胸膜肺炎放线杆菌APXⅡA基因的克隆及序列测定

用PCR法从胸膜肺炎放线杆菌 (APP) 7型的DNA提取物中扩增出大小为 2 873bp的APXⅡA基因片段 ;将PCR产物重组到质粒载体 pMD 18 T中 ,并对重组质粒进行酶切分析及序列测定。结果表明 ,克隆片段为完整的目的基因 ,该片段的核苷酸序列与国外分离株M 30 6 0 2的同源性达 99.7%。     

迟缓爱德华氏菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速、敏感检测迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)的方法,本研究根据E.Tarda的促旋酶B亚单位基因(gyr B)保守区设计特异性引物和Taq Man探针,并优化检测反应条件,建立了E.tarda的Taq Man实时荧光PCR检测方法。结果显示,该方法仅对E.tarda的靶基因扩增呈阳性,而对创伤弧菌、福氏志贺氏菌、副溶血性弧菌、金黄色葡萄球菌、单核增生性李斯特菌、肠炎沙门菌、溶藻弧菌、阪崎肠杆菌、大肠杆菌O157、温和气单胞菌、嗜水气单胞菌、霍乱弧菌等相关致病菌检测结果均为阴性,特异性良好;该方法对E.tarda检测的灵敏度为20 CFU/m L;重复性试验表明,该方法的变异系数在0.95%~2.44%之间,具有良好的重复性。本研究结果表明,建立的E.tarda Taq Man实时荧光PCR方法灵敏、快速、特异性强、重复性好,适用于E.tarda检疫、疫情监测及流行病学调查。     

猪胸膜肺炎放线杆菌ApxⅣA 2.5kb基因片段的分子克隆及其表达

以猪传染性胸膜肺炎放线杆菌血清1型国内分离株721株基因组DNA为模板,用PCR方法扩增出ApxⅣA基因2.5kb特异片段,将其克隆于pMD18T中,经酶切鉴定筛选重组质粒后进行核苷酸序列测定,并与GenBank中登录的血清1型ApxⅣA(AX002405)基因进行比较,结果显示核苷酸同源性为99.5%。将该片段亚克隆到原核表达载体pGEX6P1的EcoRⅠ/SalⅠ位点,成功地构建了重组表达载体pGEXapxⅣA,并转化大肠埃希氏菌BL21,获得了表达。SDSPAGE检测结果显示,表达的融合蛋白分子质量约为117ku,与预期片段大小相符;Westernblotting分析证实,该融合蛋白具有免疫学活性。     

猪源多杀性巴氏杆菌的分离与鉴定

2014年3月至2015年2月从来源于全国15个省份的180份临床猪肺组织样品中共分离到71株多杀性巴氏杆菌,分离率为39.4%。利用PCR技术对所分离的多杀性巴氏杆菌进行荚膜血清型鉴定,其中A型菌株41株(占57.8%),D型菌株27株(占38.0%),F型菌株3株(占4.2%),71株多杀性巴氏杆菌中包括1株D型产毒素多杀性巴氏杆菌(占1.4%),说明当前在我国猪群中流行的多杀性巴氏杆菌主要为A型和D型菌株。应用PCR检测多杀性巴氏杆菌23种毒力基因,结果显示:多杀性巴氏杆菌毒力基因的数量大多分布在15~19之间,平均携带个数为17.5个;23种毒力基因中,ptfA,fimA,hsf-2,sodA,sodC,ompA,ompH,oma87,plpB,exbB,tonB,Fur,hgbB的检出率在90%以上,而toxA基因的检出率极低(1.4%),并且在猪源多杀性巴氏杆菌中未检测到t bpA的存在;分析毒力基因在不同血清型菌株中的携带及分布情况发现,A型的平均毒力基因携带数为18.2个,D型为16.4个;不同毒力基因在不同血清型的多杀性巴氏杆菌中的分布也存在一定的差异,其中唾液酸代谢酶基因nanB、透明质酸酶基因pmHAS及黏附基因tadD和pfhA在A型多杀性巴氏杆菌中的检出率高于其在D型多杀性巴氏杆菌中的检出率(P0.01);而黏附基因hsf-1在D型多杀性巴氏杆菌的检出率显著高于其在A型多杀性巴氏杆菌中的检出率(P0.01)。对所分离菌株的16SrRNA基因进行测序,并与NCBI上公布的10株多杀性巴氏杆菌16S rRNA基因进行进化树分析,结果显示:71株多杀性巴氏杆菌主要分为2个亚群,亚群Ⅰ和HB03及3480的亲缘关系较近,而亚群Ⅱ则与HN06、Pm70、36950等菌株的亲缘关系较近;遗传进化的结果说明,多杀性巴氏杆菌的亲缘关系与其来源、血清型及其导致的疾病种类并没有表现出特定的亲缘关系。     

