基于网络药理学和分子对接技术探究脑络欣通治疗缺血性脑卒中的机制

目的 采用网络药理学方法探究益气活血方脑络欣通治疗缺血性脑卒中（ischemic stroke,IS）的作用机制,并通过分子对接技术进行初步验证。方法 通过TCMSP、ETCM、化学专业数据库及文献筛选脑络欣通活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、GeneCards以及Drugbank数据库挖掘IS相关靶点;将交集靶点导入STRING平台和Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络并通过拓扑分析获得核心靶点,同时构建“中药—活性成分—核心靶点—疾病”可视化网络图;运用R软件进行GO功能及KEGG通路富集分析。最后借助Auto Dock Tools软件以及PyMOL软件进行分子对接和可视化。结果 脑络欣通的潜在活性成分78个,治疗IS的潜在作用靶点200个,核心靶点包括STAT3、JUN、MAPK1、TP53等;作用较突出的活性成分包括槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、木犀草素等。进一步的生物功能分析获得150条信号通路,包括PI3K-AKT信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路等关键通路。分子对接结果表明关键活性成分与核心靶点之间存在分子结合位点,并有较强的结合活性。结论 益气活血方脑络欣通可能是通过多成分、多靶点协同作用于氧化应激、炎症反应、细胞凋亡、自噬等生理病理环节,从而发挥治疗IS的作用。     

基于网络药理学和分子对接验证技术探讨贯叶金丝桃抗阿尔茨海默病的作用机制

目的 利用网络药理学及分子对接技术研究贯叶金丝桃治疗阿尔茨海默病（Alzheimers disease,AD）的潜在作用机制。方法 在TCMSP及TCM Database@Taiwan数据库查找贯叶金丝桃的化学成分并进行活性成分筛选;利用化源网、PubChem、SwissTargetPrediction及ChEMBL数据库获取活性成分的作用靶点,检索GeneCards、OMIM、DrugBank和DisGeNET数据库,结合文献检索获取AD的疾病靶点。取两者交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。采用Metascape平台对靶点进行GO富集分析和KEGG富集分析,通过Cytoscape 3.10.0软件构建“化合物-靶点-通路”网络并进行拓扑学分析,并采用AutoDock Vina 1.1.2进行分子对接验证。结果 贯叶金丝桃防治痴呆的关键化合物是贯叶金丝桃素金、丝桃素及金丝桃苷等,其对应的关键靶点为APP、PIK3R1、PIK3CA、AKT1、EGFR、GSK3B等,分子对接验证结果显示其主要活性成分与核心靶点均具备潜在活性。所涉及的主要分子过程及通路为激酶活性的正调控、神经活性配体-受体相互作用及激酶活性调节等,关键通路为AD通路和PI3K-Akt信号通路。结论 贯叶金丝桃治疗AD的机制可能与减少β-淀粉样蛋白的产生及tau蛋白形成,调节神经炎症相关。     

基于网络药理学和分子对接技术探究小柴胡汤治疗三阴性乳腺癌的作用机制

目的 通过生物信息学分析和整合药物代谢动力学数据进行多重药物靶点预测,探究小柴胡汤治疗三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer, TNBC)的作用机制。方法 基于药理学数据库获取小柴胡汤的活性成分与对应靶点;采用加权基因共表达网络分析方法识别乳腺癌高通量测序数据中肿瘤发生发展的关键基因;采用GO功能与KEGG通路富集分析进行生物功能与通路注释;通过Cytoscape软件进行核心基因鉴定;利用分子对接方法模拟关键生物标志物与小柴胡汤核心活性成分的对接模式。结果 在对小柴胡汤进行数据挖掘后获得242个有效成分和265个对应靶点,通过加权分析方法得到乳腺癌密切相关的563个疾病关键靶点,小柴胡汤与TNBC共有13个交集靶点。小柴胡汤成分靶点网络构建得到槲皮素、山柰酚、异鼠李亭素、木犀草素、豆甾醇、β-豆甾醇、牵牛花色素等主要成分。PPI网络构建后通过筛选得到3个核心靶点(CCNA2、CCNB1、CHEK1)与2个关键化学成分(槲皮素、山柰酚)。GO富集获得15个生物过程、45个细胞组分、16个分子功能,其中主要与细胞器裂变和细胞核分裂等细胞增殖过程,浓缩染色体...     

