高度腐败组织不同DNA提取方法的比较

在法医实践中,一般采用Chelex-100法提取DNA可得到理想的STR分型,但对一些高度腐败组织,由于细胞自溶速度快,DNA降解严重,单纯依靠此法往往得不到理想的分型结果。为提高腐败检材检验成功率,本文运用Chelex-100联合DNA—IQ磁珠法和有机法联合QIAquick PCR纯化试剂盒法对高度腐败组织进行DNA提取,并比较其DNA提取的检测成功率。     

二次消化结合磁珠法提取腐败组织DNA

目的 研究二次消化结合磁珠法对3种腐败组织DNA的提取效果.方法 采用二次消化结合磁珠法对用常规磁珠法提取DNA失败的91例高度腐败尸体的软骨、指(趾)甲、关节囊组织提取DNA,QuantifilerTM试剂盒进行DNA定量,用SinofilerTM或MinifilerTM试剂盒进行STR检测分型. 结果 91例高度腐...     

人体组织在非缓冲福尔马林固定剂中的STR检测时限

目的评估经非缓冲福尔马林固定不同时间后的人体组织STR分型有效性,了解各种人体组织在非缓冲福尔马林固定剂中可获得完全STR分型位点的时限。方法市售40%福尔马林溶液经1∶9稀释后在室温(15～20℃)下固定人体组织,不同时间后取样。以QIAamp DNA法和IQTMDNA System法提取DNA,用quantifiler humanTaqman探针法进行DNA定量,用常规16 STR位点的AmpFSTR identifiler kit和短小片段9 STR位点的AmpFSTR Min-iFiler kit进行PCR扩增,在3100遗传分析仪进行扩增DNA片段长度检测,用GeneMapper ID v3.2对STR位点检出率进行分析。结果福尔马林固定时间、组织类型以及DNA提取方法、PCR的DNA模板终浓度均影响非缓冲福尔马林固定后人体组织STR分型效能。DNA提取用QIAgen法为优,DNA模板终浓度的最佳范围在1～3ng/μL。各类型组织在非缓冲福尔马林固定剂中的降解速率有差异,肺组织的降解速率最慢,肝、肠组织最快。固定时间在4d内的组织可以获得常规STR的完整位点数;固定时间在15d内的组织可以获得miniSTR的完整位点数。结论非缓冲福尔马林固定人体组织时间是影响STR分型的最主要因素,其次组织类型、提取方法、DNA模板浓度及STR基因座的选择也是此类降解样品成功检测的关键因素。     

运用酚-氯仿法结合磁珠法提取蝇蛆体内人类DNA

目的建立运用酚-氯仿法结合磁珠法从蝇蛆嗉囊内提取人类DNA的方法,从而提高STR分型检验的灵敏度。方法采用酚-氯仿法对蝇蛆嗉囊内容物中的人类DNA进行提取,提取产物经磁珠法纯化浓缩后用QuantifilerTM人类DNA定量试剂盒在7500型实时荧光定量PCR仪上进行PCR定量,再用AmpF■STR IndentifilerTM试剂盒在3130XL-Avant遗传分析仪上对这些DNA样本进行STR分型。结果本研究建立的方法可增加模板DNA浓度约为单独使用酚-氯仿法的2倍。用此方法提取到的DNA浓度[（0.218±0.041）ng/μL]可获得全部16个STR分型结果。结论酚-氯仿法结合磁珠法可以有效地提高提取到的人类DNA样本STR分型检验的灵敏度,对于从事法医昆虫学方面研究的工作者有较好的实用价值。     

人体接触检材前处理方式对磁珠法提取DNA效果的影响

目的比较3种常见的接触检材前处理方式对磁珠法提取DNA效果的影响。方法收集烟蒂、牙刷、纱线手套各10份;分别采用95℃、70℃直接裂解和TNE、SDS、PK预消化方式进行前处理,再用磁珠法提取纯化DNA,并进行DNA定量,统计提取的接触DNA量和IPC CT值;同时用Sinofiler复合扩增系统进行STR分型检测。结果 3种方法前处理后用磁珠提取的DNA纯度均较高I,PC CT值在26.63～27.19之间。用预消化法获得的DNA量高于裂解法,而95℃裂解与70℃裂解方法提取的DNA量无显著性差异。STR扩增检测结果亦表明,采用预消化法处理的样品STR分型成功率高于裂解法9,5℃与70℃裂解方法处理的样品STR分型成功率无显著性差异。结论人体接触检材采用预消化磁珠法提取DNA,有助于提高STR检验成功率。     

