犬瘟热病毒PS株的全基因组序列测定与遗传进化分析

对犬瘟热病毒(CDV)PS株基因组进行全基因组序列测定与分析,以阐明该毒株的基因特征与遗传进化情况。利用RT-PCR方法分段扩增PS株全基因组序列,分别将产物克隆入pMD18-T载体中并进行测序,将所测序列拼接获得CDV PS株的全基因组cDNA。用DNAStar软件比较PS株全基因组序列与国内外犬瘟热病毒疫苗株和野毒株全基因组序列的同源性,然后用Mega4.0软件进行系统进化分析。测序结果显示,PS株全基因组序列的长度为15 690nt,该基因组推导的某些氨基酸位点发生了突变。与GenBank中登录的国内外参考毒株的同源性比较结果显示,PS株基因组与MKY-KM08分离株的基因序列同源性高达97.9%,与其他毒株的同源性为93.0%～97.0%;与CDV3疫苗株和Onderstepoort疫苗株的同源性最低,分别为93.2%和93.0%。基于全基因组序列绘制的系统进化树表明,所有CDV分离株分为疫苗株和野毒株2支,PS株和MKY-KM08株位于同一支,属于亚洲1型。结果表明PS株为野毒株,其全基因组序列与MKY-KM08株的全基因组序列亲缘关系最近。     

新城疫病毒Mukteswar毒株反向遗传系统的建立

为了建立新城疫病毒(NDV)Mukteswar毒株的反向遗传操作系统,根据已测定的NDV Muk-teswar毒株的全基因组序列设计了5对引物,扩增出包含全基因组cDNA的5条片段,并按一定顺序依次克隆入pSL1180载体中,然后在cDNA 5′末端插入T7启动子序列,3′末端导入具有自我剪切功能的丁肝病毒核酶序列和T7转录终止信号,构建了能转录具有精确5′和3′末端全基因组cDNA的转录载体pNDVT7。将表达核蛋白、磷酸蛋白及转录大蛋白的辅助表达载体pCIneoNP、pCIneoP和pCIneoL与pNDVT7按一定比例混合共转染BRS-T7细胞,4 d后将细胞悬液接种9日龄SPF鸡胚,结果获得了高效价的重组病毒。表明本研究建立的反向遗传系统能高效、快速拯救重组新城疫病毒毒株。     

猪圆环病毒2型2d基因型毒株的全基因组序列分析

根据Gen Bank中猪圆环病毒2型(PCV 2)基因序列,设计特异性引物,用PCR方法从福州郊区某猪场疑似PMWS仔猪病料处理后接种育传三代的PK-15细胞中扩增1个分离毒株的全基因组,并将其克隆到p MD-18T载体上,对鉴定为阳性的重组质粒送检测序。对该分离株的基因全序列及其开放阅读框2(ORF2)进行同源性分析及遗传进化关系分析。PCR鉴定结果显示,本试验中分离到的病毒属于PCV2,命名为PCV2-FZ株。全基因组序列分析显示,分离株全基因组大小为1 767 bp,含有11个开放性阅读框,其中ORF2大小为705 bp,共编码234个氨基酸。PCV2-FZ株与参考毒株基因全序列的核苷酸同源性为94.3%~99.4%,与SD毒株同源性最高,为99.4%;与DK1980PMWSfree和DK1990PMWSfree毒株同源性最低,为94.3%。分离株与参考毒株ORF2核苷酸同源性为89.2%~99.4%,其中与SD毒株同源性最高,为99.4%,与DK1980PMWSfree毒株和DK1987PMWSfree毒株同源性最低,均为89.2%。全基因组与ORF2序列遗传进化树分析均表明,PCV2-FZ株属于PCV2d基因型。本研究从福建省首次分离并鉴定了1株PCV2d型毒株,这对PCV2流行病学研究和遗传变异分析具有重要意义。     

