石蜡包埋人体组织DNA分型的研究

目的研究石蜡包埋人体组织的DNA提取方法对其STR分型的影响,并建立石蜡包埋组织的DNA提取方法。方法经不同预处理条件后采用Chelex-100法提取石蜡包埋人体组织中的DNA,用不同的反应体系进行STR复合扩增检验。结果经福尔马林固定、石蜡包埋的人体组织直接采用Celex-100法提取DNA与65℃水浴除蜡后采用Celex-100法提取DNA均可获得满意的DNA分型。结论该方法简便易行,实验效果好,适合检案。     

甲醛固定石蜡包埋组织DNA提取方法比较

目的比较甲醛固定石蜡包埋尸检组织中三种提取DNA的方法对DNA质量的影响,寻找一种操作简便、污染较少、经济实用的石蜡包埋组织中提取DNA的方法。方法选取经甲醛固定石蜡包埋的心肌组织20例,分别以二甲苯脱蜡-酚氯仿法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法、试剂盒法提取DNA,进行电泳分析、紫外分光光度计测定A260/A280值及PCR扩增。结果改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法抽提DNA法、二甲苯脱蜡-酚氯仿法分别与试剂盒法所提取DNA的A260/A280值相比较,均有显著性意义（P〈0.01）。二甲苯脱蜡-酚氯仿法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法所提取DNA的A260/A280值相比较,无显著性意义（P〉0.05）。以改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法所得DNA为模板,扩增的目的条带亮度与阳性对照相当。结论结果证实改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法简便有效,所用试剂价格低廉,是一种经济实用的石蜡包埋组织DNA提取方法。     

甲醛固定石蜡包埋组织STR分型检测

目的评估10%甲醛固定石蜡包埋组织STR分型结果的影响因素。方法采用QIAGEN法、IQ法、Chelex法对2具新鲜尸体在尸检时常规制备的心、脑、肝、脾、肾、肺、胃、肠石蜡包埋组织进行DNA提取,用AmpFlSTR Identifiler试剂盒进行PCR扩增,在3100-Avant上完成片段分析。另外对15个案例中室温保存1～5年的心、肝、肺、肠存档石蜡包埋组织共56份采用同样的方法进行STR分型。以STR基因座检出率评估分型有效性。结果各种组织DNA片段均随着保存时间延长而持续降解,其中心、肺组织STR基因座检出率与保存时间存在线性相关。相同保存时间时,各种组织基因座检出率差异有统计学意义。其中以肺组织在不同保存时间中基因座检出率最高。结论在甲醛固定时间一定的条件下,存放时间、组织类型、DNA提取方法和PCR模板质量浓度是影响石蜡包埋组织STR分型的重要因素。     

福尔马林固定石蜡包埋组织中DNA提取

由于甲醛介导的DNA损伤和石蜡对DNA提取的阻碍作用,使得常规DNA提取方法很难从福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPET)中获取高质量的DNA。近年来,众多学者的研究表明,通过改良预处理方法,优化蛋白酶K消化作用,简化DNA提取步骤,纯化DNA提取物等,可以有效提高FFPET中提取的DNA质量,为FFPET的DNA分析奠定了基础。     

改良醋酸铵盐析法提取福尔马林固定石蜡包埋组织DNA

目的采用改良醋酸铵盐析法提取福尔马林固定石蜡包埋组织DNA,并评价其应用价值。方法取死后24h内人体肾组织用10%中性福尔马林溶液固定7d,石蜡包埋。采用酚/氯仿法、Chelex-100法及改良醋酸铵盐析法提取DNA。经用紫外分光光度计法、AGE及PCR-PAGE检测比较不同方法提取DNA的质量。结果改良醋酸铵盐析法、酚/氯仿法、Chelex-100法OD260/OD280比值分别为1.962±0.195、2.110±0.470、1.018±0.124,两两比较均有显著性差异(P<0.05);3种方法提取DNA含量(μg)分别为0.515±0.447、0.328±0.345、5.346±1.994;AGE电泳图谱可印证上述结果;PCR-PAGE检测显示改良醋酸铵盐析法提取DNA的谱带清晰度好于其它两种方法。结论改良醋酸铵盐析法更适合微量福尔马林固定石蜡包埋组织样本DNA的提取。     

