猪源伪狂犬病病毒福建龙岩分离株的鉴定及其TK基因和gE基因的分子特征

从福建省某规模化猪场疑似猪伪狂犬病发病仔猪的脑组织中分离到1株病毒,通过病理剖检、PCR鉴定、病毒分离培养等方法证实该病毒为伪狂犬病病毒(PRV)野毒株,并命名为Fujian-LY株。对其主要毒力基因TK和gE的分子特征和遗传进化关系进行分析,结果表明,Fujian-LY株TK基因与参考序列的核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为98.5%~99.8%和98.1%~99.4%;gE基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为97.6%~99.8%和95.5%~99.3%。氨基酸多序列比对发现,Fujian-LY株TK基因在2个位点发生了独特性的氨基酸突变,即第16位氨基酸由K→R和第129位氨基酸由S→G。其中,第16位氨基酸突变导致TK蛋白ATP结合结构域由-G**G*GK-转变为-G**G*GR-。gE氨基酸序列最具特征性的变化是第48位和第496位各有1个天冬氨酸(D)的插入,该插入特征为PRV变异毒株的重要标志。遗传进化树分析结果表明,Fujian-LY株与2012年以来国内不同省份分离的PRV变异株的亲缘关系较近,属于近年来流行的PRV变异毒株,而与PRV经典株的亲缘关系相对较远。     

猪伪狂犬病病毒SX-2018变异株的分离鉴定及其致病性研究

本研究从疑似暴发伪狂犬病(pseudorabies,PR)猪场死亡的仔猪中分离到1株病毒,经组织病理学剖检、PCR试验、Western-blot分析,将其鉴定为伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV),遂被命名为SX-2018,该病毒在MDCK细胞上具有较强的适应性。将SX-2018株gE基因的序列与国内外21株PRV参考序列进行同源性比较,结果显示,SX-2018株gE基因与国内外参考毒株的核苷酸序列同源性为97.1%～99.9%,氨基酸同源性为94.5%～100%。遗传进化分析显示,SX-2012株与我国近几年新分离的猪伪狂犬变异毒株处于同一分支;并且与经典株相比,gE蛋白在第48位和第492位各有1个天冬氨酸的插入。为了进一步探讨SX-2018毒株的致病性,将SX-2018株和Min-A株分别感染BALB/c小鼠,分析两组小鼠的发病特征和组织损伤情况;结果显示,SX-2018组的小鼠死亡时间早于Min-A组;并且Min-A组小鼠的肺脏主要表现为间质性肺炎,而SX-2018组的小鼠以出血性肺炎为主。荧光定量PCR分别检测两组小鼠肺脏内PRV gI基因和炎症相关因子的变化;结果显示,SX-2018组小鼠肺组织内的gI基因以及炎症相关因子的mRNA水平显著地高于Min-A组小鼠。以上结果表明,本文成功分离到1株PRV变异毒株,并且与PRV经典株Min-A株相比,新分离的变异毒株可以诱导不同程度的病理损伤和炎症反应。     

