猪非典型瘟病毒GX01-2018株全基因组分子特征的分析

猪非典型瘟病毒(APPV)被证实是新生仔猪先天性震颤的致病因子。为了解广西APPV流行毒株的分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增APPV阳性病料,经克隆、测序、拼接,获得1株APPV的全基因序列,遂被命名为GX01-2018株。结果显示,GX01-2018株基因组全长11 565 bp,包括一个编码3 635个氨基酸的阅读框(ORF)。同源性分析显示,GX01-2018株与国内代表毒株广西GX-CH_2016株、江西JX-JM01-2018A01株、广东China/GD-SD/2016株、广东GD株核苷酸序列的同源性分别为98.2%、92.9%、83.4%、90.8%。GX01-2018株与国外代表毒株美国000515株、德国Bavaria_S5/9株、奥地利AUT-2016_C株、荷兰NL1株核苷酸序列的同源性分别为87.8%、90.7%、90.5%、90.7%。上述国内外代表毒株间Npro、Erns、E2基因核苷酸序列的同源性分别为79.1%～97.2%、83.0%～98.4%、83.1%～96.8%。基于APPV全基因组以及E2、Npro、Erns基因核苷酸序列绘制遗传进化树,获得相似的进化树图。来自广西的GX01-2018株与欧洲型毒株位于一个分支,而同样来自广西的GX04/2017株与美洲型毒株位于另一个分支。表明APPV流行毒株具有遗传多样性,来自同一地区的流行毒株出现较大的遗传变异。     

猪圆环病毒2型2d基因型毒株的全基因组序列分析

根据Gen Bank中猪圆环病毒2型(PCV 2)基因序列,设计特异性引物,用PCR方法从福州郊区某猪场疑似PMWS仔猪病料处理后接种育传三代的PK-15细胞中扩增1个分离毒株的全基因组,并将其克隆到p MD-18T载体上,对鉴定为阳性的重组质粒送检测序。对该分离株的基因全序列及其开放阅读框2(ORF2)进行同源性分析及遗传进化关系分析。PCR鉴定结果显示,本试验中分离到的病毒属于PCV2,命名为PCV2-FZ株。全基因组序列分析显示,分离株全基因组大小为1 767 bp,含有11个开放性阅读框,其中ORF2大小为705 bp,共编码234个氨基酸。PCV2-FZ株与参考毒株基因全序列的核苷酸同源性为94.3%~99.4%,与SD毒株同源性最高,为99.4%;与DK1980PMWSfree和DK1990PMWSfree毒株同源性最低,为94.3%。分离株与参考毒株ORF2核苷酸同源性为89.2%~99.4%,其中与SD毒株同源性最高,为99.4%,与DK1980PMWSfree毒株和DK1987PMWSfree毒株同源性最低,均为89.2%。全基因组与ORF2序列遗传进化树分析均表明,PCV2-FZ株属于PCV2d基因型。本研究从福建省首次分离并鉴定了1株PCV2d型毒株,这对PCV2流行病学研究和遗传变异分析具有重要意义。     

猪传染性胃肠炎病毒SY株的分离鉴定及S基因的序列分析

取沈阳地区某猪场表现为腹泻症状的病死仔猪小肠病料,无菌处理后接种在PK-15细胞上分离病毒。通过无限稀释法进行病毒纯化、病毒中和试验和RT-PCR检测,证实其为传染性胃肠炎病毒(TGEV),并命名为TGEV SY株。参照Gen Bank中TGEV序列设计引物,对SY株S基因进行RT-PCR扩增,克隆并测序,获得S基因组完全序列。将S基因序列和所编码的氨基酸序列与Gen Bank中登录的10个TGEV和1个PRCV S基因序列进行同源性和亲缘关系的比较分析。结果表明,SY株S基因核苷酸序列和编码的氨基酸序列与其他参考毒株的同源性分别为96.4%~99.2%和96.0%~97.9%;而与PRCV毒株的同源性分别为96.2%和96.6%。由系统进化树可知,SY株与国内的华毒株、TS株以及国外的Miller M60株位于进化树的同一分支,亲缘关系较近。总体来看,各毒株之间的S基因差异性不大,表明TGEV虽然处于不断遗传演化中,但不同毒株的S基因变异不是特别明显。     

