利用16 S rDNA序列对两种芽孢杆菌的鉴定

根据不同种属细菌的16 S rDNA序列两端的保守性区域设计通用引物,提取菌株的基因组DNA,对菌株的16 S rDNA进行了PCR扩增,对扩增到的目标片段进行了测序,将测序结果与NCBI上已知菌种的16 S rDNA序列进行了BLAST对比,并构建了系统进化树.结合传统的形态观察及生理生化特性鉴定,16 S rDNA序列分析结果证实芽孢杆菌Pab02为枯草芽孢杆菌,PAS38为蜡样芽孢杆菌.     

进口鱼粉和肉骨粉病原性沙门菌的分离鉴定及其16S rRNA序列的同源性分析

从进口的 17批饲料用鱼粉、肉骨粉样品中分离得到 4株细菌 ,采用生化和血清学方法鉴定 ,提取其DNA ,用细菌 16SrRNA基因通用引物进行PCR扩增 ,并对PCR扩增产物测序 ,将测定的 16SrRNA序列在NCBI数据库中进行序列同源性比较 ,确证为沙门菌 ,其中样品 2、8与鼠伤寒沙门菌的序列同源性大于 99% ,样品 10、11与伤寒沙门菌的序列同源性大于 99%。由此可以认定样品 2、8为鼠伤寒沙门菌 ,样品 10、11为伤寒沙门菌     

动物肠道中具有益生特征的抗铅乳酸菌的分离与鉴定

为开发治疗重金属铅中毒的生物制剂,通过平板涂布的方式从猪、马、牛、鸡、犬、鱼等多种畜禽的肠道内容物及排泄物中分离筛选具有耐受重金属铅的乳酸菌,并对分离菌株进行耐受试验、抑菌试验、对铅的吸附试验以及体外抗氧化试验的测定,结合16SrRNA鉴定结果确定菌株的种类。逐级分离筛选出5株耐受重金属铅的乳酸菌,不仅能够耐受2 000mg/L的Pb2+,还可以耐受pH=2盐酸、8g/L胆盐、1g/L胰蛋白酶,并且对铅的吸附率可达到84.23%,同时在体外具有抗氧化能力。通过分离鉴定,得到具有良好耐铅特性的罗伊氏乳杆菌、粪肠球菌、嗜淀粉乳杆菌、乳酸乳球菌,将来可以作为益生菌制剂添加到饲料和食品中,不仅可以抑制其他病原菌的生长,还可以对过量的铅进行高效吸附,为减少动物体内铅的富集和治疗铅引起的中毒提供新的思路。     

黑叶猴源肺炎克雷伯菌的分离鉴定及药敏试验

从急性死亡的黑叶猴(Trachypithecus francoisi)肺中分离到1株革兰阴性杆菌,并对分离菌株进行形态学、培养特性和生化特性的鉴定,结果符合肺炎克雷伯菌的特征。根据GenBank上的肺炎克雷伯菌的16S rRNA序列设计引物,对分离菌株进行16S rRNA扩增,获得片段大小约为1 433 bp的特异性片段,将扩增片段进行序列测定后登录NCBI进行Blast分析。结果显示,与登录号为GU128173的肺炎克雷伯菌AUH-BG208株核苷酸序列相似性最高,为99%。同时对分离株进行药敏试验,结果显示,该分离菌株对头孢类、氨基甙类、喹诺酮类等抗生素高度敏感,而对四环素、林可霉素等抗生素产生耐药性。     

鸡源肠道乳杆菌的分离与鉴定

鸡源肠道乳杆菌的分离与鉴定１）伏小平（甘肃农业大学兰州７３００７０）乳杆菌是革兰氏阳性无芽胞厌氧杆菌，是动物肠道内的一种重要生理性细菌。其作用是在肠道内产生嗜酸菌素、乳杆菌素、过氧化氢等，对致病菌有杀灭和抑制作用；并生成乳酸，防止肠道内有毒胺和氨的生...     