猪伪狂犬病病毒流行毒株gC基因的分子特征及其对小鼠的毒力试验

为了阐明猪伪狂犬病病毒(PRV)流行毒株gC基因的分子特征及其对小鼠的毒力,对来自不同年代分离的6株PRV流行毒株进行了gC基因分子变异特征分析,通过接种BALB/c小鼠检验毒株的毒力。对临床病例分离的6株PRV和30个Gen Bank下载的gC基因序列进行分析表明,这6株PRV与2012年以后流行的毒力增强的变异毒株处于同一分支;这些毒株的氨基酸同源性为98.7%~100%,而与经典的PRV-SC毒株的氨基酸同源性仅为93.2%~94.0%。PRV毒株g C蛋白第52~70位氨基酸为高变区,尤其第64~70位出现7个氨基酸(AAASTPA)插入。对gC蛋白糖基化位点分析表明,PRV变异毒株较经典毒株增加了6个O-连接糖基化位点,且gC蛋白B细胞表位出现3处突变,分别为P69R、P80Q和N83G。gC蛋白上硫酸乙酰肝素结合域(HBD)出现2处突变,分别为HBD1第5位氨基酸由经典毒株的P突变为Q,HBD3的第3位氨基酸由Y突变为C。用分离的6株PRV接种BALB/c小鼠试验显示,PRV-HRB和PRV-SH毒株半数致死量(LD50)均为1×10~(3.21)/mL,PRV-DL、PRV-JL及PRV-GZL的LD50为1×10~(3.75)/mL,PRV-JF的LD50为1×10~(4.32)/mL。上述结果阐明了PRV流行毒株g C基因的分子特征及其对小鼠的毒力,为该病毒的致病机制研究提供了科学依据。     

猪伪狂犬病病毒HLJ8株的分离与鉴定

2013年黑龙江省某猪场发生仔猪死亡并且伴有神经症状,采集死亡猪脑组织,经PCR检测、病毒电镜观察,确诊为伪狂犬病病毒(PRV)感染,遂将该毒株命名为HLJ8。进一步对病毒gE基因的序列分析表明,该毒株与2012年的中国分离株在同一个相对独立的分支中,氨基酸序列的同源性在94%~100%之间;与2011年之前分离的毒株的亲缘关系较远。小鼠毒力试验结果表明,高剂量(1×103 PFU/mL)的HLJ8株可以引起小鼠死亡以及皮肤瘙痒等典型的PRV感染症状,但其毒力略低于经典强毒株PRV SC株。     

猪伪狂犬病病毒gC基因的克隆及其部分生物学特性的分析

采用PCR方法扩增出12株伪狂犬病病毒(PRV)的gC基因全序列,并测序,使用生物学软件对这12株PRV gC基因序列和GenBank上登录的6条gC基因序列进行了生物信息学分析和预测.结果显示,PRV gC基因开放阅读框的核苷酸长度为1437～1464 bp,编码478～487个氨基酸.在遗传进化关系上,四川省流行的PRV毒株与日本、欧洲、美洲分离株的亲缘关系较近,而与我国其他地区的分离株亲缘关系较远.这些毒株的蛋白疏水性、抗原表位和高级结构等具有相似性,但也存在一些变化和差异.表明,PRV gC基因具有较高的保守性,但可能存在抗原漂移现象.     

猪伪狂犬病病毒SL株gK基因的生物信息学分析

对猪伪狂犬病病毒(PRV)四川分离株(SL株)gK基因进行分子克隆,并利用生物信息学软件对gK基因进行了同源性、遗传进化树、密码子偏向性、蛋白质二级结构预测及抗原表位分析。结果显示,成功克隆了PRVSL株gK全基因,其编码区长939bp,编码313个氨基酸残基,与其他PRV分离株核苷酸序列同源性为97.6%～99.9%,与国外分离株的同源性略高于国内分离株。gK基因存在4个跨膜区及1个明显的CpG岛。表明成功克隆了PRVSL株gK基因,该基因具有潜在的抗原性。     

伪狂犬病病毒Min-A株gE基因的克隆及序列分析

参考GenBank中伪狂犬病病毒 (PRV) gE基因的序列设计了 1对引物 ,对PRVMin A株进行了PCR扩增 ,扩增产物克隆于 pGEM TEasy载体。对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序 ,证实了克隆片段的可靠性。测序结果表明 ,目的片段包含 1个 174 0bp的开放性阅读框(ORF) ,编码由 5 79个氨基酸组成的多肽。同源性分析表明 ,PRVMin A株与PRVEa株、SH株gE基因的核苷酸同源性分别为 99.2 %、98.7% ;推导氨基酸的同源性分别为 98.6 %、97.2 %。     

