应用高通量测序技术对蜱携带RNA病毒的检测研究

利用高通量测序技术,对来源于不同边境地区的蜱类进行宏基因组测序,对所携带的病原基因序列进行鉴定和分类。不经事先筛选,直接对含有未知病原体的蜱类样本提取核酸并进行高通量测序,对测序得到的数据采用与病原体数据库比对的方法进行潜在病原体筛查。结果显示,在4组样本中,有3组样本发现一种或一种以上的可疑病毒,且在2个样本中检测到致病性的发热伴血小板减少综合征病毒(SFTS病毒)及白蛉病毒。结果表明,高通量测序技术可以初步描绘蜱类所携带病毒的多样性,为口岸虫媒携带病原体快速筛查提供依据。     

产志贺毒素大肠杆菌噬菌体vB_EcoM_PHB05的生物学特性及全基因组分析

产志贺毒素大肠杆菌又称产Vero细胞毒素大肠杆菌,是一种可引起水样腹泻、溶血性尿毒综合征、出血性结肠炎等的人兽共患肠道致病菌。以一株产志贺毒素大肠杆菌为宿主菌,从湖北某规模化养猪场的污水中分离得到一株烈性产志贺毒素大肠杆菌噬菌体,命名为v B_Eco M_PHB05。采用双层平板法筛选并纯化得到一株噬菌体,采用透射电镜观察噬菌体颗粒;使用Ion Torrent测序平台进行噬菌体全基因组测序,同时对噬菌体最佳感染复数(MOI)、一步生长曲线、裂解谱等生物学特性进行研究。结果表明,噬菌体v B_Eco M_PHB05在电镜下可见有一正多面体立体对称头部(直径约72 nm),含收缩性尾部(尾长约45 nm,尾宽20 nm),为肌尾科噬菌体;提取基因组,酶切鉴定该噬菌体核酸类型为双链DNA;其最佳感染复数为0.1;一步生长曲线试验结果显示,噬菌体v B_Eco M_PHB05潜伏期约为20 min,平均裂解量约58 PFU/cell;基因测序结果表明,该噬菌体全基因组全长147 659 bp,G+C含量37.5%。噬菌体v B_Eco M_PHB05除对本身宿主菌产志贺毒素大肠杆菌(Escherichia coli O34)产生裂解外,还裂解其它产志贺毒素大肠杆菌和沙门菌。噬菌体v B_Eco M_PHB05为一株广谱烈性噬菌体,其基因组中不含耐药基因及毒力基因,具有开发为抗产志贺毒素大肠杆菌制剂的潜力。