大熊猫源停乳链球菌类马亚种的分离与鉴定

为研究引起大熊猫脚掌化脓感染的原因,有效防治该病,对大熊猫感染部位的浓汁进行了细菌学检查及分离,对分离菌进行形态特征、理化特性鉴定、兰氏分群以及16S rDNA序列的分子鉴定,并构建系统发育树;对分离菌进行健康小鼠的人工感染试验。结果分离到5株细菌,根据5株分离菌的形态特征、理化特性及兰氏分群结果,结合16S rDNA序列测定与系统发育分析结果,判定为链球菌属的停乳链球菌类马亚种。该分离菌对供试健康小鼠有较强的致病作用。证实分离菌即为引起大熊猫脚掌化脓感染的病原菌。     

断奶仔猪胃肠道乳酸菌及芽孢杆菌的分离鉴定

为研制优良的猪用益生菌制剂,从断奶仔猪胃肠道分离乳酸菌和芽孢杆菌,结合细菌的形态特征、生理生化指标,运用16SrRNA基因序列分析方法对其进行了鉴定。结果表明,分离株WR、KR、HR、JR分别为胃、空肠、回肠、结肠源的唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius);ZR株为直肠源的约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii);MR株为盲肠源的粪肠球菌(Enterococcus faecalis);分离株WY、SY、KY分别为胃、十二指肠、空肠源的枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis);HY株为回肠源的蜡样芽孢杆菌(Bacillus cere-us)。各分离株的生长曲线有明显差异,HR、ZR和WY株的生长速度较快,分别于接种后第12、12和20小时达到生长高峰期,显示了良好的培养特性。     

晋中地区鸡致病性大肠杆菌分离株的鉴定及其16S rDNA序列的同源性分析

为了鉴定晋中地区鸡致病性大肠杆菌,利用传统细菌鉴定方法及16S rDNA序列分析,对分离自晋中地区养殖场送检的30只病死鸡肝中的疑似大肠杆菌菌株进行鉴定及遗传进化分析。结果表明:分离出8株致病性不同的大肠杆菌;鉴定出O78、O2、O11共3种血清型;8株菌均为多药耐药菌,其中对5种及5种以上抗菌药物耐药的菌株达到总分离菌株的87.5%;将8株菌株的16S rDNA基因序列与GenBank中登录的大肠杆菌参考株的16S rDNA基因序列进行比对,同源率均达到99%。经MEGA6.0软件分析后,其位于不同的分支上。本研究结果为进一步研究致病性大肠杆菌的耐药性和对晋中地区大肠杆菌病的有效防治奠定了一定基础。     

狐狸奇异变形杆菌的分离与鉴定

无菌采取病死狐狸内脏,用LB液体培养基和麦康凯琼脂平板培养,分离到1株细菌,通过对该菌的形态特征、培养特性、生化特性进行分析,初步鉴定为变形杆菌。用PCR方法扩增该分离菌株的16 SrRNA基因,结果获得大小为1 539 bp的DNA片段(已登录GenBank,登录号EU643833)。经BLAST分析,结果表明,该分离株的16 S rRNA基因核苷酸序列与GenBank上登录的奇异变形杆菌分离株(AY820623、EF091150)的同源性为99.7%,证实该分离菌株为狐狸奇异变形杆菌,并命名为HU/08。致病性试验证明,该分离菌株对小白鼠有高致病性;毒素测定试验证明,该分离菌培养液的无菌滤液对小白鼠无毒性作用。     

鸡源唾液乳杆菌的分离鉴定及生物学特性分析

为筛选出对禽沙门菌具有显著拮抗效应的益生菌,从健康肉鸡消化道分离菌株,经细菌形态观察、生化试验鉴定及16S rDNA基因序列分析,共鉴定出14株唾液乳杆菌。体外琼脂扩散试验结果显示,WLS001、WLS002、WLS003、WLS004这4株分离株分别对鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、鸡白痢沙门菌、鸡伤寒沙门菌具有明显抑制作用。pH及胆盐耐受性试验结果表明,WLS001耐受性最强,在pH为2.0、胆盐浓度0.2%条件下均能生存。药敏结果显示,4株菌均对万古霉素耐药。安全性试验表明,所有唾液乳杆菌均没有溶血环,试验组雏鸡体重较对照组增重显著(P0.05)。组织病理切片显示,脾、肝、盲肠及十二指肠形态均正常。结果表明,4株鸡源唾液乳杆菌具有良好的生物学特性和安全性,具备进一步开发微生态制剂的潜力。     

