猪IFN-γ mRNA TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种检测猪γ-干扰素(IFN-γ)的荧光定量RT-PCR方法,针对猪IFN-γ基因和管家基因cyclophilin A(CyPA)的核苷酸序列分别设计了特异性引物和TaqMan荧光探针,以重组质粒pMD18-T-IFN-γ和pMD18-T-CyPA为标准品,进行实时荧光定量RT-PCR检测,并构建猪IFN一γ mRNA和CyPA的荧光定量RT-PCR标准曲线.结果表明,建立的方法在1×101～1×107copies/μL模板范围内具有良好的线性关系,相关系数r2均高达0.999,扩增效率均高于99.0%;可检测至少为100 copies的阳性标准品.该方法具有快速、敏感性高、特异性强和重复性好等特点,可应用于临床样品的检测.     

猪凋亡细胞因子Fas、FasL、TNFRl和TNF-αSYBR Green Ⅰ real-time PCR检测方法的建立

分别针对猪凋亡细胞因子Fas、FasL、TNFR1、TNF-α基因以及看家基因β-actin的序列设计了1对特异性引物,构建含有各自引物扩增序列的重组质粒作为阳性标准品,建立了检测Fas、FasL、TNFR1、TNF-α及β-actin的SYBR Green Ⅰ real-time PCR方法.该方法线性关系好(r2≥0.995),敏感性高,初始模板的检出下限除TNFR1为1×102 copies/μL外,其他均为1×101 copies/μL;特异性强,扩增产物形成单一的特异性熔解峰;重复性好,组内与组间的变异系数均小于3%.应用所建立的方法对猪生殖与呼吸综合征病毒感染仔猪外周血单个核细胞中Fas、FasL、TNFRl和TNF-α mRNA的表达水平进行了检测.结果表明,建立的real-time PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好.     

鸡IFN-α和IFN-β及IFN-γ基因实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank上鸡α-、β-、γ-干扰素(ChIFN-α、-β、-γ)基因的序列,在保守区设计并合成各自特异引物,并以鸡3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)基因为内参,采用SYBR Green Ⅰ染料以建立实时荧光定量PCR检测方法.将IFN-α、-β、-γ基因克隆至pGEM-T载体上,以各阳性质粒作为标准品,构建标准曲线,并进行了熔解曲线分析.结果表明,鸡IFN-α、-β、-γ和GAPDH基因的Ct值与标准品稀释度在1×102～1×108copies/μL范围分别呈良好的线性关系,r2均大于0.990.熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰,检测周期从RNA提取到荧光定量PCR结束只需4 h.建立的鸡IFN～α、-β、-γ基因实时荧光定量PCR灵敏度高、特异性强、检测周期短,为在mRNA水平对鸡IFN的定量分析奠定了基础.     

绵羊IFN-γ和IL-2基因SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法的建立及应用

为探讨传染性脓疱病毒感染后机体的细胞免疫应答,从分子水平对传染性脓疱病毒的免疫机制进行了深入探讨。首先针对Th1型细胞因子IFN-γ、IL-2以及管家基因GAPDH的mRNA序列分别设计了1对特异性引物,扩增相应的基因片段并构建含有相应基因序列的重组质粒,以所构建的重组质粒作为阳性标准品,建立了用于IFN-γ、IL-2及GAPDH检测的SYBR GreenⅠreal-time PCR方法。该方法线性关系良好,IFN-γ、IL-2和GAPDH标准曲线的相关系数均达0.99以上;敏感性高,初始模板的检出下限均达1×103copies/μL;特异性强,扩增产物形成单一的特异性融解峰;重复性好,组内与组间的变异系数均小于3%。应用该方法对传染性脓疱病毒感染羔羊外周血白细胞中的IFN-γ、IL-2 mRNA的表达水平进行了检测。结果表明,建立的real-time PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好等优点,可用于绵羊Th1型细胞因子的检测及定量分析。     