灵芝酸治疗阿尔茨海默病作用机制的网络药理学研究

目的 利用网络药理学技术确定灵芝酸治疗阿尔茨海默病（Alzheimer''s disease，AD）的相关靶点，探讨灵芝酸治疗AD的潜在机制。方法 采用Swiss Target Prediction药物靶点预测平台预测灵芝酸的靶点，并借助Disgenet数据库、Drugbank数据库和Genecards数据库检索AD的相关靶点；将化合物靶点与疾病靶点作交集得到灵芝酸作用于AD的潜在靶点。进一步使用STRING平台构建蛋白质相互作用（protein-protein interactions，PPI）网络，并通过网络拓扑分析筛选核心靶点；Bioconducter生物信息软件包对交集靶点进行GO与KEGG功能富集分析，筛选出灵芝酸与AD关联程度较高的信号通路。最后通过细胞实验，验证其中富集程度最高的靶点，进一步明确灵芝酸作用于AD的核心靶点。结果 从数据库中共获得灵芝酸与AD靶点1 211个，其中共同靶点56个。PPI网络拓扑分析发现，AKT1、ALB、MAPK3、CASP3、TNF等是灵芝酸治疗AD的关键靶点。KEGG通路富集分析结果显示，灵芝酸治疗AD的通路涉及AD、神经变性途径、人巨噬细胞感染途径、卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染途径等。细胞实验验证发现，灵芝酸A的最佳给药浓度为50 μmol/L，可以通过抑制p-PI3K和p-AKT的表达，保护受Aβ25-35毒性损伤的PC12细胞。结论 灵芝酸可能通过关键蛋白和重要通路达到靶向治疗AD的作用。     

基于网络药理学及分子对接探究银翘散“异病同治”小儿急性上呼吸道感染及小儿病毒性心肌炎作用机制

目的 采用网络药理学与分子对接方法探究银翘散“异病同治”小儿急性上呼吸道感染(acute upper respiratory infection in children, AURIC)及小儿病毒性心肌炎(viral myocarditis in children, VMC)的共同分子机制。方法 利用TCMSP数据库及CNKI数据库筛选银翘散的活性成分及靶点;通过GeneCards数据库和OMIM数据库分别筛选AURIC和VMC的相关靶点,获取银翘散与AURIC、VMC三者的交集靶点;利用Cytoscape 3.9.1软件构建“银翘散—成分—靶点”网络,分析重点活性成分;使用STRING数据库通过构建交集靶点的PPI网络以分析核心靶点;使用DAVID数据库对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析;利用Autodock Tools软件对核心靶点及主要成分进行分子对接。结果 筛选出银翘散129个活性成分,264个作用靶点;银翘散与AURIC、VMC共119个交集靶点;银翘散—成分—靶点网络的构建得出槲皮素、山柰酚、木犀草素、柚皮素、豆甾醇为排名前5的主要成分;PPI网络构建后得出STAT...     

基于网络药理学研究止嗽散治疗咳嗽变异性哮喘的分子机制

目的 通过整合药物代谢动力学数据进行多重药物靶点预测,探究止嗽散治疗咳嗽变异性哮喘(cough variant asthma,CVA)的作用机制.方法 先利用大规模数据挖掘、文献检索搜集止嗽散方中所有中药的化学成分,再利用药物代谢动力学数据筛选其活性成分并用Swiss Target Prediction、SysDT和TargetNet方法进行靶点预测,并借助GeneCards和OMIM数据库获得CVA的致病基因,并与药物靶点取交集以构建蛋白相互作用网络,对获得的核心靶点进行生物学功能富集分析,最后选取若干核心靶点及其关键的成分进行分子对接验证.结果 共筛出止嗽散治疗CVA的活性成分97个(包括白前苷元C、7,4'-二羟基黄酮、甘草酸、新对叶百部碱和β-谷甾醇)及靶点144个.通过分析蛋白相互作用网络得到MAPK3、TNF、CASP3、EGFR、PTGS2和MMP-9等10个核心靶点.KEGG富集分析得到30条与CVA相关的通路.分子对接验证核心靶点中EGFR、PTGS2和MMP-9与其关键化合物有较好结合力.结论 止嗽散治疗CVA涉及多条信号通路,其分子机制可能是通过止嗽散中主要活性成分对PI3K-Akt、NF-κB和HIF-1等通路的调控,最终达到治疗CVA的效果.     

