联苯胺试验对血痕DNA检验的影响

目的探讨联苯胺试验及相关试剂对血痕DNA检验的影响。方法制作含1μL静脉血的滤纸血痕970份,其中10份为对照样本,960份经联苯胺试验及相关试剂分别处理后,采用Chelex-100法和硅珠法提取DNA,Amp F詛STR~(TM)Identifiler~(TM)Plus PCR扩增试剂盒进行复合扩增,对比各组STR分型结果。结果联苯胺试验后立即提取DNA,硅珠法的STR基因座检出数为(3.80±1.34)个,而Chelex-100法均未获得STR分型结果;联苯胺试验后干燥处理,硅珠法有13例(21.7%)获得全部STR基因座分型结果,且STR基因座检出数[(12.90±1.49)个]远高于Chelex-100法[(4.70±1.96)个](P0.05);加入冰醋酸后立即提取DNA,硅珠法的STR基因座检出数为(9.40±2.09)个,而Chelex-100法均未获得STR分型结果;只加冰醋酸后干燥处理以及只加四甲基联苯胺乙醇饱和溶液或3%过氧化氢溶液,两种方法均获得完整15个STR基因座分型结果。结论联苯胺试验对血痕的后续DNA检验有很大的影响,Chelex-100法不适合联苯胺试验后血痕的DNA检验,联苯胺试验后干燥处理及采用硅珠纯化的方法可有效提升联苯胺试验后血痕的STR基因座检出数。     

大规模汉族个体15个STR基因座遗传多态性调查

本文利用苏州市公安系统DNA数据库资源,进行大规模汉族人群的15个基因座的遗传多态性分析。采用Amp FISTR Identifiler试剂盒、Amp FISTR Identifiler Plus试剂盒、AGCU 17+1试剂盒进行扩增,经测序后获得510 000名汉族个体15个STR基因座的DNA分型,应用Excel软件计算等位基因的分布频率等群体遗传学数据。在15个STR基因座共检出等位基因344个、基因型1890个。所调查的汉族人群15个基因座具有较好的识别力。     

应用InnoTyper~ 21试剂盒进行毛干检验

目的探讨InnoTyper~ 21试剂盒在法医学实践中的应用价值。方法收集8名无关个体的毛发及唾液样本,采用Auto Mate Express~(TM)自动化法医DNA提取系统提取模板DNA,分别采用InnoTyper~ 21和Amp FeSTR~(TM) Identifiler~(TM) Plus试剂盒进行扩增,并对检验结果进行比较。结果采用InnoTyper~ 21试剂盒扩增时,唾液样本均可检出完整特异性分型,无毛囊毛干分型图谱峰值为57~1 219 RFU,有时可见等位基因缺失;采用Amp FeSTR~(TM) Identifiler~(TM) Plus试剂盒扩增时,唾液样本均可检出完整特异性分型,无毛囊毛干均未检出特异性片段。结论 InnoTyper~ 21试剂盒在无毛囊毛干的检案中具有一定应用价值。     

多套试剂盒在亲权鉴定特殊案例中的应用

目的分析山东汉族人群21个常染色体STR基因座的遗传多态性,同时对用Goldeneye~ DNA身份鉴定系统25A和20A检测存在基因突变或等位基因丢失的案例进行分析。方法用Goldeneye~ DNA身份鉴定系统25A和22NC对山东汉族人群273个无关个体的40个常染色体STR基因座进行分型,对其中21个STR基因座的遗传多态性进行分析。同时对6个存在基因突变的案例增加检测Goldeneye~ DNA身份鉴定系统22NC、20Y、17X。另外3个存在等位基因丢失的案例,用Amp FlSTR~ Identifiler~ Plus PCR扩增试剂盒验证并测序分析。结果获得山东汉族人群21个常染色体STR基因座的遗传学参数。增加到40个常染色体STR基因座:5个存在基因突变的案例可达到鉴定要求,X-STR或Y-STR分型结果一致;另外1个可能基因突变的二联体案例,共有6个基因座的基因分型在被检父找不到生物学来源,两人的Y-STR基因分型相同,说明来自同一父系,但通过常染色体分型排除父子关系。2个在D18S51基因座存在等位基因丢失的案例,经基因测序分析,在相应的引物结合区被检母和孩子存在碱基的突变或丢失;另1个被检母和孩子在D13S317基因座存在等位基因丢失的案例,通过Amp FlSTR~ Identifiler~ Plus PCR扩增试剂盒检测得到确认。结论山东汉族人群21个常染色体STR基因座有较高的遗传多态性,可用于日常的亲权鉴定案例。对部分存在基因突变的二联体案例,Goldeneye~ DNA身份鉴定系统25A无法满足鉴定要求,应适当增加常染色体STR基因座的检测个数。对于存在等位基因丢失的案例,改用不同公司的试剂盒或进行基因测序可以解决。     

