湖南省华支睾吸虫线粒体cox1和nad1基因的克隆及进化分析

为了研究湖南省华支睾吸虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建华支睾吸虫与其他吸虫的种群遗传进化树。应用聚合酶链反应扩增华支睾吸虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序中的MP法和MEGA4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。结果显示,所获得的pcox1和pnad1序列长度分别为1 100bp和790bp,种系发育进化表分析表明,25个华支睾吸虫分离株位于同一分枝。证实华支睾吸虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为华支睾吸虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定基础。     

鹅副黏病毒QY分离株F基因和HN基因的克隆与序列分析

根据已发表的鹅副黏病毒基因组序列,设计并合成了扩增F基因和HN基因的5对引物,利用RT-PCR的特异性扩增出了广东省清远分离株(QY株)的F基因和HN基因。然后将其克隆入pMD 18-T载体,经鉴定、测序及拼接,QY株的F基因和HN基因全序列长度分别为1 662bp和1 716 bp,分别编码553个和571个氨基酸。经与GenBank登录的几株参考毒株F基因和HN基因编码区的核苷酸序列进行比较;结果,QY株与参考毒株SF02株和LaSota株F基因的核苷酸序列同源性分别为98.3%和82.4%,HN基因的核苷酸序列同源性分别为97.2%和75.9%。     

片形吸虫线粒体nad1基因的序列分析及种系发育

为阐明来自中国、尼日尔、法国和美国的片形吸虫分离株在线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并以pnad1序列进行种系发育研究,利用PCR扩增了中国、尼日尔、法国和美国片形吸虫分离株的pnad1序列并与GenBankTM中片形吸虫相应序列进行了比较,进行了种系发育分析.结果显示,所有片形吸虫样品的pnad1序列长度均为446 bp,中国、尼日尔、法国和美国肝片吸虫分离株与GenBankTM公布的肝片吸虫相应序列的种内变异为0.2%～0.7%,0.2%～0.9%,0.9%～2.0%,0.2%～0.9%;中国及尼日尔大片吸虫分离株与已报道的大片吸虫相应序列的种内变异为1.8%～2.7%,1.8%～3.4%;中国中间型虫株与中国及尼日尔大片吸虫分离株以及网上报道的大片吸虫的序列差异为5.6%～6.3%,5.6%～7.8%,5.7%～8.1%.中间型片形吸虫在遗传学上介于大片吸虫与肝片吸虫之间,但与大片吸虫的遗传关系更近.表明,片形吸虫pnad1序列可作为种间鉴定及种内遗传变异研究的标记;在中国的确存在中间型片形吸虫.     

细颈线虫线粒体cox1基因的扩增及遗传进化分析

为分析奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫线粒体cox1基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,对采集的22个细颈线虫样品的pcox1序列进行了扩增和序列分析。结果显示,两种细颈线虫pcox1片段的长度均为400bp;奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫pcox1序列的种内差异分别为0.25%~4.00%和0~1.50%,种间差异为9.00%~12.75%;通过重构遗传进化关系分析发现,奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫位于2个独立的分支上,可有效区分两种细颈线虫。结果表明,pcox1可作为奥拉奇细颈线虫和扁刺细颈线虫遗传进化的理想分子标记。     

本地毛形线虫HSP70基因的克隆与序列分析

根据GenBank中已发表的布氏旋毛虫HSP70基因序列设计了1对引物,用Trizol法从本地毛形线虫肌幼虫虫体中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增了HSP70基因,将目的基因克隆至pMD18-T载体,转化大肠杆菌DH5α。重组质粒用PCR、限制性内切酶BamHⅠ和HindⅢ进行单、双酶切鉴定。测序结果表明,成功克隆了本地毛形线虫HSP70基因。序列分析表明,HSP70基因比较保守,不同物种之间氨基酸的同源性在40%~80%。与布氏旋毛虫HSP70序列相比,CDS区多出9个碱基,但核苷酸序列和氨基酸同源性分别为98%和94%,存在1个糖基化位点和1个潜在的信号肽位点。     

新城疫病毒广东分离株HN基因的克隆与序列分析

用RT PCR方法从6个新城疫病毒(NDV)广东分离株中扩增HN基因cDNA片段,并将其克隆至pGEM T Easy载体进行核苷酸序列测定。结果表明,6个NDV分离株 HN基因片段长度均为1 704 bp,编码568个氨基酸;彼此间核苷酸和氨基酸同源性分别为 96.0%~99.8%和98.6%~100%,与其他基因Ⅶ型毒株的氨基酸序列同源性为 96.8%~98.4%;但与其他基因型毒株如D26、Ulster/67、B1、LaSota以及GB Texas的氨基酸同源性较低,为88.2%~91.0%。     

