不同动物源性大肠杆菌多重耐药调控基因rob的同源性分析

为研究大肠杆菌多重耐药调控基因rob与不同动物源性及多重耐药水平之间的关系,选取临床分离的不同动物源性大肠杆菌5株及大肠杆菌药敏质控株ATCC25922,在对其进行主要治疗药物耐药性检测的基础上,分别以其染色体DNA为模板,通过PCR反应扩增出大肠杆菌多重耐药调控基因rob,将该基因分别与克隆载体pMD18-T连接,连接产物转化至大肠杆菌JM109感受态细胞中,对经酶切与PCR反应鉴定为阳性的克隆质粒进行了核苷酸序列测定。测序结果表明:不同动物源性大肠杆菌的rob基因与Gen-Bank中该基因的核苷酸序列及所推导的氨基酸序列的同源性较高。不同源性大肠杆菌的rob基因的核苷酸序列与其动物源性有关,该基因的核苷酸序列的个别突变位点可能影响AcrAB外输泵的表达水平,进而影响其多重耐药水平。     

广东省发病猪禽大肠杆菌中耶尔森菌强毒力岛的分布

为了解广东省发病猪、禽大肠杆菌中耶尔森菌强毒力岛(HPI)的分布和HPI阳性菌的血清型,从广东省发病的猪、禽养殖场共分离鉴定了608株大肠杆菌,针对耶尔森菌强毒力岛的标志基因irp2基因设计1对引物,对这些大肠杆菌进行了irp2基因的PCR检测;并对HPI阳性菌进行O血清型鉴定。结果显示,有105株菌含有irp2基因,即HPI阳性率为17.27%(105/608)。猪源、鹅源、鸽源、鸡源、鸭源、鹧鸪源大肠杆菌的HPI检出率分别是16.51%、17.81%、21.05%、17.74%、19.01%及0;105株HPI阳性菌的血清型分布较为分散,没有明显规律;主要的血清型有O1、O26、O45、O114、O136、O18等。研究表明,广东省猪、禽养殖场大肠杆菌的HPI携带率较高,血清型复杂。     

口蹄疫病毒Mya98谱系猪源及牛源2010年分离株的分子特征及蚀斑显型比较分析

为了明确口蹄疫病毒(FMDV)Mya98谱系猪源及牛源2010年分离株的分子特征及蚀斑显型差异,对采自不同宿主的4株FMDV进行了分子特征分析和蚀斑形态的比较。结果显示,来自不同宿主动物的分子特征差异主要表现为猪源毒株O/CHN/Mya98/2010S2与2个牛源毒株之间具有21个特异性的氨基酸置换位点,分散在ORF范围内。猪源毒株O/CHN/Mya98/2010S1具有与牛源毒株大量相似的氨基酸位点,并且与2株牛源毒株一样,都显示为小斑的蚀斑显型,而猪源毒株O/CHN/Mya98/2010S2在蚀斑试验中显示为大小斑混合存在。结果表明,猪源毒株O/CHN/Mya98/2010S2的变异位点对病毒蚀斑显型的改变具有重要意义。     

旋毛虫丝氨酸蛋白酶抑制剂(TsSerpin)基因的克隆及序列分析

为了分析旋毛虫丝氨酸蛋白酶抑制剂(TsSerpin)的分子特征,提取了旋毛虫标准株ISS534,河南、云南、天津、西安、哈尔滨等6个猪旋毛虫分离株基因组DNA,设计引物进行PCR扩增,克隆不同虫株TsSerpin基因组的DNA序列。将PCR产物连接到pMD18-T载体后转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆进行序列测定,利用生物信息学软件对TsSerpin基因序列进行预测分析。结果显示,TsSerpin cDNA序列含有1个由1 122个核苷酸组成的开放阅读框,编码由373个氨基酸残基组成的多肽,蛋白质分子质量的理论值为42.5ku,理论等电点为6.54。该蛋白的二级结构中,α螺旋占36.7%,β折叠占25.2%,其余38.1%为无规则卷曲。TsSerpin第14~373位氨基酸序列为Serpin结构域,具有Serpin的保守序列FVADHPFLFFI。线性B淋巴细胞抗原表位分析显示,TsSerpin中含有12个潜在的B细胞抗原表位。TsSerpin基因的开放阅读框对应的基因组序列包含3个外显子和2个内含子。不同旋毛虫分离株TsSerpin序列高度保守,一致性在99%以上。上述研究结果为进一步研究TsSerpin蛋白的生物学功能和研制新型抗旋毛虫疫苗奠定了基础。     

