学及病原诊断研究提供了可供借鉴的技术手段。  相似文献   

13.
本研究旨在建立检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的恒温隔绝式PCR(iiPCR)。采用靶向PEDV S基因的引物和探针,通过对引物、探针、Taq酶及反转录酶等进行优化,建立了检测PEDV的iiPCR,对其特异性、敏感性和稳定性进行评价,对15份PEDV阳性样本和7份阴性样本进行检测,比较与现有的荧光定量RT-PCR方法的符合率,并对115份仔猪腹泻样本进行检测。结果显示,iiPCR的最佳反应体系为:上、下游引物各3.5μL、探针0.25μL、Taq酶1μL、反转录酶1.25μL、Buffer A 25μL、模板2μL,补足DEPC水至50L,从样本处理到报告结果仅需1 h;该方法能检出样本中的PEDV,对TGEV、PPV、CSFV等无关病原不检出,检测下限为17.5 copiesμL,对5个稀释度的阳性标准品进行检测,3次重复结果一致,与现有荧光定量RT-PCR的总符合率为90.9%;本研究建立的iiPCR对仔猪腹泻样本中PEDV的检出率为22.6%(26/115)。综上可见,本研究成功建立了检测PEDV的iiPCR,为PED的诊断提供了更为便捷并可现场使用的可靠方法。  相似文献   

14.
猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪肠道α冠状病毒(PEAV)是两种新发现的猪传染性冠状病毒,临床上均以腹泻症状为主,症状相似,临床上难以快速诊断。为建立一种快速、准确区分PDCoV和PEAV的二重RT-PCR方法,本研究根据PDCoV和PEAV N基因序列,分别设计2对特异性引物,以阳性质粒为模板,对二重RT-PCR反应条件进行优化,并进行特异性、敏感性试验。结果显示,所建立的方法能够扩增出PDCoV和PEAV的特异性片段,大小分别为690 bp和208 bp,且对猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PRV)和猪圆环病毒2型(PCV2)无扩增条带;对PDCoV和PEAV的最低检测量分别为5.13×102copies/μL、4.73×101copies/μL。对60份临床腹泻样本病料进行检测,结果PDCoV的检出率为21.6%,未检测出PEAV。本研究所建立的二重RT-PCR方法可用于临床流行病学监测,为快速诊断PDCoV和PEAV提供理论依据和技术支持。  相似文献   

15.
为建立同时快速检测猪A群轮状病毒(GARV)、猪C群轮状病毒(GCRV)和猪星状病毒(AstV)的三重RT-PCR检测方法,根据GenBank中公布的序列进行病毒基因区同源性分析,然后使用Primer Premier 5.0软件分别设计了GARV、GCRV的VP6基因和AstV的ORF2基因特异性引物,预期扩增片段的大小分别为229、166和410bp。在这3种病毒单项RT-PCR技术的基础上,建立了GARV、GCRV和AstV的多重RT-PCR检测方法,并用该方法检测30份四川省仔猪腹泻粪样。结果显示,GARV、GCRV、AstV的阳性检出率分别为26.7%、13.3%、16.7%,本方法与这3种病毒的单项RT-PCR检测结果的符合率分别为100%、100%、83%,整体符合率达94.3%,特异性为100%。结果表明,本试验建立的多重RTPCR检测方法具有特异、快速、准确的特点,可用于GARV、GCRV和AstV的同时检测。  相似文献   

16.
参考GenBank上登录的猪流行性腹泻病毒(PEDV)株的ORF3基因序列保守型片段设计特异性引物,建立了检测PEDV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法。在4.32×102~4.22×107copies范围内,它有很好的线性关系,其扩增相关系数为0.999,扩增效率为99%,扩增产物的熔解曲线只出现1个特异峰,无引物二聚体,熔解温度为82.23℃±0.19℃。它对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪细小病毒、猪流感病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号,表明其特异性强。该方法的组内变异系数为0.05%~0.87%,组间变异系数为0.32%~1.24%,重复性好。结果表明,建立的SYBRⅠ实时荧光定量RT-PCR为PEDV早期感染的诊断及定量分析提供了新的方法。  相似文献   

