猪源乙型脑炎病毒的分离鉴定及其E基因分析

采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法检测猪流产胎儿病料中的乙型脑炎病毒(JEV),并对阳性病料做病毒分离与纯化.通过空斑减数试验测定了分离株和JEV P3株的中和指数.对分离株的prM-E基因进行克隆并测序,将推导的E蛋白序列与GenBank中登录的JEV毒株的E蛋白序列做比较分析.以E基因序列为基础,绘制进化树.结果显示,在检测的9份病料中有3份呈JEV阳性,并分离出1株JEV,命名为HEN0701.经测定,P3株的中和指数为12,分离株的中和指数为2.prM与E基因的序列分析表明,分离株与P3和Beijing-1株的同源性较低,最高仅为87.7%;而与JEV/sw/Mie/40/2004、KV1899、SH17M-07和YN79-Bao83株的同源性较高,最低为96.6%.进化分析表明,分离株属基因Ⅰ型.E蛋白序列分析结果显示,分离株与基因Ⅰ型JEV的E蛋白序列高度同源,且与SH-53、JEV/sw/Mie/40/2004和VN22/Viet Nam/2002/swine blood株的E蛋白序列完全相同,而与基因Ⅲ型JEV的E蛋白序列存在4个共同的氨基酸变异位点.     

猪生殖与呼吸综合征病毒5''''非翻译区序列的反向遗传操作

以猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北美株感染性克隆pCBC2为平台进行反向遗传操作,利用突变PCR获得在病毒基因组5'非编码区(5'UTR)和ORF1起始密码子之间插入Nde Ⅰ的全长克隆pTLNd4,并以此为基础将5'UTR替换为欧洲株的5'UTR,获得全长克隆pTLV8.以体外转录的RNA转染MARC-145细胞.结果显示,pTLNd4产生了细胞病变(CPE),而pTLV8未产生.通过RT-PCR和Northern blot试验,分别对这2株突变病毒的基因组RNA复制和亚基因组mRNA转录水平进行了分析,同时还对pTLNd4进行了病毒学试验.证实,它们与亲本病毒无论从分子生物学水平或病毒学水平都无明显差异;pTLV8虽未产生CPE,但在病毒传代细胞中检测到了基因组RNA,说明替换不同基因型5'UTR的突变病毒虽然丧失了复制能力和感染性,但仍然能够提供病毒RNA合成所需要的顺式调控因子.     

非结构蛋白2高变区在PRRSV复制中的作用

为了研究nsp2的非必需区在动脉炎病毒复制中的作用,采用定点突变PCR(site direct PCR)法对PRRSV全长感染性克隆pAPRRS的nsp2进行了系列缺失。结果显示,通过病毒拯救发现,nsp2部分区段可以忍受一定程度的缺失,但大幅度的缺失影响了病毒的复制、RNA合成翻译甚至病毒颗粒的成熟过程。结果表明,nsp2中多个氨基酸的变化可能影响PRRSV中多聚蛋白的水解、加工、成熟或RTC的组装。     

一株猪源1型呼肠孤病毒的分离及鉴定

为了研究猪呼肠孤病毒的分子生物学特性,通过在细胞培养液中添加胰酶的方法,从仔猪腹泻粪样中分离、纯化并鉴定了1株能在Vero细胞上稳定产生细胞病变,以细胞颗粒增多、肿胀、漂落等细胞病变为主要特征的猪源1型呼肠孤病毒SHR-A株。根据呼肠孤病毒的理化特性,对病毒进行初步纯化,然后进行电镜观察、核酸提取、RNA电泳、RT-PCR、各病毒基因扩增和克隆测序等常规病毒学鉴定。SHR-A株S1基因的同源性分析和核苷酸系统发育进化树分析表明,该病毒与哺乳动物呼肠孤病毒血清1型的同源性较高,而与血清2型和3型的同源性较低,因此初步判断该SHR-A株为血清1型,为国内首次报道从猪体内分离到血清1型的呼肠孤病毒。进一步分析发现,SHR-A的S1基因全长为1 465bp,其3′-UTR为3型,其余部分则为1型,说明其S1基因是1型和3型的嵌合体,此结果表明,哺乳动物呼肠孤病毒作为RNA病毒,基因重组可能是其除基因突变和基因重排以外的第3种病毒变异进化的重要方式。     

