单核苷酸多态性与DNA芯片技术在法医学中的应用

８０年代中期,Jeffreys建立的DNA指纹技术是法医学DNA分型的里程碑。针对人类基因组小卫星VNTR位点靶序列作RFLP分析,获得高度个体特异性DNA指纹图,使法医学第一次能够作出认定同一性,认定亲生关系的鉴定结论。此为第一代法医DNA分型技术。８０年代后期,Mullis建立PCR技术,以基因组内STR位点多态性位点为靶序列作PCR扩增,利用电泳分离,分析STR位点多态性。PCR－STR分型结合了PCR高效扩增和STR位点高度多态性的特点,成功地解决了检测灵敏度问题,采用复合扩增多STR位点的办法,鉴别能力达到或接近DNA指纹水平…     

人唾液中口腔粘膜脱落上皮细胞的ApoB VNTR位点扩增片段长度多态性

人类基因组中存在DNA重复序列，包括了多态性DAN片段，其多态性决定于DAN串联重复序列（variblenumbertandemrepeats，VNTR）。DNA多态性的检测方法有用South－ern印迹杂交进行限制性片段长度多态性（re－strictionfragmentlengthpolymorphism，RFLP）分析，以及聚合酶链式反应（polymerasechainreaction，PCR）两种。采用RFLP分析，可获得个体特异的．DNA指纹，它是确定VNTR遗传型极有效的方法，但是此法操作费时，而且需要较大量的未降解的DNA。利用PCR的技术，可以克服RFLP分析的不足，用其检测法科学实践中生物性检材…     

DHFRP2,FIBRA和ACTBP2位点的法科学应用研究

用 PCR－ STR、聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术，对 DHFRP2、 FIBRA和 ACTBP2三个 STR位点的法科学应用进行探讨，显示三个位点的扩增效率高， DNA降解至 400 bp以下时也可扩增成功，可用于法医学个人识别。三个位点的基因型偶合率为 7.6× 10－ 5，累积非父排除率达 96.81％，将此三个位点用于法科学亲子鉴定和个人识别，均获得满意结果。种属研究发现， 9种常见动物 DNA样本 (兔、鸡、鼠、牛、猪、蛙、猫、鱼和蛇 )中，兔、鸡 DNA在 DHFRP2位点有一长度为 179 bp的扩增片段；兔、牛、猪、鸡、鱼 DNA在 FIBRA位点出现一长度为 207 bp的扩增片段； 9种动物 DNA在 ACTBP2位点均无扩增产物出现。     

分析扩增DNA序列测定人发的性别

最常用的DNA分析方法是测DNA的限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP).此法需要微克量的未降解大分子DNA,一般难以从案例检材中获得.聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)能使DNA的特异区域扩增,供序列分析,鉴定生物性检材的性别.酶促扩增法可使     

法庭DNA技术的发展及展望

1 法庭DNA技术的现状 DNA技术自1985年应用于法庭鉴定以来,发展极为迅速,得到了广泛应用。已经由最初的以长度(RFLP)为基础的DNA指纹分型技术(DNA Fingerprinting)发展到如今的扩增片段长度多态性检测(PCR-VNTR,PCR-STR)及DNA序列变异测定等。其中应用比较普遍的几项法庭DNA鉴定技术分别为DNA指纹图技术、PCR扩增技术、DNA测序技术。     

法庭DNA技术与标准化

1 法庭DNA技术的发展与现状法庭DNA技术自1985年被首次应用以来,经过十多年的努力,已经由最初的限制性片段长度多态性检测(RFLP)发展到如今的扩增片段长度多态性检测(PCR-VNTR,PCR-STR)以及DNA序列变异测定等.人们充分利用DNA分子的序列多态性和长度多态性来进行个体识别,由此产生了DNA指纹技术,VN-TR-PCR扩增技术,STR-PCR技术,MVR-PCR技术,PCR测序技术等一系列新兴的法庭科学技术,促进了整个遗传科学和法庭科学的发展.     