牛病毒性腹泻病毒基因1型全基因组的测序分析

以我国新疆地区分离的1株牛源牛病毒性腹泻病毒基因1型毒株为研究对象,参照GenBank中的牛病毒性腹泻病毒1型基因组全序列,根据保守序列设计6对重叠引物,通过RT-PCR扩增出该毒株不同的cDNA片段,分别克隆到pMD19-T载体,转化受体菌JM109,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及测序分析,为了解该毒株的遗传变异及基因结构与生物功能的关系,为开发牛病毒性腹泻病毒新型疫苗奠定基础。测序结果表明,该病毒全基因序列核苷酸为12 302nt(GenBank登录号:JN704144),该病毒基因组具有一个11 694nt开放阅读框编码的多聚蛋白,5′-UTR长382nt,3′-UTR长224nt,BVDV1-3156的全基因组序列分析发现该毒株为BVDV1b亚型。Blast比对分析显示,该毒株与VEDEVAC株的相似性最高,为90.9%。该毒株与BVDV1型其他毒株的全基因组序列具有较大的差异。     

四株广东鸽源新城疫病毒的生物学特性

采用RT-PCR方法从广东省分离的4株鸽新城疫病毒中扩增出F和HN基因片段,并对其进行克隆及序列分析,另外对该4株分离株进行了致病指数的测定。结果发现,分离株NDV/GD-1的静脉接种致病指数为1.84,脑内接种致病指数为1.287 5,鸡胚平均死亡时间为78h;NDV/GD-2的静脉接种致病指数为1.55,脑内接种致病指数为1.162 5,鸡胚平均死亡时间为138h;NDV/GD-3的静脉接种致病指数为0.44,脑内接种致病指数为1.35,鸡胚平均死亡时间为126h;NDV/GD-4的静脉接种致病指数为2.51,脑内接种致病指数为1.35,鸡胚平均死亡时间为84h;分离株NDV/GD-2属于基因Ⅱ型;NDV/GD-4属于基因Ⅶd型,与广西株Gxp40亲缘关系最近;NDV/GD-1、NDV/GD-3均属于基因Ⅵ型,与云南分离株Pigeon/China/YN亲缘关系最近;比较分离株与流行的新城疫基因Ⅶ型毒株的F全基因序列以及分离株与常用疫苗株的F、HN全基因序列,发现核苷酸和氨基酸差异较大,证实这4株分离株的生物学特性均有不同程度的差异。     

基于单质粒拯救系统的塞内卡病毒感染性克隆的构建与生物学特性

参考甲型塞内卡病毒（SVA）CH/HuB/2017株全基因组序列,构建SVA通用型载体,合成SVA FragⅠ和FragⅡ基因片段,并通过无缝克隆技术依次将病毒基因片段插入通用型载体,获得包含病毒全基因组的真核转录质粒pcDNA-SVA;经双酶切和测序验证后,在IBRS-2细胞上进行转染和传代,以获得拯救毒株rSVA-CH/HuB/2017;经遗传稳定性评价后,利用蛋白免疫印迹、间接免疫荧光和半数组织培养感染量等试验,鉴定和分析拯救毒株在猪肾细胞系IBRS-2和PK-15中的生物学特性。结果显示,重组质粒pcDNASVA直接转染普通敏感细胞系IBRS-2,即可快速拯救出含有沉默突变NheⅠ分子标记的毒株,且具有良好的遗传稳定性;拯救毒株和野生亲本毒株在IBRS-2和PK-15细胞中的复制和增殖特性相似。结果表明,通过建立一种基于T7启动子、RNA聚合酶Ⅱ启动子、终止子、核酶HamRz和HDVRz等元件的SVA单质粒高效拯救系统,可以在质粒水平快速编辑病毒基因组,为定向改造和拯救病毒提供了基础性技术平台。     

一株洞庭湖候鸟新城疫病毒的分离鉴定及基因组特征分析

为监测湖南省洞庭湖候鸟携带新城疫病毒的现状,本研究于2014年春季在湖南洞庭湖畔采集了150份候鸟粪便样品。经SPF鸡胚分离纯化和RT-PCR鉴定,获得1株新城疫病毒,命名为Swan/Hunan/123/2014(HuN,GenBank登录号:KT894018)。利用RT-PCR方法扩增了HuN株全基因组,并进行基因组序列测定。序列分析表明,HuN株基因组长度为15 186bp,编码的F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112 GK-Q-G-R-L117,符合新城疫经典弱毒株的分子特征。F基因相似性分析显示,其核苷酸序列与Queensland V4疫苗株、La Sota疫苗株和ZJ1毒株的同源率分别为99.8%、90.4%、81.3%。对HuN株的F基因、HN基因和全基因组遗传进化分析结果均显示,此毒株与Queensland V4株聚为一类,属于副黏病毒血清1型中的ClassⅡ类基因Ⅰ型新城疫病毒。     