HE染色切片组织的STR检测及法医学应用

目的建立并优化HE染色切片组织STR分型方法,评估HE染色切片组织的STR分型有效性。方法用QIAgen法提取2例尸检人体的心、肝、肺、肠等8种组织的HE染色切片DNA,用TaqMan荧光探针法通过荧光域值循环数(Ct值)测定获得各提取液中的DNA质量浓度,以阳性内对照(internal posi-tive control,IPC)监测PCR过程中的抑制水平。再用Identifiler试剂盒扩增,在3100-Avant上进行STR片段分析。结果在本研究建立优化的STR分型技术条件下,8种人体组织的HE染色切片DNA提取液质量浓度均可达到1ng/μL以上,其IPC的Ct值提示无PCR抑制剂。HE染色切片组织的STR分型有效性与石蜡包埋组织相当,其DNA随时间延续而缓慢降解。结论在一定保存时限内,HE染色切片的DNA质和量可以满足STR分型检测需要,但受残余甲醛固定剂的影响,HE染色切片的分型成功率随保存时间延长而降低。     

两种DNA提取法对不同色泽肋软骨STR分型成功率的比较

目的比较两种DNA提取法对不同色泽肋软骨的DNASTR分型结果的影响。方法利用Chelex-100法和酚-氯仿法,分别对30例不同色泽的腐败尸体肋软骨进行DNA提取,STR复合扩增,ABI3100型基因分析仪对扩增产物进行检测。结果用酚-氯仿法提取的30例腐败尸体肋软骨,均检测到全部STR基因座的等位基因型。用Chelex-100法提取的肋软骨中,22例(11例白色、8例淡黄色、3例黄色)检测出全部STR基因座的等位基因型;7例(3例黄色、4例黄褐色)检测出部分STR基因座的等位基因型;1例黑灰色的腐败尸体肋软骨,未检测出STR基因座的等位基因型。结论根据肋软骨的色泽,选择适宜的DNA提取方法。对于颜色较深的肋软骨,用酚-氯仿法进行DNA提取有助于提高其STR基因座的检出率。     

石蜡包埋人体组织DNA分型的研究

目的研究石蜡包埋人体组织的DNA提取方法对其STR分型的影响,并建立石蜡包埋组织的DNA提取方法。方法经不同预处理条件后采用Chelex-100法提取石蜡包埋人体组织中的DNA,用不同的反应体系进行STR复合扩增检验。结果经福尔马林固定、石蜡包埋的人体组织直接采用Celex-100法提取DNA与65℃水浴除蜡后采用Celex-100法提取DNA均可获得满意的DNA分型。结论该方法简便易行,实验效果好,适合检案。     

甲醛固定石蜡包埋组织STR分型检测

目的评估10%甲醛固定石蜡包埋组织STR分型结果的影响因素。方法采用QIAGEN法、IQ法、Chelex法对2具新鲜尸体在尸检时常规制备的心、脑、肝、脾、肾、肺、胃、肠石蜡包埋组织进行DNA提取,用AmpFlSTR Identifiler试剂盒进行PCR扩增,在3100-Avant上完成片段分析。另外对15个案例中室温保存1～5年的心、肝、肺、肠存档石蜡包埋组织共56份采用同样的方法进行STR分型。以STR基因座检出率评估分型有效性。结果各种组织DNA片段均随着保存时间延长而持续降解,其中心、肺组织STR基因座检出率与保存时间存在线性相关。相同保存时间时,各种组织基因座检出率差异有统计学意义。其中以肺组织在不同保存时间中基因座检出率最高。结论在甲醛固定时间一定的条件下,存放时间、组织类型、DNA提取方法和PCR模板质量浓度是影响石蜡包埋组织STR分型的重要因素。     