猪伪狂犬病病毒变异株R13028株生物学特性及致病性的研究

为了解天津地区猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)的流行情况,2013年从疑似PRV病例中分离纯化获得一株野毒株(R13028株),对其g C基因进行测序及分析,并研究病毒的细胞增殖特性和致病性。结果显示,R13028株与参考毒株相比在139位至189位缺失51 bp核苷酸,遗传进化分析显示该毒株与中国分离株的同源性高于欧美毒株,属于基因Ⅱ型,它与LA株的核苷酸同源性最高为99.7%。R13028株可在PK-15、BHK-21、Marc-145、Vero和ST细胞增殖,TCID50测定结果表明ST细胞和PK细胞更适于R13028株的增殖。将PRV R13028株和经典强毒株SC株接种7周龄BALB/c小鼠后LD50分别为1×104.5TCID50和1×104.0TCID50。将两个毒株以1×106TCID50剂量经滴鼻途径分别接种6周龄和9周龄猪,发现SC株(5/6头死亡)对猪的致死性高于R13028株(2/6头死亡)。但R13028株感染后猪体温升高和神经症状更为明显,试验猪发病和死亡时间早于SC株。本研究为猪伪狂犬病病毒的致病机制及防控研究提供了一定的理论依据。     

猪生殖与呼吸综合征病毒HN/XT/07株的分离鉴定及其Nsp2基因的特性分析

从湖南湘潭某发病猪场分离到1株病毒,该病毒可使Marc-145细胞产生CPE,应用猪生殖与呼吸综合征病毒检测试剂盒从感染细胞培养物中检测到猪生殖与呼吸综合征病毒,并将该分离毒株命名为HN/XT/07。采用RT-PCR方法扩增该分离毒株的Nsp2基因,并进行序列测定,发现在2932～3031 bp之间不连续缺失了87个核苷酸。序列比对结果显示,该分离毒Nsp2基因与PRRSV经典毒株Ch-1a的核苷酸同源性为85.5%,氨基酸同源性为80.1%;与2006～2007年流行的PRRSV高致病性变异毒株NX和SD的核苷酸同源性为95.3%～96.4%,氨基酸同源性为90.9%～95.6%。     

伪狂犬病病毒Bartha K61株Us区缺失片段的鉴定

为利用PCR技术对伪狂犬病病毒(PRV)Bartha K61株Us区的具体缺失情况进行分析,根据已发表的PRV全基因组序列设计了4对引物,以PRV双城株基因组作为对照,对Us区进行扩增.对扩增片段的序列分析表明,Bartha K61株基因组的Us区缺失了3 489 bp,为第122560～126049位核苷酸,其间包括部分gI基因、全部的gE和Us9基因以及部分Us2基因.     

伪狂犬病病毒四川流行株的分离鉴定及gE和gD基因的序列分析

为了解当前四川省伪狂犬病病毒(PRV)流行株的生物学特性及分子特征,2015年从四川省9个市13个猪场采集了13份疑似猪伪狂犬病病毒感染发病病例的脑组织,采用PCR鉴定、PK-15细胞分离培养、蚀斑纯化和动物回归试验等方法从脑组织中共分离得到4株PRV,分别命名为PRV-SC-1、PRV-SC-2、PRV-SC-3、PRV-SC-4。通过对gE、g D基因序列进行遗传进化分析,结果表明,本次分离得到的PRV-SC-3株(G en Bank登录号:KU 605803)与N CBI上公布的中国广东2013年分离株KR051971.1和2015年分离株KT 936476.1的亲缘关系最近(同源性为100%),属于同一进化分支,它与2010年公布的比利时分离株F J605132.1的亲缘关系最远(同源性为97.5%);对PRV-SC-3株gE糖蛋白的生物信息学分析结果显示,分离株PRV-SC-3的T细胞抗原表位较2012年后国内分离株未发生变化,但其较比利时分离株减少了2个酪氨酸磷酸化位点。本研究结果为四川省伪狂犬病最新流行动态及病毒变异情况研究奠定了基础。     