MiniFiler试剂盒运用于法医微量物证的检验

目的应用MiniFiler试剂盒对法医微量物证进行DNA分析。方法采用MiniFiler试剂盒对样本进行DNA分型,确定样本9个STR基因座的等位基因型。结果10pg DNA模板经MiniFiler试剂盒扩增后,能够进行DNA分型,但40pg以上的DNA方可得到稳定可靠的分型结果。结论MiniFiler试剂盒可以用于法医微量物证的STR分析。     

以CE-PCR产物为模板的STR序列多态分型方法

目的实现以荧光标记复合扩增产物为扩增模板的STR序列多态分型。方法筛选常用STR分型试剂盒基因座并设计引物,构建常染色体STR复合扩增体系。分别以毛细管电泳(CE)试剂盒GlobalFiler~(TM)、PowerPlex~?21和Identifiler~(TM) Plus的扩增产物为模板,扩增、建库测序及数据分析,评估体系分型准确性及对CE扩增产物的通用性,并与Precision ID GlobalFiler~(TM) NGS STR Panel体系进行比较。结果该复合扩增体系能够从3款CE试剂盒的扩增产物中获得所有基因座的正确分型和序列多态信息,其体系均衡性和杂合子均衡性亦良好,且均优于Precision ID体系。结论该复合扩增体系建立了CE技术与二代测序技术之间的桥梁,实现了检材的零利用,能够进一步挖掘荧光标记扩增产物的STR序列多态信息,是对现有技术的提升和有效补充。     

利用AutoMate Express~(TM)系统提取陈旧性骨骼DNA

目的建立利用AutoMate Express~(TM)系统提取陈旧性骨骼DNA的方法。方法将骨骼用冷冻研磨机研磨成骨粉,经AutoMate Express~(TM)系统提取后,用Identifiler~Plus、MiniFiler~(TM)试剂盒扩增分型。结果10例保存在不同环境中、死亡时间在10~20年的骨骼样本利用AutoMate Express~(TM)系统3 h内完成DNA提取,有8例获得完整STR分型。结论 AutoMate Express~(TM)系统能快速、高效地提取陈旧性骨骼DNA,可应用于法医实际案件检验。     

15个常染色体和18个Y染色体STR基因座复合扩增检测体系及法医学应用

目的建立15个常染色体和18个Y染色体STR基因座以及性别基因座的六色荧光标记复合PCR直扩检测体系,并评估其法医学应用价值。方法采用六色荧光标记技术,建立15个常染色体STR基因座(D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、D19S433、v WA、D21S11、D18S51、D8S1179、D5S818、FGA)和18个Y染色体STR基因座(DYS527a/b、DYS448、DYS456、DYS385a/b、DYS458、DYS391、DYS390、DYS19、DYS438、DYS393、DYS389Ⅰ、DYS439、DYS389Ⅱ、DYS392、GATA、DYS635)以及Amelogenin的复合扩增体系,收集800份无关人员血样进行基因座检测,评估所建复合扩增体系的稳定性、灵敏度、种属特异性、直扩可行性以及抗抑制性。结果本检测体系对800份无关人员血样复合扩增后,结果准确,灵敏度达0.125ng;种属特异性高;38份案件检材全部准确分型。在对照男性与女性的DNA浓度比值大于等于1:4时,男性DNA的所有基因座均能准确分型。若模板DNA中含一定浓度的已知抑制剂时,所有基因座也均准确分型。结论本文建立的复合扩增检测体系可同时检测15个常染色体和18个Y染色体基因座以及性别基因座,结果稳定准确,灵敏度高,可为法医DNA检测分析提供一个新选择。     