一株塞内卡病毒的分离与鉴定

2018年11月,河南南阳地区某养殖场发生了猪水疱病,经实验室检测确诊为塞内卡病毒(SVV)感染。选择SVV检测阳性的临床样品,处理后接种PK-15细胞,经多次传代培养,成功分离到1株塞内卡病毒,命名为HeNNY-1/2018株,并在PK-15细胞上对该毒株进行了空斑纯化和生长曲线的绘制。为进一步研究其遗传进化特点,采用RT-PCR技术扩增了其全基因组序列,并分别构建了基于VP1基因和全基因组的系统进化树。结果表明,分离株HeNNY-1/2018在感染后第24小时病毒效价最高为10~(7.6)TCID_(50)/m L。基因组核苷酸同源性分析显示,分离株HeNNY-1/2018与我国广西分离毒株GXHZH-1和美国毒株KS15-01呈现较高的核苷酸同源性,分别为98.0%和98.7%。进一步分子进化树分析显示,该毒株与2018年报道的广西地区的毒株处于较近的进化分支,而与我国早年间分离得到的其他毒株亲缘关系较远。本研究为河南地区塞内卡病毒流行状况提供了新的证据,也为下一步研究该病的诊断和防控提供了有力支撑。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒HN-HW株全基因组分子特征分析

利用RT-PCR方法扩增得到猪繁殖障碍与呼吸综合征病毒(PRRSV)HN-HW分离株全长基因组的17个片段。拼接后发现该毒株基因组全长为15 334nt(包括poly A尾巴),与国内外14株美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于85.3%～99.4%之间,而与欧洲型PRRSV Lelystad Virus(M96262)和SD01-08(DQ489331)分离株全序列相似性仅为59.7%和59.9%。序列分析表明,该毒株包括189nt的5′UTR,14 981nt的蛋白编码区和150nt的3′UTR及14nt的poly(A)尾巴。同美洲标准株ATCC VR-2332相比,Nsp2存在30个氨基酸的缺失。本研究结果补充了PRRSV毒株的基因组信息数据,为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。     

蛋鸡J亚群禽白血病病毒HB09JY03株的分离鉴定及其全基因组序列分析

利用DF-1细胞系、ELISA群特异性抗原检测以及亚群特异性间接免疫荧光法,从湖北省某鸡场送检的海兰褐蛋鸡病料中分离鉴定出1株J亚群禽白血病病毒(ALV-J),命名为HB09JY03。为了解其分子特征,对其进行了全基因组测序,并与其他毒株进行了比较。结果表明,HB09JY03分离株的gag和pol基因非常保守,与各参考毒株的同源性为97.5%～99.0%;env基因的同源性为88.4%～97.5%;其3′UTR出现部分rTM区段缺失现象。与参考毒株相比,HB09JY03分离株与HPRS-103株的亲缘关系较近,可作为我国蛋鸡ALV-J株生物学特性和致病机制研究的良好材料。     

猪流行性腹泻病毒YZ2016全基因组测序与稳定性分析

2016年我国江苏扬州某规模化养猪场暴发严重腹泻,本实验室通过RT-PCR确定其病原为猪流行性腹泻病毒(PEDV)。将阳性样品接种Vero细胞,盲传5代后出现典型病变,并通过RT-PCR及间接免疫荧光试验确定成功分离到PEDV毒株,命名为PEDVYZ2016。采用分段重叠法对分离株基因组扩增测序,获得其全长序列。遗传进化分析显示PEDV YZ2016与近年流行毒株亲缘关系较近,与经典毒株亲缘关系较远。PEDV YZ2016与BJ-2011-1、LZW全基因组核苷酸序列一致性可达99. 2%,与BJ-2011-1、OKN-1/JPN/2013 S基因推导氨基酸序列一致性可达98.5%。此外,分离株S基因发生多处点突变,导致其抗原表位及糖基化位点均发生部分改变。同时,序列比对分析显示不同代次的S、ORF3、N基因核苷酸突变率均极低。结果表明,本研究分离的PEDV YZ2016株属流行变异毒株,且在传代过程中遗传稳定性良好。     