犬瘟热病毒PS株的全基因组序列测定与遗传进化分析

对犬瘟热病毒(CDV)PS株基因组进行全基因组序列测定与分析,以阐明该毒株的基因特征与遗传进化情况。利用RT-PCR方法分段扩增PS株全基因组序列,分别将产物克隆入pMD18-T载体中并进行测序,将所测序列拼接获得CDV PS株的全基因组cDNA。用DNAStar软件比较PS株全基因组序列与国内外犬瘟热病毒疫苗株和野毒株全基因组序列的同源性,然后用Mega4.0软件进行系统进化分析。测序结果显示,PS株全基因组序列的长度为15 690nt,该基因组推导的某些氨基酸位点发生了突变。与GenBank中登录的国内外参考毒株的同源性比较结果显示,PS株基因组与MKY-KM08分离株的基因序列同源性高达97.9%,与其他毒株的同源性为93.0%～97.0%;与CDV3疫苗株和Onderstepoort疫苗株的同源性最低,分别为93.2%和93.0%。基于全基因组序列绘制的系统进化树表明,所有CDV分离株分为疫苗株和野毒株2支,PS株和MKY-KM08株位于同一支,属于亚洲1型。结果表明PS株为野毒株,其全基因组序列与MKY-KM08株的全基因组序列亲缘关系最近。     

鹅副黏病毒QY分离株F基因和HN基因的克隆与序列分析

根据已发表的鹅副黏病毒基因组序列,设计并合成了扩增F基因和HN基因的5对引物,利用RT-PCR的特异性扩增出了广东省清远分离株(QY株)的F基因和HN基因。然后将其克隆入pMD 18-T载体,经鉴定、测序及拼接,QY株的F基因和HN基因全序列长度分别为1 662bp和1 716 bp,分别编码553个和571个氨基酸。经与GenBank登录的几株参考毒株F基因和HN基因编码区的核苷酸序列进行比较;结果,QY株与参考毒株SF02株和LaSota株F基因的核苷酸序列同源性分别为98.3%和82.4%,HN基因的核苷酸序列同源性分别为97.2%和75.9%。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NS基因的克隆和序列分析

根据已发表的H5N1禽流感病毒NS基因全序列设计了1对引物,对4株禽流感病毒新疆株的NS基因进行了RT-PCR扩增,并将其克隆到pMD 18-T载体上,分别获得了全长为817、851、8548、54 bp的全基因序列。序列分析结果表明,新疆毒株间的核苷酸同源性为97.8%~98.9%,氨基酸同源性为96.5%~98.7%,与广东、香港和东南亚等不同地区的11个毒株比较,同源性为90.0%~99.4%;与来自野禽、猪等不同种类的11个流感毒株比较,同源性为81.4%~99.3%。系统进化树分析表明,新疆株独立分支。     

兔出血症病毒Yaan株衣壳蛋白VP60基因的克隆和序列分析

采用RT-PCR方法扩增兔出血症病毒(RHDV)Yaan株衣壳蛋白VP60基因,将扩增片段克隆到pMD 18-T载体上,经酶切及PCR鉴定后测序。结果显示,VP60基因全长1 740 bp,编码579个氨基酸。将Yaan株与其他RHDV分离株进行比较,结果显示,核苷酸同源性为90.5%~97.5%,氨基酸同源性为94.3%~99.5%,氨基酸变异多发生在衣壳蛋白C、E区,表明毒株具有高度保守性;同时对Yaan株与国外标准株AST/89的VP60蛋白氨基酸变异及其亲水性、柔性区、抗原区和表面结构进行了比较分析。     

鸭坦布苏病毒AH-F10株全基因组的分子克隆与序列分析

为了解鸭坦布苏病毒安徽分离株AH-F10的分子特征,利用RT-PCR方法对其全基因组序列进行了克隆,并将全基因组及其推导的氨基酸序列与参考毒株进行序列比对及系统进化分析。结果显示,毒株AH-F10的全基因组序列长10 990nt,含有1个大的阅读框架,两侧各有一个非编码区(Untranslation region,UTR)。序列比对结果表明,AH-F10株与13株参考毒株的基因编码区具有较高的氨基酸序列同源性,其中与江苏JS2010株的同源性最高,达98%。研究还发现,鸭坦布苏病毒各分离株的5′UTR的序列表现一定程度的变异,AH-F10株与参考株的核苷酸序列同源性在94%~97%之间。此研究结果为进一步了解鸭坦布苏病毒的遗传变异及构建该病毒的反向遗传学操作系统奠定了基础。     

猪细小病毒YK株NS1基因的克隆与序列分析

提取猪细小病毒(PPV)YK株基因组DNA,利用PCR技术扩增得到了NS1基因全序列,将其克隆到pMD18-T质粒载体并进行了序列测定和分析。结果表明,NS1基因全长1989bp,编码662个氨基酸。氨基酸序列中含有在PPV复制过程中起重要作用的保守基序GKRN,并有3个潜在的糖基化位点NISN、NFSN和NLTR。PPVYK株的NS1基因与其他PPV毒株NADL-2(4973)株、NADL-2(5075)株、NADL-2(5034)株和Kresse株相比,核苷酸同源性分别为98.3%、99.9%、99.9%和99.7%,氨基酸同源性分别为99.7%、99.7%、99.7%和97.7%。结果说明,NS1基因具有高度保守性。     

