采用STR和SNP遗传标记鉴定全同胞姐妹关系

目的 通过对常染色体和X染色体遗传标记的检测,探讨全同胞姐妹关系的鉴定策略.方法 提取姐妹个体的DNA,采用SinofileTM试剂盒检验常染色体上的15个STR基因座、采用Mentype(R) Argus X-8试剂盒和多重X染色体STR检测试剂盒检验X染色体上的17个STR基因座,同时采用TaqMan技术对11个X-SNP位点进行分型检测.结果 依据常染色体STR基因座的检测结果计算全同胞指数,不排除被检个体的同胞姐妹关系:X染色体上各个STR基因座和SNP位点均检见1～2个相同的等位基因,进一步支持被检个体的同胞姐妹关系.结论 对于全同胞姐妹关系的鉴定案例,除了检测常染色体STR基因座外,还可以从X染色体上选择多态性遗传标记进行检测,获得更多的遗传信息.     

多种遗传标记在同母异父半同胞关系鉴定中的综合应用

目的通过对常染色体和X染色体STR基因座以及线粒体DNA高变区多态性的检验,探讨同母异父半同胞关系鉴定策略。方法提取3名全同胞及其1名疑似同母异父半同胞个体的DNA,采用SinofilerTM试剂盒检测常染色体上的15个STR基因座、采用Mentype Argus X-8试剂盒和自主研制的16重X染色体STR扩增体系,共检验X染色体上的19个STR基因座,同时采用基因测序技术分析线粒体DNA高变区Ⅰ和高变区Ⅱ的多态性。结果依据常染色体STR基因型结果及全同胞指数和半同胞指数计算结果排除可疑个体与已知3名全同胞间存在全同胞关系,线粒体DNA高变区多态性检测结果提示4名被鉴定人为同一母系,X染色体STR分型结果支持被鉴定个体间为半同胞关系。结论对于同母异父半同胞鉴定案例,综合运用常染色体STR、X染色体STR及线粒体DNA高变区测序等多种遗传分析手段,可获得可靠的鉴定结论。     

父母基因型重构在复杂同胞亲缘关系鉴定中的应用

目的为识别参考个体中存在的可疑半同胞,在没有父母遗传信息情况下,解决可疑同胞与参考个体之间的全同胞及半同胞复杂亲缘关系鉴定问题。方法通过检测常染色体并计算参考同胞之间的全同胞指数(Full-sib Index,FSI)及进行IBS评分(Identity by states score),并检测Y染色体以进一步明确参考同胞中的可疑半同胞;根据参考同胞信息构建亲代X染色体及常染色体基因型,并利用已识别的参考半同胞信息推导母亲常染色体基因型。结果确定了参考个体中一名半同胞,最后在没有线粒体技术辅助的情况下,不仅排除了评估对象与参考个体之间的全同胞关系,也明确否定了半同胞关系。结论充分利用参考个体(本案中的全同胞与半同胞)遗传信息,能为复杂亲缘鉴定提供有力的判定依据。     

同胞鉴定中风险与对策的思考

目的 考察同胞认亲案件鉴定中的风险.方法 在一例同胞关系鉴定中,采用常染色体STR检测系统及X染色体STR检测系统进行基因型分型,并用ITO法计算全同胞指数及统计共有等住基因数和全相同基因座数进行判定.结果 在该案例中,常染色体STR分型结果与X染色体STR分型结果均提示被检验同胞之间并非其声称的全同胞关系,在排除其中非全同胞个体后,对剩余全同胞进行基因型分析从而反推出其生父母基因型,并与被认个体进行基因型比对后得出排除结论,即被认个体与被检验同胞之间不存在生物学全同胞关系.结论 对于同胞认亲的案件,若无父亲和(或)母亲参与,鉴定人应尽可能地通过多种检测系统(常染色体STR、X-STR、Y-STR、mtDNA等)综合分析,从而对被检验同胞所声称的“全同胞”关系进行验证;也可用ITO法计算全同胞指数及统计共有等位基因数和全相同基因座数进行判定,这样可以互相印证鉴定结果,降低误判风险.     

