基于miRNA相对表达量自动判别月经血和外周血

目的探索有效区分月经血和外周血的miRNA最优标记组合及最佳分类模型,并构建简便快速的自动化判别软件。方法对10种miRNA(miR-451a、miR-205-5p、miR-203a-3p、miR-214-3p、miR-144-3p、miR144-5p、miR-654-5p、miR-888-5p、miR-891a-5p、miR-124-3p)在200余份月经血和外周血样本中的相对表达量以实时荧光定量PCR检测,并以7种算法模型(核密度估计、K-最近邻、逻辑回归、线性判别分析、支持向量机、神经网络、随机森林)进行数据分析,选出鉴别效果最好的标记组合及算法模型,进而构建自动判别软件。结果月经血和外周血中差别最大的三种miRNA为miR-205-5p、miR-203a-3p和miR-214-3p,使用miR144-5p与上述miRNA中的一种或两种组合可达较好区分效果,其中基于miR-144-5p、miR-203a-3p和miR205-5p所形成的“最优特征项组合一”稳健性最强。7种算法模型中最佳分类模型为核密度估计模型,其次为逻辑回归模型。结论本研究建立的自动判别软件界面友好、使用简单,适合辅助法医检验关于月经血和/或外周血判别分析的计算,便利于法医物证工作,有较大的推广应用价值。     

DNATyper Y21试剂盒基因座在河南人群中的遗传多态性

本文采用DNA Typer Y21试剂盒对中国河南地区汉族604个健康无关个体进行19个Y-STR基因座和1个常染色体STR基因座遗传多态性进行调查。采用血卡样本进行直扩,用DNA Typer Y21试剂盒进行扩增及检测。结果在20个基因座共检出164个等位基因和601种单倍型,其分布符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05)。所调查的河南人群20个STR基因座具有较好识别能力,该试剂盒与Yfiler Plus相同基因座遗传学数据比较无显著差异。     

基于二代测序的混合检材精细化分型研究

目的基于二代测序平台进行混合检材精细化STR分型,并评估其法医学应用价值。方法收集性侵案件中3例混合检材及其比对样本,采用M48磁珠提取纯化试剂盒提取样本DNA,使用Foren SeqTM DNA Signature Prep试剂盒制备文库,Mi Seq FGx平台进行测序,Foren SeqTM Universal Analysis v1.2.1软件进行数据分析,将STR序列多态分型与长度多态分型进行比较。结果对3例混合检材STR分型进行拆分,在D3S1358、D13S317与D9S1122基因座发现存在同一长度多态等位基因包含两个个体的序列多态等位基因的情况。结论二代测序技术可对混合检材进行精细鉴别,为混合分型数据拆分提供更多线索和依据。     

中国壮、蒙、哈萨克族群体30个InDels的遗传多态性

本文对中国地区广西壮族、蒙族、哈萨克族三个健康无关个体进行遗传多态性调查。采用Investigator?DIPplex试剂盒对广西壮族、蒙族、哈萨克族的150名无关个体的30个In Del位点进行复合扩增,统计分析各位点的频率数据、群体遗传学参数。经Bonferroni校正,30个In Del位点不存在连锁不平衡现象;基因型在三个民族的分布均符合Hardy-Weinberg平衡;各位点在蒙族、哈萨克族、广西壮族三个人群中的累积个体识别率分别为0.999 999 999 991 9、0.999 999 999 999 32、0.999 999 999 969,累积非父排除率(CPE)均大于0.98;30个In Dels在蒙族、哈萨克族、广西壮族分别有中2个、1个、6个位点的He0.3。通过Genepop 4.2软件计算Fst值,除D118(0.126)、D64(0.071)外,其余位点均小于0.06。所调查人群具有较高的多态性,能达到较高的个体识别能力,可以作为现有STR检验体系的补充。     

