人肺癌组织19个常染色体STR及性别基因座变异分析

目的观察分析人肺癌组织19个常染色体STR及性别基因座等位基因变异情况。方法收集72例人肺癌组织和相对应的癌旁正常肺组织,采用Chelex-100法提取DNA,Golden eye 20A试剂盒进行PCR扩增,3130XL DNA遗传分析仪检测STR型别。结果 72例癌组织中有30例(41.67%),在19个常染色体STR基因座及Amel基因座上检出83次变异,其中等位基因增加11次、变更2次,杂合等位基因完全性丢失20次,部分性丢失50次。常染色体基因座检出变异次数最多为D3S1358和CSF1PO(均8次),Amel基因座检出2次变异,TPOX基因座未检出变异。杂合等位基因部分性丢失最常见,占总变异次数的60.24%,在同一肺癌组织中多个基因座可同时发生变异。结论恶性肿瘤组织较常发生等位基因变异,进行STR分析时应慎重判型。     

妇科肿瘤和乳腺癌组织常染色体和X染色体STR的突变分析

目的探讨妇科肿瘤组织和乳腺癌组织的法医学常用STR基因座突变类型和规律,以及显微切割技术在肿瘤组织法医学鉴定中的应用。方法应用Power Plex 21 System和Argus X-12试剂盒对62例乳腺癌患者,62例妇科恶性肿瘤患者,10例良性妇科肿瘤患者外周血、肿瘤组织和癌旁组织DNA样本进行复合扩增,获得STR分型,并选取存在突变的部分肿瘤组织进行显微切割。结果妇科恶性肿瘤患者外周血的STR分型与癌旁组织一致;46.77%的妇科恶性肿瘤组织中观察到4种STR突变类型,显著高于良性肿瘤的STR突变率(P0.01)和乳腺癌的STR突变率(P=0.009)。显微切割获得的间质细胞的STR分型与癌旁组织一致。结论本研究所检测的STR基因座在妇科恶性肿瘤组织中的稳定性较差,不适用于该系统肿瘤组织的法医学鉴定;显微切割技术可准确分离间质细胞,能够代表肿瘤来源个体的正常DNA分型,是解决此类案件法医学鉴定的一种有效方法。     

肿瘤组织9个STR基因座及Amelogenin基因座突变

目的 探讨CODIS系统中的9个STR基因座及Amel基因座在肿瘤组织中的变异。方法 收集20个个体的肿瘤组织及其血样,Chelex100法提取DNA,用Profiler plus系统复合扩增,310型遗传分析仪检测。结果 检验的10个基因座均有基因发生突变;20个个体肿瘤组织有6个个体的基因发生突变,变异率超过30％;同一个体的肿瘤组织发生基因突变的基因座最多为6个。结论 慎用肿瘤组织作为医疗纠纷、失踪人员的检材及对照样本。     

STR基因座中检出三带型等位基因7例

目前，国内外亲子鉴定主要采用短串联重复序列（STR）分型方法。常用STR分型试剂盒中的STR基因座多为四核苷酸或五核苷酸STR。正常人常染色体单个STR基因座的等位基因分型表现为纯合子或杂合子，纯合子个体图谱表现为只有1条带或者1个峰，杂合子个体图谱表现为2条带或者2个峰，由于人是二倍体，正常情况下不会出现3条带或3个峰。在极个别情况下，单个STR分型图谱会出现3条带或3个峰，此种情况通常被认为是三带型。本文在2000个（共5000名个体）亲子鉴定或个体识别案例中，共计检出7例三带型等位基因，现报道如下。     

Identifiler^TM系统在亲子鉴定中的突变观察和分析

目的观察和分析IdentifilerTM系统15个短串联重复序列(STR)位点在亲子鉴定中的突变现象。方法用IdentifilerTM试剂盒检测2712例亲子鉴定案例。结果在2362例认定亲子关系的案例中,观察到51例中有1个STR位点发生突变。突变的位点包括D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、D18S51、D5S818和FGA。其中以D21S11位点突变率最高(0.369%);突变的等位基因来自父亲36次,来自母亲7次,无法确定9次。结论STR位点突变是较为常见的现象,采用IdentifilerTM系统进行亲子鉴定,遇到1～2个STR位点不符合遗传规律时,有必要增加突变率低、稳定性好的STR位点进行复核。     