猪瘟流行毒株E2基因的克隆及其杆状病毒表达载体的构建

用RT PCR方法扩增了陕西省近期猪瘟流行野毒株E2基因 ,并将其克隆到 pMD 18 T载体 ;经转化、筛选、鉴定后 ,测定了核苷酸序列 ,根据C株、Brescia株和Alfort株确定起始氨基酸三联体的正确位置后进行 gp5 5氨基酸序列推导 ,并进行同源性比较。结果表明 ,该猪瘟流行毒株的E2核苷酸序列与C株、Brescia株和Alfort株的E2核苷酸序列同源性分别为 81.9%、83.4 %和83.5 % ;相应地 ,gp5 5氨基酸同源性分别为 94 .8%、95 .6 %和 95 .3%。将此E2基因亚克隆到杆状病毒转移载体 pFastBacHTb后获得了重组质粒 pFBHT E2 ,进而转化入含穿梭载体Bacmid的感受态细胞DH10Bac中 ,发生转座作用 ;经抗性及蓝白斑筛选得到了含E2基因的重组DNA ,将其命名为rBacmid E2。此研究为进一步在昆虫细胞中表达E2基因、开发研制猪瘟基因工程疫苗奠定了基础。     

猪瘟野毒E2基因同源性比较

以人工感染发病猪的脾为材料提取总RNA ,根据已报道的猪瘟病毒基因组序列 ,设计合成了 2对引物 ,以总RNA为模板 ,利用反转录聚合酶链式反应 (RT PCR)、套组聚合酶链式反应(nPCR)及测序技术 ,对流行于我国甘肃省、陕西省、宁夏和广西自治区的 5株野毒株的主要外膜糖蛋白E2基因的核苷酸序列进行了测定 ,用DNAstar软件比较分析了 5株野毒之间及其与猪瘟兔化弱毒株 (C ST株 )E2基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的同源性。结果发现 ,5株野毒与C ST株核苷酸序列的同源性为 81.7%～ 83.1% ,氨基酸同源性为 87.3%～ 88.6 % ,表明它们之间存在较大的差异 ;但 5株野毒之间核苷酸序列的同源性高达 98.8%～ 99.3% ,氨基酸同源性为96 .6 %～ 99.2 % ,表明它们之间的差异较小     

猪非典型瘟病毒和盖塔病毒双重RT-PCR方法的建立与应用

为快速准确地检测出猪非典型瘟病毒(APPV)与盖塔病毒(GETV),根据GenBank中公布的APPV NS3基因和GETV NSP3基因序列,选择APPV NS3基因和GETV NSP3基因的保守序列,各设计并合成了1对特异性引物。通过优化反应体系和反应条件,最终建立可以同时扩增出500和810 bp特异性片段的双重RT-PCR。该方法对猪圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒以及猪流行性腹泻病毒的扩增结果均为阴性。对APPV和GETV重组质粒的最低检出量分别为187和126 copies/μL并具有高重复性。应用本方法检测从四川自贡市、泸州市等地采集的38份仔猪肌肉震颤样本,结果显示,APPV、GETV的阳性率分别为13.16%和7.89%,与单一RT-PCR方法对APPV和GETV的检出率完全一致。本研究中成功建立的APPV、GETV双重RT-PCR方法为APPV和GETV的快速检测提供了技术手段,有助于仔猪先天性震颤的临床诊断和流行病学调查,对于公共卫生也有一定意义。     

IBV疫苗株基因组3′末端序列分析

以 5株鸡传染性支气管炎病毒 (IBV )疫苗株 (D41、H12 0GD、H12 0SH、H5 2BJZH和H5 2GD株 )和IBV标准强毒M 41E4株的基因组RNA为模板 ,利用RTPCR技术 ,扩增出 1条特异性条带 ,包括部分核衣壳蛋白 (N)基因以及紧接着N基因下游的基因组 3′端非编码区 (UTR)。测序结果表明 ,从D41、H12 0GD和H12 0SH株扩增的特异性片段长度为6 14 2bp ;而从H5 2BJZH、H5 2GD和M 41E4株扩增的特异性片段长度为 40 6 2bp。序列分析发现 ,被检的 6株IBV毒株可分两组 ,其中D41、H12 0GD和H 12 0SH株为一组 ,核苷酸序列同源性为 99.7?.8%;而H5 2BJZH、H5 2GD和M 41E4株构成另一组 ,其核苷酸序列同源性为 99.3 0 %;两组之间的最大同源性仅为 94.6 %。在系统发生进化树上 ,这两组分别位于不同的分支簇上 ,国内的H5 2BJZH、H5 2GD与国外的H5 2株不在同一分支簇上 ,相反却与国内强毒M 41E4株以及国外M 41株在同一分支簇上。提示国内H5 2疫苗株与国外H5 2疫苗株不同 ,它们在亲缘关系上更靠近M 41E4株和M 41株。     