基于线粒体nad1和nad4基因对四川省多头带绦虫种群遗传多样性的分析

为探讨多头带绦虫的种群遗传多样性,应用PCR方法扩增20株分离自四川省攀枝花市、雅安市、成都市的山羊脑部和肌间的多头蚴的线粒体nad1基因和nad4基因的部分序列,并进行分析。序列分析结果显示,20株多头蚴的pnad1基因和pnad4基因序列分别有2个和8个变异位点,长度分别为753bp和801bp,变异率分别为0~0.3%和0~0.8%,检测出3个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.574±0.055和0.742±0.074,核苷酸多样性分别为0.000 82±0.000 53和0.002 88±0.001,平均遗传距离分别为0.002和0.003。构建的种系发育树显示,四川分离株与已知多头带绦虫位于同一分支,且与分布的地理区域、寄生部位没有直接的相关性。结果表明,四川多头带绦虫的遗传多样性水平低,其中nad1基因的遗传多样性水平低于nad4基因的遗传多样性。     

PRRSV兰州分离株ORF3和ORF5基因的克隆与序列分析及其杆状病毒表达载体的构建

根据GenBank中猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)中国代表株CH-1a的基因组序列,设计包含完整ORF3、ORF5基因序列的2对特异引物,利用RT-PCR技术扩增PRRSV兰州分离株(Lanzhou株)的ORF3和ORF5基因,并对其进行序列测定,同时与已发表的13株PRRSV进行同源性比较.将扩增的PRRSV Lanzhou株ORF3、ORF5基因分别克隆到杆状病毒表达载体pFastBacHTA上,将经酶切及测序鉴定的阳性重组质粒pFastBacHTA-ORF3、pFastBaeHTA-ORF5分别转化到DH10Bac感受态细胞.结果显示,ORF3、ORF5基因长度分别为765 bp、603 bp,发现核苷酸的同源性分别为88.0%～99.2%、87.3%～99.0%,获得了重组转座子rBacmid-ORF3、rBacmid-ORF5.     

鹅副黏病毒辽宁分离株HN基因的克隆与序列分析

采用RT-PCR技术对鹅副黏病毒辽宁分离株 DG-01 的 HN基因进行了扩增,获得了 1条1.8 kb的特异性条带。将此扩增产物克隆至pGEM-T载体,重组克隆质粒经鉴定后进行 DNA序列测定。测序结果表明,所克隆的基因片段长度为1 810 bp,含有1个1 716 bp的开放性阅读框架,编码571个氨基酸。核苷酸同源性分析表明:DG 01株与我国其他9株鹅副黏病毒的同源性为89.9%~95.1%;与国内外NDV HN基因的同源性为82.1%~95.2%,与国内标准强毒F48E9的同源性为84.7%,与Taiwan95和NL/96株的同源性分别为94.1%和95.2%。     

黑龙江省和河北省鸡新城疫病毒分离株的遗传变异分析

利用 RT PCR 技术扩增出了 4 株 NDV 分离株(HeB 4 99, HeB 5 99、HeB 6 02 和HLJ 10 02)F基因539 bp的片段,将该片段克隆到 pMD 18 T载体上。经酶切分析、质粒 PCR鉴定及核苷酸序列测定,成功获得了4株 NDV分离株 F基因部分片段的重组质粒。同源性分析显示,4株分离毒株的核苷酸序列具有 95.9%~100%的同源性,与 LaSota的核苷酸序列同源性为81.0%~81.8%,与F48E9的核苷酸序列同源性达85.8%~89.3%。推导氨基酸序列分析表明,4个毒株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112RRQKRF117,具有强毒株裂解位点氨基酸组成特点,与ICPI和MDT测定结果相吻合。73株NDV毒株的系统发育进化树分析表明,HeB 4 99、HeB 5 99、HeB 6 02和HLJ 10 02均归属于基因Ⅶ型。     