大通牦牛LF基因的克隆与分子特征

通过RT-PCR克隆了牦牛包含LF基因编码区的cDNA序列(GenBank登录号为EU547251);将克隆获得的LF基因的cDNA与乳牛相应序列进行了比对;对牦牛LF蛋白的氨基酸序列(GenBank登录号为ACB29794)与其他物种的相应序列进行了比较,应用在线生物软件对牦牛LF蛋白的特性和结构进行了预测.结果表明,克隆获得的牦牛LF基因cDNA片段长度为2 344 bp,其中LF基因编码区全长2 124bp,编码708个氨基酸;克隆获得的牦牛cDNA序列与乳牛该序列存在15个碱基的变异;各物种LF蛋白具有较高的同源性,LF蛋白进化树符合物种进化规律;牦牛LF蛋白含有α-螺旋36.0%、β-折叠22.4%、β-转角31.1%、无规卷曲12.9%;同源建模预测的LF 3D模型显示,LF为多肽链在二级结构基础上折叠形成的2个极相似的、对称的球状叶,即N叶和C叶,中间由一段对蛋白酶敏感的α-螺旋连接,呈"二枚银杏叶型"结构.     

Ⅰa型和Ⅱ型牛源无乳链球菌sip基因的遗传进化分析

为分析8株Ⅰa型和10株Ⅱ型牛源无乳链球菌的sip基因特征和遗传进化关系,采用PCR方法扩增目的基因并克隆入pGEM-T Easy载体后测序,进行了同源性分析和构建了遗传进化树。结果显示,18株菌株的sip基因全长均为1 305bp,无基因缺失。8株Ⅰa型菌株之间的sip基因核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性分别为99.8%～100%和99.5%～100%;而10株Ⅱ型菌株之间的sip基因核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性均为100%。18株菌株与其他不同来源、不同血清型参考菌株相应序列的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为97.8%～100%和96.8%～99.8%。sip基因的遗传进化树分析显示18株菌株处于2个不同的大分支上,其中Ⅱ型菌株处于同一分支上,与中国菌株Mf32和美国菌株GB01068、GB01089的亲缘关系最近,而Ⅰa型菌株处于另一个分支上,与中国菌株Ly2和美国菌株GB00549的亲缘关系最近。说明8株Ⅰa型菌株和10株Ⅱ型菌株分别来源于不同的菌株,但它们的sip基因同源性很高,而且与参考菌株的sip基因相比,目前仍属于保守基因。     

乳酸菌对子宫内膜上皮细胞的黏附及其对致病菌的拮抗作用

以永生化山羊子宫内膜上皮细胞作为体外模型,采用革兰氏染色法观察乳酸菌和致病菌对子宫内膜上皮细胞的黏附特性;通过平板计数法观察乳酸菌对致病菌的黏附拮抗作用.结果显示,嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、盲肠肠球菌对子宫内膜上皮细胞均表现出很强的黏附特性,黏附细菌数分别为每个细胞87、45、34个.黏附拮抗试验显示,3株乳酸菌均使致病菌...     

新城疫病毒V4株L基因的克隆与序列分析

设计了 2对引物V4L1、V4L2和V4L3、V4L4 ,用RT PCR法对新城疫病毒 (NDV )V4克隆株的L基因进行了分段克隆。用V4L1、V4L2扩增出约 4 .1kb的V 4LA片段 ,用V4L3、V4L4扩增出约 3.5kb的V 4LB片段 ,分别对克隆出的 2个片段进行序列测定 ,并用DNAsis软件比较分析后进行拼接 ,得到长约 7.2kb、包含有NDVV4克隆株L基因全长的核苷酸序列。NDVV4克隆株L基因mRNA全长为 6 70 4bp ,拥有 1个 6 6 15bp的开放阅读框 ,推测其编码的氨基酸数为 22 0 4个。氨基酸同源性分析表明 :V4克隆株与HB92V4株L基因的同源性为 99.0 % ,与LaSota、B1、B1T(美国Takaaki分离株 )、BeaudetteC、Clone30、F4 8E9、SF0 2和ZJ1株的同源性为 94 .1%～96 .5 %。     

广西猪瘟流行毒株E2基因的序列分析

对从广西南宁和柳州分离的 2株猪瘟病毒E2基因进行了测序。应用DNAstar序列分析软件对所测 2个毒株GXNN、GXLZ的E2基因序列与猪瘟兔化弱毒株和石门 (Shimen)株进行了比较分析。结果显示 ,GXNN、GXLZ株与猪瘟兔化弱毒株核苷酸序列的同源性分别为 82 .1%和 82 .6 % ,推导氨基酸序列的同源性分别为 87.9%和 88.7% ;GXNN、GXLZ株与Shimen株核苷酸序列的同源性分别为 83.6 %和 84 .0 % ,推导氨基酸序列的同源性分别为 89.3%和 90 .1%。GXNN、GXLZ株与猪瘟兔化弱毒株和Shimen株的核苷酸序列和氨基酸序列都有明显差异。     