禽流感病毒A/Turkey/Canada/63毒株HA和NA基因的克隆及序列分析

用SPF鸡胚增殖禽流感病毒(AIV)A/Turkey/Canada/63毒株,提取病毒基因组总RNA,应用RT-PCR技术分别扩增该病毒分离株的HA和NA基因全片段,并克隆到pMD18-T载体上。测序结果表明,该毒株的HA基因全长为1745bp,含有完整的阅读框架,编码566个氨基酸；NA基因全长1467bp,编码469个氨基酸。BLAST序列比较结果显示,该毒株HA基因属于H6亚型,NA基因属于N2亚型。将获得的HA和NA基因与AIV数据库中H6和N2基因进行遗传演化分析,表明该毒株HA基因与其他H6基因核苷酸的同源性为80.5%～87.3%,氨基酸的同源性为88.0%～93.1%；NA基因与其他N2基因核苷酸的同源性为86.0%～93.5%,氨基酸的同源性为90.6%～96.3%。     

4株猪瘟流行野毒株病毒结构蛋白E2基因的核苷酸序列分析

应用RT-PCR和nPCR扩增由4株甘肃省近期(1997-1998)猪瘟流行野毒株的E2基因,将其克隆到pGEMTEasy载体上,经转化、筛选、鉴定后,测出核苷核序列.4株流行毒株的E2基因核苷酸序列同源性为89.2%-99.7%,相应的氨基酸序列同源性为93.8%-99.0%.这4株流行毒株;与C-株(疫苗种毒)E2基因的核苷酸序列同源性为82.2%-84.3%,相应的氨基酸序列同源性为87.9%-90.2%,表明近期猪瘟流行毒株与C-株的gp55蛋白之间存在一定的差异.     

鸡IL-2受体α亚基成熟蛋白基因的克隆及其胞外段的原核表达

以鸡脾淋巴细胞总RNA为模板,采用RT-PCR方法克隆了鸡白细胞介素-2受体α亚基(ChIL-2Rα)编码区基因。将ChIL-2Rα胞外段基因克隆到pET-32a(+)中,获得重组质粒pET32a-exChIL-2Rα,转化宿主菌E.coli RossetaTM(DE3)后,经IPTG诱导表达的融合蛋白大小约为34 ku。序列分析发现,鸡IL-2Rα编码区基因与GenBank上已登录序列的核苷酸同源性为99.2%,氨基酸同源性为99.5%。ChIL-2Rα与其他哺乳动物IL-2Rα在核苷酸和氨基酸水平上的同源性分别为29.6%~54.5%和18.8%~28.0%。表明,禽类IL-2Rα与哺乳类的差异较大。     

1型鸭肝炎病毒E53株和HP-1株全基因组序列分析

根据已发表的1型鸭肝炎病毒(DHV-1)基因组序列设计并合成引物,通过RT-PCR方法对DHV-1 E53株和HP-1株的基因组序列进行分段扩增并测序.BLAST分析确定为DHV-1型基因组序列,GenBank登录号分别为EF151313和EF151312.E53株与已发表的参考毒株的核苷酸同源性为94.6%～99.4%;HP-1株与已发表的参考毒株的核苷酸同源性为94.4%～99.6%.系统进化树分析结果表明,E53株与北京BJ株进化关系最近;HP-1株与R85952株进化关系最近.     

猪细小病毒Z株NS部分基因的扩增及序列分析

从猪细小病毒Z株提取基因组DNA ,利用PCR扩增部分基因 ,并对该扩增片段进行测序与分析。结果表明 ,扩增的NS基因长 330bp ,编码 10 9个氨基酸。氨基酸序列中含有猪细小病毒的重要保守序列 ,并有 1个潜在的糖基化位点NFSN。Z株NS基因与其他猪细小病毒Kresse、NADL2 2、NADL2 1株的核苷酸同源性分别为 99%、98%、98% ,氨基酸同源性均为 99%。     

猪戊型肝炎病毒swCH196株ORF3基因的克隆与序列分析

为分析猪戊型肝炎病毒的基因特征,设计了1对套式引物,利用RT-PCR方法克隆出了猪戊型肝炎病毒甘肃分离株swCH196的ORF3基因cDNA片段。序列测定结果表明,swCH196株的ORF3基因长345bp,编码114个氨基酸,与GenBank中登录的其他毒株的核苷酸序列同源性为83.5%～97.7%,系统发育进化树分析结果表明,该分离株为基因Ⅳ型。