食蟹猴源食道口线虫和缩小特尼登线虫的形态学鉴定及基于其ITS2基因的分子种系发育分析

对采集自食蟹猴肠道血结节中的3种线虫进行形态观察后鉴定,并用PCR扩增其ITS2基因后进行序列测定分析。结果显示,3种线虫分别为尖形食道口线虫、双叉食道口线虫及缩小特尼登线虫。测序结果表明,3种虫体ITS2基因序列的大小均为216bp。邻位连接法构建的种系发育树显示,本研究中测定的尖形食道口线虫、双叉食道口线虫和缩小特尼登线虫序列在进化树上自成独立的拓扑分支。以上结果为人类食道口线虫病及缩小特尼登线虫病建立分子鉴别诊断方法提供了分子标记。     

捻转血矛线虫伊维菌素耐药株P-糖蛋白基因多态性的PCR-RFLP分析

为了解P-糖蛋白基因在捻转血矛线虫伊维菌素耐药株和敏感株间的差异,进一步弄清该基因与伊维菌素耐药性产生的关系,用PCR-RFLP方法分析了捻转血矛线虫伊维菌素耐药株P-糖蛋白基因hcpgp-1的多态性,并对所得序列进行测序。结果表明:捻转血矛线虫伊维菌素敏感株虫体的PCR产物不能被内切酶KpnⅠ切开,而伊维菌素耐药株虫体的PCR产物可被内切酶切开;酶切后统计数据显示,10条敏感虫株全部为敏感纯合子(BB);在所检测的20条伊维菌素耐药性虫株中,抗性纯合子(AA)6个(30%),杂合子(AB)13个(65%),敏感性纯合子(BB)1个(5%)。其中,AB基因型频率最大,为优势基因型,其次为AA型,BB型比例最低。抗性等位基因A为优势基因,其频率为62.5%,敏感等位基因B的频率为37.5%。同源性分析发现,具有抗性的糖蛋白基因hcpgp-1与敏感株的同源性较低,在80.2%～89.3%之间。且发现伊维菌素耐药株hcpgp-1基因序列中,有多处碱基发生了突变。本研究结果为进一步了解P-糖蛋白在捻转血矛线虫伊维菌素耐药性产生中的作用,提供了参考数据。     

伪狂犬病病毒Min-A株gE基因的克隆及序列分析

参考GenBank中伪狂犬病病毒 (PRV) gE基因的序列设计了 1对引物 ,对PRVMin A株进行了PCR扩增 ,扩增产物克隆于 pGEM TEasy载体。对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序 ,证实了克隆片段的可靠性。测序结果表明 ,目的片段包含 1个 174 0bp的开放性阅读框(ORF) ,编码由 5 79个氨基酸组成的多肽。同源性分析表明 ,PRVMin A株与PRVEa株、SH株gE基因的核苷酸同源性分别为 99.2 %、98.7% ;推导氨基酸的同源性分别为 98.6 %、97.2 %。     

猪伪狂犬病病毒SL株gK基因的生物信息学分析

对猪伪狂犬病病毒(PRV)四川分离株(SL株)gK基因进行分子克隆,并利用生物信息学软件对gK基因进行了同源性、遗传进化树、密码子偏向性、蛋白质二级结构预测及抗原表位分析。结果显示,成功克隆了PRVSL株gK全基因,其编码区长939bp,编码313个氨基酸残基,与其他PRV分离株核苷酸序列同源性为97.6%～99.9%,与国外分离株的同源性略高于国内分离株。gK基因存在4个跨膜区及1个明显的CpG岛。表明成功克隆了PRVSL株gK基因,该基因具有潜在的抗原性。     

双峰驼朊蛋白基因的克隆和序列分析

分别从4峰双峰驼全血中提取基因组总DNA,用所设计的引物扩增了细胞型朊蛋白(PrP)基因,并克隆到pMD 18-T载体。序列分析表明,所克隆的4个双峰驼PrP基因片段大小分别为768、768、792和795 bp,包含了朊蛋白基因的完整编码区序列,为包含在单一外显子内的完整开放阅读框,均与国外报道的同属单峰驼PrP序列基本相同。4个双峰驼PrP基因含5个或6个短而富含G-C的元件,可编码5个或6个八肽(九肽)重复序列Pro-His-Gly-Gly-Gly-Trp-Gly-Gln或Pro-Gln/His-Gly-Gly-Gly-Gly-Trp-Gly-Gln,其氨基酸序列含有24个氨基酸的N-端信号肽和22个氨基酸(除LT200302为23个氨基酸外)的C-端信号肽。4个双峰驼PrP基因之间相比较,其核苷酸和推导氨基酸序列的同源性为91.0%~100.0%和94.2%~100.0%。共发生133个碱基替换,其中107个为同义码替换,26个为异义突变。     

流产布鲁氏菌bp26和omp10基因的同源性分析

利用布鲁氏菌外膜蛋白bp26基因和omp10基因,对分离的布鲁氏菌和参考布鲁氏菌菌株进行克隆和序列分析,以明确分离的布鲁氏菌和参考布鲁氏菌菌株与基因库中的布鲁氏菌外膜蛋白bp26基因和omp10基因间的同源性.根据GenBank中的布鲁氏菌bp26基因和omp10基因,分别设计合成了1对特异性引物,以提取的分离株布鲁氏...     