藏猪源益生芽胞杆菌的筛选鉴定及部分益生特性的研究

从藏猪粪便中分离筛选出具有良好益生潜力的益生芽胞杆菌,为藏猪源益生菌的开发奠定基础。先将健康藏猪粪便滤液于90℃水浴处理10 m in以杀死样品中的非芽胞杆菌,涂布于培养基后挑取单菌落纯化并扩大培养,再进行拮抗试验筛选能抑制常见病原菌的芽孢杆菌。综合形态学、生理生化特征及16S r D N A序列分析对筛选菌株进行鉴定,通过菌株耐受性试验、产水解酶试验、抗生素敏感试验等对菌株生物学特性进行研究。结果显示,筛选到3株对常见病原菌具有一定抑制作用的芽胞杆菌,其中,解淀粉芽胞杆菌SW U N-TP23在不利环境中具有较强的稳定性,可代谢产生纤维素酶、淀粉酶和蛋白酶,菌体内不含抗常用兽用抗生素的耐药基因。结果表明,分离筛选到的解淀粉芽胞杆菌SWUN-TP23有良好的潜在益生能力,具有进一步开发研究的价值。     

口蹄疫病毒P1 2A和3C基因重组逆转录病毒表达载体的构建

以A型口蹄疫病毒(FMDV)AV88(L)和XJ99株的P12X基因和AV88(L)3C基因的阳性克隆质粒为模板,用PCR扩增各基因片段,酶切后分步定向亚克隆至逆转录病毒表达载体pBABE-puro上经PCR、酶切鉴定及测序。结果表明,获得了2个含不同RGD基序的A型FMDV衣壳蛋白和蛋白酶基因的重组逆转录病毒表达载体pBABE-AV88(L)P1 2X3C和pBABE-XJ99 P1 2X3C,为研究安全、高效、低成本的FMDV空衣壳亚单位疫苗奠定了基础。     

鸡源多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及其毒力基因的检测

取病死鸡肝接种于血清琼脂平板,挑取符合巴氏杆菌特征的单菌落进行纯化培养和染色镜检;对纯培养菌提取核酸,进行16S r RNA、kmt1和cap A基因的PCR鉴定,7个管家基因的PCR扩增和多位点序列分型,以及12个毒力基因的PCR检测;并进行分离菌的动物回归试验。结果显示,分离的2株病原菌(HN-1和CZ-6)均为两极浓染的革兰阴性短杆菌,16S r RNA和kmt1基因序列与多杀性巴氏杆菌的同源性均高于99%,荚膜血清型鉴定为A型,基因型为ST129型,除tox A、ptf A、nan H之外的9个毒力基因均被检出,动物回归试验表明分离菌对鸡的致病性较强。结果表明,这2株鸡源多杀性巴氏杆菌的分离鉴定为我国禽源菌株的遗传特性研究提供了一定参考。     

猪小肠集合淋巴结菌群的特点及其鉴定

为对猪小肠集合淋巴结黏膜处的菌群构成进行鉴定和分析,采集20头自然饲喂猪的小肠集合淋巴结回肠黏膜段,对细菌进行分离培养并通过16SrDNA测序鉴定菌种。结果发现,从猪小肠集合淋巴结中共分离到43株细菌,其中,大肠杆菌的检出率最高,为90.00%;枯草芽胞杆菌次之,为35.00%;蜡样芽胞杆菌为15.00%,地衣芽胞杆菌、巴氏杆菌均为10.00%,短小芽胞杆菌等为5.00%。而其他肠黏膜处的菌群则有所不同,回肠黏膜段共分离到8株细菌,分别为大肠杆菌(71.43%)、克雷伯菌(42.85%)、猪链球菌(28.57%)、奇异变形杆菌(14.28%)、嗜水气单胞菌(14.28%)等。此外,地衣芽胞杆菌仅在小肠集合淋巴结中被检出,检出率为14.28%。结果表明,大肠杆菌是猪小肠集合淋巴结黏膜处的优势菌群,枯草芽胞杆菌在猪小肠集合淋巴结黏膜大量存在,地衣芽胞杆菌仅存在于猪小肠集合淋巴结黏膜中,三者可作为靶向小肠集合淋巴结细菌活载体口服疫苗的载体。     