甲醛固定标本DNA提取及荧光标记STRs复合扩增

甲醛固定标本和石蜡包埋组织的病理切片是医院病理科和法医鉴定机构档案中重要的个人实物档案 ,是可靠的分子生物学研究材料的来源 ,同时也是医疗纠纷和一些刑事案件的重要证据。由于案情的需要 ,常需对甲醛固定标本和石蜡包埋组织及病理切片等进行个人识别和同一认定。但由于甲醛可使DNA发生降解 ,导致PCR反应的成功率降低。本文探索了应用TES、SDS、PK、尿素和DTT消化及酚 /氯仿提取DNA ,并用Chelex10 0溶解DNA ,应用灵敏度高的荧光标记STRs复合扩增 ,对甲醛固定标本和病理切片进行个人识别鉴定 ,取得了令人满意的结果。1　材…     

福尔马林固定石蜡包埋组织3种DNA提取方法比较

目的探讨经福尔马林固定1d石蜡包埋组织(FFPET)提取DNA的简易有效方法。方法比较水浴加热、微波加热和二甲苯脱蜡的效果。组织脱蜡后分别采用Chelex-100+层析柱纯化法、DNA IQTM试剂盒磁珠提取法和Chelex-100+磁珠纯化法提取DNA;实时荧光定量PCR技术定量DNA;荧光标记毛细管电泳技术进行STR分型。结果二甲苯脱蜡的效果好于其他两种加热的脱蜡方法(P<0.05)。Chelex-100+层析柱纯化所获得的DNA量显著高于其他两种方法(P<0.05)。结论二甲苯脱蜡、Chelex-100+层析柱纯化法是一种简单、有效的FFPET处理方法。     

石蜡包埋骨组织的DNA检验

正石蜡包埋骨组织切片标本是临床病理和法医鉴定中重要的个人实物档案,由于特殊需要,有时需对石蜡骨组织切片标本进行同一认定,与常规的血痕、唾液斑及新鲜组织不同,骨组织经甲醛等化学试剂固定、脱钙处理后的DNA更容易降解,石蜡包埋的骨组织切片能否有效提取出DNA是成功进行同一认定的     

石蜡包埋人体组织STR检验的探讨

目的探讨普通甲醛对人体组织DNA的影响及提高STR检出率的手段。方法取少量石蜡包埋组织,65℃水浴脱蜡,Chelex-100法提取DNA,PCR扩增,循环次数分别为28次和28 6次,扩增产物经310型测序检测。结果普通甲醛固定5d以内的组织基本上可检出Amel及15个STR基因座,固定时间延长,检出率下降;PCR循环次数增加,灵敏度增加,但有错误分型的情况。结论普通甲醛固定时间长短直接影响PCR-STR的检验,减少模板量有利于PCR反应成功,PCR次数为28 6时,灵敏度增加,但应谨慎判读结果,以免错误分型。     

石蜡包埋人体组织STR检验的探讨

目的 探讨普通甲醛对人体组织DNA的影响及提高STR检出率的手段。方法 取少量石蜡包埋组织。65℃水浴脱蜡。Chelex-100法提取DNA，PCR扩增，循环次数分别为28次和28＋6次，扩增产物经310型测序检测。结果 普通甲醛固定5d以内的组织基本上可检出Amel及15个STR基因座，固定时间延长，检出率下降；PCR循环次数增加，灵敏度增加，但有错误分型的情况。结论 普通甲醛固定时间长短直接影响PCR—STR的检验，减少模板量有利于PCR反应成功，PCR次数为28＋6时，灵敏度增加。但应谨慎判读结果，以免错误分型。     

3种甲醛固定组织DNA提取方法的比较

目的对不同方法提取甲醛固定组织中DNA的效果进行比较,寻找一种操作简便、经济实用、质量较高的DNA提取方法。方法取甲醛固定的心肌组织14份,分别以改良酚-氯仿法,改良Trizol法,试剂盒法提取DNA,进行紫外分光光度计测定OD260/OD280值后,经PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳分析确定提取的DNA质量。结果改良酚-氯仿法,改良Trizol法,试剂盒法OD260/OD280比值分别为1.841 5±0.380 4、1.370 5±0.336 7、0.831 6±0.175 0。两两比较均有显著性差异(P<0.05)。3种不同方法提取DNA含量分别为0.943 8±0.530 1、0.707 5±0.423 6、0.342 8±0.182 5。PCR扩增后琼脂糖凝胶电泳显示以改良酚-氯仿法所提DNA的谱带清晰度好于其它两种方法。结论改良酚-氯仿法简便有效,所用试剂价格低廉,是一种经济实用的甲醛固定组织DNA提取方法。     