基于thyA基因的大肠杆菌染色体-质粒平衡致死系统的构建与应用

将大肠杆菌DH5α在含胸腺嘧啶核苷和三甲氧苄二氨嘧啶的琼脂平板上培养,获得了遗传稳定的ThyA-大肠杆菌DH5α21株。用PCR扩增野生菌和ThyA-大肠杆菌的thyA基因,将测定的序列与野生型thyA基因相比,6号突变株的thyA基因第92位碱基发生G→A转换,导致第31位甘氨酸被天冬氨酸替换,4、7和13号突变株的thyA基因从第73位连续缺失6个碱基,导致第25位甘氨酸和第26位苏氨酸缺失。经PCR扩增的包括启动子在内的鼠伤寒沙门菌thyA基因与野生型大肠杆菌DH5αthyA基因的同源性为86%。以鼠伤寒沙门菌thyA基因为选择标记,构建了含人溶菌酶基因的真核表达载体pDTALYZ,以ThyA-大肠杆菌为受体菌,构建了染色体-质粒平衡致死系统。在相同条件下,pDTALYZ转化ThyA-大肠杆菌的效率高于以卡那霉素抗性基因为选择标记的pcDNAKLYZ转化野生大肠杆菌的效率;在发酵培养过程中,两种重组菌的生长速率相似,质粒丢失率分别为25%和10%,湿菌重分别为57.68 g/L和51.00g/L,重组质粒产量分别为134.9 mg/L和135.0 mg/L。     

河北省鸡源大肠杆菌CTX-M型ESBLs基因的流行特征研究

旨在从分子水平阐明河北地区鸡源大肠杆菌CTX-M型超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)基因流行特征,探究大肠杆菌耐药性传播途径,为制定科学的防控措施奠定基础。从河北地区病鸡肝中分离大肠杆菌,通过选择性培养基培养特性观察、细菌生化试验、16S rRNA方法鉴定分离菌株;采用K-B法测定细菌的药物敏感性;通过PCR技术检测第3代头孢菌素耐药菌株中CTX-M基因(bla_(CTX-M-1)、bla_(CTX-M-2)、bla_(CTX-M-8)和blaCTX-M-9)和整合子整合酶基因(Int1、Int2和Int3)的流行情况,比对基因序列,分析携带CTX-M基因亚型的情况。参照McMLST网站数据库提供的7对管家基因序列进行MLST分型,探索不同ST型菌株中CTX-M基因亚型的流行情况。经分离鉴定试验,共检测出56株大肠杆菌,其中41株(73.21%)大肠杆菌对第3代头孢菌素类抗生素耐药,且对碳青霉烯类抗生素呈高度敏感。第3代头孢菌素耐药菌株中携带blaCTX-M-9(48.78%)、blaCTX-M-1(43.90%)和blaCTX-M-8(24.39%),未检出blaCTX-M-2。从CTX-M-9群共检出CTX-M-65(n=10)、CTX-M-14 (n=8)和CTX-M-27 (n=2)这3种基因亚型;CTX-M-55 (n=15)型在CTX-M-1群中的检出率最高,其次为CTX-M-123(n=2)和CTX-M-64(n=1);36株携带blaCTX-M大肠杆菌同时携带Ⅰ型整合子的Int1基因。MLST分型结果表明,36株携带CTX-M基因的大肠杆菌共有16种ST型,优势流行型为ST85 (n=6)和ST243 (n=6)。由此可见,河北地区鸡源大肠杆菌对第3代头孢菌素的耐药率较高,对极少数的抗生素呈高度敏感,且呈现多重耐药型,第3代头孢菌素耐药菌株普遍携带CTX-M型耐药基因,以CTX-M-55、CTX-M-65、CTX-M-14型为主。本研究结果表明,河北地区鸡源大肠杆菌普遍具有耐药性,有丰富的耐药谱型,同时多种耐药基因可存在于同一株细菌中,不同耐药基因的ST型归属特性存在差异。     

