结核分枝杆菌与牛分枝杆菌PCR快速鉴别检测方法的建立

根据结核分枝杆菌与牛分枝杆菌基因组的比对分析结果,针对结核分枝杆菌与牛分枝杆菌153bp、RD10和TbD1的3处差异缺失区域设计引物,分别建立了结核分枝杆菌与牛分枝杆菌PCR快速鉴别检测方法.应用建立的3种方法分别对84株结核分枝杆菌、3株牛分枝杆菌、51株非结核分枝杆菌及9种其他常见菌株进行了检测.结果显示,用针对153 bp缺失片段建立的PCR方法分别在结核分枝杆菌及牛分枝杆菌中扩增出645 bp及492 bp的目的条带;用针对RD10、TbD1建立的PCR方法分别在结核分枝杆菌及牛分枝杆菌中扩增出478 bp及361 bp的目的条带、358 bp及524 bp的目的条带.这3种PCR检测方法的准确率和特异性均为100%.敏感性试验结果显示,这些检测方法对结核分枝杆菌和牛分枝杆菌基因组DNA的检测极限均为10 pg.表明,此方法可用于牛源或人源结核分枝杆菌及牛分枝杆菌的快速鉴别检测.     

结核分枝杆菌和牛分枝杆菌二重实时荧光PCR检测方法的建立

根据结核分枝杆菌23SrRNA基因序列和牛分枝杆菌特殊基因序列,设计了2对针对结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的特异性引物和2条用不同荧光基团标记的TaqMan探针,建立了结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的二重实时荧光定量PCR检测方法,并对建立的方法进行敏感性、特异性测定和临床样品检验。结果显示,该方法特异性好,能区分不同模板浓度组合的结核分枝杆菌和牛分枝杆菌;可检测到10copies模板的结核分枝杆菌和牛分枝杆菌;对保存的50份PPD检测阳性牛的鼻黏液、牛乳和淋巴结进行检测,结果6份结核分枝杆菌阳性,1份牛分枝杆菌阳性,其余均为阴性,与PCR的检测结果一致。由此可见,建立的二重实时荧光定量PCR方法具有特异、敏感、快速、可定量检测等优点,适合用于结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的鉴别检测。     

山羊皮下脓肿病原菌三重PCR检测方法的建立与应用

为同时检测伪结核棒状杆菌、金黄色葡萄球菌和化脓隐秘杆菌3种引起山羊皮下脓肿的主要病原菌,选择针对这3种病原的特异性引物,经条件优化后建立一种可同时检测以上3种病原菌的三重PCR方法,评价了该方法的特异性和敏感性,并检测了临床样品。结果显示,所建立的三重PCR方法仅对伪结核棒状杆菌、金黄色葡萄球菌及化脓隐秘杆菌这3种目的病原菌DNA产生阳性扩增,对大肠杆菌等其他9种微生物的DNA扩增结果均为阴性,具有较强的特异性。该方法同时显示较高的敏感性,对伪结核棒状杆菌、金黄色葡萄球菌和化脓隐秘杆菌基因组DNA的检测下限分别为1.0×103、1.1×103和6.7×102copies;对3种病原菌菌液的检测下限分别为8.7×102、1.1×102和5.1×102CFU/mL。该方法能从临床样品中检测到相应病原,其结果与单一PCR方法一致。本研究中建立了同时检测山羊皮下脓肿主要病原菌的特异和灵敏的三重PCR方法,为该病的快速诊断提供了有用的技术手段。     

鉴别四种鸭源肠道易感病原菌的多重PCR的建立

为了建立能同时快速鉴别沙门菌、鸭疫里默氏杆菌、巴氏杆菌和大肠杆菌的多重PCR检测方法,参考GenBank中沙门菌invA基因序列、鸭疫里默氏杆菌OmpA基因序列、巴氏杆菌KMT1T基因序列和大肠杆菌PhoA基因序列,分别设计特异性引物,用已分离、鉴定、保存的四种细菌DNA筛选PCR缓冲体系、扩增程序,优化退火温度与引物浓度。结果表明,设计的4对引物能分别能特异性扩增出相应的靶基因,建立的多重PCR方法特异性强、敏感性高,可用于沙门菌、鸭疫里默氏杆菌、巴氏杆菌和大肠杆菌混合感染病例的快速鉴别诊断。     

鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA PCR快速检测方法的建立

根据GenBank中的鸭疫里默氏杆菌(RA)1～19型16 S rRNA基因序列,分别与大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌的16 S rRNA基因序列对比,设计特异性引物,建立了基于鸭疫里默氏杆菌16 SrRNA的PCR检测方法.结果表明,用该方法对鸭疫里默氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、巴氏杆菌进行检测,只有鸭疫里默氏杆菌的DNA能扩增出680 bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;测序结果与GenBank中鸭疫里默氏杆菌相应序列完全一致;同时分别将鸭疫里默氏杆菌基因组DNA和菌液10倍稀释进行PCR扩增,对鸭疫里默氏杆菌DNA的最小检出量为1.907×10~(-5)g/L,对鸭疫里默氏杆菌菌液的最小检出量为1.5×10~4CFU/mL.证实,建立的基于鸭疫里默氏杆菌16 S rRNA的PCR检测方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.     