STR遗传多态性调查中样本量和采样方式选择初探

目的对STR基因座进行遗传学调查时样本量大小和采样方式进行考察分析。方法用DNA Typer~(TM)19试剂盒对血卡样本进行直扩,ABI3730型遗传分析仪电泳检测,Genemapper ID v3.2软件进行等位基因分型,根据公式计算群体遗传学参数。计算样本量在50、100、150、200、250、300、350、400、450、500十个水平上遗传多态性水平,并评估与总体的差异。计算常见的四种采样方法(整群采样、随机采样、系统采样、分层采样)所抽取样本遗传多态性水平,并评估抽样误差。结果 18个STR基因座在河北地区16 058份随机样本共检出317种等位基因,基因频率分布在3.114e-5~0.515。18个STR基因座在河北群体水平上PM为6.04e-14,TDP为0.999 999 999 999 94,CEP为0.999 999 987 514 828。PM值、CEP值在样本量大于200后中值基本稳定。四种抽样方法的抽样误差大小是:整群抽样≥单纯随机抽样≥系统抽样≥分层抽样。结论 DNATyper~(TM)19试剂盒的18个STR基因座在河北地区具有较高的遗传多态性水平。在小范围内进行人群频率调查时,可随机选择200份样本代表当地遗传多态性水平。在相对较大范围或遗传背景复杂的区域,可采用分层抽样的方法降低抽样误差。     

27个常染色体AIM-SNP的筛选和验证

目的构建27个常染色体AIM-SNP组合用于未知个体种族来源推断。方法通过对Hap Map数据库中描述祖先遗传信息标记的908个AIMs位点(非洲、欧洲、东亚人群)筛选,选出27个AIMs位点组合,利用相关软件同时与数据库908个AIMs不同子集合的分析进行对比,验证其推断祖先来源的可行性。结果应用本研究27个AIMs的SNP多态性分析方法可以正确推断未知样品祖先起源,估算祖先成分比例。结论本研究建立的常染色体27个AIMs的SNP多态性分析方法可准确推断来自于欧洲、非洲、东亚3大祖先血统个体的祖先来源,是SNP多态性分析用于个体种族来源推断的一种有效方法,在法医实践中可以用于DNA检验中未知DNA供者洲际人群祖先来源推断。     

体液法医学鉴定miRNA检测方法的建立与应用

目的建立针对体液特异性miRNA的SYBR Green检测方法,用于体液鉴定,探究法医实践中体液鉴定新方法。方法根据文献选出6条miRNAs为靶点,以合成的标准miRNA作为模板进行体系构建,再对实际样本进行验证,检测6条miRNAs在外周血、月经血、唾液、精液中的相对表达量。结果 miRNAs205在不同体液间表达差异不明显;miRNAs451、miRNAs144可明显的区分血与非血;miRNAs214可鉴定月经血;miRNAs888、miRNAs891在精液中高表达。结论建立的针对miRNAs的SYBR Green检测方法合理有效,可用于法医实践中体液鉴定。     

mRNA在体液斑鉴定研究中内参基因的选择与应用

利用mRNA分析技术鉴定生物检材中各种体液斑迹的组织属性来源是近年来法医物证学的一个重要进展。终点逆转录PCR和实时荧光定量PCR技术是法医学实验室常用的mRNA检测技术,为保证实验结果的准确性,研究者通常选用组成性表达的管家基因作为内参,对不同样本提取RNA进行质控和标准化,以正确评估目标mRNA在各样本中的表达量。本文聚焦近年来使用mRNA分析技术进行体液斑迹组织属性来源鉴定的研究报道,对这些工作中内参基因的选择与应用效果进行综述。     

MicroRNA分析技术在同卵双生子甄别中的可行性分析

同卵双生子具有相同的基因组DNA序列,因而无法使用常规的DNA分型方法如短串联重复序列即STR分析对其作鉴别区分。故破获涉及同卵双生子的案件有非常大的挑战性,因此在法医物证学领域迫切需要新的技术方法来应对并解决这一难题。随着表观遗传学的发展,转录组学成为法医学研究的新切入点。MicroRNA(miRNA)作为一类内源性的非编码小RNA分子,在机体中参与调节多种生理学过程,是转录组学研究的重要对象。研究表明,miRNA具有高保守性、分子量小、表达时序性及组织特异性强等特点,表现出法医物证应用方面的巨大潜力。本文综合分析了miRNA检测技术在同卵双生子甄别中的应用可行性,并综述了近年来miRNA在同卵双生子甄别上的研究进展。