基于等位基因特异性PCR原理建立的SNP分型新方法

目的建立一种新方法,对多个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)位点进行分型。方法基于等位基因特异性PCR原理,采用荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术,根据PCR片段长度差异进行分型。选择SNP位点共11个,每个SNP位点设计两条长度不同、3’末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时为了增加特异性,在两条等位基因上游引物的3’末端第3或第4位碱基人为引入错配。在距离上游引物100～300bp范围内的合适位置,设计下游共用引物,并进行荧光标记。所有位点经过复合扩增后,PCR产物经ABIPrismTM310型遗传分析仪电泳分离,确定每个SNP的基因型。结果每个SNP位点纯合子为单一产物峰,杂合子则为长度不同的两个产物峰。不同的SNP位点扩增产物长度不同,根据产物长度和产物峰的数量进行SNP分型,一次完成11个SNP位点分型,其结果与直接测序完全一致。结论荧光标记复合扩增片段长度差异等位基因特异性PCR法是一种简单快速而有效的SNP分型新方法。     

基于通用报告引物的5个Y-SNP复合扩增及其单倍型

目的建立一种简便、经济、高效的SNP复合扩增体系,为法医学应用打下方法学基础。方法选择5个Y-SNP位点——IMS-JST164520、IMS-JST021354、IMS-JST003305、M119和M134,针对每一位点设计5′端带有通用报告引物(universal reporter primer,URP)的等位基因特异性引物,先利用等位基因特异性PCR技术扩增不同位点的等位基因片段,再利用荧光标记的URP扩增检测所有位点的等位基因。结果成功构建了5个Y-SNP荧光复合扩增体系,分型结果显示:同一SNP位点的两个不同等位基因表现为不同颜色的产物峰,不同SNP位点间等位基因片段长度不同。5个Y-SNP在武汉汉族群体中的单倍型多样性为0.8655。结论基于URP的SNP复合扩增体系具有简便、经济、高效的特点,具有较高的法医学应用价值。     

常染色体21个SNPs多态性分型方法研究

目的建立常染色体21个SNPs的多态性分型方法。方法采用荧光标记公用引物和等位基因特异性引物原理设计SNP复合扩增引物体系,对45个备选SNP位点筛选,选出21个及性别Amelogenin构成复合扩增体系。PCR产物经3130XL型电泳仪电泳分离,GeneMaperTM3.0数据分析软件分析结果。同时随机选取6份样品,使用测序方法对SNP分型并进行测序验证。结果应用本研究建立的复合扩增体系扩增样品,产物经毛细管电泳后,每个SNPs均可正确判定基因型。随机选取6份样品SNPs位点测序结果显示,荧光标记SNPs复合扩增分型与直接测序结果完全一致。结论本研究建立的荧光标记公有引物特异性片段常染色体21个SNPs复合扩增方法是SNP多态性分析的一种有效方法,并有助于解决SNP分型识别能力、效率、通量和高成本的问题。     

中国内蒙古地区蒙古族群体13个SNPs遗传多态性

单核苷酸多态性（SNP）是一种具有高度稳定性的遗传学标记。在基因多态性研究、基因图谱构建、疾病诊断、预防和药物筛选中具有重要作用。本文采用荧光标记片段长度差异等位基因特异性复合扩增技术,对内蒙古地区242名无血缘关系蒙古族个体13个SNP进行调查,并评价其法医学应用价值。     

光谱校准异常导致STR分型误判1例

目前基于多色荧光识别复合扩增的STR分型是法医DNA分析的主要方法。Applied Biosystems（ABI）公司的遗传分析仪是现今国内法医学实验室STR分型的常用检测仪器。检测时扩增产物经过毛细管电泳后,通过进行多种荧光成分的分析计算来完成不同荧光标记的STR基因座的区分和判型。在数据分析中如果荧光信号过强,其光谱校准的去颜色叠加不能正常工作,就会使分析困难甚至导致分型错误。作者在实际检案中发现1例由于荧光信号过强,同时D3S1358基因座的等位基因出峰位置与D19S433基因座的等位基因出峰位置重叠,     

中国东莞地区汉族人群22个Y-STR基因座的遗传多态性

目的调查22个Y-STR基因座在东莞地区汉族人群中的遗传多态性。方法应用Power Plex?Y-23试剂盒扩增22个基因座,扩增产物经3130XL型遗传分析仪电泳检测,用Gene Mapper软件进行等位基因分型。结果1042名男性共检出1042种不同的基因型,22个Y-STR基因座的GD值为0.413 9~0.959 9。结论 22个Y-STR基因座在东莞地区汉族人群中有较好分布,对法医学应用和人类群体遗传学研究具有重要价值。     