2004-2010年浙江省及其周边地区PRRSV GP5基因的分子进化与变异分析

用RT-PCR方法对分离自浙江省及其周边地区部分猪场的50个猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株和3个疫苗毒株的GP5基因进行了扩增、克隆和序列分析,并与国内外的代表性毒株进行了序列比对。结果表明,2004-2010年检测的PRRSV毒株均属于美洲型,大部分毒株属于亚群1,各毒株间的核苷酸和氨基酸同源性分别在81.6%～100%和72.1%～99.5%之间,浙江省及其周边地区亚群1毒株与我国最早分离到的美洲型毒株CH-1a的核苷酸和氨基酸同源性分别为84.5%～95.7%和78.6%～95.0%,与疫苗株的核苷酸和氨基酸的同源性分别为88.1%～99.2%和85.4%～99.0%。糖基化位点以及抗原表位都有一定程度上的变异。     

伪狂犬病病毒上海株gE基因克隆及其含GFP基因质粒载体的构建

根据已发表的伪狂犬病病毒(PRV)gE基因序列设计1对引物,用PCR法扩增了PRV上海株(PRV-SH)的gE基因,并克隆入pUC18中.利用gE基因中限制性酶切位点,把绿色荧光蛋白(GFP)的基因表达盒插入gE基因中,构建了含GFP的载体pUCgE-GFP.     

伪狂犬病病毒主要毒力基因对其致细胞病变能力的影响

以伪狂犬病病毒(PRV)Fa株为对照,时PRV Fa株TK基因缺失株、PRV Fa株gI/gE双基因缺失株和PRV Fa株TK/gI/gE三基因缺失株进行了细胞培养特性的观察.包括对照毒株在内的4个毒株均按0.5 mL(1×10~6PFU)接种量分别感染IBRS-2、Marc-145、ST、Vero和MDBK等细胞系;选择在接种后第0、8、12、24、36和48 h观察感染细胞的形态学变化.结果显示,这4个毒株在这5种细胞上均能增殖并引起细胞病变,但PRV基因缺失株引起的病变程度均不及Fa株.表明,PRV的不同毒力基因对其致细胞病变能力不同.     

23株猪瘟病毒E2基因主要抗原编码区序列差异分析

用RT PCR及测序获得了 17株猪瘟病毒 (HCV) 2 5 1bp的E2基因主要抗原编码区序列 ,经DNAstar软件对获得的 17株HCV及已发表的 6株HCV毒株序列进行了比较和分析 ,并构建了HCV遗传发生树。结果 ,这 2 3株与石门株的序列相比 ,所有毒株的碱基变化随机地分布于整个序列 ,无缺失和插入 ,其中变化较大的区域位于序列的 3′端。 2 3株HCVE2基因主要抗原编码区核苷酸及氨基酸同源性分别为 74.1%～ 10 0 %、79.7%～ 10 0 % ,其中 4株 2 0世纪 70～ 80年代分离毒株的核苷酸及氨基酸同源性分别为 76.3 %～ 86.2 %、81.1%～ 87.8% ,10株 2 0世纪 90年代分离毒株的核苷酸及氨基酸同源性分别为 75 .4%～ 10 0 %、79.7%～ 10 0 %。所绘制的遗传发生树分为 2个组群 (group) ,每个组群分为 2个亚组群 (subgroup) ,14株猪瘟 (HC)流行毒株在 2个组群中均有分布 ,2 0世纪 70～ 80年代分离的 3株 (75 % )在组 群 2 ,2 0世纪 90年代分离的 5株 (5 0 % )在组群 1     

