TaqMan探针技术用于X-SNP位点的分型

目的建立一种基于TaqMan探针技术的快速、准确且经济的实时荧光PCR方法,用于检测X染色体上的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)。方法选择X染色体上的13个SNP位点(X-SNP),针对每个位点分别设计1对PCR引物和TaqMan探针,进行实时荧光PCR扩增,对X-SNP位点进行分型。结果13个位点均符合Hardy-Weinberg平衡;多态信息含量分布为0.3497～0.3750,杂合度为0.4537～0.5021。建立的方法能够用于X-SNP位点的基因分型,检测结果与DNA测序结果完全一致。结论基于TaqMan探针技术的等位基因特异的实时荧光PCR方法灵敏、简单、快速,可实现对X-SNP位点的分型检测;所选择的13个X-SNP位点具有高信息量,在法医遗传学中具有潜在的应用价值。     

SNaPshot技术应用于云南省部分人群ABO血型基因分型

目的应用SNa Pshot技术对ABO血型进行基因型检测。方法采集107份已知血型(由血清学获得)的云南无关个体静脉血提取DNA,运用SNa Pshot Multiplex试剂盒对ABO血型基因的第261、297、681、703、802和803核苷酸位置的6个SNP位点进行复合扩增检测,计算相关遗传学参数。结果 107份血样中A、B、O~A、O~G 4个等位基因的频率分别为0.355 1、0.168 2、0.230 0、0.247 6,其中A~G和顺式AB未检出,ABO基因分型结果与血清学检验的结果一致。结论 SNaPshot技术适用于ABO血型基因的分型。     

单管实时PCR快速检验ABO基因型

目的建立快捷特异的ABO基因分型检测方法。方法根据ABO基因结构特点,设计特异性引物和四色双链探针,采用单管实时PCR方法检测ABO基因,结果与传统免疫学方法相对比。结果该方法可检出常见的3个等位基因,区分常见的6种基因型,全部检测过程可在100min内完成。110例中国人的随机个体定型结果与传统免疫学方法一致。结论实时PCR法进行ABO基因分型,简便快捷,灵敏度高,可以有效地为侦查破案服务。     

16个线粒体DNASNP复合检测体系的建立

目的建立一种复合检测线粒体DNA（mtDNA）单核苷酸多态性（SNP）分型的方法。方法通过设计等位基因特异性引物并结合毛细管电泳分型技术平台,建立包含16个mtDNASNP位点的复合扩增检测体系。对50名汉族无关个体血样进行mtDNASNP检测,并通过直接测序法对其分型结果进行验证。结果50个样本经本检测体系复合扩增后,均得到清晰的SNP分型结果,当模板量在0．5～10pg时能得到较理想的分型图谱。样本的复合检测结果与直接测序法结果完全一致。结论建立的复合检测体系检测mtDNASNP方法灵敏度高、操作简便、分型准确,为针对mtDNA进行简便、有效的中高通量多态性分型提供了一种新方法。     

牙釉质蛋白基因Y缺失1例

笔者在工作中发现1例身份为男性但STR检测分型的Amelogenin基因座上仅检测到X特异谱带.     

中国朝鲜族H19基因上游差异甲基化区SNP分布

目的调查中国朝鲜族群体中H19基因上游差异甲基化区(differentially methylated region,DMR)SNP及单倍型分布,为法医学应用及群体遗传学研究提供基础数据。方法收集中国朝鲜族101份无关个体血样和14份来自5个亲缘关系已知的两代家系血样,用PCR-循环测序、McrBC消化DNA后PCR方法检测H19基因上游DMR的SNP,并用亲源印记等位基因(parentally imprinted allele,PIA)分型法进行单倍型检测,再计算相关遗传学参数。结果在H19基因上游DMR 1174bp的目的基因扩增产物中,共检出13个SNP(rs10840167、rs2525883、rs12417375、rs4930101、rs2525882、rs2735970、rs2735971、rs11042170、rs2735972、rs10732516、rs2071094、rs2107425、rs4930098)和5种单倍型,有9个SNP属于高鉴别能力的遗传标记,其单倍型具有较高的个人识别率,单倍型平均基因多样性(GD)为0.714。应用McrBC酶消化基因组DNA的PIA分型法确定了家系子代样本的母源单倍型。结论 H19基因上游DMR在中国朝鲜族群体中具有很高的遗传多态性,母源单倍型的确定进一步提高了印记基因的法医学鉴定效能。     