改良TRIzol法同步提取血液RNA和DNA

目的建立一种应用TRIzol试剂针对同一生物检材在提取总RNA的同时又能提取DNA的新方法。方法使用传统TRIzol法将含有总RNA的水相移除,调节中间层和有机相的pH值,乙醇沉淀DNA,运用DNA IQTMsystem试剂盒纯化DNA。检测DNA纯度和质量浓度,并以之为模板进行PCR-STR分型。与传统TRIzol法提取的基因组DNA进行比较。结果改良TRIzol法提取的基因组DNA较传统TRIzol法提取的基因组DNA纯度和质量浓度高,扩增后STR分型良好。结论改良TRIzol法可靠易行,能够实现同一样本同时提取RNA和DNA的目的,可以满足法庭科学个体识别和亲缘鉴定的要求。     

骨骼脱钙后DNA含量损失问题初探

骨骼是一类特殊的生物检材,是一种致密的结缔组织,相对于人体其他的组织脏器腐败降解得更慢。对高度腐败及白骨化的尸体,骨骼是进行DNA检验的唯一检材,但由于骨骼的特殊组织结构及环境因素的影响,使骨骼DNA的提取较困难。因此,为使骨组织中DNA易于释放,在提取中往往采用单独EDTA脱钙的步骤,以去除羟基磷灰石中的钙元素[1-2]。     

不同前处理方法提取牙齿DNA的比较

目的对三种不同前处理方法提取的牙齿DNA浓度进行比较,建立一种操作简便、经济适用、浓度较高的牙齿DNA提取的前处理方法。方法选择源自7具尸体的共21颗磨牙,每具尸体的3颗磨牙随机按牙屑法、球磨法、液氮研磨法进行前处理,并分别称取50 mg,采用Auto Mate Express~(TM)法医DNA提取系统提取DNA,对三种方法提取的DNA浓度和STR分型结果进行比较。结果牙屑法、球磨法和液氮研磨法提取的DNA质量浓度分别为0.055 6~1.989 1、0.036 6~1.175 6和0.037 8~1.249 0 ng/μL,牙屑法提取的DNA质量浓度较高(P0.05),且STR分型成功率高。结论牙屑法结合Auto Mate Express~(TM)法医DNA提取系统是提取牙齿DNA的一种切实可行的方法,可应用于法医学鉴定实践中。     

指甲DNA的STR分型研究

目的 研究尸体所处环境、指甲DNA提取部位及提取方法对STR分型的影响。方法 对案件中不同条件腐败尸体指甲,使用不同部位、不同体系和时间消化,酚-氯仿法提取指甲核DNA,进行PCR扩增及STR分型。结果 提取指甲甲体、甲根部位均可获得STR分型。结论 指甲是法医检案中一类具有实用价值的检材。     

泥土中二氧化硅对硅珠法提取现场生物物证DNA的影响

目的 研究泥土中二氧化硅对硅珠法提取现场生物物证DNA的影响。方法 泥浆悬液和稀释血混合,制成混有灰尘、泥土的生物样本以模拟现场生物物证,分别用加热裂解和胍盐化学裂解的方式进行细胞裂解,硅珠法提取DNA后用Identifiler Plus试剂盒进行PCR扩增及毛细管电泳检测,并对电泳结果进行比较;用泥浆悬液代替硅珠提取稀释血DNA,反向验证泥土中二氧化硅对硅珠法提取现场生物物证DNA的影响。结果 混有泥浆悬液的4μL、20μL稀释血加热裂解,提取扩增后得到完整STR分型,平均峰高1 969.7±376.9 RFU、9 706.7±349.8 RFU;混有泥浆悬液的4μL稀释血胍盐化学裂解,提取扩增后无法获得完整STR分型;混有泥浆悬液的20μL稀释血胍盐化学裂解,提取扩增后得到完整STR分型,平均峰高1 899.8±801.3 RFU;泥浆悬液代替硅珠提取20μL稀释血得到完整STR分型。结论 泥土中的二氧化硅在胍盐存在条件下会与DNA结合,导致硅珠法提取现场生物物证DNA的回收效率降低。     

一次性牙刷上脱落细胞的DNA提取及STR分型

目的研究一次性使用牙刷上脱落细胞的DNA提取和STR分型。方法对一次性使用牙刷的采集方法、采集部位、DNA提取方法、存放时间对STR分型的影响进行比对研究。结果割取法可获得较高浓度的DNA,30例中检出9个以上基因座达27例,与擦拭法存在统计学差异（P〈0.05）。Chelex-100法、DNA IQTM法检出9个以上基因座分别为26例、24例,STR分型结果无统计学意义（P〉0.05）。提取牙刷的前、后部三束刷毛检出9个以上基因座分别达27例、28例,STR分型结果无统计学意义（P〉0.05）;放置1天、1周、1个月、3个月、6个月的时间后检出9个以上基因座分别为28例、27例、22例、12例、7例。结论割取法提取一次性牙刷上的脱落细胞进行STR分型效果良好;放置时间越长的牙刷,检出率越低。     