常州地区汉族人群Identifiler体系15个STR基因座遗传多态性

应用AmpFISTR Identifiler^TM荧光标记复合扩增系统对常州地区745名汉族无关个体进行了15个STR基因座的基因分型，获得了常州地区汉族群体遗传学调查数据，为法医学个人识别和亲权鉴定提供基础数据。     

安徽汉族人群21个STR基因座遗传多态性

本文对安徽汉族2 997名无关个体21个常染色体STR基因座进行遗传多态性调查。采用AGCU EX22人类荧光标记STR复合扩增检测试剂进行复合PCR扩增,用ABI3130型遗传分析仪进行毛细管电泳和基因型分析。结果在21个STR基因座共有309个等位基因和1 344种基因型;其分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。该系统在安徽地区汉族人群中具有较好的亲权鉴定及个体识别能力。     

嘉兴地区汉族人群14个STR基因座遗传多态性

应用DNATyper^TM15荧光标记复合扩增系统对嘉兴地区268名汉族无关个体进行了14个STR基因座的基因分型，获得了嘉兴地区汉族群体遗传学调查数据，为法医学个人识别和亲权鉴定提供了基础数据。     

荧光标记复合扩增检测4个STR基因座多态性

目的建立荧光标记复合扩增D1S2142,D13S1492,D14S306,D15S659基因座检测分型方法,并对成都汉族群体4个基因座的遗传多态性进行调查。方法用6-FAM标记D1S2142和D15S659引物,HEX、TMR分别标记D14S306和D13S1492引物,PCR复合扩增,310基因分析仪电泳自动收集电泳结果数据,GeneScan Analysis Software3.7NT软件计算扩增产物片段相对大小,Genotyper(3.7NT软件进行样本基因型分型,建立了荧光标记复合扩增检测4个STR基因座基因型的方法,对145名成都汉族无关个体样本进行分型。结果荧光标记复合扩增D1S2142,D13S1492,D14S306,D15S659基因座,每个STR基因座都获得了清晰的基因型分型结果。145份样本,4个STR基因座分别检出10,14,7,12个等位基因和22,54,21,39种基因型,其基因型分布均符合Hardy-W e inberg平衡。4个基因座在成都汉族群体的杂合度分别依次为0.7793,0.8345,0.7793和0.8345;多态信息含量分别依次为:0.7656,0.8730,0.7470和0.8312。累计非父排除率为0.9783,累计个人识别机率为0.9999 917。结论荧光标记复合扩增D1S2142,D13S1492,D14S306,D15S659基因座,可实现对每个基因座准确分型;成都汉族群体该4个基因座的遗传学数据,可为群体遗传学和法医学研究与应用提供基础资料。     

8个miniSTR基因座复合扩增系统的建立及其应用

目的建立扩增片段〈200bp,包含CSF1PO,TH01,TPOX,D3S1358,FGA,D7S820,D21S11,PentaD 8个miniSTR基因座的复合扩增体系。方法采用四色荧光染料标记引物,PCR扩增后,应用ABI 3130遗传分析仪进行片段长度分析,对280例无关个体,137例疑难生物物证进行了检验。结果280例无关个体的调查结果为除1例在CSF1PO基因座外,其余样本的各基因座分型结果与AmpFLSTR Identifiler试剂盒完全相同。与应用ID试剂盒比较,明显提高了137例疑难生物物证的检出率。结论该检测技术方法稳定,结果准确,重复性好,且其判型结果可进行DNA数据库查询、比对,为刑事案件及灾难事故中疑难生物物证的检验提供了一条新的途径。     

济南汉族群体5个Y-SNP位点的多态性分析

目的 探讨济南汉族群体5个Y-SNP位点的多态性并评价其在法医学中的应用.方法 采用片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length difference allele specific PCR,FLDAS-PCR)对济南汉族群体共103名男性无关个体5个Y-SNP标记(M89、M9、M122、M134...     

片段长度差异等位基因特异性PCR——一种改良的SNP分型新方法

目的建立一种基于等位基因特异性PCR原理的改良SNP分型新方法:片段长度差异等位基因特异性PCR,并考察特异性引物的3'端第3位、第4位碱基错配对特异性延伸的影响。方法以SNP位点rs759117和rs760887为例,设计两条长度不同、3'末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时在两个等位基因特异性引物3'端第3或第4位碱基引入错配以增加特异性,下游为公用引物。PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显带后确定样本的基因型。结果不同SNP纯合子为长度不同的单一谱带,杂合子则为两条带,其结果与直接测序完全一致。两条特异性上游引物3'端第3或第4位碱基引入错配后非特异性延伸显著减少,且对PCR反应条件的严格性要求明显降低。结论片段长度差异等位基因特异性PCR是一种简单快速而有效的SNP分型新方法;两条特异性引物3'端第3、第4位碱基引入错配可使特异性显著增加     