西安汉人D1S80位点基因频率调查

利用PCR技术、小型聚丙烯酰胶凝胶电泳及银染法，检测D1S80位点的VNTR扩增片段长度多态性（Amp－FLP）。在175名无关的西安地区汉族人群中发现了22个等位基因，片段大小分布于320～750bp之间，频率分布为0．0057～03314，杂合度为82．3％，个人识别率（DP）为0.9588，非父排除率（EPP）为0．6704。对7个家系23名相关个体分析，证实DIS80位点的遗传符合孟德尔方式。已发现的64种基因型分布符合Hardg－Weinberg定律。     

中国人p33.6位点的扩增片段长度多态性

用PCR、小型聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染法对小卫星区域p33.6(D1S111)位点的扩增片段长度多态性(Amp—FLP)进行分析和对100例无关中国人p33.6位点的等位基因频率进行调查及数据处理,发现该位点核心序列重复数从9到22之间的全部14个等位基因,片段长度分布于435～925bp之间,基因频率为0.5～35.5％,杂合度为76％。对6个家系共22名相关个体进行分析,符合孟德尔遗传定律;对人体各种不同组织DNA进行该位点的分析,显示出高度的一致性。该位点适用于法医学上的个人识别以及亲子鉴定。     

亲子鉴定DNA分型亲权指数的简化计算法

PCR扩增DNA片段长度多态性位点，如AmP－FLP、PCR－STR分型技术，在亲子鉴定中应用日益增加。由于被选择应用的DNA位点均具高杂合度、高非父排除率，以及PCR技术取材广泛、灵敏度高等特点，PCR－DNA分型有。逐步取代常规血型检测的趋势。PCR－DNA分型结果表明，杂合子个体呈2条片段，纯合于及条片段，等位基因为共显性遗传，位点均具有不连续基因频率分布。所以，亲权指数计算并不复杂。本文依据单位点DNA分型特发，根据Esse。M6ller计算理论，提出一套简明亲权指数计算公式。同时对父子单亲亲子鉴定的亲权指数计算公式也作…     

p33.4位点扩增片段长度多态性及其法医学应用的研究

以聚合酶链反应（PCR）、聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳和银染法对中国100名无关个体小卫星区域p33．4位点的扩增片段长度多态性（Amp－FLPs）进行了研究，检出了8个等位基因。通过BIOTRAC系统进行数据处理．各等位基因重复单位的数目分别为7、10到15，其中在13～14之间发现一差值不足一个重复单位长度的罕见等位基因。片段长度分布于603～1115bP之间，基因频率分布于0.5～33．5％间，杂合度为64％，DP值为84．5％。对5个家庭25名相关个体进行分析，符合孟德尔遗传定律；对同一个体不同组织的DNA进行P33.4位点的分型研究表明，该技术适宜于法医物证检验。此外，本研究以Chelex处理不同检材制备DNA模板用于扩增，率先建立了比常规方法更快、更简便、更为实用的检验方法。     

法医常染色体STR分型

短串联重复序列 (ＳＴＲ)是广泛存在于人类基因组中的一类具有长度多态性的ＤＮＡ序列。它由 2～ 6个碱基对构成核心序列 ,呈串联重复排列 ,其长度多态性主要由核心序列拷贝数目的变化而产生。一般认为 ,人类基因组平均每 6～ 10ｋｂ就有 1个ＳＴＲ基因座 ,为法医个人识别和亲子鉴定提供了高信息基因座的丰富来源。与限制性片段长度多态性产生的ＤＮＡ指纹相比 ,用聚合酶链反应技术 (ＰＣＲ)扩增ＳＴＲ基因座产生的ＤＮＡ纹印具有更高的灵敏度。ＳＴＲ扩增片段较短 (10 0～ 30 0ｂｐ) ,对于常见含部分降解ＤＮＡ的陈旧斑痕 ,ＰＣＲ扩增ＳＴ…     