DYS526a/b,DYS626,DYS713基因座在不同试剂盒中分型差异的研究

目的 探讨 DYS526a/b,DYS626,DYS713 基因座在 AGCU Y SUPP PLUS 试剂盒与 Goldeneye^TM Y ADD 试剂盒片段长度多态性分型存在差异的原因。方法 用上述两个试剂盒对 9948 标准品进行 STR 检测，并用9948 标准品对上述 4 个基因座进行 Sanger 测序，根据文献报道、国际法医遗传学会 Y-STR 命名原则，以及国家公共安全行业标准对 4 个基因座的测序结果进行结构分析，按照不同的基序计算分型。结果 9948 标准品在上述两个试剂盒中的 DYS526a/b,DYS626,DYS713 基因座都存在分型差异。依据测序结果，根据 DYS526a 公认的基序（CCTT）_n，分型应为 13；根据行业标准《序列多态 STR 等位基因命名规则》中对 DYS526b 和 DYS626 确定的基序，分型均为 25;DYS713 的基序虽没有统一标准，但根据 Y-STR 命名指导意见，笔者认为 9948 的分型应为 45。结论DYS526a/b,DYS626,DYS713 基因座作为公安机关数...     

AmpF(l)STR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒快速直接PCR扩增初探

目的 探索可应用于法医实践的快速直接PCR扩增方法,以缩短扩增时间,提高STR分型速率.方法 联合运用AmpF(l)STR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒与TaKaRa快速PCR检测试剂构建快速直接PCR体系,以FTA血卡为模板,采用优化后的扩增程序在快速PCR仪上进行扩增,分型结果与常规直接扩增方法相比较.结果 AmpF(l)fSTR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒与TaKaRa的快速PCR检测试剂针对血卡的联合扩增,所得STR分型结果与常规方法一致,扩增用时由常规直接扩增所需的175 min缩短为55 min.结论 采用快速直接PCR方法进行扩增,可得到与常规直接扩增一致的DNA分型,扩增时间明显缩短,DNA分型速率大幅提高.     

SiFa~(TM) 23 Plex试剂盒(提取测试版)在汉族人群中的法医学调查

目的评估SiFa~(TM) 23 Plex试剂盒(提取测试版)的性能及其所包含的STR基因座在汉族人群中的群体遗传学信息。方法应用试剂盒对1 000名汉族健康无关个体进行分型检测,检测试剂盒有效性并统计分析STR基因座的频率数据及群体遗传学参数信息。结果该试剂盒最小扩增体系可以为6.25μL,标准体系25μL中DNA含量低至125 pg可获取理想分型图谱。试剂盒中包含的21个常染色体STR基因座在1000人份中共检测到267个等位基因,均符合Hardy-Weinberg平衡。新增加的两个STR基因座D1S1656和D10S1248分别检测到15和11个等位基因,多态信息含量丰富。结论 SiFa~(TM) 23 Plex试剂盒(提取测试版)对于血液样本检测性能优越,准确性、重复性、灵敏度均可满足法医学检案需求,可以应用于法医学实际检案及DNA建库工作。     

微量DNA的短串联重复序列分型可行性

目的了解微量DNA分型的法医学应用的可行性。方法一系列浓度的DNA模板用PowerPlexTM16System试剂盒扩增,并用ABI377DNA测序仪进行短串联重复序列(STR)的分型。结果当模板量小于250pg时,部分位点发生了等位基因漏扩,并出现非特异带、杂合子扩增不平衡等干扰分型的杂峰。结论上述这些不正常的现象可能会导致分型错误。在对微量检材的DNA检验结果进行判型时一定要小心谨慎,全面考虑。     