猪源牛病毒性腹泻病毒SD0803株3′非编码区的克隆及结构分析

为了研究猪源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)SD0803株3′非编码区(3′-UTR)的结构及其在病毒复制与转录中的作用,采用病毒RNA 3′末端加Poly(A)尾的方法与3′RACE技术对SD0803株3′末端序列进行了扩增、克隆与测序,并应用Clustal W、CLC RNA Workbench 4软件对3′-UTR一级与二级结构进行分析。结果表明,SD0803株3′-UTR由186nt组成,与ZM-95、NADL、SD-1株核苷酸同源性分别为85.4%、53.8%、57.5%;SD0803与其他BVDV株一样,其一级结构均存在1个高变区与1个相对保守区;在高变区缺失约40nt;在RNA 3′末端二级结构方面,SD0803株与ZM-95株均具有3个茎-环结构,而与具有4个茎-环结构的牛源BVDV差异较大。     

套式病毒目病毒核衣壳蛋白的结构与功能研究进展

介绍了套式病毒目病毒的分类及其基因组特点,论述了核衣壳(N)蛋白的结构及其功能特性,包括N蛋白的RNA结合特性、N蛋白的核定位特性、N蛋白在病毒复制中的作用,并就其在冠状病毒和动脉炎病毒中的不同作用进行了着重阐述。     

猪生殖与呼吸综合征病毒5′非翻译区序列的反向遗传操作

以猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北美株感染性克隆pCBC2为平台进行反向遗传操作,利用突变PCR获得在病毒基因组5′非编码区(5′UTR)和ORF1起始密码子之间插入NdeⅠ的全长克隆pTLNd4,并以此为基础将5′UTR替换为欧洲株的5′UTR,获得全长克隆pTLV8。以体外转录的RNA转染MARC-145细胞。结果显示,pTLNd4产生了细胞病变(CPE),而pTLV8未产生。通过RT-PCR和Northern blot试验,分别对这2株突变病毒的基因组RNA复制和亚基因组mRNA转录水平进行了分析,同时还对pTLNd4进行了病毒学试验。证实,它们与亲本病毒无论从分子生物学水平或病毒学水平都无明显差异;pTLV8虽未产生CPE,但在病毒传代细胞中检测到了基因组RNA,说明替换不同基因型5′UTR的突变病毒虽然丧失了复制能力和感染性,但仍然能够提供病毒RNA合成所需要的顺式调控因子。     

同源重组技术在拯救猪繁殖与呼吸综合征病毒中的应用

为探寻猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)重组的规律和机制,在反向遗传学技术平台基础上,设计了几对作为配体和供体的复制子质粒,相应配对后共转染Mar-c145细胞,经原代或传代培养后拯救出病毒,并对拯救病毒的序列进行了比对分析。结果显示,拯救的病毒为重组子,共含有供体和配体亲本部分序列;在配体和供体的同源序列区发生了分子间同源重组;重组区域存在着一定的随机性,分别依次在ORF1的256～318 nt区域、ORF5的13970～13992 nt、ORF6的14428～14494 nt及ORF7的15135～15161 nt区域发生了重组。本研究利用同源重组技术建立的重组体系,不仅揭示病毒重组区域具有随机性,而且也为其他RNA病毒的感染性cDNA克隆的构建提供了一种方法。     

猪源乙型脑炎病毒HEN0701株全基因组的分子特征

将乙型脑炎病毒HEN0701株基因组RNA分4段进行RT-PCR扩增,并克隆入pCRⅡ-Blunt-TOPO载体中,测定全长cDNA序列。以MapDraw软件分析了乙型脑炎病毒HEN0701株的基因组结构,并将病毒基因组分成2个非编码区和10个基因,比较了HEN0701株和11株乙型脑炎病毒在全基因组和各基因的核苷酸及推导氨基酸的同源性。以MEGA5软件绘制HEN0701株和11株病毒C、E、NS3、NS5基因的进化树。结果显示,HEN0701株全基因组为10 965 nt,包含一长10 299 nt的开放阅读框。在核苷酸水平,HEN0701株与GⅠ分离株的全基因组和各基因的同源性均高,而与GⅢ分离株则较低;而在氨基酸水平,HEN0701株与GⅠ分离株在多聚蛋白和各病毒蛋白的同源性和HEN0701株与GⅢ分离株的相近。进化分析显示,不同基因进化树的拓扑结构相近,12株病毒的C、E、NS3、NS5基因进化方向相同,GⅠ分离株和GⅢ分离株间C基因进化距离最近。