鉴别猪胸膜肺炎放线杆菌2/6/8/12型的多重PCR方法的建立

为快速准确鉴别猪胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)血清2、6、8、12型,从已发表的文献中筛选出4对引物,通过扩增体系和扩增程序的优化来建立APP血清2、6、8、12型的多重PCR检测方法,并对其特异性和敏感性进行了研究。结果发现,所建立的多重PCR方法特异性良好,对APP血清1～15型进行PCR检测,除血清2、6、8、12型外,均不能扩增出任何条带,检测猪链球菌、副猪嗜血杆菌、猪多杀性巴氏杆菌和猪大肠杆菌也呈阴性,对APP血清2、6、8、12型的细菌纯培养物、组织样品的检测敏感性分别都为1×10~3CFU/mL、1×10~3CFU/g。本PCR方法快速有效,可在4.5 h左右直接从肺脏组织中得到检测结果。本方法的建立为APP的分子分型和流行病学调查提供了有力的技术支撑。     

三种致奶牛流产病原多重巢式PCR检测方法的建立

为同步检测引起奶牛流产的新孢子虫、布氏杆菌和弓形虫这三种常见病原,本研究分别设计针对新孢子虫ITS1基因(Nc-ITS1)、布氏杆菌16S rRNA基因(Ba-16S rRNA)及弓形虫529 bp重复序列基因(Tg-529 bp)的特异性巢式PCR引物,建立并优化了能够同时检测这三种病原的多重巢式PCR方法。结果显示,多重巢式PCR对Nc-ITS1、Ba-16S rRNA及Tg-529 bp扩增产物的大小分别为601 bp、380 bp、245 bp。外引物退火温度为57℃,内引物为53℃;Taq酶、dNTP和Mg2+浓度分别为1.0 U、2.0 mmol/L和1.0 mmol/L;Nc-ITS1和Tg-529 bp外、内引物浓度均为0.4 m ol/L,Ba-16S rRNA为0.2 mol/L。该多重巢式PCR对Nc-ITS1和Ba-16S rRNA检测敏感性达3×102 copies/L,对Tg-529 bp达3×101 copies/L,对住肉孢子虫、大肠杆菌、沙门菌、李氏杆菌、金黄色葡萄球菌和链球菌扩增均无目的条带,表明该多重巢式PCR方法具有良好的敏感性和特异性。利用该方法对86份临床样品进行检测,结果显示新孢子虫阳性样品26份,布氏杆菌阳性样品2份,弓形虫阳性样品1份,其中新孢子虫和布氏杆菌均为阳性的样品1份,与单巢式PCR检测结果一致。结果表明,建立的多重巢式PCR方法可以用来对致奶牛流产的新孢子虫、布氏杆菌和弓形虫这三种常见病原进行快速、准确地检测。     

牛支原体肺炎PCR诊断方法的建立及初步应用

参照GenBank中牛支原体脂蛋白P48基因序列,设计并合成特异性引物Mb-F/Mb-R,建立了牛支原体PCR检测方法,并在扩增条件优化的基础上,对该方法的特异性和灵敏度进行了分析,进而应用建立的方法完成了疑似牛支原体肺炎临床病料的检测。结果显示,建立的PCR方法对牛支原体的核酸样品能扩增出534 bp的特异性目的片段,而对无乳支原体、丝状支原体、大肠杆菌、绿脓杆菌、链球菌、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌、肺炎克雷伯氏菌、黏质沙雷氏菌、变形杆菌等牛常见条件病原微生物核酸样品均未见明显的扩增条带,且其可检测出的牛支原体DNA最低浓度约为0.000 002 875μg/mL。对临床样品的检测结果显示,该方法的检出率与与病原分离的符合率为100%。上述结果表明,本研究成功建立了牛支原体PCR检测方法,可用于临床上牛支原体肺炎的快速诊断。     

猪胸膜肺炎放线杆菌PCR检测方法的建立

根据猪胸膜肺炎放线杆菌 (APP)外膜脂蛋白基因序列 ,设计合成了 1对特异性引物。经PCR扩增 ,APP 110标准血清型菌株均能扩增出大小为 980bp的DNA片段 ,而大肠埃希氏菌、猪多杀性巴氏杆菌、猪链球菌、猪肺炎霉形体和葡萄球菌等的扩增结果均为阴性。该方法检测APPDNA的敏感性可达 2pg。表明 ,此PCR方法特异性好 ,敏感性高 ,可用于猪传染性胸膜肺炎的快速诊断。     

