肺炎克雷伯菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为建立肺炎克雷伯菌TaqMan荧光定量PCR检测方法,根据肺炎克雷伯菌16SrRNA基因的保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品的检测,建立了肺炎克雷伯菌TaqMan荧光定量PCR。结果显示,该方法与猪肺炎支原体、猪鼻支原体、臭鼻克雷伯菌、鼻硬结克雷伯菌、多杀性巴氏杆菌、链球菌、葡萄球菌、大肠杆菌、沙门菌、肠球菌、乳杆菌、解淀粉芽胞杆菌、猪丹毒杆菌、奇异变形杆菌和化脓隐秘杆菌共15种细菌无交叉反应;标准品浓度在2.29×109~2.29×104 copies/μL范围内具有良好的线性关系,最低可检测到2.29×102 copies/μL的标准品阳性质粒;批内和批间变异系数均小于3%。临床样品的检测结果表明,该方法具有敏感性高、特异性好、稳定性强和检测快速的优点,可用于肺炎克雷伯菌感染的早期诊断、样品的快速检测以及肺炎克雷伯菌的定量分析。     

绵羊肺炎支原体TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

本研究旨在建立一种灵敏性高、特异性强的检测绵羊肺炎支原体的TaqMan实时荧光定量PCR方法。根据GenBank上已发表的绵羊肺炎支原体HSP70基因序列设计引物和探针,构建标准阳性质粒,建立实时荧光定量PCR方法。试验结果显示,该方法标准曲线的线性关系良好,标准曲线的相关系数R2=1.000,斜率S=-3.334,扩增效率E=99.5%;敏感性高,可以检测出的最低样品浓度为1×101copies/L,是普通PCR的100倍;特异性强,能有效区分巴氏杆菌等9种病原;重复性好,组内、组间的Ct值变异系数均小于2%。运用本试验建立的实时荧光定量PCR方法可简便、准确地鉴定绵羊肺炎支原体。     

通用型牛病毒性腹泻病毒RT-PCR检测方法的建立及初步应用

牛病毒性腹泻病毒(BVDV)是牛的主要病原之一,对全球养牛业造成了巨大的经济损失。本文根据GenBank中BVDV基因组中5′-UTR序列合成引物,建立了同时检测BVDV两个基因型的RT-PCR方法。结果显示,所建方法具有较强特异性和敏感性,可扩增出长约300 bp的特异性片段,最低检测限量为6.8×10~3copies/μL。用该方法对30份临床样品进行病原检测,结果显示,BVDV阳性样品4份,阳性率为13.33%。对阳性PCR产物测序及序列分析的结果表明,该牛病毒性腹泻病毒流行株属于BVDV-2型。3份阳性样品SD3、NM26、NM29与国内流行株新疆XJ-04亲源关系最近,相似度达96.9%。本研究建立的通用型牛病毒性腹泻病毒RT-PCR方法特异性强、灵敏度高,可用于临床上牛病毒性腹泻病毒的检测。     

鸡毒支原体鸡滑液囊支原体和副鸡禽杆菌三重PCR检测方法的建立

鸡毒支原体(MG)、鸡滑液囊支原体(MS)、副鸡禽杆菌(APG)三重PCR诊断对于鸡呼吸道疾病的鉴别诊断和防控有着重要意义。本次试验首先对三重PCR反应条件进行优化,之后对多种病原的DNA进行扩增以确定本方法的特异性,调整MG、MS和APG的DNA浓度以确定本方法的敏感性。结果显示,利用优化后的反应条件,本试验建立的诊断方法能够同时扩增出长度为453 bp(MG)、328 bp(MS)和241 bp(APG)的特异性片段,而大肠杆菌、鸡白痢沙门菌、禽多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌和阴性对照样品在检测时则无条带产生。对三种病原的混合DNA进行10倍梯度稀释,确定MG、MS和APG的最低检出量为5×10^-3ng/μL。对37份临床样品的检测结果表明,三重PCR的检出率和单重PCR的检测结果一致,且可同时检测出两种或三种病原同时感染。上述结果表明,本试验建立的MG、MS和APG三重PCR诊断方法具有良好的特异性、较高的灵敏性,可用于鸡呼吸道病的诊断和防控。     