三种鸡细胞因子mRNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立鸡细胞因子SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR检测方法,根据GenBank中三种重要的鸡细胞因子即ChIL-12、ChIL-15、ChIL-18的基因序列,以鸡3-磷酸甘油脱氢酶(ChGAPDH)基因为内参,设计特异引物扩增目的基因。将四种基因克隆至pMD18-T载体上,得到各自阳性克隆质粒,以四种阳性质粒为标准品建立标准曲线并进行熔解曲线分析以及灵敏性、特异性和重复性试验。结果显示,当标准品稀释度为1×102～1×1010 copies/μL时,四种基因的Ct值与浓度间具有良好的线性关系,相关系数均大于0.985。熔解曲线分析表明,产物为特异性单峰且重复性较好。应用建立的方法对堆型艾美耳球虫核酸疫苗pcDNA-Ea3-1E免疫的SPF雏鸡脾中ChIL-12mRNA和ChIL-18 mRNA的相对表达量进行检测,免疫组ChIL-12mRNA和ChIL-18mRNA的相对表达量均极显著高于空白对照组(P<0.01)。研究结果为ChIL-12、ChIL-15、ChIL-18的定量分析提供了技术平台。     

鸡TLR2信号通路中相关分子mRNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立鸡Toll样受体2(ChTLR2)信号通路中相关分子的SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR检测方法,根据GenBank中TLR2信号通路中的5种相关分子即ChTLR2-1,ChTLR2-2,ChTLR6,鸡骨髓分化蛋白88(ChMyD88)及鸡核因子κB(ChNF-κB)基因序列,以鸡3-磷酸甘油脱氢酶(ChGAPDH)基因为参考基因,设计特异引物扩增目的基因片段。将6种基因克隆至pMD8-T载体后得到各自的阳性克隆质粒,以6种阳性质粒为标准品建立了标准曲线并进行熔解曲线分析以及灵敏性、特异性和重复性试验分析。应用建立的方法对堆形艾美耳球虫核酸疫苗pcDNA/Ea3-1E免疫SPF雏鸡脾中ChMyD88和ChNF-κB mRNA的转录水平进行检测。结果显示,当标准品稀释度为1×102～1×1010copies/μL时,6种基因Ct值与浓度间具有良好的线性关系,相关系数均大于0.995。熔解曲线分析表明,产物为特异性单峰且重复性较好。免疫雏鸡脾中ChMyD88和ChNF-κB mRNA转录水平的检测结果表明,免疫组2种分子mRNA转录水平均极显著高于空白对照组(P<0.01)。本研究为ChTLR...     

猪嵴病毒RPA快速诊断方法的建立和应用

根据Gen Bank中公布的猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)基因组序列,设计并合成特异性引物,构建阳性质粒标准品,以阳性标准品为模板建立猪嵴病毒的重组酶聚合酶扩增(RPA)快速检测方法,并对此方法的敏感性、特异性及重复性进行了评价。结果显示,以猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪德尔塔冠状病毒、口蹄疫病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒为模板时均未检测到特异性扩增条带,表明该方法具有良好的特异性;用3.36×10~7、3.36×10~6和3.36×10~5copies/L三个不同浓度的质粒标准品进行重复试验,均能扩增出特异性条带,表明该方法具有良好的重复性。10倍梯度稀释质粒标准品,此方法检测的最低限度为3.36×10~2copies/L的质粒DNA,表明此方法具有良好的敏感性。利用该方法对208份临床猪粪便样品进行了检测,结果显示,猪嵴病毒阳性率为73.1%,明显高于常规RT-PCR的46.6%,两种方法的符合率为90.2%。上述结果表明,本研究建立的RPA方法可应用于猪嵴病毒的临床诊断及快速检测。     

猪嵴病毒RPA快速诊断方法的建立和应用

根据Gen Bank中公布的猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)基因组序列,设计并合成特异性引物,构建阳性质粒标准品,以阳性标准品为模板建立猪嵴病毒的重组酶聚合酶扩增(RPA)快速检测方法,并对此方法的敏感性、特异性及重复性进行了评价。结果显示,以猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪德尔塔冠状病毒、口蹄疫病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒为模板时均未检测到特异性扩增条带,表明该方法具有良好的特异性;用3.36×10~7、3.36×10~6和3.36×10~5copies/μL三个不同浓度的质粒标准品进行重复试验,均能扩增出特异性条带,表明该方法具有良好的重复性。10倍梯度稀释质粒标准品,此方法检测的最低限度为3.36×102copies/μL的质粒DNA,表明此方法具有良好的敏感性。利用该方法对208份临床猪粪便样品进行了检测,结果显示,猪嵴病毒阳性率为73.1%,明显高于常规RTPCR的46.6%,两种方法的符合率为90.2%。上述结果表明,本研究建立的RPA方法可应用于猪嵴病毒的临床诊断及快速检测。     