猪瘟野毒E2基因同源性比较

以人工感染发病猪的脾为材料提取总RNA ,根据已报道的猪瘟病毒基因组序列 ,设计合成了 2对引物 ,以总RNA为模板 ,利用反转录聚合酶链式反应 (RT PCR)、套组聚合酶链式反应(nPCR)及测序技术 ,对流行于我国甘肃省、陕西省、宁夏和广西自治区的 5株野毒株的主要外膜糖蛋白E2基因的核苷酸序列进行了测定 ,用DNAstar软件比较分析了 5株野毒之间及其与猪瘟兔化弱毒株 (C ST株 )E2基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的同源性。结果发现 ,5株野毒与C ST株核苷酸序列的同源性为 81.7%～ 83.1% ,氨基酸同源性为 87.3%～ 88.6 % ,表明它们之间存在较大的差异 ;但 5株野毒之间核苷酸序列的同源性高达 98.8%～ 99.3% ,氨基酸同源性为96 .6 %～ 99.2 % ,表明它们之间的差异较小     

伪狂犬病病毒Ea株糖蛋白基因gL的克隆和序列分析

根据已发表的基因序列设计了 1对PCR引物 ,以伪狂犬病病毒Ea株 (pseudorabiesvirusEa ,PRVEa)基因组DNA为模板 ,扩增出一大小为 5 11bp的片段。通过酶切和测序证实 ,该基因为伪狂犬病病毒Ea株的又一糖蛋白基因 ,即gL基因。Blast软件分析表明 ,该基因与Kaplan株核苷酸序列的同源性为 94% ,氨基酸序列的同源性为 95 %。将测序结果输入GenBank ,获得登录号AF44 845 6。     

猪伪狂犬病病毒经典毒株与变异毒株PCR鉴别方法的建立

猪伪狂犬病是危害世界养猪业的重要疫病之一。近年来我国免疫猪群出现暴发、流行,经证实其抗原性和毒力发生了变异。为了有效区分变异毒株和经典毒株,根据国内外伪狂犬病病毒(PRV)变异毒株和经典毒株基因序列比对结果,针对UL44和UL36区域的基因序列设计了2对引物,建立两步法PCR。第一步PCR针对UL44区域,区分出经典毒株(疫苗株HB98除外)感染与变异毒株感染。第二步PCR针对UL36区域,区分出HB98株与伪狂犬病病毒变异毒株。两步法PCR的敏感度分别达到2~20TCID50和50TCID50病毒量。对猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型、猪瘟病毒、日本脑炎病毒、脑心肌炎病毒和猪流行性腹泻病毒的核酸应用此方法进行扩增,结果均为阴性。该方法与猪伪狂犬病病毒国家标准PCR检测方法的符合率达到91%,可用于实验室快速诊断。     

PRRSV和PCV-2以及PRV多重SYBR Green-Ⅰ实时荧光PCR检测方法的建立

根据GenBank中登录的猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)N蛋白基因、猪圆环病毒2型(PCV-2)rep蛋白基因和猪伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的核苷酸序列分别设计了3对特异性引物,成功建立了同时检测PRRSV、PCV-2、PRV的多重SYBR Green-Ⅰ实时荧光PCR方法.敏感性试验结果显示,PRRSV、PCV-2的敏感性可达250拷贝/μL,PRV的敏感性可达500拷贝/μL.表明,该方法具有较好的特异性、重复性和敏感性,可以用于PRRSV、PCV-2和PRV的快速检测.     

猪生殖与呼吸综合征病毒N基因的扩增与克隆

应用RT PCR方法扩增出猪生殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV)的核衣壳蛋白基因 (N基因 ) ,并将其克隆到 pET 32a载体 ,构建了高效原核表达载体pETN。将 pETN重组质粒转化BL2 1(DE3)宿主菌后 ,对插入片段进行了序列测定及同源性分析。结果表明 ,插入片段序列与PRRSV美洲型ATCCVR2 332株的ORF7核苷酸序列同源性达 99.9% ,与分离毒株的同源性达 99.0 %。