大熊猫轮状病毒CH-1株VP1基因的克隆和生物信息学分析

为研究大熊猫源轮状病毒(RV)CH-1株外衣壳蛋白VP1基因的结构及功能,采用MA-104细胞增殖大熊猫源RV,提取总RNA,运用RT-PCR扩增VP1基因,将阳性克隆进行测序,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示,成功获得了长3 287bp的GPRV VP1蛋白基因(GenBank登录号:HQ641297);经生物信息学分析,此序列包含有一个3 267bp的完整开放阅读框,编码1 089个氨基酸;无信号肽;无跨膜区,其整个蛋白都位于病毒膜外区;抗原表位预测显示VP1蛋白有41个抗原表位;系统进化树分析显示大熊猫轮状病毒CH-1株VP1基因与猪A组轮状病毒VP1基因的进化距离最近。本研究成功获得了大熊猫源RV VP1基因,为今后研究此基因的生物学功能奠定了基础。     

闽西地区猪源大肠杆菌耐药基因bla_(CTX-M-9G)的流行性分析

为了解闽西地区猪源大肠杆菌耐药基因blaCTX-M-9G流行性以及对β-内酰胺类药物的耐药情况,以期为本地区抗菌药的合理应用提供依据。从闽西地区规模化猪场采集腹泻仔猪肛门拭子分离大肠杆菌,对分离株进行β-内酰胺类药物敏感性测定及耐药基因检测。结果显示,共分离大肠杆菌213株;分离株对氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸、头孢噻呋和头孢噻肟表现出较高的耐药率,分别为46.9%、44.1%、28.6%和23.9%;经耐药基因检测,bla_(CTX-M-9G)基因检出率为17.4%(37/213),在bla_(CTX-M-9G)阳性菌中还检测出qnrA(5.4%)、qnrB(37.8%)、qnrS(73.0%)、oqxA(70.3%)、oqxB(75.7%)及qepA(18.9%)等PMQR耐药基因,其中83.8%含有三种以上耐药基因,以携带blaCTX-M-9G+qnr S+oqx A+oqx B基因型最为流行,检出率为32.4%。闽西地区猪源大肠杆菌对β-内酰胺类药物表现出一定的耐药性,bla_(CTX-M-9G)耐药基因携带率较高,并且耐药基因bla_(CTX-M-9G)阳性菌中PMQR基因的携带率较高。     

牛源大肠杆菌CTX-M型基因耐药性与流行性分析

为了解不同养殖模式下牛源大肠杆菌对抗菌药物的耐药性及CTX-M型基因流行分布特征,本研究从甘肃和新疆采集肉牛、奶牛和牦牛粪便样品,经分离鉴定得到220株大肠杆菌,采用纸片扩散法(K-B法)对分离株进行药物敏感性测定,通过PCR法检测CTX-M型基因和整合子基因型,利用多重PCR法对CTX-M阳性菌株进行种族进化关系分析...     

iss基因与鸡大肠杆菌致病力的关系

为探讨iss基因的存在及其核苷酸序列的差异与鸡大肠杆菌致病力的关系,分别采用普通PCR及套式PCR方法检测iss基因在21株鸡大肠杆菌菌株中的分布,并进行序列测定,分析菌株携带iss基因的情况及不同毒力的菌株间iss基因序列的差异。结果显示,经套式PCR检测21株鸡大肠杆菌均携带iss基因,而普通PCR检测显示仅有13株携带iss基因;16株菌株iss基因与国外禽大肠杆菌iss基因参考序列同源性为100%;其余5株中,E1与参考序列同源性为93.5%,E33、O78与参考序列同源性为99.4%,E4、E21与参考序列同源性为99.7%。推测,iss基因可能在不同来源、不同毒力、不同血清型的鸡大肠杆菌中都普遍存在,仅是拷贝数高低不同,而不是目前普遍认为的"有或无"的关系,并且iss基因序列是高度保守的。iss基因与鸡大肠杆菌致病力的相关性可能与它所定位的质粒拷贝数有关,与iss基因的序列差异无关。     