应用磁珠法提取陈旧骨骼DNA

目的探讨采用磁珠法提取陈旧骨骼DNA的可行性。方法取经土埋或室外暴露下存放1~5年不等的10根长骨,经水洗、刮净,钻取骨密质骨粉3g,应用EQ1000磁珠试剂盒提取DNA,经复合扩增,ABI 3130XL基因分析仪电泳分离,进行STR分型检测。结果 10根长骨均获得完整的STR分型,电泳图谱基线干净,除个别大片段基因座外,等位基因荧光信号分布均衡性较好。结论采用磁珠法提取陈旧骨骼的DNA,能满足分型要求,可在实际检案中选用。     

MPure-12全自动核酸纯化仪与Chelex-100法的比较CSCD

目的通过对DNA含量不同的血痕和多种类型生物学检材进行DNA提取和STR分型检测,探讨MPure-12全自动核酸纯化仪(MPure-12法)在DNA提取中的法医学应用价值。方法收集血痕、精斑、唾液等9种类型的生物学检材,应用MPure-12法和传统Chelex-100法提取DNA,经过PCR扩增和电泳,获取STR分型图谱。结果 MPure-12法对发根、口香糖、烟蒂、肌肉组织、唾液斑、血痕、精斑这些检材能够成功分型,唾液出现了个别等位基因丢失现象,接触拭子分型较差。Chelex-100法对血量为20μL、15μL、10μL、5μL、1μL制成的血痕均有完整分型结果,MPure-12法在血量为1μL时出现等位基因丢失现象。结论 MPure-12法适用于一定浓度血样的检验,而对于微量血样,Chelex-100法提取DNA的效果可能更优。仪器应用于DNA提取具有操作简单、快速、提取效率高,分型成功率高,减少人为污染等优势。     

牙刷刷毛黏附口腔黏膜脱落细胞DNA的检验方法

目的 探索牙刷刷毛黏附口腔黏膜脱落细胞DNA提取有效方法.方法 采用牙刷刷毛拔出法和直接涮洗法收集口腔黏膜脱落细胞,分别用Chelex-100法和DNA IQ试剂盒提取DNA进行PCR扩增及STR分型.结果 牙刷刷毛拔下后收集口腔黏膜脱落细胞检测STR 9个以上基因座成功率明显高于直接涮洗法,差异具统计学意义(P<0.05).Chelex-100法和DNA IQ试剂盒提取法之间差异无统计学意义(P>0.05).结论 牙刷刷毛拔出法较直接涮洗法收集口腔黏膜脱落细胞更有效.     

尿液中DNA的提取与检验

尿液中DNA的STR分型检验有一定的应用价值:国外文献报道过应用于运动员兴奋剂控制^[1]中可疑尿检样品的个体识别,国内则偶有案发现场提取到尿液、尿冰、尿斑并成功进行个体识别的案例报道。与血液、精斑、唾液等检材相比,尿液STR分型的检出率较低,主要是与尿液中的成份有关。本文重点分析人类尿液成分,分类总结目前可用于提取尿液中DNA的多种方法,分析可能影响尿液STR分型检验结果的因素。     

DNA IQ磁珠法结合Maxwell~（TM） 16自动仪提取接触DNA

目的研究DNA IQ磁珠法结合MaxwellTM 16自动仪对接触DNA提取的应用价值。方法 151份案件接触DNA检材95℃裂解后,采用DNA IQ磁珠法结合MaxwellTM 16自动仪提取DNA,然后进行DNA定量和STR分型检测,统计各种类型的接触DNA含量I、PC CT值和STR分型成功率。结果 151份案件接触DNA检材中,除果核平均DNA获得量为9.51ng以外,其它接触检材的平均DNA获得量均大于10ng,烟蒂检验成功率最高为93%,果核检验成功率较低,为60%。所有DNA样品的IPC CT值均在27左右,纯度高。结论大部分接触DNA检材采用DNA IQ磁珠法结合MaxwellTM 16自动仪可提取到足以进行STR分型的DNA。