登革病毒SYBR Green Ⅰ real-time PCR方法的建立及应用

为建立灵敏、高效的登革病毒检测方法,本试验拟以包含登革病毒3′端保守序列的质粒pUC57-DENV为模板,建立检测DENV的荧光定量PCR方法。结果显示,该检测方法在4.88×10~1～4.88×10~9copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.653。最低检测限度为4.88 copies/μL,对照组未出现特异性扩增,所有稀释度的标准品在80.20℃出现特异性熔解峰。组内和组间试验的变异系数均小于1%。本试验建立的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR方法,可为登革病毒早期检测提供技术支持。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒感染对猪肺泡巨噬细胞产生Ⅰ型干扰素mRNA转录水平的影响

为探讨猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)体外感染猪肺泡巨噬细胞(PAMs)对其产生Ⅰ型干扰素mRNA转录水平的影响,从猪繁殖与呼吸综合征阴性的健康仔猪肺中分离和培养PAMs,随机将其分为正常对照组、PRRSV感染组和poly(I:C)处理组。于感染后第12、24、36、48、60小时分别收集细胞,运用半定量RT-PCR法检测PAMs产生Ⅰ型干扰素的mRNA转录情况。结果显示,与正常对照组和poly(I:C)处理组相比,PRRSV感染组中IFN-α/βmRNA转录水平在各时间段均显著下调。其中,PRRSV感染组中IFN-αmRNA的转录在感染后第12~36小时呈先升高后降低的趋势,在第48小时有所上调,但在感染后第60小时IFN-αmRNA的转录显著下调;而IFN-βmRNA的转录在感染后第12~24小时基本没有变化,在第36小时最低,在感染后第48小时有所上调,但在感染后第60小时IFN-βmRNA的转录显著下调。结果表明,PRRSV可导致PAMs产生Ⅰ型干扰素的mRNA转录水平降低,从而使宿主细胞及机体非特异性免疫功能受到抑制。     

猪丁型冠状病毒TaqMan实时定量RT-PCR检测方法的建立和应用

根据GenBank中登录的猪丁型冠状病毒(PDCoV)N基因序列在保守区设计合成特异性引物和TaqMan探针,构建含有PDCoVN基因的重组质粒作为阳性标准品,通过优化各项反应条件,建立了检测PDCoV的TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,并对该方法进行特异性、定量线性范围、敏感性和重复性等试验。结果显示,该方法仅对PDCoV出现特异性扩增反应,与猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、A群猪轮状病毒、猪嵴病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒、猪瘟病毒及猪细小病毒均无交叉反应。该方法的标准曲线Ct值与2.2×10~9~2.2×10~1copies/L之间的质粒浓度具有良好的线性关系,标准曲线方程为Ct=-3.539×lg X+38.95,线性相关系数(R2)为1.0,检测下限为2.2 copies/L。对3个不同浓度(2.2×10~2、2.2×10~4、2.2×10~6copies/L)的pMD18-PDCoV-N进行2次重复检测,每个浓度重复试验的Ct值的变异系数均小于1.0%,表明该方法具有良好的重复性。应用建立的方法对64份广西临床腹泻样品进行检测,结果从其中18份样品中检出PDCo V,样品阳性率为28.1%,说明广西猪群存在PDCoV感染。结果表明,建立的TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法为PDCoV的检测和定量分析提供了一种快速、敏感和特异的技术手段。     