基于等位基因特异性PCR原理建立的SNP分型新方法

目的建立一种新方法,对多个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)位点进行分型。方法基于等位基因特异性PCR原理,采用荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术,根据PCR片段长度差异进行分型。选择SNP位点共11个,每个SNP位点设计两条长度不同、3’末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时为了增加特异性,在两条等位基因上游引物的3’末端第3或第4位碱基人为引入错配。在距离上游引物100～300bp范围内的合适位置,设计下游共用引物,并进行荧光标记。所有位点经过复合扩增后,PCR产物经ABIPrismTM310型遗传分析仪电泳分离,确定每个SNP的基因型。结果每个SNP位点纯合子为单一产物峰,杂合子则为长度不同的两个产物峰。不同的SNP位点扩增产物长度不同,根据产物长度和产物峰的数量进行SNP分型,一次完成11个SNP位点分型,其结果与直接测序完全一致。结论荧光标记复合扩增片段长度差异等位基因特异性PCR法是一种简单快速而有效的SNP分型新方法。     

法医DNA标准物质备选细胞STR等位基因片段长度的定值

目的 研究建立法医DNA标准物质备选细胞基因组STR基因座等位基因片段长度标准定值的方法.方法 利用有机法提取HPF和HSSM细胞基因组DNA并进行STR复合扩增,将产物进行电泳检测.利用Gene Mapper软件分析电泳结果,记录STR基因座等位基因的数值,并对目前我国公安系统应用较为广泛的DNATyperTM15、IdentifilerTM两种试剂盒扩增产物进行相应的DNA片段长度(bp)统计以及定值.结果 HPF为男性个体细胞,HSSM为女性个体细胞.HPF和HSSM细胞DNATyperTM15系统等位基因片段长度范围分别为126.26±0.05～367.53±0.20bp和125.33±0.07～370.08±0.17bp,IdentifilerTM系统等位基因片段长度范围分别为117.22±0.04～340.02±0.08bp和117.21±0.03～323.86±0.09bp.结论 对STR基因座等位基因片段长度进行标准定值,可为法医DNA标准物质提供有效的溯源途径.     

中国人pMCT118位点扩增产物HinfⅠ限制性片段长度多态性

pMCT118（又称DIS80）是一个高度多态性的VNTR位点（重复单位16bp，核心序列为GNNGTGGG），位于1号染色体上。用PCR方法分析其多态性，国内外已有报道ti，2］K。s。i等人（‘］通过对pMCTlls位点碱基序列进行分析，发现该位点扩增物正链5’端第61个碱基由C转换成T，引入了Hinfl的酶切位点，使其产生了两种多态性Hinfl十和Hinfl－。本文对中国人pMCTlls位点扩增产物Hinfl限制性片段长度多态性进行了研究，现报告如下。材料与方法1．样品48例中国人无关个体血样由本实验室日常积累，DNA提取用Chelex快速提取法［’］。2．pMC…     

中国德昂族9个STR基因座的遗传多态性

<正> 人类基因组由约30亿个碱基对组成,其中短串联重复序列(Short tandem repeat STR)一般由2～7bp为单位组成核心序列重复排列[1]。人类基因组中每15～20kb就出现1个STR基因座。 聚合酶链式反应分析时,STR等位基因片段大小一般为100～500bp。由于扩增的片段短,可多基因座复合扩增,不仅灵敏度高,而且方便快捷,已广泛应用于个体识别、亲权鉴定、考古、基因诊断等方面,是目前最理想的DNA遗传标记[2]。本研究选择的D3S1358、vWA、FGA、,TH01、TPOX、CSF1P0、D5S818、D13S317、D7S820基因座,个体识别率高,均为美国法庭科学PCR检验金标准位点[3]。本文作     