副猪嗜血杆菌纳米PCR检测方法的建立

为了建立副猪嗜血杆菌(HPs)的高效纳米PCR检测技术,根据文献合成了1对针对HPs的16S rRNA基因的特异性引物,并对纳米PCR的反应条件进行优化。然后用建立的纳米PCR检测HPs、大肠杆菌、肠炎沙门菌、金黄色葡萄球菌及猪链球菌2型等猪源细菌以验证该纳米PCR的特异性,同时比较该纳米PCR与普通PCR的灵敏度。特异性试验结果表明,只有HPs能够扩增出822bp的目的片段,其他细菌的扩增结果均为阴性。敏感性试验结果显示,建立的纳米PCR的敏感性比普通PCR高10倍,最低可检出4.19×10-6 ng/μL的HPs基因组DNA。结果表明,本研究建立的基于16S rRNA基因的HPs纳米PCR具有较好的特异性和较高的灵敏度,是一种高效、快速的检测方法,可为副猪嗜血杆菌病的防控和检验检疫提供技术支撑。     

动物性食品中大肠埃希氏菌O157∶H7特异性二重PCR检测方法的建立

根据大肠埃希氏菌O157∶H7wzx和fliC基因的保守序列设计了2对引物,建立并优化了特异性检测大肠埃希氏菌O157∶H7的二重PCR体系,扩增产物为395bp(wzx)和1057bp(fliC)。人工培养基中大肠埃希氏菌O157∶H7的检测下限为2.3×102CFU/mL,人工污染的牛乳、猪肉及牛肉中大肠埃希氏菌O157∶H7的检测下限分别为5.8×102CFU/mL、4.3×102CFU/g和3.1×103CFU/g。样品经3h预增菌后检测下限可达3.1×100~5.8×100CFU/mL(或CFU/g)。试验结果提示,针对wzx及fliC基因的二重PCR方法可以快速特异地检测出牛乳、猪肉及牛肉中大肠埃希氏菌O157∶H7的污染。     

马鼻肺炎病毒双重PCR分型检测方法的建立

根据GenBank中登录的马鼻肺炎病毒1、4型(EHV1、EHV4)糖蛋白B(gB)基因特异保守序列(登录号分别为AY665713、AF030027.1),各设计1对引物,建立了同时分型检测EHV1、EHV4的双重PCR方法;确定其最佳工作条件,并对该方法进行了特异性和敏感性试验。结果显示,在EHV1、EHV4中分别扩增出265bp和537bp的特异性目的条带,而马流感病毒cDNA、马动脉炎病毒cDNA、马乙型脑炎病毒cDNA及马传染性贫血弱毒疫苗株cDNA均未扩增出任何条带。EHV1的DNA最低检出限为2.1pg,EHV4的最低检出限为15pg。表明本试验建立的方法具备很高的应用价值。     

丝状霉形体山羊亚种巢式PCR检测方法的建立

根据已发表的丝状霉形体簇各成员核苷酸序列,设计合成了2对引物McF、McR和MmcF、MmcR,建立了可以鉴别丝状霉形体山羊亚种(Mycoplasma mycoidessubsp.capri,Mmc)的巢式PCR方法。特异性和敏感性试验结果显示,该方法只能对Mmc扩增出195 bp的片段,而对其他病原菌不能扩增出任何条带,它最低能够检测出10 pg的Mmc DNA,说明该方法具有良好的特异性和很高的敏感性。田间试验结果显示,对4株霉形体分离株及其病料均可扩增出Mmc特异性片段,表明,该巢式PCR方法可用于Mmc快速鉴定和流行病学调查。     

PCR检测鸡毒霉形体和鸡滑液囊霉形体的研究

根据禽霉形体 16SrRNA的基因序列设计、合成了 1对引物 ,用这对引物对鸡毒霉形体 (Mycoplasmagallisep ticum ,MG)和鸡滑液囊霉形体 (Mycoplasmasynoviae ,MS)菌株DNA进行PCR扩增 ,得到了与预期大小相一致的约 5 80bp的PCR产物 ,而这对引物对其他禽病病原DNA或RNA模板的扩增结果为阴性。PCR方法对MG和MS的最小检出量分别为 2 pg和 3pg。应用已建立的PCR方法检测MG人工感染样品和临床样品 ,从人工感染样品中均检测到MG ,临床样品的MG阳性检出率为 10 .2 5 % ,高于常规分离培养的阳性检出率     