ABO基因分型与多重STR联合检测在法医学中的应用

目的建立ABO基因型和Goldeneye16A试剂盒联合检测的方法,并评价其在法医学实践中的应用价值。方法将6种ABO基因型(A/A,A/O,B/B,B/O,A/B,O/O)的序列特异性引物(PCR-SSP)检测方法与Goldeneye16A试剂盒相整合进行同步分型。通过对460份男性个体血痕样本、9947A DNA及90份案件样本进行检测,考察方法的一致性、灵敏度及对法庭科学检材的适用性。结果应用本文方法可同时检出6种ABO基因型和15个常染色体STR基因座及性别决定基因座,检测灵敏度为125pg,其中ABO基因检测灵敏度达63pg。460份男性血痕和90份案件检材证实该联合分型方法用于各类检材结果准确、稳定。结论本文ABO基因分型与多重STR联合检测方法,适用于各类含有核细胞的生物检材,在法庭科学DNA鉴定中有较好的应用前景。     

基于下一代测序的全解析度STR分型研究进展与展望

下一代测序技术具有高通量、高速度、集成化、低成本等显著优势,近年来已在科研和临床诊断领域得到广泛应用,在法医遗传学领域亦具有重要应用前景。当前主流的STR分型方法仅关注序列的长度多态性,然而由于核心重复结构存在差异或扩增区段内存在SNP,序列长度相等的等位基因可能是具有遗传稳定性的完全不同的等位基因,此类STR序列多态性是个体识别或亲缘关系分析的宝贵资源。基于下一代测序的STR分型在现有数据输出方式基础上,允许进一步关注STR的序列多态性,对STR基因座进行全解析度分型,显著提升STR基因座的个体识别能力。本文以法医STR遗传标记和下一代测序技术为关注焦点,系统综述基于下一代测序的全解析度STR分型领域国际最新研究进展,深入探讨该技术在法医DNA实验室的实际应用潜力和可能面临的挑战,希冀对相关研究和实践提供参考。     

贵州汉族19个STR基因座多态性及法医学应用

目的调查19个常染色体STR基因座在贵州汉族人群中的等位基因分布,评估其在法医学中的应用价值。方法应用Goldeneye~(TM) DNA身份鉴定系统20A试剂盒,研究贵州520名汉族无关健康个体19个常染色体STR基因座多态性。用310型遗传分析仪进行毛细管电泳,Gene Mapper~ID v3.1进行基因分型。结果 19个常染色体STR基因座的杂合度为0.603 8~0.916 4,个体识别率为0.790 0~0.985 6,非父排除率为0.295 5~0.826 9,多态信息含量为0.553 5~0.908 9,累积个体识别率为1-1.230 0×10~(-22),累积非父排除率为0.999 999 99。贵州汉族和其他五个地域的汉族两两之间等位基因频率比较,仅贵州汉族与山东汉族、辽宁汉族、山西汉族之间存在基因频率差异具有统计学意义。结论 D19S433等19个常染色体STR基因座在贵州汉族人群中具有良好的遗传多态性,对群体遗传学和法医物证学研究有应用价值。     

9个Y-STR基因座荧光复合扩增系统的法医学应用

目的建立9个Y-STR基因座的复合扩增系统,提高Y-STR的法医学检测效能。方法6-FAM标记DYS434、Y-GATA-A10、DYS438、DYS439,HEX标记DYS531、DYS557、DYS448,TAMRA标记DYS456、DYS444引物,PCR复合扩增,毛细管电泳得到结果,考察扩增系统的个体识别能力、灵敏度、特异性、组织同一性。结果所建立的9个Y-STR复合扩增系统分型清晰,单倍型多样性达0.9968,特异性好,灵敏度高(0.5ngDNA),并且在男女混合斑检验上较常染色体STR分型更有优势。结论9个Y-STR复合扩增系统具有较高的识别能力,对建立Y染色体STR数据库,研究群体遗传学和进行法医学混合斑物证鉴定有重要意义。     

