法医学二代测序STR分型准确度与测序深度的关联性评估

目的利用实验数据对法医学二代测序STR分型测序深度与分型结果准确度的关联性进行评估。方法使用商业化基因组DNA制备单一来源和混合的DNA样本,以Thermo Fisher公司的25重早期测试试剂盒进行目的STR片段扩增,每种扩增产物分别使用4种不同的序列标签平行建库,并控制标记每一种序列标签的文库上机量依次占一张Ion 318芯片的1/4、1/8、1/16、1/32。经Ion PGMTM基因测序仪测序,以及Ion Torrent SuiteTM软件进行数据分析;同时对庞敬博等人发表的基于相同试剂盒和测序仪检测的95名中国汉族无关个体的6928条等位基因、影子峰和噪音序列进行测序深度统计分析,寻找测序深度与STR分型准确度的关联性。结果各基因座测序深度随文库上样量减少而呈明显下降趋势。对于单一来源样本,每张芯片上样不超过8个均一化文库可实现全部基因座的完整分型;对于1∶20比例的混合DNA,每张芯片上样不超过4个均一化文库时,未发现微量组分的等位基因丢失。人群数据测序深度统计显示,该体系基因座间存在不均衡性,有必要针对各基因座分别设定分析阈值参数。结论测序深度与法医学STR分型结果的准确性密切相关,各基因座最低测序深度与平均测序深度的比值可作为设定分析阈值的重要参考指标。本研究确定的单张芯片上样数量仅适用于本实验体系,但相关实验设计和方案可供其他实验体系开展类似工作参考。     

PCR-STR技术在交通事故鉴定中的应用

DNA分析技术的应用，为交通事故中肇事车辆的认定提供了另一有效的技术手段。但在实际检案中，交通事故尤其是肇事车逃逸案件能获取的生物学检材常为微量、污染，需与动物成分相区别，且难以满足 RFLPs、 VNTR等方法的检验需要。应用 PCR－ STR技术，选择种属特异性高的 STR基因座，既可对微量、降解生物学检材进行有效 DNA分析又可进行种属鉴定，适合于交通事故生物学检材的个体识别。本文研究了 vWA、 D19S253、 D8S1179三个 STR基因座同步扩增在此类检案中的应用，并对检验过程中一些常见问题进行了分析。 1材料和方法 1.…     

基于二代测序的混合检材精细化分型研究

目的基于二代测序平台进行混合检材精细化STR分型,并评估其法医学应用价值。方法收集性侵案件中3例混合检材及其比对样本,采用M48磁珠提取纯化试剂盒提取样本DNA,使用Foren SeqTM DNA Signature Prep试剂盒制备文库,Mi Seq FGx平台进行测序,Foren SeqTM Universal Analysis v1.2.1软件进行数据分析,将STR序列多态分型与长度多态分型进行比较。结果对3例混合检材STR分型进行拆分,在D3S1358、D13S317与D9S1122基因座发现存在同一长度多态等位基因包含两个个体的序列多态等位基因的情况。结论二代测序技术可对混合检材进行精细鉴别,为混合分型数据拆分提供更多线索和依据。     

3种提取高度腐败检材DNA的方法比较

本文对3种DNA提取方法在高度腐败检材DNA提取中的应用进行了比较,供法医学实践参考。1材料与方法1.1材料3份检材均为尸体肋软骨,其中1号为死后在水里浸泡18天解剖,酒精固定2年的检材,2号检材为死后15天解剖,酒精固定1年的检材,3号检材为死后10天解剖,后酒精固定1月的检材。1.2 DNA提取Chelex-100法[1]3份检材各500mg剪粹,分别加入200μl 5%Chelex-100,10μl PK(10mg/m l),10μlDTT(39mmol/m l二硫苏糖醇),37℃水浴过夜,100℃加热10m in,剧烈震荡,10 000 r/m in离心10m in,上清备用。有机法[2]3份检材各500mg剪粹,分别加入400μl TES…     

微量生物物证DNA检验1例

本文应用STR分型技术,对他勒案件中同一勒绳不同部位上遗留的微量生物物-证进行检测,成功地确定了勒绳。现报道如下。1简要案情陈某,女,38岁。2006年3月14日被人勒死在家中。在现场垃圾篓中提取到怀疑为勒绳的手机充电器电源线1根。该电源线表面光滑,未见明显附着物,亦未检出人     