STR基因座中检出三带型等位基因3例

<正>目前,国内外进行亲子鉴定主要采用短串联重复序列(STR)分型方法。常用STR分型试剂盒中的STR基因座多为四核苷酸或五核苷酸重复序列的基因座。正常情况下,常染色体上的单个STR基因座纯合子个体的分型图谱表现为只有1条带或1个峰,杂合子个体的分型图谱表现为2条带或2个     

EX16+10Y试剂盒检测新疆维吾尔族人群的效能

目的检验EX16+10Y试剂盒在新疆维吾尔族人群中的法医学检测效能。方法采集4 620个新疆地区维吾尔族男性个体血样,用EX16+10Y试剂盒进行扩增,用3130xl基因分析仪对扩增产物进行分型。结果获得4 620个新疆维吾尔族男性个体的15个常染色体STR基因座和10个Y染色体STR基因座的完整分型图谱。15个常染色体STR基因座分布均符合Hardy-Weinberg平衡,STR基因座的杂合度为0.637~0.838,多态信息含量为0.580~0.860,个体识别率为0.811~0.978。10个Y染色体STR基因座有766种单倍型。结论 EX16+10Y试剂盒检测结果准确可靠,可用于实际工作中同时完成个体识别和男性家系排查。     

福尔马林固定组织SNP与STR检测的比较

目的检测经长期福尔马林固定的组织降解情况,并比较组织中SNP与STR的检出率。方法本文对24例经福尔马林固定、-20℃保存5年的组织样本,采用Quantifiler?Trio DNA定量试剂盒检测样本DNA的降解系数及浓度,运用55-SNPs SNa Pshot复合分型体系和Power Plex?21试剂盒分别进行SNP与STR检测。结果大部分样本降解系数在1~8,发生不同程度的降解。与未降解样本相比,SNP分型完全一致,检出率为100%;其中8例样本STR分型存在33个等位基因丢失,降解系数均大于2.6,且75.8%的等位基因片段长度大于300bp。当样本检测出16个STR基因座时,似然率与54个SNP相当。当样本检出大于17个STR时,似然率大于54个SNP。STR基因座片段长度与等位基因检出率之间呈负相关。除2例样本降解系数较小却发生等位基因丢失外,其余样本降解系数与等位基因检出率之间呈负相关。结论经福尔马林长期固定的组织DNA易降解,检测SNP明显优于STR,但需要更多的SNP以提高个体识别能力。     

国内外“DNA数据库”遗传学标志的比较研究

目的通过英、美、中"DNA数据库"遗传学标志的比较,探寻我国大规模建库宜用的STR位点.方法用复合PCR扩增和四色荧光技术对我国汉族群体进行基因型检测,获得D2S1338、D19S433、CODIS等15个STR位点的多态性分布资料,并结合目前国内外法医学者报道的其它STR位点进行比较分析.结果Profiler Plus试剂盒中的STR位点和D16S539、D2S1 338、D19S433、Penta D、Penta E任中国人群中有重要应用价值.结论为便于建立DNA实验室技术标准和质控标准,提倡开发和使用适合我国人群的商品化STR检测试剂盒.     

不同分型方法的STR分型差异

目的调查不同的STR分型系统之间分型的一致性。方法 10 0例不同个体的DNA样本分别用单位点聚丙烯酰胺凝胶银染法和PowerPlex16System试剂盒对 13个法医学常用STR位点进行基因分型 ,并比较两种不同分型系统间的分型结果。结果 1例样本在D8S1179位点出现了分型不一致的结果 :银染法的基因型为 12 / 14 ,而用PowerPlex16System试剂盒的分型则为 12 / 15。结论不同的STR分型系统可导致不同的基因分型     