不同前处理方法提取牙齿DNA的比较

目的对三种不同前处理方法提取的牙齿DNA浓度进行比较,建立一种操作简便、经济适用、浓度较高的牙齿DNA提取的前处理方法。方法选择源自7具尸体的共21颗磨牙,每具尸体的3颗磨牙随机按牙屑法、球磨法、液氮研磨法进行前处理,并分别称取50 mg,采用Auto Mate Express~(TM)法医DNA提取系统提取DNA,对三种方法提取的DNA浓度和STR分型结果进行比较。结果牙屑法、球磨法和液氮研磨法提取的DNA质量浓度分别为0.055 6~1.989 1、0.036 6~1.175 6和0.037 8~1.249 0 ng/μL,牙屑法提取的DNA质量浓度较高(P0.05),且STR分型成功率高。结论牙屑法结合Auto Mate Express~(TM)法医DNA提取系统是提取牙齿DNA的一种切实可行的方法,可应用于法医学鉴定实践中。     

The probability of achieving full allelic representation for LCN-STR profiling of haploid cells

Modern forensic techniques allow DNA to be extracted from ever decreasing amounts of cellular material. Low copy number (LCN) profiling enables the production of STR profiles from small numbers of cells. Moreover, methods such as laser micro-dissection enables forensic scientists to potentially isolate individual cells for PCR. The DNA derived from haploid cells (semen) is a common source of forensic evidence in sexual assault cases. Haploid cells contain only half the DNA complement of diploid cells (3 pg compared to 6 pg). The smaller the number of cells sampled, the smaller the probability that there is a full representation of the alleles comprising the donor profile. This paper investigates the relationship between the number of cells sampled and the probability of full representation of all alleles in the donor sample. It also considers the effect of typing several loci as opposed to just a single locus.     

Constructing universal multiplex PCR systems for comparative genotyping

Analysis of length polymorphisms at STR loci in the human genome has become a standard approach for comparative genotyping in many areas including disease research and diagnostics, parentage assessment, investigations of human diversity, and forensic science. The simultaneous analysis of multiple STR loci through multiplex PCR and multicolor fluorescence detection offers sample conservation, high throughput, and automated genetic analysis. Careful design and optimization of tetranucleotide STR multiplexes has led to reliable, standardized systems that powerfully differentiate and distinguish individual human DNA profiles. The development of these multiplex systems involved a rigorous experimental strategy that included careful selection of PCR primer sequences (for yield, specificity, and multiplex compatability), along with optimization of PCR component concentrations, thermal cycling parameters, and fluorescence detection conditions. This developmental approach rendered well-characterized DNA typing systems that are high performing (sensitive, specific, and balanced), optimized to universal parameters (same reaction conditions), resilient to fluctuations in reaction conditions, and simple to implement and use routinely.     

Validation and casework testing of the BioPlex-11 for STR typing of telogen hair roots

A new STR typing strategy has been developed allowing the simultaneous amplification and subsequent analysis of 11 polymorphic systems with amplicon sizes smaller than 270bp. The multiplex amplification reaction includes six STR loci from the European standard set of loci (ESS) for DNA databases (D3S1358, D8S1179, D21S11, THO1, FGA and VWA) as well as four additional STR systems selected for their robustness (D2S1338, D12S391, TPOX and D5S818) together with the sex-specific locus amelogenin. After PCR amplification, the multiplex reaction is splitted into two sets of STR multiplexes by using biotin labelled primers only for one set. Using streptavidin-coated Sepharose beads five STR systems are separated from the other six systems prior to being analysed in two different runs on a capillary gel electrophoresis instrument. The multiplex system was developed and tested especially for the use in forensic casework if only limited amounts or highly degraded DNA is available, for instance, when isolated from telogen hair roots.