禽呼肠孤病毒纳米PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、敏感的禽呼肠孤病毒(ARV)检测方法,针对ARV S3基因的保守区域设计1对特异性引物,建立了ARV纳米PCR检测方法。结果显示,该方法特异性好,仅从ARV核酸样品可检测到约332 bp的特异性目的条带,而对新城疫病毒、传染性支气管炎病毒、传染性囊病病毒、鸡毒支原体、马立克病病毒、传染性喉气管炎病毒、鸭瘟病毒、禽腺病毒Ⅳ型、减蛋综合征病毒、H9亚型禽流感病毒和鸡大肠杆菌等其他病原的检测结果均为阴性。敏感性试验结果显示,该纳米PCR方法能检测到的最低核酸质量浓度为56 pg/L,其灵敏度是普通PCR的10倍。ARV核酸被重复检测3次,结果均一致。应用建立的纳米PCR和病毒分离鉴定方法对临床送检的30份样品进行检测,两种方法的符合率为100%。以上结果表明,成功建立了ARV的纳米PCR检测方法,具有更高的敏感性和良好的特异性,可用于ARV感染的临床诊断及流行病学调查。     

绵羊肺炎支原体特异性分子检测靶标的筛选与应用

本文旨在筛选出特异性的绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae)分子检测靶标,利用全基因组BLASTn筛选出绵羊肺炎支原体特异性蛋白基因序列,再运用NCBI线上Primer BLAST程序,选择G/C含量较高的4个靶基因设计11对引物,通过引物筛选和反应条件的优化,成功筛选到一对针对靶标728序列的特异性引物728 2F/2R。用该引物对53株绵羊肺炎支原体菌株、15株其它支原体和18株常见反刍动物细菌的DNA进行扩增,并对27份临床样品进行检测。结果显示,7282F/2R只能从绵羊肺炎支原体菌株DNA扩增出288 bp目的片段,且具有良好的敏感性,与已发表方法相比特异性更好,更适合于绵羊肺炎支原体检测。     

牛结节性皮肤病病毒TaqMan-MGB荧光PCR检测方法的建立

为建立快速、特异鉴别检测牛结节性皮肤病病毒(LSDV)的方法,本研究参照GenBank中发表的LSDV全基因组序列,设计并合成一对特异性引物和探针,经优化条件,建立了可鉴别LSDV的TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法可特异性检测LSDV,而与山羊痘病毒、绵羊痘病毒、牛痘病毒和猪痘病毒均无交叉反应;标准曲线在各浓度范围内呈现良好的线性关系,该方法建立的标准曲线方程为y=-3.141x+32.10,线性相关系数为0.999,扩增效率达到108%,最低检出下限为1.48 copies/L;组内、组间重复性试验的变异系数均小于2%。采用此方法对52份模拟临床样品和112份临床样本的检测结果显示:32份模拟阳性样品检出LSDV核酸阳性,20份模拟阴性样品未检出LSDV;而用OIE推荐的普通PCR方法仅检出28份模拟阳性样品的LSDV核酸阳性,24份模拟样品的LSDV核酸阴性(其中20份为模拟阴性样品,4份为模拟阳性样品);两种方法均未从112份临床样品中检出LSDV核酸阳性。上述结果表明,荧光PCR的敏感性明显优于普通PCR,能够快速准确地检测LSDV,适用于临床样品的检测,为外来疫病防控提供了技术支撑。     

鹅细小病毒和鸭瘟病毒复合PCR检测方法的建立

根据GenBank中的鹅细小病毒(GPV)和鸭瘟病毒(DPV)基因序列,分别设计合成了针对GPVVP3和DPV UL6基因片段的2对引物,以GPV-GZ1株鹅胚尿囊液和DPV-SD株鸭胚尿囊液的核酸提取物混合液作为模板,经优化反应条件,成功建立了检测GPV和DPV 2种病毒的复合PCR方法.特异性试验结果显示,该方法对GPV-GZ2株与DPV-SC株病毒核酸的扩增均获得550 bp和376 bp的2条特异性目的片段,而对鹅副黏病毒、鸭肝炎病毒、鸭源沙门菌、鸭源巴氏杆菌和鸭疫里默氏杆菌的核酸扩增结果均为阴性;敏感性试验结果显示,该方法对GPV核酸的最小检出量为1.66 Pg,对DPV核酸为0.166 Pg;对人工感染雏鹅的肝组织进行PCR扩增,结果可检测到相应的特异性病毒核酸片段.表明,建立的复合PCR方法具有特异性强、敏感性高、快速简便等特点,可用于GPV或/和DPV临床感染病例的联合检测与鉴别诊断.     