19例基因突变分析

目的对19例不符合遗传规律的基因突变现象进行分析，并探讨其对亲子鉴定的影响。方法对使用Profiler Plus＋Cofiler试剂盒鉴定的118例，使用Identifiler^TM试剂盒鉴定的552例亲子鉴定案例中出现的19例1～2个STR不符合遗传规律的家庭，使用DNATyper15^TM试剂盒进行复检。结果原鉴定19个案例中有1个STR基因座不符合遗传规律的17例，有2个STR基因座不符合遗传规律的2例；使用DNATyper15^TM试剂盒进行复检，结果其中3例D8S1179基因座被证实系等位基因丢失，其余16例复检结果仍不符合遗传规律，分析认为系等位基因突变所致。结论在有1～2个基因座不符合遗传规律时，要综合分析，并增加检测基因座的数量，避免基因座的错误分型和亲子关系的误判。     

Autosomal short tandem repeat analysis of ancient DNA by coupled use of mini- and conventional STR kits

Abstract: Multiplex autosomal short tandem repeat (STR) genotyping enables researchers to obtain genetic information from ancient human samples. In this study, we tested newly developed AmpF?STR^® MiniFiler? kit for autosomal STR analysis of ancient DNA (aDNA), using human femurs (n = 8) collected from medieval Korean tombs. After extracting aDNA from the bones, autosomal STR analyses were repeated for each sample using the AmpF?STR^® MiniFiler? and Identifiler? kits. Whereas only 21.87% of larger‐sized loci profiles could be obtained with the Identifiler? kit, 75% of the same loci profiles were determined by MiniFiler? kit analysis. This very successful amplification of large‐sized STR markers from highly degraded aDNA suggests that the MiniFiler? kit could be a useful complement to conventional STR kit analysis of ancient samples.     

二联体亲权鉴定风险分析

目的探讨二联体亲权鉴定时存在的风险。方法选取22组经Goldeneye~(TM) 20A试剂盒检测后只有一个或没有不符合基因座的无关个体对构建假想家系。对其增加检测STRtyper-10G和/或AGCU 21+1 STR系统直至所有组不符合基因座个数大于3个,累积父权指数(CPI)不大于0.000 1。以三种规则:(1)不符合基因座数大于3个;(2)CPI值小于0.000 1;(3)同时满足(1)和(2),作为排除依据,使用不同数量的基因座(19个、26个、39个和46个)进行检测,讨论无关个体对的排除情况是否存在差异。结果 22组无关个体对,使用19个基因座和39个基因座以上的检测系统达到排除结果的分别为0组和22组。结论二联体亲子鉴定,使用19个基因座进行检测仍存在结果错判,39个基因座以上的检测系统能更有效的避免二联体的鉴定风险。     

两种DNA提取法对不同色泽肋软骨STR分型成功率的比较

目的比较两种DNA提取法对不同色泽肋软骨的DNASTR分型结果的影响。方法利用Chelex-100法和酚-氯仿法,分别对30例不同色泽的腐败尸体肋软骨进行DNA提取,STR复合扩增,ABI3100型基因分析仪对扩增产物进行检测。结果用酚-氯仿法提取的30例腐败尸体肋软骨,均检测到全部STR基因座的等位基因型。用Chelex-100法提取的肋软骨中,22例(11例白色、8例淡黄色、3例黄色)检测出全部STR基因座的等位基因型;7例(3例黄色、4例黄褐色)检测出部分STR基因座的等位基因型;1例黑灰色的腐败尸体肋软骨,未检测出STR基因座的等位基因型。结论根据肋软骨的色泽,选择适宜的DNA提取方法。对于颜色较深的肋软骨,用酚-氯仿法进行DNA提取有助于提高其STR基因座的检出率。     

MiniFiler及Yfiler试剂盒无创产前亲子鉴定的可能性探究

目的采用Mini Filer~(TM)及YFiler~(TM)试剂盒对孕妇血浆进行STR分型,评估上述试剂盒进行无创产前亲子鉴定的可行性。方法采用Mini Filer~(TM)及YFiler~(TM)试剂盒,对2例成人男性的全血及血浆进行STR分型,评估血浆检材的分型准确率及适用性;对8组已知亲子关系的孕妇家系(4组非父,4组亲父,均为男胎样本)采用Mini Filer~(TM)及YFiler~(TM)试剂盒进行STR分型,对STR分型图谱直接观察,总结归纳孕妇血浆STR图谱的特征,探讨进行无创产前亲子鉴定的可行性。结果血浆检材的STR分型结果与全血STR分型结果 100%一致,且等位基因峰高接近,表明血浆是一类可以进行STR分型的检材;观察8组孕妇血浆检材的STR分型图谱,可获得2~5个可用(含胎儿STR信息)Mini-STR位点,1~8个可用Y-STR位点,且在位点充足的情况下(6个),肯定父权家系可计算累计父权指数达192 653,否定父权家系中有3~7个位点支持否定父权。结论采用Mini Filer~(TM)及Yfiler~(TM)试剂盒对孕妇血浆进行STR分型,存在进行无创产前亲子鉴定的可能性。     