猪肠病毒G型实时定量PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种能够准确、快速地鉴别猪肠病毒G型的诊断方法,本研究参考猪肠病毒G型的3D基因序列设计1对特异性引物,扩增片段预计大小约为104 bp,将3D基因片段克隆到pMD18-T载体上的阳性重组质粒作为标准品,建立猪肠病毒G型的实时定量PCR检测方法,并应用到临床样品的检测。研究结果显示,该方法设计的引物具有高度的特异性;标准曲线的Cq值与质粒标准品模板在2.92×10^8copies/μL^2.92×10^2copies/μL范围内,呈良好的线性关系,相关系数为0.998,斜率为-4.023;组内与组间重复性试验显示变异系数很小,在0.26%~1.57%之间。该方法的最低检测限量可达2.92×10 copies/μL。使用本方法对2017-2019年广西部分地区的猪场临床腹泻粪便样品进行检测,猪肠病毒G型阳性检出率为18.42%,说明广西部分地区的猪场存在猪肠病毒G型的感染。本研究成功建立了猪肠病毒G型实时定量PCR检测方法,可用于猪肠病毒G型感染的临床检测。     

应用复合PCR方法检测沙门菌的研究

参照文献报道的沙门菌Repeatse和hisJ基因片段的引物序列 ,设计并合成了 2对引物 ,对沙门菌属和非沙门菌属的标准菌株及分离菌株进行了复合PCR扩增反应。结果 ,沙门菌PCR产物均出现 199bp与 4 95bp的特异性DNA扩增条带 ,而非沙门菌均未出现扩增条带 ,证明这 2对引物具有沙门菌属特异性。将提取的沙门菌DNA做梯度稀释 ,测定该复合PCR体系的敏感度。结果表明 ,此体系可检出 10 3CFU/mL菌液提取的DNA模板。应用上述方法 ,对进境鱼粉阳性样品进行了检测 ,均出现阳性结果。本研究表明 ,复合PCR是一种特异、敏感、快速的沙门菌检测方法 ,可应用于口岸系统鱼粉、肉骨粉的日常检测。     

牛疱疹病毒Ⅰ型二重LUX荧光PCR鉴别检测方法的建立

采用LUX新型荧光PCR技术原理,建立了快速检测牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)以及鉴别野毒感染和基因缺失疫苗免疫动物的二重实时荧光PCR方法。结果显示,该方法对多株BHV-1病毒均呈典型gE、gC双基因阳性反应,对其他常见动物疱疹病毒以及健康牛基因组DNA等均呈阴性反应;对细胞增殖病毒液的gE、gC双基因鉴别的检测敏感性可达0.4~0.04 TCID50,比常规PCR方法高100倍以上;对带毒牛血清、抗凝全血、牛新鲜精液和冷冻精液基因鉴别的检测敏感性分别达0.04 TCID50、0.4 TCID500、.4 TCID50和4 TCID50。采用该方法从临床牛血样、鼻拭子样品中检出IBRV阳性样品,检测全程仅需约2 h。对单基因克隆质粒的检测进一步证实该方法能特异地鉴定gE、gC基因,检测灵敏度分别达90、30拷贝。结果表明,该方法可应用于临床快速诊断BHV-1病毒感染,鉴别BHV-1病毒感染与对应的基因缺失疫苗免疫动物。     

利用PCR检测鸭瘟病毒

参照文献 ,设计和合成了 1对引物。用这对引物 ,以标准毒株DPVF3 4的DNA为模板 ,经PCR扩增出 1个特异的DNA片段。经序列测定 ,该DNA片段由 42 0bp组成。与文献报道的序列比较 ,该片段为鸭瘟病毒UL6基因DNA的一部分 ,与美国毒株LakeAndes(LA)的同源性达 99%。用该PCR方法扩增小鹅瘟病毒、细小病毒和禽巴氏杆菌 ,结果为阴性。以该PCR方法检测 6份送检病料 ,5份为阳性 ,检出率与病毒的分离一致。另外 ,该方法检测DPVDNA的敏感性达到了 1pg水平     

羊痘病毒和羊口疮病毒二重PCR鉴别检测方法的建立

针对羊痘病毒(capripoxvirus,CaPV)的A29L基因和羊口疮病毒(orf virus,ORFV)的H3L基因,设计、合成了2对特异性引物以进行二重PCR。结果表明,该方法可以在数小时、在同一反应体系中清晰地区分CaPV和ORFV,其PCR产物大小分别为413 bp和708 bp,与预期的片段大小相符,序列分析证实目的基因序列与已发表的序列一致;该检测方法的灵敏度可达1个病毒蚀斑形成单位(PFU)。采用二重PCR对12株CaPV、ORFV和相关病毒、细菌培养物,以及22份田间样品进行检测,与预期结果完全一致,且与相关病毒或健康羊组织样品无交叉反应。结果表明,该方法具有快速、敏感、特异等优点,可作为临床样品中CaPV和ORFV的鉴定和诊断的有效方法。