新城疫病毒广西分离株F基因的克隆和序列分析

根据GenBank中登录的新城疫病毒(NDV)F基因序列设计了2 对引物,对从广西分离的10株NDV毒株的F基因进行了分段扩增和序列测定,其基因序列全长均为1 662 bp,编码553个氨基酸,均有6个潜在的糖基化位点。将其F基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与已发表的10株NDV 参考株的F 基因序列进行了比较。结果表明,核苷酸序列的同源性为82.6% ~98.1%,氨基酸的同源性为87.7%~98.7%。这10株NDV广西分离株在裂解位点的氨基酸序列(112R R Q K/R R F117)与NDV强毒株特征相符合。系统发育树、酶切位点分析和基因分型结果表明,10 株NDV广西分离株中GX1/00、GX2/00、GX4/00、GX6/02、GX7/02、GX9/03、GX10/03和GX11/03为基因Ⅶd亚型,GX3/00和GX5/00为基因Ⅲ型。     

猪细小病毒YK株NS1基因的克隆与序列分析

提取猪细小病毒(PPV)YK株基因组DNA,利用PCR技术扩增得到了NS1基因全序列,将其克隆到pMD18-T质粒载体并进行了序列测定和分析。结果表明,NS1基因全长1989bp,编码662个氨基酸。氨基酸序列中含有在PPV复制过程中起重要作用的保守基序GKRN,并有3个潜在的糖基化位点NISN、NFSN和NLTR。PPVYK株的NS1基因与其他PPV毒株NADL-2(4973)株、NADL-2(5075)株、NADL-2(5034)株和Kresse株相比,核苷酸同源性分别为98.3%、99.9%、99.9%和99.7%,氨基酸同源性分别为99.7%、99.7%、99.7%和97.7%。结果说明,NS1基因具有高度保守性。     

H7N2禽流感病毒分离株血凝素蛋白全基因的序列分析

为进一步分析H7N2禽流感病毒(AIV)分离株血凝素(HA)基因的特性,参照已发表序列设计了1对引物,采用RT-PCR获得了1条约1.7 kb的DNA片段,测序后进行了同源性比较、HA基因系统发育进化树分析和氨基酸编码分析。结果表明,所测的2个分离株的HA基因全长1 664 bp,编码除信号肽以外的HA蛋白的全部544个氨基酸,其中包括HA1的323个氨基酸,HA2的221个氨基酸。2个分离株HA基因核苷酸序列的同源性为99.4%;与GenBank中AIV标准株A/Afri.Star./Eng-Q/983/79(H7N1)的同源性最高,分别为99.4%和99.0%;与美国A/Chicken/NewYork/13142-5/94(H7N2)株同源性很低(仅65.0%),而与以色列、意大利H7N2AIV的同源性较高(为96%~97%);2个分离株在HA基因进化树中均处于H7亚型AIV的欧亚群系分支内。推导氨基酸的序列分析表明,其HA蛋白裂解位点的氨基酸序列为-GR-GLF-,仅包含1个碱性氨基酸(R-)残基,符合低致病力AIV的基因特征。     

猪附红细胞体a1基因的克隆及序列分析

为研究猪附红细胞体DnaK样蛋白HspA1编码基因a1的遗传变异规律,根据GenBank上登录的猪附红细胞体a1基因核苷酸序列(登录号AM265536)设计合成1对引物,从上海市3个屠宰场采集自然感染猪附红细胞体的猪血液,提取基因组DNA作为模板,进行a1基因部分序列的PCR扩增、克隆、序列测定及生物信息学分析。结果显示,共获得了41条猪附红细胞体a1基因片段序列,序列长度均为1 657bp;同源性分析显示,它们与GenBank中登录的猪附红细胞体a1基因核苷酸序列的相似性在97.7%~99.9%之间,氨基酸序列的相似性在99.1%~99.8%之间。系统进化分析表明,多数上海市猪附红细胞体分离株的a1基因与GenBank中登录的德国54/96分离株a1基因序列在同一个聚簇上。