牛结节性皮肤病病毒野毒株TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立

为鉴别牛结节性皮肤病病毒野毒株(wild type lumpy skin disease virus,WT LSDV),本研究根据GenBank中发表的WT LSDV全基因组序列,设计并合成1对特异性引物和MGB探针,优化反应条件,建立了鉴别检测WT LSDV的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法。结果显示,该方法仅对WT LSDV核酸有特异性扩增,对LSDV疫苗株等其他病毒核酸无交叉反应;标准曲线在一定浓度范围内呈现良好的线性关系,标准曲线为y=-3.361 x+34.979,R~20.999,扩增效率为98.39%,最低检测限为4.6 copies/μL。组内、组间重复性试验的变异系数均小于3%。对63份模拟临床样品的检测结果显示,本研究建立荧光定量PCR方法的阳性检出率为90.57%,OIE推荐的普通PCR方法的阳性检出率为64.15%,两种方法检测临床样品均为WT LSDV核酸阴性。结果表明,建立的WT LSDV TaqMan-MGB荧光定量PCR方法特异、敏感、快速、重复性好,且能快速准确地检测WT LSDV,适用于临床样品的鉴别检测,为该病的鉴别、监测、防控提供了技术支撑。     

犬圆环病毒及犬细小病毒双重PCR检测方法的建立

为建立能同时检测犬圆环病毒(CanineCV)和犬细小病毒(CPV)的方法,根据CanineCV和CPV基因组的保守区域设计2对特异性引物,预期特异性扩增CanineCV和CPV的片段大小分别为984和668 bp。并将反应条件进行优化,建立了CanineCV和CPV的双重PCR检测方法。特异性检测结果显示,该方法能特异性扩增CanineCV和CPV的目的条带,且未扩增出其他犬胃肠道病原;CanineCV和CPV的最低检出限分别为85.7和312 copies/L。对采集自广西地区的223份临床样品的检测结果显示,CanineCV的阳性率为2.24%(5/223)、CPV的阳性率为5.38%(12/223),后者与常规PCR检测方法相一致。结果表明,建立的双重PCR方法可以用于CanineCV和CPV的检测和流行病学调查。     

丝状霉形体山羊亚种巢式PCR检测方法的建立

根据已发表的丝状霉形体簇各成员核苷酸序列,设计合成了2对引物McF、McR和MmcF、MmcR,建立了可以鉴别丝状霉形体山羊亚种(Mycoplasma mycoidessubsp.capri,Mmc)的巢式PCR方法。特异性和敏感性试验结果显示,该方法只能对Mmc扩增出195 bp的片段,而对其他病原菌不能扩增出任何条带,它最低能够检测出10 pg的Mmc DNA,说明该方法具有良好的特异性和很高的敏感性。田间试验结果显示,对4株霉形体分离株及其病料均可扩增出Mmc特异性片段,表明,该巢式PCR方法可用于Mmc快速鉴定和流行病学调查。     

PCR检测鸡毒霉形体和鸡滑液囊霉形体的研究

根据禽霉形体 16SrRNA的基因序列设计、合成了 1对引物 ,用这对引物对鸡毒霉形体 (Mycoplasmagallisep ticum ,MG)和鸡滑液囊霉形体 (Mycoplasmasynoviae ,MS)菌株DNA进行PCR扩增 ,得到了与预期大小相一致的约 5 80bp的PCR产物 ,而这对引物对其他禽病病原DNA或RNA模板的扩增结果为阴性。PCR方法对MG和MS的最小检出量分别为 2 pg和 3pg。应用已建立的PCR方法检测MG人工感染样品和临床样品 ,从人工感染样品中均检测到MG ,临床样品的MG阳性检出率为 10 .2 5 % ,高于常规分离培养的阳性检出率     

产后子宫内膜炎病牛子宫内支原体的分离与鉴定

选用产后7～10d的急性脓性子宫内膜炎病牛和健康中国荷斯坦奶牛各20头,通过支原体分离培养、DNA荧光染色法及套式PCR方法,检测了子宫病料中支原体的感染情况,并确定了支原体种类,以探讨支原体感染在奶牛子宫内膜炎中的作用.结果显示,子宫内膜炎病牛子宫的支原体检出率为60%,其中45%发生子宫黏膜细胞感染;而健康组奶牛的...     