丹蛭降糖胶囊改善2型糖尿病大鼠胰岛素抵抗的机制研究

目的：观察具有益气养阴活血功效的中药复方丹蛭降糖胶囊对2型糖尿病模型大鼠胰岛素抵抗的改善作用，并探讨机制。方法：Wistar雄性大鼠50只，随机分为对照组、模型组、丹蛭降糖治疗组、马来酸罗格列酮组，测定各组大鼠的空腹血糖(FBS)和治疗后各组大鼠的血清胰岛素(Ins)水平、胰岛素敏感指数(ISI)、肿瘤坏死因子(TNFα)。结果：丹蛭降糖胶囊能降低模型空腹血糖、血清Ins和TNFα水平，增加ISI。结论：丹蛭降糖胶囊对2型糖尿病大鼠胰岛素抵抗具有一定的改善作用。     

丹蛭降糖胶囊治疗2型糖尿病实验研究进展

丹蛭降糖胶囊治疗2型糖尿病及其并发症方面疗效确切。实验研究表明，丹蛭降糖胶囊主要通过调节血糖、调节血脂代谢、改善胰岛功能、改善胰岛素抵抗、抑制炎症反应、降低氧化应激及治疗糖尿病并发症，从而发挥其疗效。     

基于网络药理学研究“杜仲-续断”药对治疗膝关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨杜仲-续断药对治疗膝关节炎的药效物质基础与潜在的分子作用机制。方法 通过TCMSP数据库挖掘杜仲、续断的主要化学成分,结合SwissTargetPrediction平台筛选出药物活性成分并通过Uniprot数据库进行靶点预测;通过GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库检索膝关节炎主要作用靶点,利用String平台进行蛋白质交互作用（protein-protein interaction,PPI）分析,制作PPI网络图;再根据David数据库进行基因本体论（gene ontology,GO）分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG）通路富集分析,并通过Cytoscape3.8.0软件构建“靶点-通路”网络图。结果 杜仲-续断配对调治膝关节炎的核心活性成分为β-谷甾醇、槲皮素等,重要靶点有丝裂原活化蛋白激酶1（mitogen-activated protein kinase,MAPK）抗体、肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor,TNF）等。杜仲-续断配对治疗膝关节炎的生物学通路主要作用于TNF信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K/Akt）信号通路、MAPK信号通路等。结论 杜仲-续断配对治疗膝关节炎具有多成分、多靶点、多通路的作用特点。     

丹蛭降糖胶囊对2型糖尿病合并肥胖患者胰岛素抵抗及脂毒性改善作用

目的 观察具有益气活血功效中药复方制剂丹蛭降糖胶囊对2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)合并肥胖患者胰岛素抵抗、脂毒性相关指标的改善效果.方法 选取T2DM合并肥胖患者80例,随机分为对照组及治疗组各40例,均给予降低血糖、调节血脂的基础治疗,治疗组在常规治疗上加用中药复方制剂丹蛭降...     

丹蛭降糖胶囊对2型糖尿病合并大血管病变患者糖脂代谢及生活质量的影响

目的 观察丹蛭降糖胶囊对2型糖尿病合并大血管病变患者糖脂代谢及生活质量的影响。方法 选取2型糖尿病合并大血管病变患者50例,随机分为对照组和治疗组各25例,对照组给予西药常规治疗,治疗组加服丹蛭降糖胶囊,治疗4周,检测并对比干预前后两组患者血清空腹血糖(fasting blood glucose,FPG)、餐后2小时血糖(2-hour postprandial blood glucose,2hPG)、稳态评估模型胰岛素抵抗指数(homeostasis model assessment of insulin resistance,HOMA-IR)、三酰甘油(triacylglycerol,TG)、总胆固醇(total cholesterol,TC)、高密度脂蛋白胆固醇(high density lipoprotein cholesterol,HDL)、低密度脂蛋白胆固醇(low density lipoprotein cholesterol,LDL)水平的变化情况;采用生存质量特异性量表(diabetes specific quality of life,DSQL)评价生存质量,根据临床症状和血糖改善情况综合判断疗效。结果 与治疗前比较,两组患者治疗后血清FPG、2hPG、TG、LDL水平均显著降低（P＜0.05）,HDL水平显著升高（P＜0.05),且治疗组治疗后血清TC水平显著降低（P＜0.05）,对照组患者治疗后血清TC水平变化无统计学意义（P＞0.05）;与对照组比较,治疗组患者血清2hPG、TC水平下降更显著(P＜0.05),HDL水平升高更显著（P＜0.05);与对照组比较,治疗组患者生理功能评分降低程度显著大于对照组（P＜0.05）;治疗组临床疗效优于对照组（P＜0.05）。结论 丹蛭降糖胶囊能显著降低2型糖尿病合并大血管病患者血清血糖血脂水平,有效拮抗患者胰岛素抵抗和血液脂毒性,提高患者生活质量和临床疗效。     