猪德尔塔冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与应用

根据GenBank中已公布的猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)N基因序列设计并合成特异的引物和TaqMan探针,构建质粒标准品,以标准品为模板建立了检测PDCoV的TaqMan实时荧光定量PCR方法,并对该方法的敏感性、特异性及重复性进行了评价。结果显示,以猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪库布病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和口蹄疫病毒为模板时均未检测到荧光信号,表明该方法具有良好的特异性;用2.66×10~6、2.66×10~5和2.66×10~4copies/L这3个不同浓度的质粒标准品进重复试验,循环阈值Ct的变异系数均低于2%,表明该方法具有良好的特异性;标准曲线斜率为-3.461,相关系数为R~2=0.998,表明阈值和模板浓度之间具有良好的线性关系。10倍梯度稀释质粒标准品,检测的最低限度为2.66×10~1 copies/L的质粒DNA,表明此方法具有良好的敏感性。利用该方法对194份临床猪粪便样品进行了检测,结果显示PDCoV阳性率为22.1%,明显高于常规RT-PCR的11.9%,表明该方法可应用于PDCoV的临床诊断及定量检测。     

太子参茎叶多糖对小鼠脾淋巴细胞因子含量及对细胞因子和转录因子mRNA表达量的影响

为研究太子参茎叶多糖(Radix pseudostellariae stem and leaf polysaccharides,RPSLP)对小鼠脾淋巴细胞因子含量及对细胞因子和转录因子mRNA表达量的影响。将RPSLP添加到体外分离培养的淋巴细胞中,用ELISA法检测细胞因子IL-2、IL-4、IL-6、IFN-γ、TNF-α含量;RT-PC R法检测上述细胞因子以及转录因子T-bet、G ATA-3的mRNA表达量。检测结果表明,添加RPSLP后在3.125~50 g/m L浓度范围内可显著促进细胞因子IL-2、IL-4、IL-6、IFN-γ、TNF-α的分泌及其mRNA的表达(P0.05),并能调控T-bet、GATA-3的mRNA表达,使T-bet/GATA-3比率处于动态平衡。上述结果说明,RPSLP可以通过调控细胞因子mRNA表达来改变分泌量,对小鼠脾淋巴细胞起免疫调节作用。     

痘苗病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为实现痘苗病毒的快速检测,根据痘苗病毒TA27L基因设计引物,经各项条件优化后,建立痘苗病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,同时将PCR扩增的TA27L基因克隆至pMD18-T载体,将测序正确的重组质粒作为标准品进行敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,所建立方法的Ct值与标准品在7.58×10^9~7.58×10^2copies/μL范围内呈良好线性关系,R^2为0.997,斜率为-3.175,检测下限为75.8copies且具有良好的特异性。临床样本检测结果表明该方法较普通PCR方法的检出率更高。结果表明,建立的痘苗病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法为痘苗病毒及其相关基因重组毒株的生物学特性研究提供了必要的技术手段。     

牛共刺激分子CD80和CD86实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

根据GenBank中牛CD80和CD86基因的序列,在保守区设计并合成各自的特异引物,并以牛3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)基因为内参,采用SYBR GreenⅠ染料以建立一种检测牛共刺激分子CD80和CD86的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。将CD80基因和CD86基因克隆至pMD18-T载体上,转化大肠杆菌DH5α,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒,作为标准品模板建立SYBR GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线并进行熔解曲线分析以及灵敏性、特异性和重复性试验。结果表明,CD80基因、CD86基因和GAPDH基因的Ct值与标准品稀释度在1×102～1×108 copies/μL范围均呈良好的线性关系,相关系数均大于0.991。熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰,特异性和重复性较好。证实,所建立的牛共刺激分子CD80和CD86荧光定量RT-PCR检测方法适用于临床样品的检测。     

猪PD-1分子及其配体的实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据猪程序性死亡因子PD-I及其配体PD-LI和PD-L2的基因序列,分别设计了特异性引物和TaqMan探针,以10倍系列稀释的重组质粒pMD-PD-1、pMD-PD-L1和pMD-PD-L2为标准品,对实时荧光定量PCR的条件进行优化,以建立定量检测这3个基因的方法.结果表明,建立的方法在1×10~2～1×10~8copies/μL模板范围内具有良好的线性关系(r~2>0.99),扩增效率均高于96%,可检测至少100 copies的阳性标准品.利用该方法对猪外周血单核细胞中这3个基因的表达情况进行了检测,结果也表明该方法具有良好的敏感性、特异性和重复性,可应用于临床样品的检测.     