应用复合PCR方法检测沙门菌的研究

参照文献报道的沙门菌Repeatse和hisJ基因片段的引物序列 ,设计并合成了 2对引物 ,对沙门菌属和非沙门菌属的标准菌株及分离菌株进行了复合PCR扩增反应。结果 ,沙门菌PCR产物均出现 199bp与 4 95bp的特异性DNA扩增条带 ,而非沙门菌均未出现扩增条带 ,证明这 2对引物具有沙门菌属特异性。将提取的沙门菌DNA做梯度稀释 ,测定该复合PCR体系的敏感度。结果表明 ,此体系可检出 10 3CFU/mL菌液提取的DNA模板。应用上述方法 ,对进境鱼粉阳性样品进行了检测 ,均出现阳性结果。本研究表明 ,复合PCR是一种特异、敏感、快速的沙门菌检测方法 ,可应用于口岸系统鱼粉、肉骨粉的日常检测。     

猪胸膜肺炎放线杆菌半套式PCR检测方法的建立及应用

根据1型胸膜肺炎放线杆菌apx Ⅳ A基因3'端序列设计3条引物,建立了检测猪胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)的半套式PCR方法.筛选了该方法的最佳反应条件,并采用该方法进行临诊检测,比较了不同处理临床样品的检测结果.结果表明,该方法能检测出所有供试血清型APP,不能从猪上呼吸道常见细菌基因组DNA中扩增出条带,特异性好;最低DNA检出量为16.5 fg,其灵敏性是常规PCR方法的1 000倍;重复性试验结果表明,该方法稳定可靠.应用半套式PCR方法检测临床样品,检出率显著高于细菌分离鉴定;样品保存方法和核酸抽提方法能影响阳性样品的检出率.     

耐氟喹诺酮类病原菌gyrA基因突变的寡核苷酸芯片检测

根据大肠杆菌、沙门菌、无乳链球菌和鸡毒霉形体的gyrA基因序列,设计了通用引物和11条寡核苷酸探针;利用点样仪将探针点在基片上,制成寡核苷酸芯片;采用PCR荧光标记靶基因,与芯片杂交,用荧光扫描仪检测信号;同时以PCR-测序法进行gyrA基因突变的检测。结果,PCR反应体系能特异性地扩增出靶基因;寡核苷酸芯片能同时检测不同病原菌GyrA第83、87位发生的突变,芯片检测结果与测序结果较为一致。结果表明,使用寡核苷酸芯片技术检测病原菌耐氟喹诺酮类基因突变是可行的;研究结果为基因芯片技术应用于兽医临床耐药性检测提供了基础。     

我国猫Candidatus Mycoplasma haemominutum的分子鉴定及其系统发生关系

无菌采集30份猫血样品,进行全血基因组DNA的抽提,用文献报道的方法筛选出感染猫血巴尔通氏体的样品。挑取2份阳性的DNA样品,用能扩增大多数真细菌16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增,扩增产物经克隆、测序后,获得大小为1456bp的核苷酸序列(登录号为AM745338)。序列比对和系统进化分析发现,该序列与猫血巴尔通氏体(DQ825442)的16S rRNA基因序列相似性达到99.7%,按照新的分类命名应称之为CandidatusMycoplasma haemominutum,从而从分子生物学水平证实了此种猫的血营养菌在广东省的存在。系统进化分析结果也证实,在以往的分类中被归属于"附红细胞体属"和"血巴尔通氏体属"的病原体应归为同一个属,这类血营养菌在系统发生上与肺炎支原体最靠近,应归于支原体属,是一种血营养性支原体。     

痘苗病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为实现痘苗病毒的快速检测,根据痘苗病毒TA27L基因设计引物,经各项条件优化后,建立痘苗病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,同时将PCR扩增的TA27L基因克隆至pMD18-T载体,将测序正确的重组质粒作为标准品进行敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,所建立方法的Ct值与标准品在7.58×10^9~7.58×10^2copies/μL范围内呈良好线性关系,R^2为0.997,斜率为-3.175,检测下限为75.8copies且具有良好的特异性。临床样本检测结果表明该方法较普通PCR方法的检出率更高。结果表明,建立的痘苗病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法为痘苗病毒及其相关基因重组毒株的生物学特性研究提供了必要的技术手段。     

鸡细小病毒荧光LAMP检测方法的建立

本试验旨在建立一种可鉴别鸡细小病毒(ChPV)的环介导等温扩增(LAMP)检测方法。根据鸡细小病毒NS1基因的保守序列,设计了1套特异性引物,在该套引物的F3与B3区域中设计1个探针,其探针用FAM标记,优化建立了能鉴别ChPV的荧光LAMP检测方法,并使用所建立的方法对21份临床样品进行检测。结果显示,该方法特异性好,能检测到ChPV,并与其他禽类病毒无交叉反应;灵敏度高,最低能够检测1.02×10^-5ng/μL的ChPV DNA模板;对临床可疑样品的检出率为24%。表明,本研究建立的ChPV荧光LAMP方法具有简便快速、特异性好、敏感性高等优点,可用于检测ChPV。