6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系的建立

目的 构建6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系。方法筛选6个多态性程度较高的五核苷酸STR基因座D10S2325、Penta B、Penta W、PentaX、Penta D和PentaE,按照复合扩增引物设计要求,重新设计引物并标记荧光染料,经反复调整和优化,构建6基因座荧光复合扩增体系,并用该复合扩增体系对239名武汉汉族无关个体进行分型。结果6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系分型稳定,可重复性好,与各自相应单基因座分型结果完全一致;累积个人识别率达0．999999988,累积非父排除率达0．998063807。结论本文构建的6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系具有很高的法医学实用价值,可作为商品化试剂盒的有效补充。     

6个新的STR基因座复合扩增体系的建立及应用

目的构建6个常染色体STR基因座的荧光复合扩增体系,应用于法医学DNA检验。方法筛选6个STR基因座D4S2366、D3S3045、D18S1002、D20S481、D22S689、D4S2639,根据复合扩增要求设计引物并采用不同荧光染料进行标记,经过反复调整和优化,建立6基因座荧光复合扩增体系,并用该复合扩增体系对224名华东汉族无关个体进行分型,计算出常用法医遗传学参数。结果使用该荧光复合扩增体系,在224名华东汉族无关个体中,6个STR基因座D4S2366、D3S3045、D18S1002、D20S481、D22S689、D4S2639分别检出7、8、9、10、9、9个等位基因和21、26、21、23、28、32种基因型,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。杂合度（H）分布为0.714～0.808,个体识别率（DP）为0.874～0.934,二联体非父排除率（PED）为0.310～0.453,三联体非父排除率（PET）为0.485～0.628,多态信息含量（PIC）为0.672～0.784,二联体累积非父排除率（CPED）为0.947689,三联体累积非父排除率（CPET）为0.993345,累积个人识别能力（CDP）为0.999999543。结论构建的荧光复合扩增体系具有较高的法医学应用价值,D4S2366等6个常染色体STR基因座在华东汉族群体中均具有高度多态性,可作为常规商品化试剂盒的有效补充,用于突变情形的亲权鉴定以及依据亲权指数值不能明确鉴定意见的亲权鉴定。     

贵州汉族19个STR基因座多态性及法医学应用

目的调查19个常染色体STR基因座在贵州汉族人群中的等位基因分布,评估其在法医学中的应用价值。方法应用Goldeneye~(TM) DNA身份鉴定系统20A试剂盒,研究贵州520名汉族无关健康个体19个常染色体STR基因座多态性。用310型遗传分析仪进行毛细管电泳,Gene Mapper~ID v3.1进行基因分型。结果 19个常染色体STR基因座的杂合度为0.603 8~0.916 4,个体识别率为0.790 0~0.985 6,非父排除率为0.295 5~0.826 9,多态信息含量为0.553 5~0.908 9,累积个体识别率为1-1.230 0×10~(-22),累积非父排除率为0.999 999 99。贵州汉族和其他五个地域的汉族两两之间等位基因频率比较,仅贵州汉族与山东汉族、辽宁汉族、山西汉族之间存在基因频率差异具有统计学意义。结论 D19S433等19个常染色体STR基因座在贵州汉族人群中具有良好的遗传多态性,对群体遗传学和法医物证学研究有应用价值。     

武汉汉族8个Y染色体双等位基因标记遗传多态性

目的筛选汉族群体中具有多态性的Y染色体双等位基因标记并研究其等位基因及单体群频率分布, 为法医学应用和群体进化研究提供基础数据。方法采用片段长度差异等位基因特异性PCR和PAGE技术对武汉地区160名男性汉族无关个体的8个Y染色体双等位基因标记(M9、M89、M111、M119、M122、M134、IMS-JST003305 和SRY+465)进行分型。结果 8个双等位基因标记在武汉汉族群体中均具有遗传多态性,其基因多样性(GD)范围为 0．0126-0．4830,共检出9种不同单体群(Hg1～9),其单体群多样性(HD)为0．7776。结论 8个Y染色体双等位基因标记组成的单体群在法医学应用和群体进化研究中具有一定的实用价值,可作为Y-STRs标记的有效补充。     

PCR-based DNA analysis of vWA31A,TH01, F13A01, FESFPS,TPOX and CSF1PO

The allele and genotype frequencies of 6 tetranucleotide STR loci were investigated in a sample of 132 unrelated individuals from Chinese Han population. The PCR products were analyzed on 6% denaturing PAGE and detected using fluorescently labeled primers in an automated 377 sequencer(PE). All loci meet Hardy-Weinberg equilibrium. There was no random association of alleles among the 6 loci. The allele frequencies were compared with other population databases. Except locus vWA31A, the observed heterozygosity at other 5 loci was significantly lower than that reported in Caucasian and Black population studies. The calculated DP = 0.99999, PE = 0.9708, pM = 1.059 x 10(-5). The allelic frequency data can be used in forensic identification and paternity testing.