男性个体Amelogenin基因座Y片段缺失1例

在法医学实践中,扩增Amelogenin基因是进行生物样本的性别鉴定的主要方法,并为大多数的商品化法医鉴定试剂盒如AmpFlSTR IdentifierTM (ABI)、PowerPlex (Promega)等所采用。但个体的     

24个Y-STR基因座在云南苗族人群中的序列多态性

目的研究法医学常用Y-STR基因座在中国云南苗族男性个体中的序列多态性。方法采用M48磁珠提取纯化试剂盒提取样本DNA,使用ForenSeqTM DNA Signature Prep试剂盒制备文库,Miseq FGx平台进行测序,ForenSeq Universal Analysis v1.2.1软件进行数据分析,用Arlequin v3.5软件计算各Y-STR基因座相关的统计学参数,将Y-STR基因座长度多态性与序列多态性进行比较。结果108名云南苗族个体中共检出106种单倍型,总体单倍型多样性(HD)和Y-STR分型系统的分辨能力(DC)分别为0.9993和0.9815。24个Y-STR基因座共检出204个基因,基因多样性(gene diversity,GD)值为0.2177~0.9481,15个Y-STR基因座的GD值大于0.6。DYF387S1、DYS390、DYS389II、DYS437、DYS438、DYS448、DYS612基因座存在长度相同的基因核心序列不同的情况。结论该24个Y-STR基因座在云南苗族男性人群中具有丰富的遗传多态性。研究结果可为Y-STR数据库的建立、群体遗传学和法医学实践提供参考。     

SNPs在个体识别与表型预测中的研究进展

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）作为第三代遗传标记,具有分布广泛、突变率低、遗传稳定及易于自动化高通量快速检测分析的特点。同时,因其扩增片段长度短、不存在复制滑动,所以利于腐败降解、痕量检材的检测。随着研究的深入,SNPs在法医学领域受到了广泛重视,与表型（ABO血型、色素沉积及颅面形态）相关的SNPs有望用于预测嫌疑人的基本特征,为案件侦破提供新的思路。本文对近年来SNPs在个体识别和表型预测的研究进行总结,介绍该领域的研究进展,为法医学工作者提供参考。     

法医尸检工作中常见的职业危害因素及预防措施

法医尸体解剖在解决民事、刑事案件中所涉及的死亡原因、死亡方式等问题中发挥重要作用,法医作为尸体检验工作的承担者,其在尸检过程中自身常面临多种危害因素,本文对法医实践中常见的职业性危害因素以及其可能危害机制进行总结分析,以期提高法医的自我保护意识并引起相关部门的重视。     

云南汉族CRHBP基因多态性与暴力攻击行为的相关性

目的探讨云南汉族人群促肾上腺皮质激素释放激素结合蛋白(corticotropin releasing hormone-binding protein, CRHBP)基因多态性与暴力攻击行为的相关性。方法对云南汉族111例有攻击行为的服刑人员(包含53例抢劫,58例故意伤害)和189例健康对照样本采用改良的多重高温连接酶检测反应技术(improve Multiplex ligase detection reaction, iMLDR)检测CRHBP基因的4个Tag SNPs(rs10062367, rs32897, rs7718461, rs7721799)的基因型,应用SPSS 20.0和SHEsis软件对结果进行统计分析。结果 rs32897、rs7718461、rs7721799的等位基因和基因型分布在暴力组、抢劫亚组、故意伤害亚组和对照组中均无显著差异(P>0.05),rs10062367等位基因和基因型分布在暴力组、抢劫亚组和对照组中也无显著差异(P>0.05),但在故意伤害亚组与对照组中具有显著差异(P<0.05)。单倍型ATGA可使暴力的相对风险显著增高(P<0.05),单倍型GCAA可使指向他人暴力的相对风险显著增高(P<0.05)。结论 CRHBP基因rs10062367位点多态性可能与云南汉族人群针对他人的攻击行为有关,单倍型ATGA是暴力行为的风险因子,个体携带单倍型GCAA会使指向他人的躯体攻击行为风险增加。