多种遗传标记分析在1例半同胞鉴定中的综合应用

目的通过对1例半同胞亲缘关系的检验,探讨多种遗传标记在同父异母半同胞关系鉴定中的应用。方法分别使用39个常色体STR遗传标记、23个Y染色体STR遗传标记、12个X染色体STR遗传标记对赵3、赵4、赵5与赵1、赵2是否为半同胞亲缘关系进行检验。结果依据常染色体、Y染色体及X染色体STR的分型结果,采用家系基因型重建的方法可以推断出赵4(可疑半同胞)与赵1、赵2之间系无关个体,支持赵3(可疑半同胞)、赵5(可疑半同胞)与赵1、赵2为同父异母半同胞关系。结论对于同父异母的半同胞鉴定,综合应用多种遗传标记,并采用家系基因型重建的方法进行分析可获得较为可靠的鉴定意见,仅使用ITO法计算半同胞指数或判别函数法分析则难以提供可靠的鉴定意见。     

两个已知全同胞参与的同胞鉴定分析

目的采用家系重建法进行两个已知全同胞参与的同胞鉴定分析。方法根据似然比的概念建立两个已知全同胞参与的全同胞鉴定和半同胞鉴定的假设检验,按照孟德尔遗传规律进行家系重建,推导两个已知全同胞参与鉴定的全同胞指数(FSI)和半同胞指数(HSI))的计算公式,并通过实际案件进行验证。结果推算得到59种两个已知全同胞参与鉴定的三个体基因分型组合的FSI计算公式及91种HSI计算公式,实际案例的应用显示与两个体同胞鉴定相比,亲缘关系指数显著提高。结论本研究推导的两个已知全同胞参与的同胞鉴定分析方法能充分利用可参考样本的遗传信息,提高亲缘鉴定的检测效能,具有很好的实用价值。     

多种判定方法在半同胞姐妹关系鉴定中的综合应用

目的探讨综合运用三种不同方法进行半同胞姐妹关系的鉴定。方法对案例中的甲、甲母、乙和乙母分别使用Power Plex21试剂盒、AGCU Expressmarker 21+1试剂盒、Microreader 23sp-B试剂盒和AGCU X-19 STR试剂盒进行STR分型,根据STR分型结果分别利用ITO方法、判别函数法和IBS法进行半同胞关系鉴定。同时结合X-STR结果,进而综合判定是否为同父异母半同胞姐妹亲缘关系。结果本案例中通过ITO方法计算,HSI均在1.36×102~2.09×105之间,支持甲和乙为半同胞关系,判别函数同样得到了基本一致的结果,IBS法的结果也对此结果进行了验证。结论对于同父异母的半同胞关系鉴定,综合应用多种判定方法分析可获得较为可靠的鉴定意见。     

双方生母参与下半同胞关系鉴定中的似然比算法

目的推导双方生母参与鉴定时半同胞关系似然比(likelihood ratio,LR)的计算公式。方法针对双方生母均参与下两个个体之间半同胞关系鉴定的情况建立半同胞关系甄别的检验假设,对备择假设与原假设条件下的遗传学证据的条件概率比值进行化简,并应用于一个半同胞关系鉴定的实际案例中。同时,在假设只有单方生母参与或双方生母均不参与的情形下,分别计算半同胞关系LR。结果在无生父参与的同父异母半同胞关系鉴定案件中,同样的遗传指标经检验分析后,双方生母参与下的累积LR值高于只有单方生母参与或双亲皆无情形下的累积LR值。结论用常染色体STR检验进行两个个体之间半同胞关系鉴定分析时,在双方生母均参与的情况下,其LR计算简单、直观、可操作性强。孩子生母应尽可能参与检验,否则需要增加检验STR基因座的数量才能获得更加明确的意见。     

同母异父姐妹10个X-STR有相同等位基因1例

1案例资料 1.1样本及检验方法 被鉴定人为两位女士（S1和S2）及其父亲（F2）,要求鉴定两位女士是否为姐妹关系。X-STR分型按文献[1]方法进行,常染色体STR分型使用PowerPlex 16 System试剂盒。用软件Merlin[2]计算同胞或半同胞指数。     

ITO法和判别函数法在同胞关系鉴定中的应用

目的探讨ITO法和判别函数法在全同胞、半同胞关系鉴定中的应用价值。方法根据500对全同胞、50对半同胞及500对无关个体的15个STR基因座（PowerPlex^TM 16体系）的分型结果,采用ITO法分别计算全同胞关系指数（FSI）、半同胞关系指数（HSI）及其比值（FSI：HSI）。比较三组配对个体的等位基因匹配情况,计算分型结果全不同的基因座数（x0）、半相同的基因座数（x1）和完全相同的基因座数（x2）,利用SPSS 13．0分析软件建立全同胞、半同胞和无关个体的判别函数。结果（1）以FSI≥19、FSI〈1作为全同胞与无关个体的判别标准,交互准确率为96.4％;以HSI≥19、HSI〈I作为半同胞与无关个体的判别标准,交互准确率为85.3％;以FSI：HSI≥1、FSI：HSI〈1作为全同胞与半同胞的判别标准,交互准确率为87．5％。（2）分别建立了全同胞-半同胞-无关个体、全同胞-无关个体、半同胞-无关个体、全同胞-半同胞4组判别函数．判别函数交互准确率为84．4％～97．7％,其中同胞-无关个体判别准确率最高。结论ITO法与判别函数法在全同胞、半同胞鉴定中均具有较高的应用价值。     