口蹄疫病毒表位嵌合蛋白在枯草芽胞杆菌中的分泌表达

为了将口蹄疫病毒(FMDV)中和表位展示在病毒样颗粒(VLP)表面,以猪圆环病毒2型(PCV2)衣壳蛋白为骨架,用FMDV O/Mya-98/2010毒株G-H环替换PCV2自身中和表位,构建嵌合衣壳蛋白CaO。为分泌表达CaO蛋白,在芽胞杆菌穿梭质粒pHCMC05的多克隆位点中顺次插入枯草芽胞杆菌P43启动子和中性蛋白酶B分泌信号肽(nprBsp),构建分泌型大肠杆菌-枯草芽胞杆菌穿梭质粒p7257-P43。然后将合成的CaO基因插入p7257-P43质粒nprBsp的下游,构建分泌表达质粒p7257-P43-CaO。将该质粒转化枯草芽胞杆菌WB800,氯霉素诱导表达。上清经SDS-PAGE检测,嵌合蛋白CaO在枯草芽胞杆菌中得到表达。Western-blot证实,该蛋白具有反应原性。免疫电镜可观察到直径约15nm±2nm的VLP,表明嵌合蛋白在体外能有效组装。     

六种常见细菌16S rDNA基因的PCR-RFLP指纹图谱检测方法的建立

为建立针对肺炎克雷伯氏菌、产色葡萄球菌、莫拉菌、睾丸酮丛毛单胞菌、炭疽芽胞杆菌和布氏杆菌的快速检测鉴定方法,提取上述6种菌的基因组DNA,然后以提取的DNA为模板,用16SrDNA的通用引物27f和1492r进行PCR扩增。用17种内切酶,即AvaⅠ、BgⅡ、BamHⅠ、DraⅠ、EcoRⅠ、EcoRⅡ、HindⅢ、Hinf、HpaⅠ、PstⅠ、SmaⅠ、TaqⅠ、XbaⅠ、XmaⅠ、AluⅠ、XhoⅠ和PvuⅠ,分别对6种菌的16S rDNA基因的扩增产物进行酶切。酶切产物经琼脂糖凝胶电泳分析。结果显示,每种菌形成了特异的16S rDNA RFLP指纹图谱。结果表明,建立的方法能够对6种细菌进行准确的鉴定,适用于口岸动物皮毛中6种细菌的快速鉴定。     

Ⅰa型和Ⅱ型牛源无乳链球菌sip基因的遗传进化分析

为分析8株Ⅰa型和10株Ⅱ型牛源无乳链球菌的sip基因特征和遗传进化关系,采用PCR方法扩增目的基因并克隆入pGEM-T Easy载体后测序,进行了同源性分析和构建了遗传进化树。结果显示,18株菌株的sip基因全长均为1 305bp,无基因缺失。8株Ⅰa型菌株之间的sip基因核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性分别为99.8%～100%和99.5%～100%;而10株Ⅱ型菌株之间的sip基因核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性均为100%。18株菌株与其他不同来源、不同血清型参考菌株相应序列的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为97.8%～100%和96.8%～99.8%。sip基因的遗传进化树分析显示18株菌株处于2个不同的大分支上,其中Ⅱ型菌株处于同一分支上,与中国菌株Mf32和美国菌株GB01068、GB01089的亲缘关系最近,而Ⅰa型菌株处于另一个分支上,与中国菌株Ly2和美国菌株GB00549的亲缘关系最近。说明8株Ⅰa型菌株和10株Ⅱ型菌株分别来源于不同的菌株,但它们的sip基因同源性很高,而且与参考菌株的sip基因相比,目前仍属于保守基因。     