Analysis of STR polymorphisms in the northeast Chinese population

The distribution of allele frequencies for 12 short tandem repeats (STR) loci were determined in 300 unrelated healthy Chinese individuals living in northeast of China, using AmpFlSTR Profiler Plus kit and AmpFlSTR Green I kit (PE, Applied Biosystems). In these samples, 123 alleles and 399 genotypes were observed for 12 STR loci. The distribution of these observed genotypes were not significantly different from the expected distribution according to Hardy-Weinberg equilibrium.     

SiFa~(TM) 23 Plex试剂盒(提取测试版)在汉族人群中的法医学调查

目的评估SiFa~(TM) 23 Plex试剂盒(提取测试版)的性能及其所包含的STR基因座在汉族人群中的群体遗传学信息。方法应用试剂盒对1 000名汉族健康无关个体进行分型检测,检测试剂盒有效性并统计分析STR基因座的频率数据及群体遗传学参数信息。结果该试剂盒最小扩增体系可以为6.25μL,标准体系25μL中DNA含量低至125 pg可获取理想分型图谱。试剂盒中包含的21个常染色体STR基因座在1000人份中共检测到267个等位基因,均符合Hardy-Weinberg平衡。新增加的两个STR基因座D1S1656和D10S1248分别检测到15和11个等位基因,多态信息含量丰富。结论 SiFa~(TM) 23 Plex试剂盒(提取测试版)对于血液样本检测性能优越,准确性、重复性、灵敏度均可满足法医学检案需求,可以应用于法医学实际检案及DNA建库工作。     

联合应用多个DNA位点进行尸源鉴定

目的　研究联合应用多个DNA位点在尸源鉴定方面的应用价值。方法　应用聚合酶链反应(PCR)、聚丙烯酰胺凝胶电泳分离及银染显带的方法通过对无名尸体的有关检材与可疑双亲或子女进行亲权鉴定。结果　在 80例刑事案件尸源鉴定中 ,38例无名尸体采用较新鲜肌肉 ,通过扩增VNTR、STR多个位点得以判明尸源 ;2 9例采用腐败肌肉、 6例采用骨骼和 2例采用牙齿 ,通过扩增多个STR位点判明了尸源。仅有 1例采用腐败肌肉、 2例采用骨骼未能确定尸源。结论　运用多个位点进行亲权方法可以准确地判明尸源鉴定 ,特别对高度腐败尸体、尸块不全等情况下的尸源鉴定具有很高的实用价值     

联合应用常染色体STR和X-STR标记鉴定单亲疑难案例

目的通过对常染色体和X染色体遗传标记的检测,探讨单亲疑难案例的鉴定策略。方法提取3个单亲鉴定案例的6份血样,采用Goldeneye 20A试剂盒和AGCU21＋1试剂盒检测常染色体上39个STR基因座,采用自主研制的16重X-STR扩增系统检测X染色体上16个STR基因座。结果用Goldeneye 20A试剂盒检测后发现每个单亲案例均有一个基因座不符合遗传规律,当常染色体STR基因座增加到39个时,案例1累计出现3个矛盾基因座;案例2和案例3均没有出现新的矛盾基因座。X染色体STR分型结果显示案例1有8个矛盾基因座,案例2和案例3无矛盾基因座,与常染色体分型结论相符。结论对于出现单基因座不符合遗传规律的母女、母子、父女单亲案例鉴定,不仅可以增加新的常染色体STR检测,也可以增加X染色体STR的检测,这样在相互验证的同时也能获得更加可靠的鉴定意见。