丹参治疗股骨头坏死的分子机制研究

目的 从分子机制角度入手,利用网络药理学方法探讨丹参治疗股骨头坏死的机制。方法 筛选、预测丹参潜在的活性成分与靶点,工具为中药系统药理学数据库和分析平台。利用DrugBank、PharmGKB、HPO、GAD、OMIM、DisGeNET、TTD等数据库检索股骨头坏死相关作用靶点;结合生物信息学手段,明确丹参防治股骨头坏死的特异性靶点;采用ClueGo进行信号通路富集分析,以进一步分析其可能的分子机制。结果 从中药系统药理学数据库和分析平台中检测出的与丹参相关的202个成分中,按照药物口服生物利用度和类药性参数得到65个入血活性成分,利用相关靶点预测技术预测可能的靶点103个;运用上述数据库检测,发现74个已知靶点与股骨头坏死相关。利用Cytoscape软件构建活性成分及疾病的蛋白质-蛋白质相互作用关系网络图,合并网络图并行拓扑分析筛选出关键基因130个;采用ClueGO信号通路富集分析显示,丹参作用于股骨头坏死的关键节点主要涉及75条信号通路,例如促进成骨细胞的骨形成与抑制破骨细胞的骨吸收信号通路。结论 丹参治疗股骨头坏死具有多成分、多靶点的特点;其主要通路不仅是影响成骨细胞与破骨细胞的细胞生理过程,而且通过调节免疫和炎性反应等干扰和影响骨微环境,以控制疾病发展,与目前治疗股骨头坏死的作用机制相符合。     

复发性流产肾虚证小鼠子宫蜕膜组织miRNA表达谱检测及生物信息学分析

目的 探讨微小RNA（microRNA，miRNA）在复发性流产（repeated spontaneous abortion，RSA）肾虚证小鼠子宫蜕膜组织中的表达特征。方法 运用基因芯片技术对所采集的正常对照组和RSA小鼠蜕膜组织进行miRNA检测，运用Genespring软件对miRNA进行筛选及功能分析。应用生物信息学方法分析差异表达的miRNA及其靶向基因在RSA发生、发展中的作用。结果 芯片检测结果显示正常对照组和RSA肾虚证组筛选出差异表达的miRNA共有63条（22条上调、41条下调），实时荧光定量PCR验证的miRNA的表达情况与miRNA芯片结果一致。京都基因与基因组百科全书通路富集分析及基因本体分析显示，其差异表达的miRNA涉及到PI3K-Akt信号通路、细胞吞噬通路、癌症通路、黏着斑通路、肌动蛋白细胞骨架调控通路、轴突导向信号、MAPK信号通路、PAP-1信号通路等。结论 RSA肾虚证小鼠子宫蜕膜组织中存在差异表达的micro RNA，可能涉及RSA肾虚证的发生、发展。     