广西区2008-2011年猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2基因的遗传变异分析

为了解广西壮族自治区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异情况,对2008-2011年间来自广西各地的部分PRRSV阳性病料进行Nsp2基因的扩增和测序分析。结果显示,获得的49个毒株均为美洲型,其中46株具有高致病性变异毒株的序列特征,即其Nsp2蛋白缺失第481位和第533～561位aa,其余3株不具有上述缺失,属于PRRSV传统毒株。广西区49个毒株Nsp2基因间核苷酸序列的同源性介于84.8%～99.7%,与VR-2332、CH-1a、HB-1及JXA1株核苷酸序列的同源性分别为80.5%～83.7%、89.7%～92.6%、92.4%～96.3%、92.8%～99.3%,而与LV株核苷酸序列同源性仅为51.0%～53.9%。基于Nsp2基因核苷酸序列所绘制的遗传进化树,可将所有美洲型PRRSV毒株分为4个亚群,广西区的49个毒株有3株分布在以HB-1株为代表的Ⅲ亚群,46株分布在以JXA1株为代表的Ⅳ亚群。表明,当前广西区PRRSV流行毒株均为美洲型毒株,并且以Ⅳ亚群为优势基因亚群,各毒株间的Nsp2基因序列存在一定的差异,但没有明显的地域特征。     

鸡传染性支气管炎病毒中国分离株S1基因的序列分析

采用RTPCR方法扩增了12株鸡传染性支气管炎病毒中国分离株的全长S1基因,并进行了序列分析。通过与GenBank中登录的其他IBV参考毒株S1基因序列比较,进行了系统进化分析。结果表明,12株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群。其中11株分离株与国内一些分离株亲缘关系最近,属于同一进化亚群,而广西分离株GX041则与欧洲毒株4/91亲缘关系较近,属于另一亚群。这些结果说明,中国各地的流行毒株变异较大,实际免疫中要根据流行毒株的特性选择合适的疫苗株来进行。     

湖南省华支睾吸虫线粒体cox1和nad1基因的克隆及进化分析

为了研究湖南省华支睾吸虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建华支睾吸虫与其他吸虫的种群遗传进化树。应用聚合酶链反应扩增华支睾吸虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序中的MP法和MEGA4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。结果显示,所获得的pcox1和pnad1序列长度分别为1 100bp和790bp,种系发育进化表分析表明,25个华支睾吸虫分离株位于同一分枝。证实华支睾吸虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为华支睾吸虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定基础。     

三株鸡马立克氏病病毒流行毒株基因组重复区的序列测定及分析

对国内3株马立克氏病病毒血清1型(Marek’s disease virus type 1,MDV-1)流行毒株的基因组重复区进行序列测定及分析,并与GenBank中登录的MDV-1参考毒株序列进行比较。结果显示,3株毒株的基因组重复区序列具有较高同源性,在进化上属于一独立分支。3株毒株的长重复区长度约为12kb,预测的开放阅读框(ORF)分别为43、40、43个;短重复区约为12kb,预测的ORF分别为27、25、26个。3株毒株的多个ORF中存在它们特有的共性氨基酸突变,是国内MDV-1流行毒株的特有的遗传性特征。该研究为我国MDV的流行、遗传变异及防控研究提供了材料。     

基于cytb基因对大熊猫等六种珍稀野生动物感染蛔虫的种系发育分析

为分析大熊猫、小熊猫、北极熊、黑熊四川亚种、浣熊和猕猴等6种野生动物蛔虫cytb基因的遗传多态性及其种系发育关系,对这6种野生动物寄生蛔虫cytb基因进行了扩增与测序分析,并分别构建NJ、MP和ML系统进化树。结果显示,六种野生动物寄生蛔虫的cytb基因经PCR扩增后共获得长度均为875bp的序列,其中大熊猫、小熊猫、北极熊、黑熊四川亚种和浣熊寄生的蛔虫cytb序列中包含了156个变异位点,而寄生于猕猴的蛔虫与寄生于猪的猪蛔虫在cytb序列上存在11个位点的差异。系统进化树显示,大熊猫等6种野生动物蛔虫聚类成贝蛔属分支。表明cytb基因适合于野生动物蛔虫的分类鉴定以及种系发育分析,可用于野生动物蛔虫的鉴别诊断。     