一株致猪胃溃疡大肠杆菌的分离鉴定

四川某猪场暴发保育猪与育肥猪水样腹泻,病理剖解可见胃黏膜大面积脱落、胃溃疡等症状,采集病死猪扁桃体与肠系膜淋巴结进行病毒检测;以肠内容物做寄生虫卵检测;选取其中一代表病例做细菌分离,经小鼠致死试验、仔猪回归试验确定病原菌,并对病原菌进行了形态学观察、生化鉴定、16SrDNA序列分析及药敏试验。结果显示,猪瘟病毒、伪狂犬病病毒等的检测结果为阴性;无寄生虫感染;从十二指肠内容物中分离到1株疑似致病性大肠杆菌,并命名为SCDC-1。用SCDC-1株人工感染健康仔猪成功复制出水样腹泻、胃溃疡病例。对SCDC-1株进行16SrDNA克隆测序,并与GenBank中的8株肠杆菌科和4株巴氏杆菌科菌株的16S基因进行同源性分析,发现SCDC-1株与大肠杆菌16S基因的相似性高达99.5%～99.9%。药敏试验结果显示,该病原菌仅对头孢曲松钠、头孢吡肟、丁胺卡那霉素敏感。试验结果证实,引起此次保育猪与育肥猪胃溃疡的主要病原为致病性大肠杆菌。     

猪圆环病毒2型XJ-SW株全基因组的克隆与序列分析

应用PCR方法对采集自新疆沙湾地区某猪场的疑似仔猪多系统衰竭综合征病料猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组进行了扩增,确定了2份病料中的PCV2的分子特征,命名为XJ-SW1、XJ-SW2(Gen-Bank登录号:JN639856,JN639857)。经对阳性样品进行克隆、测定,并应用软件进行全基因组核苷酸序列比对分析。结果显示,2株病毒的基因组全长均为1 768nt;XJ-SW1株与我国山东DE株(GenBank登录号:HM142897)的同源性最高(为97.91%);XJ-SW2株与韩国G2284株(GenBank登录号:JF317587)的同源性最高(为97.51%)。PCV2全基因组序列的进化分析表明,2株病毒为PCV2e基因亚型;对2株病毒与5个不同基因亚型的15株病毒的ORF2氨基酸序列进行比较,结果显示,XJ-SW1、XJ-SW2在ORF2的氨基端与PCV2d同源性较高,在羧基端与PCV2e同源性较高。表明,在新疆沙湾猪场流行的PCV2毒株为PCV2e,该毒株的ORF2存在一定变异。     

禽流感病毒N8亚型神经氨酸酶基因的克隆和全序列分析

用SPF鸡胚增殖禽流感病毒A/Duck/Australia/341/83(H15N8),通过RT-PCR获得了NA基因全长,连接并转化,增菌培养后,提取阳性质粒进行序列测定,获得了禽流感病毒N8亚型的NA基因序列,分析了NA8基因与其他流感病毒神经氨酸酶基因的相互关系。结果显示,所获得的NA基因片段全长1459bp,最大开放阅读框编码457个氨基酸残基,经Blast分析,该基因与GenBank中其他13株N8亚型毒株的NA基因核苷酸序列同源性为91.6%～73.3%。与其他8个N1～N9亚型NA基因进行遗传演化分析,N8亚型与N5亚型NA基因的亲缘关系最近,与N3亚型NA基因的亲缘关系最远。结果表明,禽流感病毒N8亚型NA基因序列的测定对N8亚型流感病毒的诊断和预防具有重要意义。     

保定地区不同动物源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因flor的同源性分析

为了解不同动物间大肠杆菌的耐药性,对分离的23株鸡源、14株猪源和8株牛源大肠杆菌进行了耐药性测定,并对其氟苯尼考耐药基因flor进行了同源性分析。结果显示,同种动物之间、猪源与牛源flor基因的相似性为100%,鸡源与猪源、牛源flor基因的相似性为99.8%。与GenBank中已报道的flor基因(登录号AF231986)进行比对,鸡源flor基因在开放阅读框的第439,479,683位出现点突变,猪源、牛源flor基因在开放阅读框的第439,683,1100位出现点突变。由flor基因编码的氨基酸序列也发生了相应的改变。