艾草可燃性特征的转录组学研究

目的 探讨艾草可燃性特征的转录组学基础。方法 采摘新鲜艾草后分别提取叶、根、茎组织的总RNA并建立3个组织的cDNA文库，进行高通量测序。对测序后的原始读段进行过滤得到高质量读段，使用Trinity软件对高质量读段进行de novo组装得到功能基因，再对功能基因进行京都基因和基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）注释和表达量的计算。结果 艾草高通量测序获得99 807个功能基因，与KEGG数据库比对后得到萜类和纤维素合成的代谢通路，发现参与萜类物质合成的相关基因有116个，编码16种关键酶；参与纤维素合成相关基因有119个，编码5种关键酶。在萜类物质合成的关键酶基因中，叶、根、茎组织中都仅存在1个MVD基因和2个CMS基因，并且这3种关键酶基因均在叶中的表达水平最高。结论 艾草中存在许多参与萜类和纤维素合成的关键酶基因，但其最关键的限速酶在艾叶中的表达量比根、茎高，这可能是艾叶作为灸材的关键因素之一。     

芪贞降糖颗粒对糖尿病肾病大鼠TGF-β1/Smad信号通路的调控作用

目的观察芪贞降糖颗粒对糖尿病肾病大鼠TGF-β1/Smad信号通路的调控作用,探讨其改善糖尿病肾病的作用机制。方法采用高脂饲料喂养联合链尿佐菌素腹腔注射方法复制2型糖尿病肾病大鼠模型,选取模型复制成功的大鼠,随机分为模型组,二甲双胍组,芪贞降糖颗粒低、中、高剂量组,每组10只,另取10只正常大鼠作为正常对照组。灌胃给药8周,检测各组大鼠尿α1微球蛋白、β2微球蛋白和白蛋白含量。苏木素-伊红染色观察大鼠肾组织的损伤程度,免疫荧光染色观察大鼠肾组织转化生长因子β1(transforming growth factor beta 1,TGF-β1)和转化生长因子βⅠ型受体(transforming growth factor beta typeⅠreceptor,TGF-βRⅠ)的表达分布。RT-PCR检测肾组织TGF-β1、TGF-βRⅠ、Smad3和Smad7mRNA的表达水平,Western blot检测肾组织TGF-β1、TGF-βRⅠ、Smad3、p-Smad3、Smad7和p-Smad7的蛋白表达水平。结果与正常对照组相比,模型组大鼠尿α1微球蛋白、β2微球蛋白及白蛋白含量均明显增加(P<0.05),肾组织损伤明显,TGF-β1和TGFβ-RⅠ表达增加;TGF-β1、TGF-βRⅠ、Smad3mRNA表达水平显著增高(P<0.05),Smad7mRNA表达水平显著降低(P<0.05),TGF-β1、TGF-βRⅠ、Smad3和p-Smad3蛋白表达水平显著增加(P<0.05),Smad7和p-Smad7蛋白表达水平显著降低(P<0.05)。与模型组相比,芪贞降糖颗粒组上述指标均具有不同程度的逆转,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论芪贞降糖颗粒能够改善糖尿病大鼠肾组织的损伤程度,其机制可能与调控TGF-β1/Smad信号通路的蛋白表达有关。     

芪白平肺胶囊通过抑制PI3K/Akt通路促进低氧大鼠肺动脉平滑肌细胞凋亡

目的 从细胞水平探讨芪白平肺胶囊通过磷脂酰肌醇3激酶(phosphatidylinositol 3-ki-nasePI3K/蛋白激酶B(protein kinas B,Akt)通路对低氧诱导的大鼠肺动脉平滑肌细胞(pulmona-ry arterial smooth muscle cells,PASMCs)凋亡的影响....     

芪贞降糖颗粒治疗糖尿病自主神经病变30例

目的 观察芪贞降糖颗粒治疗糖尿病自主神经病变（diabetic autonomic neuropathy DAN）的临床疗效。方法 将60例DAN患者随机分为对照组（30例）和治疗组（30例）。在糖尿病基础治疗的基础上，对照组口服甲钴胺，治疗组加用芪贞降糖颗粒口服。连续治疗3个月后，观察并比较两组DAN疗效、单个中医症状疗效及足汗腺神经受损风险的改善情况。结果 治疗组的DAN疗效显著优于对照组（P＜0.05），总有效率显著高于对照组（P＜0.05）；治疗组在改善倦怠乏力、口干咽燥、口渴喜饮、气短懒言、自汗盗汗方面显著优于对照组（P<0.05）；治疗组在降低足汗腺神经受损风险方面显著优于对照组（P<0.01）。结论 芪贞降糖颗粒可以明显改善DAN患者泌汗运动神经功能和DAN相关症状。