天祝白牦牛MSTN基因第3外显子的多态性分析

为分析天祝白牦牛MSTN基因第3外显子的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了698头天祝白牦牛MSTN基因第3外显子的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆、测序。结果显示,天祝白牦牛MSTN基因第3外显子有AA、AB和BB 3种基因型,其基因型频率分别为0.892 6、0.106 0和0.001 4,由A和B 2个等位基因控制。序列分析表明,天祝白牦牛MSTN基因第3外显子在41bp处发生了A→G突变,但并未导致编码氨基酸序列发生改变。统计结果表明,天祝白牦牛MSTN基因第3外显子呈低度多态。     

广西地区2004-2010年猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5及ORF7基因的遗传变异分析

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的分子遗传进化情况,对2004-2010年间广西的PRRSV阳性病料进行了ORF5、ORF7基因扩增和序列分析。结果显示,所获得的毒株均属于美洲型毒株,其ORF5基因间的氨基酸序列同源性为89.6%～99.5%,与VR-2332、Ch-1a、JXA1株的氨基酸序列同源性分别为84.6%～91%、89.6%～95.5%和93%～99%,而与LV的同源性为54.7%～56.7%;ORF7基因间的氨基酸序列同源性为87.1%～99.2%,与VR-2332、Ch-1a、JXA1株的氨基酸序列同源性分别为91.1%～96%、91.9%～96%和89.5%～99.2%,而与LV的同源性为55.6%～58.1%。基于ORF5和ORF7基因核苷酸序列绘制的遗传进化树,可将所有PRRSV分离株分为4个亚群,广西地区的毒株分布在以CH-1a为代表的Ⅱ亚群、以HB-1为代表的Ⅲ亚群和以JXA1为代表的Ⅳ亚群,以Ⅳ亚群为主。表明当前广西PRRSV流行毒株以美洲型Ⅳ亚群为优势基因亚群,并且各毒株间的ORF5和ORF7基因序列存在一定差异,但没有明显的地域特征。     

三株鸭源H9N2亚型禽流感病毒福建株全基因的测序及遗传进化分析

为明确3株鸭源H9N2亚型禽流感病毒福建株A/Muscovy duck/Fujian/CL/1997(H9N2)(简称CL株)、A/duck/Fujian/MH/2003(H9N2)(简称MH株)和A/duck/Fujian/FQ2/2007(H9N2)(简称FQ2株)全基因组的分子特征和遗传进化情况,采用RT-PCR方法扩增这3株病毒全基因片段,并进行序列比较及遗传进化分析。结果表明,所克隆的8个基因片段均有完整的开放阅读框,其血凝素基因蛋白裂解位点的氨基酸组成为-RSSR*GLF-,为不连续的碱性氨基酸,其静脉接种指数远小于1.2,均符合低致病性AIVHA蛋白裂解位点特征;CL株和MH株的HA基因在遗传进化上属于常见的CK/BJ/1/94群系;FQ2株HA基因在遗传进化上属于DK/HK/Y280/97群系,3株H9N2亚型AIV HA基因在遗传进化上均属于经典的欧亚种系。3株H9N2亚型AIV NA基因颈部均存在缺失,CL株和MH株的NA基因在遗传进化上属于常见的CK/BJ/1/94群系,FQ2株NA基因在遗传进化上属于G1群系。CL株和MH株的其他6个基因在遗传进化上均和经典的CK/BJ/1/94一致,而FQ2株则可能是由不同流感病毒基因亚系间发生自然重排的产物。     

猪大肠杆菌不耐热肠毒素LTB基因的克隆及原核表达

从河北省部分地区病猪中分离大肠杆菌,根据GenBank中登录的大肠杆菌不耐热肠毒素B亚基(LTB)基因序列,设计了1对引物,采用PCR技术扩增LTB的编码基因,得到一条375bp的片段。将其连入Simple-T载体中,经酶切、PCR及序列测定法进行鉴定。测序正确后,将该基因插入到pET-28a(+)载体中构建原核表达载体,将此重组质粒转化到Rosetta(DE3)感受态细胞中,并用IPTG诱导,将诱导产物用SDS-PAGE和Western-blot进行分析。结果显示,LTB基因可以在大肠杆菌中获得表达,表达产物分子质量约为14ku,与预计的蛋白分子质量大小一致。Western-blot分析表明,该蛋白可以与大肠杆菌免疫血清产生特异性结合反应,具有良好的抗原性,为大肠杆菌亚单位疫苗的研究奠定了基础。