人体组织在非缓冲福尔马林固定剂中的STR检测时限

目的评估经非缓冲福尔马林固定不同时间后的人体组织STR分型有效性,了解各种人体组织在非缓冲福尔马林固定剂中可获得完全STR分型位点的时限。方法市售40%福尔马林溶液经1∶9稀释后在室温(15～20℃)下固定人体组织,不同时间后取样。以QIAamp DNA法和IQTMDNA System法提取DNA,用quantifiler humanTaqman探针法进行DNA定量,用常规16 STR位点的AmpFSTR identifiler kit和短小片段9 STR位点的AmpFSTR Min-iFiler kit进行PCR扩增,在3100遗传分析仪进行扩增DNA片段长度检测,用GeneMapper ID v3.2对STR位点检出率进行分析。结果福尔马林固定时间、组织类型以及DNA提取方法、PCR的DNA模板终浓度均影响非缓冲福尔马林固定后人体组织STR分型效能。DNA提取用QIAgen法为优,DNA模板终浓度的最佳范围在1～3ng/μL。各类型组织在非缓冲福尔马林固定剂中的降解速率有差异,肺组织的降解速率最慢,肝、肠组织最快。固定时间在4d内的组织可以获得常规STR的完整位点数;固定时间在15d内的组织可以获得miniSTR的完整位点数。结论非缓冲福尔马林固定人体组织时间是影响STR分型的最主要因素,其次组织类型、提取方法、DNA模板浓度及STR基因座的选择也是此类降解样品成功检测的关键因素。     

一种简便的DNA提取方法在动物毛发检验中的应用

目的建立一种简便的DNA提取方法,用于动物毛干的DNA抽提。方法利用PCR缓冲液及蛋白酶K在PCR仪上对毛发进行消化,以此DNA为模板,扩增mtDNA 12S rRNA基因的部分片段并进行序列测定,测序结果在GenBank上进行BLAST搜索,再利用DNAMAN软件进行同源性分析。结果利用这种新DNA抽提法能从无毛囊毛发中获得后续PCR扩增所需的线粒体DNA。结论该法在无毛囊毛发样本鉴定中具有较高的应用价值。     

陈旧骨骼DNA提取

目的寻找从陈旧骨骼中提取DNA的有效方法。方法运用传统的有机法结合Microcon100纯化柱提取骨骼DNA。结果用常规荧光标记复合STR基因分型法可对提取到的陈旧骨骼DNA进行成功分析。结论有机法结合Micrcon100纯化柱提取陈旧骨骼DNA法可有效应用于实际检案。     

Fixed human tissues: a resource for the identification of individuals

Polymorphic genetic loci of the deoxyribonucleic acid (DNA) present in formalin-fixed, paraffin-embedded tissues were successfully analyzed by utilizing the polymerase chain reaction. Using this analysis, with three different polymorphic loci [human leucocyte antigen (HLA) DQ alpha, low-density lipoprotein receptor, and parathyroid hormone], fixed tissues representing 14 different individuals were genotyped and could be distinguished from each other. The techniques were further applied to the fixed autopsy tissues of a man in which a question of paternity arose postmortem. Since many individuals have surgical procedures or autopsy, these readily available fixed tissues represent an additional resource for the identification of individuals.     

甲醛固定组织中DNA提取与扩增技术的初步研究

目的：探索从甲醛固定组织中提取并扩增DNA的方法。方法：采用高pH缓冲液,结合有机溶剂法抽提DNA,选择扩增片段较短的DQa位点作为检测位点。结果：甲醛固定组织中的DNA降解程度随浸泡时间的延长而加重,但浸泡1、5、10个月的3份心脏组织均获得了240bp的扩增产物。     

Haptoglobin typing from fatty tissues after extraction with non-ionic detergents

Of the seven non-ionic detergents tested, Span 40, Tween 20 and Triton X-45 were suitable for extraction of haptoglobin (Hp) from fatty tissues. The extracted samples were subjected to electrophoresis and subsequently stained with o-tolidine. Enzyme-immunoassay and Western blotting (electrophoretic) techniques were used successfully to determine the Hp phenotypes from minute quantities of tissue samples after extractions with non-ionic detergents.