混合斑中精子细胞分离及其DNA制备方法

目的尝试建立一种检测混合斑中精子细胞的方法。方法使用显微操作法捕获精子细胞,全基因组扩增(多重置换扩增)精子细胞DNA。结果对10管精斑检材的全基因组扩增,获得了高产、保真的产物。使用50μL体系对20个精子细胞直接进行全基因组扩增,省去了对起始模板的纯化过程,DNA扩增倍数达30000倍以上,片段长度大多在15 kb以上,其STRs复合扩增分型结果有可参照性。结论显微操作法可以有效捕获精子细胞,排除干扰,多重置换扩增可以提供足够量的产物用于法医DNA分析,该方法具有可行性。     

联合应用多个DNA位点进行尸源鉴定

目的　研究联合应用多个DNA位点在尸源鉴定方面的应用价值。方法　应用聚合酶链反应(PCR)、聚丙烯酰胺凝胶电泳分离及银染显带的方法通过对无名尸体的有关检材与可疑双亲或子女进行亲权鉴定。结果　在 80例刑事案件尸源鉴定中 ,38例无名尸体采用较新鲜肌肉 ,通过扩增VNTR、STR多个位点得以判明尸源 ;2 9例采用腐败肌肉、 6例采用骨骼和 2例采用牙齿 ,通过扩增多个STR位点判明了尸源。仅有 1例采用腐败肌肉、 2例采用骨骼未能确定尸源。结论　运用多个位点进行亲权方法可以准确地判明尸源鉴定 ,特别对高度腐败尸体、尸块不全等情况下的尸源鉴定具有很高的实用价值     

基于通用报告引物的5个Y-SNP复合扩增及其单倍型

目的建立一种简便、经济、高效的SNP复合扩增体系,为法医学应用打下方法学基础。方法选择5个Y-SNP位点——IMS-JST164520、IMS-JST021354、IMS-JST003305、M119和M134,针对每一位点设计5′端带有通用报告引物(universal reporter primer,URP)的等位基因特异性引物,先利用等位基因特异性PCR技术扩增不同位点的等位基因片段,再利用荧光标记的URP扩增检测所有位点的等位基因。结果成功构建了5个Y-SNP荧光复合扩增体系,分型结果显示:同一SNP位点的两个不同等位基因表现为不同颜色的产物峰,不同SNP位点间等位基因片段长度不同。5个Y-SNP在武汉汉族群体中的单倍型多样性为0.8655。结论基于URP的SNP复合扩增体系具有简便、经济、高效的特点,具有较高的法医学应用价值。     

考古样品中Amelogenin同源基因的提取和检测

目的利用人类性染色体Amelogenin同源基因在X、Y染色体上序列长度的差异,选择设计引物,对考古样本进行古DNA性别信息研究。方法采用苯酚/氯仿-二氧化硅-超滤离心方法提取东岭墓葬群殉人骨骼、牙齿古DNA,PCR扩增,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分离和检测古DNA扩增片段。结果8个墓葬16个样品中有7个样品出现阳性扩增检测,目标基因片段清楚,男性为二条带(X、Y),女性为一条带(X),牙齿样品检测成功率优于骨骼样品。结论改进的苯酚/氯仿—二氧化硅—超滤分离法是较好的古DNA提取方法,具有降低PCR抑制剂、消耗成本低和提取成功率高等特点。基于人类X、Y染色体Amelogenin同源基因的古DNA性别分析方法可成为分子考古重要的技术方法。     

PCR扩增循环数与低拷贝模板DNA的STR分型

目的探讨PCR扩增循环数对低拷贝模板DNA的STR分型的影响。方法模板DNA(9947A)的不同扩增用量(含低拷贝模板量),采用ProfilerPlus试剂盒,扩增循环数分别为28、30、32、34、38次,3100型基因分析仪(ABI,美国)检测结果。结果循环数从28次增至38次,模板DNA量最低检出量可从0.25ng减少至0.0312ng;先循环28次后,每反应加0.3μlAmpliTaqGoldDNA聚合酶,再循环6次较1次34个循环的检测灵敏度高,相当于1次38个循环的效果。结论增加PCR扩增循环数,可能影响低拷贝模板DNA的STR分型。