Ⅰa型和Ⅱ型牛源无乳链球菌sip基因的遗传进化分析

为分析8株Ⅰa型和10株Ⅱ型牛源无乳链球菌的sip基因特征和遗传进化关系,采用PCR方法扩增目的基因并克隆入pGEM-T Easy载体后测序,进行了同源性分析和构建了遗传进化树。结果显示,18株菌株的sip基因全长均为1 305bp,无基因缺失。8株Ⅰa型菌株之间的sip基因核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性分别为99.8%～100%和99.5%～100%;而10株Ⅱ型菌株之间的sip基因核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性均为100%。18株菌株与其他不同来源、不同血清型参考菌株相应序列的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为97.8%～100%和96.8%～99.8%。sip基因的遗传进化树分析显示18株菌株处于2个不同的大分支上,其中Ⅱ型菌株处于同一分支上,与中国菌株Mf32和美国菌株GB01068、GB01089的亲缘关系最近,而Ⅰa型菌株处于另一个分支上,与中国菌株Ly2和美国菌株GB00549的亲缘关系最近。说明8株Ⅰa型菌株和10株Ⅱ型菌株分别来源于不同的菌株,但它们的sip基因同源性很高,而且与参考菌株的sip基因相比,目前仍属于保守基因。     

广东省猪源葡萄球菌耐药性分析及多重耐药基因cfr的流行现状

为了解2013-2017年间广东省猪源葡萄球菌的耐药情况及多重耐药基因cfr的流行现状,采集生猪养殖场和交易市场猪鼻腔拭子分离葡萄球菌,采用琼脂稀释法测定分离菌株对14种抗菌药物的敏感性,并用PCR检测mecA和cfr基因的携带情况。结果显示,在采集的4099份样品中分离到葡萄球菌1485株,其中金黄色葡萄球菌173株。猪源葡萄球菌对红霉素、四环素、泰妙菌素、克林霉素、沃尼妙林和氟苯尼考耐药严重,耐药率分别为91.0%、90.2%、87.7%、84.6%、84.6%及82.0%,对利福平和利奈唑胺相对敏感,未发现万古霉素耐药菌株;庆大霉素、四环素、红霉素和环丙沙星的耐药率呈现逐年上升的趋势。在1485株葡萄球菌中,mecA和cfr的检出率分别为39.9%和12.3%。cfr阳性菌株常携带多种耐药基因,cfr基因的遗传背景也呈现多样化。结果表明,广东省猪源葡萄球菌的耐药情况严重,cfr的检出率高,应加强养殖业中抗菌药物的规范和合理使用,减缓耐药性的产生和传播。     

猪和野生动物源大肠杆菌及沙门菌中磺胺类药物耐药基因的检测

对从四川省10个规模化猪场和16种野生动物的粪样中分离鉴定出的67株大肠杆菌、57株沙门菌进行了药敏试验。结果,猪源和野生动物源分离菌对磺胺类药物的耐药率分别为72.0%(72/100)和29.2%(7/24)。根据GenBank中登录的序列,设计了3对特异性引物,对磺胺类药物的耐药基因Sul1、Sul2、Sul3进行了三重PCR检测。在这124株细菌中,Sul1基因的检出率最高,为47.6%(59/124),Sul2基因的检出率为17.7%(22/124),Sul3基因的检出率为18.5%(23/124)。药敏试验结果与基因检测结果的符合率为89.9%。     

屠宰猪肝和血清中乙型肝炎病毒及戊型肝炎病毒的检测

应用1对乙型肝炎病毒(HBV)S基因保守区的引物,采用PCR方法从屠宰猪肝、血清中检测到了HBV,序列分析表明,扩增片段与已发表的HBV S基因的同源性高达98%~100%。电镜负染色样品观察结果表明,在HBV表面抗原ELISA检测强阳性反应的血清样品中存在有形态、大小与人HBV Dane颗粒和小球状颗粒相似的病毒粒子。针对戊型肝炎病毒(HEV)ORF2/ORF3重叠区设计了简并引物,采用巢式RT-PCR对屠宰猪肝和血清样品进行了检测。结果表明,部分屠宰猪肝中存在HEV。     

禽致病性大肠杆菌中耶尔森菌强毒力岛的分子流行病学调查

为了解耶尔森菌强毒力岛(HPI)在禽致病性大肠杆菌(APEC)中的流行情况,根据HPI结构基因irp2和fyuA参考序列设计了引物,用PCR方法和斑点杂交法对从江苏等地分离的APEC基因组进行了扩增和检测,并对E.coliNTJC040406菌株相关基因进行了克隆和序列分析。结果表明,216株APEC中有44.9%的菌株携带有HPI,序列分析表明相关基因与GenBank中参考序列的同源性高达98%以上。提示HPI在APEC中广泛存在,经进一步分析,发现分离菌株是否携带HPI与O78等特定血清型有一定的相关性。     