印记基因5个SNP分型及亲代来源的检测

目的 采用复合PCR-Snapshot联合甲基化敏感酶切技术,检测印记基因中5个SNP的甲基化状态、印记亲代来源及分型.方法 选择15例亲子鉴定已证实为亲生关系的家系样本,采用单碱基延伸复合检测技术,检测家系样本IGF2AS rs1003483、SNURF rs220028、SNURF rs4906939、DLGAP2 rs6558478、SIM2 rs737380等5个SNP分型,同时选用核酸内切酶(McrBC)和甲基化敏感的限制酶(msRE) HhaⅠ、HpaⅡ消化子代DNA,验证印记基因的亲代来源.结果 经用本文方法检测,证实rs1003483为父源印记;rs220028、rs4906939为母源印记;rs6558478及rs737380未在差异甲基化区,不能确定其印记亲代来源.结论 复合PCR-Snapshot联合甲基化敏感酶切技术简单、高效,在检测多个SNP分型的同时可确定亲代来源,可在相关研究和实践中选用.     

采用SNP分型方法对甲醛固定组织进行个体识别

目的通过对X染色体SNP遗传标记的检测,探讨甲醛固定组织块的DNA分型策略。方法提取甲醛固定组织块的DNA,在用SinofilerTM试剂盒、MiniFilerTM试剂盒检测未能获得分型结果的情形下,采用多重PCR和飞行质谱技术对X染色体上的51个SNP位点进行分型检测。结果对于常染色体STR、miniSTR分型失败的甲醛固定组织块,X-SNP分型获得成功。结论对于甲醛固定组织块等微量、降解的生物学检材,若常染色体STR基因座分型失败,可尝试进行SNP位点的分型,以获得更多的遗传信息。     

广东汉族人群H19基因上游差异甲基化区SNP

目的调查广东汉族人群中H19基因上游差异甲基化区(differentially methylated region,DMR)的单核苷酸多态性(SNP)及单倍型。方法应用PIA分型法,以限制性内切酶Mcr BC、HpaⅡ消化基因组DNA分别获得个体单亲源DNA模板链,经测序,分别获得个体H19基因上游DMR单亲源SNP等位基因、基因型及单倍型数据。结果共检出13个SNP(rs10840167、rs2525883、rs12417375、rs4930101、rs2525882、rs2735970、rs2735971、rs11042170、rs2735972、rs10732516、rs2071094、rs2107425、rs4930098)及1个突变点(g7351c)。所有位点经统计学分析均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05)。除rs12417375位点DP值为0.279,其余12个SNP DP值在0.446~0.614;g7351c突变点DP值为0.013,提示为南方汉族民族特异性位点。共检出8种单倍型(命名为单倍型1~8),其中有3种为新发现的单倍型,其DP、PIC、PE及H分别为0.891、0.714、0.524和0.758。结论 PIA分型法获得的H19基因上游DMR SNP位点及其单倍型遗传标记系统具有较高的鉴别能力,在法医学鉴定中具有较好的实用价值。     

PowerPlex~ 21试剂盒扩增后的分型图谱中Y片段丢失的识别

目的依据分型图谱,直观、简便识别是否存在Amelogenin基因Y片段丢失的可能。方法采用计算分型图谱中等位基因峰高之和比值的方法,统计1 968份人员样本经Power Plex~ 21试剂盒扩增后Amelogenin与D3S1358基因座之间的均衡性、Amelogenin X等位基因与Amelogenin Y等位基因的均衡性以及D3S1358基因座不同等位基因的均衡性情况。结果 90.8%的女性样本Amelogenin X等位基因峰高不低于D3S1358基因座等位基因峰高和的60%,94.9%的男性样本Amelogenin X等位基因的峰高不超过D3S1358基因座等位基因峰高和的70%。结论 Power Plex~ 21试剂盒扩增后的分型结果中,当Amelogenin基因只检测到Amelogenin X等位基因,且Amelogenin X等位基因的峰高不及D3S1358基因座等位基因峰高之和的70%时,应考虑存在Y片段丢失的可能性。