禽源致病性大肠杆菌毒力岛irp2基因SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立定量检测禽致病性大肠杆菌毒力岛irp2基因的SYBR GreenⅠqPCR方法,设计特异性引物,用PCR扩增irp2基因片段,克隆至载体p MD18-T,转化DH5α细胞,提取阳性重组质粒。以重组质粒为标准模板,建立定量检测irp2基因的特异性荧光定量PCR方法,进行特异性、灵敏度、重复性等性能评价,并对临床分离的187份疑似禽致病性大肠杆菌进行irp2基因定量检测。结果显示,PCR扩增片段的大小为261 bp,与Gen Bank中已知基因序列的同源性为100%,建立的qPCR方法 Ct值与标准品模板在4.1×100~2.3×1010copies/L范围内呈良好的线性关系,扩增曲线呈"S"形,相关系数为0.978,斜率为-3.286。该方法与副鸡嗜血杆菌、禽巴氏杆菌、鸡毒支原体、新城疫病毒、禽流感病毒(H9N5)无交叉反应,灵敏度达到2.3×100copies/L,比常规PCR高1 000倍,重复性变异系数小于4.00%。使用建立的irp2 qPCR对采集的疑似禽致病性大肠杆菌病料进行荧光定量PCR检测,阳性检出率为36.4%,显著高于普通PCR检测率。结果表明,建立了禽源大肠杆菌毒力岛irp2基因的SYBR GreenⅠqPCR检测方法,该方法适用于含HPI+毒力岛致病性大肠杆菌的快速筛选、毒力基因及其转录水平的定量检测,可为禽大肠杆菌病防控提供技术支持。     

山羊关节炎脑炎病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立检测山羊关节炎脑炎病毒(caprine arthritis-encephalitis virus,CAEV)的快速诊断方法,本研究根据CAEV甘肃株Gag基因设计1对引物,并以含有CAEV甘肃株全基因组序列的质粒pUC57-CAEV为模板,建立CAEV的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,并验证其特异性、灵敏性和重复性。结果显示,本研究所建立的SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测方法的Ct值与标准品模板在1.19×109~1.19×10^1 copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.997,斜率为-3.74,检测下限为1.19×10^1 copies/μL,且对痘苗病毒、山羊痘病毒均无扩增。重复性试验结果显示,批间与批内变异系数均小于1%,重复性好。本研究首次建立了CAEVGag基因的SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测方法,为CAEV的快速检测和病毒感染预防提供了技术手段。     

兔出血症病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为建立快速检测兔出血症病毒(RHDV)的TaqMan荧光定量PCR方法,根据RHDV VP60基因保守序列设计1对特异性引物和1条探针,进行条件优化,检测重复性、敏感性和特异性,建立了RHDV TaqMan荧光定量PCR方法。结果显示,标准品浓度在2.8×10~6~2.8×10~2 copies/L范围内具有良好的线性关系,最低可检测到2.8×10~1copies/L的标准品阳性质粒,变异系数小于2%。结果表明,建立的TaqMan荧光定量PCR方法的特异性、敏感性、重复性均达到试验设计要求,能快速检测临床样品中的RHDV,为我国RHDV的检测及其定量检测的相关研究提供了一种可靠的技术工具。     

猪肠病毒G型实时定量PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种能够准确、快速地鉴别猪肠病毒G型的诊断方法,本研究参考猪肠病毒G型的3D基因序列设计1对特异性引物,扩增片段预计大小约为104 bp,将3D基因片段克隆到pMD18-T载体上的阳性重组质粒作为标准品,建立猪肠病毒G型的实时定量PCR检测方法,并应用到临床样品的检测。研究结果显示,该方法设计的引物具有高度的特异性;标准曲线的Cq值与质粒标准品模板在2.92×10^8copies/μL^2.92×10^2copies/μL范围内,呈良好的线性关系,相关系数为0.998,斜率为-4.023;组内与组间重复性试验显示变异系数很小,在0.26%~1.57%之间。该方法的最低检测限量可达2.92×10 copies/μL。使用本方法对2017-2019年广西部分地区的猪场临床腹泻粪便样品进行检测,猪肠病毒G型阳性检出率为18.42%,说明广西部分地区的猪场存在猪肠病毒G型的感染。本研究成功建立了猪肠病毒G型实时定量PCR检测方法,可用于猪肠病毒G型感染的临床检测。