江苏省猪高热病病例主要继发感染病毒的多重PCR检测

应用建立的2个多重PCR方法,对2005~2006年收集于江苏省的211份猪高热病疑似病料进行了检测。结果,PRRSV阳性率为51.2%,PCV2阳性率为44.1%,CSFV阳性率为10.4%,PPV阳性率为3.9%,PRV阳性率为2.4%。2005年病料中PCV2阳性率为21.2%,2006年为73.2%;2005年PRRSV阳性率为38.1%,2006年为67.7%。2006年猪高热病疫情比2005年严重,PCV2和PRRSV可能在其中发挥了协同致病作用。对10个PRRSV分离株ORF5基因和Nsp2基因进行的测序表明,2006年分离株Nsp2基因中有连续87个碱基的缺失。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒北京分离株的ORF7克隆与序列分析

将北京地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（ＰＲＲＳＶ） 分离株ＢＪ２ 和ＢＪ４ 的ＯＲＦ ７ 及部分３’端非编码区（ ＵＴＲ） 的ＲＴＰＣＲ 扩增产物克隆连接于ｐ ＧＥＭＴｅａｓｙ 质粒载体上,重组质粒经ＥｃｏＲ Ⅰ酶切鉴定后进行了双链测序。测定的基因序列与欧美标准毒株已知序列比较发现,ＢＪ２ 和ＢＪ４ 株与美洲ＶＲ２３３２ 株非常接近,在其长度为５５５ ｂｐ 的ｃＤＮＡ 序列中,仅与ＶＲ２３３２ 株分别相差１ 和２ 个核苷酸,其中ＯＲＦ ７ 的核苷酸序列与ＶＲ２３３２ 株同源性分别高达１００ ％ 和９９ ．４６ ％ ,其推导的氨基酸序列与ＶＲ２３３２ 株同源性分别为１００ ％ 和９９ ．２５ ％ ,３’ＵＴＲ 则完全相同;而与欧洲ＬＶ 株则有明显差异,其核苷酸序列同源性仅为６８ ．００ ％ 和６７ ．００ ％ ,推测的氨基酸序列同源性仅有６５ ．００ ％ 和６４ ．００ ％ ,且ＢＪ２ 和ＢＪ４ 株与ＬＶ 株相比缺失了ＫＫＳＴＡＰＭ 和ＡＳＱＧ 两段氨基酸序列,而３’ＵＴＲ 则比ＬＶ 株多出３８ ｎｔ 的一段特征性核苷酸序列。序列分析结果表明,ＢＪ２ 和ＢＪ４ 株属于同一基因型,且具有ＶＲ２３３２ 株的基因特点     

2017—2019年猪流行性腹泻病毒广西流行毒株遗传多样性分析

为掌握广西猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传变异情况,本研究对2017-2019年从广西各地采集的腹泻样品,应用RT-PCR方法进行检测,并随机选取部分PEDV阳性样品进行S、M、N基因的扩增、测序和分析。结果显示,共获得PEDV S基因序列23株、M基因和N基因序列各25株。同源性分析显示,广西流行毒株间核苷酸和氨基酸序列同源性在S基因为90.6%~100%和89.6%~100%,在M基因为97.0%~100%和96.9%~100%,在N基因为95.9%~100%和95.9%~100%。序列比对显示,广西流行毒株S1基因的氨基酸序列存在缺失、突变和插入现象,且各毒株之间存在差异。基于S、M、N基因绘制遗传进化树,获得相似的拓扑结构图,广西流行毒株主要分布在S基因的GⅠb、GⅡa亚群,M基因的GⅡa、GⅡb亚群,N基因的GⅢ亚群。遗传进化速率测算显示,广西流行毒株及国内外参考毒株S、M、N基因的平均进化速率分别为7.39×10-4、1.43×10-4和2.96×10-4substitutions/site/year,S基因的变异速度最快。表明PEDV广西流行毒株存在遗传多样性,应加强病原监测和流行病学调查,为有效防控PED提供基础数据。