17.
为建立猪瘟病毒NASBA-ELISA检测方法,以猪瘟病毒(CSFV)E2基因为研究对象,利用Prim-er 5.0和Blastn生物软件,设计并合成了特异的核酸序列依赖扩增(NASBA)引物和探针。经条件优化,确定的最佳扩增反应条件为42℃,反应1.5h。临床检测结果显示,用该方法可特异地扩增CSFV E2基因约155bp的目的片段,而对TGEV、PRRSV、PCV2、PPV、PEDV、APP和PK-15正常细胞等核酸的检测均为阴性,可最低检出1×100~1×101 copies/μL,其灵敏度比RT-PCR略高。应用该方法对采自重庆部分地区猪场的125份样品进行了检测;结果,猪瘟病毒阳性检出率为5.6%,NASBA-ELISA法与RT-PCR法的检出符合率为94.4%。结果表明,NASBA-ELISA方法可应用于CSFV的快速鉴别检测。  相似文献   

18.
为开发一种快速、准确、灵敏及定量检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的实时荧光定量PCR方法,根据GenBank中登录的S基因高度保守核苷酸序列,设计1对PEDV S基因的特异性引物,建立以SYBR GreenⅠ为染料的荧光定量RT-PCR检测方法,对疑似PEDV感染的临床样品进行检测并与普通RT-PCR结果进行比较。结果显示,所建立的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法的标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数R~2=1,其扩增效率E=2.03,熔解曲线为尖锐单峰;不与猪传染性胃肠炎病毒、猪细小病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪丁型冠状病毒和猪轮状病毒发生交叉反应,具有较强的特异性;最低检出浓度(1×10~1copies/μL)比普通RT-PCR方法灵敏100倍;批内批间重复性试验的变异系数均小于2%,重复性和稳定性好;将36份临床样品检测结果进行比较,与普通RT-PCR的总符合率为88.89%。结果表明,建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、重复性好、灵敏度高,对PEDV的快速及定量检测具有重要意义。  相似文献   

19.
为快速简便地检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)与猪流行性腹泻病毒(PEDV),根据GenBank中已发布的基因序列,选择PRRSV的ORF7基因和PEDV的S基因,分别设计1对特异性引物,通过对反应体系中各成分的优化,建立了可同时检测PRRSV和PEDV的双重RT-PCR方法。本方法能从PRRSV和PEDV的混合基因组中分别扩增出300 bp和578 bp的特异性片段,且对猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、乙型脑炎病毒、轮状病毒、大肠杆菌的扩增结果均为阴性;应用该方法对采自成都周边的79份临床样品进行检测,结果与单一RT-PCR的检测结果一致,具有良好的重复性;本方法检出的最小拷贝数为1.49×10~5copies/μL,敏感性也较好。本研究建立的双重RT-PCR方法具有较好实用性,可用于临床样品的检测。  相似文献   

20.
为建立同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、胸膜肺炎放线杆菌(APP)和猪肺炎支原体(M.hyo)的多重PCR方法,分别针对PRRSV的ORF1a基因、PCV2的ORF2基因、APP的OMLA基因和M.hyo的P46基因的保守区域设计4对特异性引物,优化反应体系及条件,建立了可同时扩增PRRSV(225bp)、PCV2(337bp)、APP(107bp)、M.hyo(176bp)相应基因的四重PCR方法。结果显示,该方法能单管同时特异地鉴别检测PRRSV、PCV2、APP、M.hyo 4种病原体,对猪瘟病毒、副猪嗜血杆菌、猪呼吸道冠状病毒、猪流感病毒、猪细环病毒及猪细小病毒等无特异性扩增,说明该PCR具有良好的特异性;方法的灵敏度分别为195、272、241、321pg/μL。应用该方法对重庆市的61份样品进行检测,其中PRRSV、PCV2、APP、M.hyo的阳性率分别为22.9%(14/61)、18.0%(11/61)、8.2%(5/61)和18.0%(11/61)。该方法的建立为临床上4个病原的快速鉴别诊断提供了有力的技术手段。  相似文献   

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