1型鸭肝炎病毒E53株和HP-1株全基因组序列分析

根据已发表的1型鸭肝炎病毒(DHV-1)基因组序列设计并合成引物,通过RT-PCR方法对DHV-1 E53株和HP-1株的基因组序列进行分段扩增并测序.BLAST分析确定为DHV-1型基因组序列,GenBank登录号分别为EF151313和EF151312.E53株与已发表的参考毒株的核苷酸同源性为94.6%～99.4%;HP-1株与已发表的参考毒株的核苷酸同源性为94.4%～99.6%.系统进化树分析结果表明,E53株与北京BJ株进化关系最近;HP-1株与R85952株进化关系最近.     

东北地区新城疫流行株的分子生物学特性调查

从东北地区发生新城疫 (ND)的病鸡、病鸽和产蛋下降鸡分离到 19株NDV ,对其融合蛋白 (F)基因 5 32bp或 2 80bp片段进行了克隆、测序 (在GenBank中的登录号为AY2 0 86 80～AY2 0 86 98) ,并对各株的F基因序列进行了比较。结果 ,各毒株之间的核苷酸同源性为 83.1%～10 0 % ,氨基酸同源性为 85 .5 %～ 10 0 % ;系统发育进化树分析表明 ,其中 2株与疫苗株V4同属基因Ⅰ型 ,为弱毒株 ;其余 17株为强毒株 ,其中 2株为基因Ⅵ型 ,其余为基因Ⅶ型。表明东北地区目前由 3种基因型的NDV毒株 (Ⅰ型、Ⅵ型、Ⅶ型 )所引发 ,并以基因Ⅶ型为主。另外 ,对其中的代表毒株APMV1/chicken/China/JL 11/ 0 2进行了免疫学试验 ,结果显示 ,LaSota疫苗的免疫保护效果不理想 ,可能是LaSota疫苗免疫鸡群发生ND的主要原因。     

猪瘟病毒浙江分离株体外生长特性及其囊膜糖蛋白E2分子的变异分析

为了研究分离于浙江省衢州和杭州的2株猪瘟病毒基因2型流行毒株QZ-07、HZ1-08在猪肾细胞(PK-15)和猪睾丸细胞(ST)中的生长特性及其囊膜糖蛋白E2的分子进化特征,采用间接免疫荧光、效价测定和进化分析等分子生物学方法将基因2型流行毒株与基因1型石门株进行了比较。结果表明,石门株在PK-15细胞中的增殖效率明显高于ST细胞;感染PK-15细胞后第48小时,细胞内的效价可达107TCID50/mL,而在ST细胞中的效价只有105.25 TCID50/mL。基因2型毒株在PK-15细胞中的增殖水平明显低于ST细胞,尤其以HZ1-08株更为明显;感染ST细胞后第48小时,细胞内的效价为105 TCID50/mL,而PK-15细胞中的效价只有102.75 TCID50/mL。两基因型毒株E2的核苷酸同源性低于90%,氨基酸同源性约为90%。表明,基因2型毒株的体外生长特性及其E2的分子特性均与基因1型毒株存在差异。     

乌骨鸡J亚型禽白血病病毒的分离及其全基因组遗传进化分析

为了解云南地方品种盐津乌骨鸡感染禽白血病病毒（ALV）的情况,从云南省盐津县某规模化盐津乌骨鸡种鸡场中分离ALV,并对1株ALV-J(YN2021株)的全基因组进行序列分析。结果显示,该场乌骨鸡的ALV感染阳性率为16.66%,以ALV-J亚型感染为主,也存在ALV-B亚型单独感染和ALV-J/B亚型混合感染。测序表明YN2021株基因组全长7 618 bp,与参考毒株核苷酸同源性为65.0%～97.1%,其中env基因N端糖基化位点与参考毒株存在差异;遗传进化分析显示,YN2021株可能是由ALV广东株和广西株重组产生的。本研究首次报道了云南地方品种盐津乌骨鸡中ALV-J的全基因序列,为我国研究ALV-J遗传进化奠定了基础。     