ITO方法及其应用2例

<正>常规的亲子鉴定是针对多个独立遗传的STR基因座等位基因的分型数据，通过计算父权指数(Paternity Index，PI)来鉴定父(母)子关系，而需要进行同胞鉴定的案例，如父母缺失仅有兄弟姊妹，或是刑事案件中需对两个体是否为同胞作前瞻性评估的情况，目     

常染色体STR和X染色体STR联合应用于姑侄和叔侄关系鉴定

目的通过对常染色体STR和X染色体STR基因座进行分型检验,探讨姑侄、叔侄关系的鉴定策略。方法提取案例中被检女孩和另外3名个体（女性2名,疑为被检女孩的姑姑;男性1名,疑为被检女孩的叔父）的血样DNA,采用Goldeneye 20A系统和AGCU 21＋1系统分别进行常染色体STR基因座的复合PCR扩增,用Mentype○RArgus X-12试剂盒和本室自主研制的16重X染色体STR扩增体系分别进行X染色体STR基因座的复合PCR扩增,用3130 XL遗传分析仪进行毛细管电泳和基因型分析。结果依据常染色体STR基因型结果及姑侄、叔侄关系指数计算结果,不排除2名被检姑姑和与被检女性存在姑侄关系;不排除被检叔叔和与被检女性存在叔侄关系,X染色体STR分型结果支持此鉴定意见。结论对于姑侄、叔侄关系鉴定案例,X染色体STR基因座是常染色体STR基因座的良好补充,两者联合运用可获得可靠的鉴定意见。     

多系统联合分析应用于复杂亲缘关系鉴定

目的探讨多种检测系统用于祖孙、同胞等复杂亲缘关系鉴定的效能。方法采用常染色体、性染色体STR检测系统以及常染色体STR基因座累计状态一致性评分方法筛选符合要求的参照样本,分析复杂亲缘关系鉴定中缺失被鉴定人的等位基因,对无法重建的＂空白＂等位基因,以最不利于＂认定亲缘关系＂的假设取概率值计算似然率。结果在一复杂亲缘关系鉴定案例中,从8个声称的全同胞中筛选出5个符合同父同母遗传条件的全同胞作为参照样本用于重建缺失被鉴定人等位基因,重建的父母相关基因型符合作为被检女孩亲生祖父母的遗传基因条件,祖孙亲缘关系似然率为1483659.96。结论在复杂亲缘关系鉴定中联合协同应用常染色体STR基因分型、性染色体STR基因分型、生物学全同胞关系累计状态一致性评分标准等多种分析系统有利于获得更接近真实的案件结论。     

采用家系基因型重建法鉴定半同胞关系1例

<正>对于祖孙、叔侄、同胞、半同胞等隔代基因遗传的亲缘关系鉴定,可采用ITO法计算似然率值LR进行判断[1]。然而在某些特定的案例中,采用ITO法,即使大量增加STR基因座检测数,也不能有效提高LR值,可采用家系基因型重建法[2-3],以便获得确定亲缘关系的支持证据。本文通过1例半同胞鉴定案例,介绍该分析方法为同行参考。1案例鉴定1.1简要案情本实验室受理1例因遗产纠纷需进行半同胞亲     

Y染色体微缺失和突变的全同胞关系鉴定

目的探讨Y染色体微缺失和突变时,两男性个体间的全同胞关系鉴定。方法提取两样本DNA,检测Y-STR分型及常染色体STR分型,通过IBS法、ITO法及全同胞-无关个体判别函数法计算两个体间的全同胞关系。结果 33个Y-STR基因座中有2个基因座存在突变,其中一样本存在19个基因座的缺失。两样本IBS为53,大于阈值42;累积全同胞关系指数为1.36×10~(16),远远大于19;全同胞-无关个体判别函数D_(FS2)D_(R2)。因此倾向于认为两个体为全同胞。结论对于Y染色体微缺失和突变需要进行父系鉴定的情况,可以综合应用IBS法、ITO法以及全同胞-无关个体判别函数法以得出更为可靠的鉴定意见。     

采用自主研发似然比率计算器进行ITO亲缘关系分析

目的探讨采用自主研发的似然比率计算器进行ITO法亲缘关系鉴定的可行性。方法针对GoldeneyeTMDNA ID System 20A系统的19个常染色体STR基因座分型数据,使用自主研发的似然比率计算器,人工模拟100 000对无关个体及100 000个家系的父子、同胞、半同胞、一、二代堂表兄弟,应用ITO法,自动分析计算亲权指数（PI）和亲缘关系概率（RCP）。结果父子和无关个体关系概率界值下无重叠,具有显著差异。同胞关系概率大于99.99%时,同胞占66.48%,无关个体占0%,具有显著差异;概率小于99.99%时,同胞个体和无关个体有部分重叠,具有一定差异。半同胞关系概率大于99.99%时,半同胞占1.52%,无关个体占0%,具有显著差异;概率小于99.99%时,两组有部分重叠,具有一定差异。一、二代堂表兄弟关系概率为10%～90%范围内时,无关个体分别占90%,99.98%,无法推断。结论本文方法可用于推断父子关系、同胞关系、半同胞关系。     

利用Identifiler分型系统推断同胞关系

目的探讨自主开发的同胞关系鉴定自动分析软件（ASI）对Identifiler分型系统进行同胞关系鉴定的可行性。方法应用本课题组所开发的软件ASI,对151对同胞及31 224对人工模拟无关个体进行Identifiler系统的15个常染色体STR基因座分型进行分析,计算亲权指数（PI）、同胞关系概率（WFS）和等位基因匹配情况,所获数据进行统计分析,自动计算排序。结果当WFS大于99.999%时,同胞个体占39.07%,无关个体占0%,两组具有显著差异,可以推断两个体同胞关系。当WFS介于1%~99.999%范围内,同胞个体和无关个体有部分重叠,同胞个体占60.93%,无关个体占21.3%,两者具有一定差异,可以通过增加检测STR基因座,再结合案情加作Y-STR、m tDNA检测,以推断两个体是否具有同胞关系。当WFS小于1%时,同胞个体占0%,无关个体占78.7%,可以推断两个体不具有同胞关系。个体间等位基因匹配结果表明：在检测Identifiler体系15个STR基因座时,当两个体常染色体STR基因座的全相同数目≥5时,或全不同数目≤1时,提示为同胞关系;当两个体全不同数目≥6时,或全相同数目≤1时,提示为无关个体,以此作为预测有无同胞关系的界值。结论Identifiler系统及同胞关系鉴定自动分析软件ASI可用于推断同胞关系。     

18例特殊亲缘关系鉴定分析

近年来,随着PCR-STR分型技术的不断进步,DNA检测的范围从常规的父子（母子）关系鉴定拓展到祖孙隔代、叔侄、同胞及半同胞等特殊亲缘关系鉴定。本文收集2005年1月至2008年6月,18例特殊亲缘关系鉴定案例。对鉴定事由、鉴定类别、检测结果进行分析,并对此类鉴定应注意的问题进行讨论。     

判别函数在同胞鉴定中的应用

目的探讨判别函数法在全同胞与半同胞鉴定中的应用价值。方法根据360对全同胞、90对半同胞及360对无关个体的15个STR基因座分型结果,计算全不同(X0)、半相同(X1)和完全相同(X2)的基因座数目,分别根据DFS1=3.898X0+3.973X1-19.481,DHS1=5.687X0+5.300X1-35.112及DR1=7.309X0+5.533X1-44.941的全同胞/半同胞/无关个体判别函数、DFS2=3.872X0+3.931X1-18.895及DR2=7.303X0+5.473X1-44.298全同胞/无关个体判别函数和DHS3=10.227X0+10.436X1-66.102及DR3=11.863X0+11.089X1-79.494半同胞/无关个体判别函数进行判别。结果判别准确率:①用全同胞/半同胞/无关个体判别函数,全同胞组为83.61%,半同胞组为81.11%,无关个体组为83.06%;②用全同胞/无关个体判别函数,全同胞组为96.39%,无关个体组为98.61%;③用半同胞/无关个体判别函数,半同胞组为88.89%,无关个体组为85.00%。结论本文3种判别函数可应用于同胞鉴定,尤其运用全同胞/无关个体判别函数判断同胞关系准确率高,有较高的应用价值。     

三联体亲权指数的统一算法及其扩展应用

目的介绍一种在生母参与情形下,孩子与被鉴定人间常用亲缘关系指数的统一算法。方法以计算三联体亲权指数（paternity index in trios,PIT）的公式为基础,分析不同亲缘关系指数计算公式中的公因子,并以此公因子对不同情形下PIT计算公式进行统一描述,采用叔伯指数定律和亲缘系数（r）将上述PIT统一计算公式扩展至祖孙、半同胞、叔侄及第一代堂兄弟等不同情形下的亲缘关系指数的运算。结果以状态一致性等位基因的频率倒数加1为公因子,在引入亲缘系数（r）的情形下,获得了可计算在生母参与时,孩子与被鉴定人间任意亲缘关系指数的两个公式。结论在生母参与情形下,孩子与被鉴定人间亲缘关系指数的统一算法简化了运算过程,有利于编程实现批量计算。