猪输血性传播病毒2型全基因组的克隆与序列分析

为了监测猪输血性传播病毒2型(TTV2)的疫源和进化情况,为进一步研究TTV2的形态结构、遗传变异和基因功能奠定生物学基础,参照国外发表的猪输血性传播病毒(TTV)全基因组核苷酸序列(GU456386.1),设计3对特异性引物,采用巢式PCR对采自四川省的疑似猪输血性传播病毒感染的血清样品进行TTV全基因组的克隆、测序和拼接,并对其进行同源性分析和遗传进化分析。结果显示,该基因组全长2 802bp,与国内外参考株同源性介于87%～96%之间,ORF1的同源性介于81%～95%;ORF2的同源性较高,介于93%～99%之间。系统进化树分析表明,该分离株与美国株PTTV2c-VA的同源性高达96%。结果表明,该毒株为TTV2,与国内外参考株有一定的相似性。     

犬细小病毒SH14株的分离鉴定及其VP2基因的序列分析

为分离犬细小病毒(canine parvovirus,CPV),用疑似犬CPV感染的病犬肠组织研磨液接种猫肾细胞(CRFK),进行病毒分离,并利用常规病毒学和分子生物学方法以及动物回归试验鉴定分离的病毒,并对其VP2基因序列进行测定及分析。结果显示,该病毒能在CRFK细胞上良好生长并产生细胞变圆、脱落等特征性细胞病变;细胞培养物能扩增出CPV的特异性基因组;对病毒的VP2基因序列和推导的氨基酸序列进行分析,结果表明,本研究的分离毒株属于New CPV-2a型,与CPV SH-2/2011株的亲缘关系最近,其核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为99.83%和100%。上述结果表明,成功分离到1株New CPV-2a型犬细小病毒,将其暂命名为SH14株。本研究结果为进一步研究我国犬细小病毒的进化和变异,以及疫苗的研制奠定了物质基础。     

猪非典型瘟病毒GX01-2018株全基因组分子特征的分析

猪非典型瘟病毒(APPV)被证实是新生仔猪先天性震颤的致病因子。为了解广西APPV流行毒株的分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增APPV阳性病料,经克隆、测序、拼接,获得1株APPV的全基因序列,遂被命名为GX01-2018株。结果显示,GX01-2018株基因组全长11 565 bp,包括一个编码3 635个氨基酸的阅读框(ORF)。同源性分析显示,GX01-2018株与国内代表毒株广西GX-CH_2016株、江西JX-JM01-2018A01株、广东China/GD-SD/2016株、广东GD株核苷酸序列的同源性分别为98.2%、92.9%、83.4%、90.8%。GX01-2018株与国外代表毒株美国000515株、德国Bavaria_S5/9株、奥地利AUT-2016_C株、荷兰NL1株核苷酸序列的同源性分别为87.8%、90.7%、90.5%、90.7%。上述国内外代表毒株间Npro、Erns、E2基因核苷酸序列的同源性分别为79.1%～97.2%、83.0%～98.4%、83.1%～96.8%。基于APPV全基因组以及E2、Npro、Erns基因核苷酸序列绘制遗传进化树,获得相似的进化树图。来自广西的GX01-2018株与欧洲型毒株位于一个分支,而同样来自广西的GX04/2017株与美洲型毒株位于另一个分支。表明APPV流行毒株具有遗传多样性,来自同一地区的流行毒株出现较大的遗传变异。     

新城疫疫苗毒与野毒的区别诊断及其多功能检测软件的开发

运用生物信息学软件对GenBank中收录的30株新城疫病毒(NDV)全基因组序列间的差异和它们对应的F基因片段22～420核苷酸序列间的差异进行了分析。发现这些差异高度相关(r=0.937),该片段可作为区分NDV野毒和疫苗毒的指纹序列。据此设计了1对扩增用简并引物(其中一条用于PCR产物的直接测序),建立了RT-PCR-测序技术,并测得2个参数:NDV标准疫苗指纹序列库和指纹序列的变异参数。在此基础上,开发出多功能自动分析软件,通过对该指纹序列的分析,不仅可以区分NDV疫苗毒和野毒,还能同步测定这些病毒的毒力和基因型。该技术对NDV标准毒株的测定结果与已知信息完全吻合,且只需3 d即可获得结果。对不同禽类(鹅、鸽、鸵鸟、鸡)中分离的NDV的测定结果表明,59%为残留的疫苗毒。