棕蓑猫蛔虫ITS及5.8S rDNA序列的克隆与分析

以分离自广州动物园棕蓑猫体内的蛔虫为研究对象,用保守引物NC5和NC2对核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区ITS-1、ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增,扩增后的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,重组质粒通过菌液PCR鉴定后,对其进行序列测定及分析,旨在鉴定棕蓑猫蛔虫的种类。结果显示,目的片段ITS总长为907bp,2个不同样品之间的ITS序列没有差异,与狮弓蛔虫、猫弓首蛔虫和犬弓首蛔虫的ITS-1序列相似性分别为96.9%、71.3%和73.2%;5.8S序列的相似性分别为100%、95.5%和96.8%;ITS-2序列与GenBank中的狮弓蛔虫序列的相似性为94.3%,与猫弓首蛔虫、犬弓首蛔虫序列的相似性均小于60%。结果表明,此次分离的棕蓑猫蛔虫属于狮弓蛔虫。     

我国耳萝卜螺ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

以采自我国黑龙江省大庆市的耳萝卜螺样品为研究对象,利用核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区序列(ITS)的遗传标记特点,用保守引物BD1和BD2对rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8S序列进行PCR扩增,扩增纯化后克隆至pMD18-T载体,重组质粒通过菌液PCR鉴定后,对阳性菌落进行测序和分析。结果显示,所获得的23个耳萝卜螺样品的ITS及5.8SrDNA序列总长度为1 124～1 130bp,存在一定差异,包含ITS-1(548～551bp)、5.8S(175bp)、ITS-2(399～404bp)序列。23个黑龙江省耳萝卜螺之间ITS-1序列的相似性在98.3%以上,ITS-2序列相似性在98.2%以上;而与GenBank中其他椎实螺的ITS-1序列的相似度低于75.6%,与ITS-2序列的相似度低于83.1%。由于耳萝卜螺ITS序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为椎实螺种间遗传变异研究的标记。本研究结果为耳萝卜螺的分类鉴定以及进一步的分子流行病学研究奠定了基础。     

猴源环孢子虫的分离与分子鉴定

采用饱和蔗糖漂浮法、改良抗酸染色法和孢子化试验首次从广东某猴场的猴粪中分离到疑似环孢子虫卵囊。为了对其进行分子鉴定,采用巢式PCR和普通PCR方法,针对环孢子虫属18SrDNA和ITS基因设计了3对引物,扩增其目的片段,并进行了序列分析。结果显示,卵囊大小为7.5～10μm,经改良抗酸染色的卵囊染色程度不一,孢子化卵囊内含2个孢子囊,每个孢子囊内含有2个子孢子。通过PCR扩增,获得的18SrDNA目的片段长712bp,测序结果表明该猴源环孢子虫18SrDNA基因与Cyclosporacolobi、狒狒环孢子虫、人环孢子虫的相似率较高,在进化树上位于同一分支。获得的ITS-1+片段长760bp,其中ITS-1序列高度特异,在GenBank中未见同源性序列。结果表明,从猴粪中分离的疑似环孢子虫卵囊应属于环孢子虫。     

鲁道夫对盲囊线虫C新种的ITS rDNA序列测定及种系发育关系分析

以鲁道夫对盲囊线虫C种为研究对象,对其rDNA的内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增、测序和序列分析,以Clustal X 1.81程序对序列进行比对,然后用MEGA4.0程序的MP法和NJ法及PUZ-ZLE 4.1程序的ML法构建鲁道夫对盲囊线虫A、B、C种以及北方对盲囊线虫的种系发育关系.结果显示,鲁道夫对盲囊线虫C种的ITS-1,5.8 S,ITS-2序列大小分别为451 bp、127 bp和277 bp,鲁道夫对盲囊线虫3个种与北方对盲囊线虫ITS序列种内差异小,种间差异明显.种系发育关系分析发现,这3种方法(NJ法、MP法和ML法)构建的种系发育树的拓扑结构基本一致,其中C种和A种聚在一起,构成一支,再和B种聚在一起;北方对盲囊线虫单独成一支.研究结果证明鲁道夫对盲囊线虫C种确为一新种.     

四川家兔源万博节皮菌的分离鉴定及其致病性研究

为了有效防治家兔的真菌性皮肤病,对发生皮癣病家兔患部的皮屑、被毛采用沙保弱氏培养法(Sabourord cultivation)进行了分离纯化。对分离株进行了形态学鉴定、ITS序列分析和小鼠致病性试验。结果,分离到1株真菌(编号MXP-15-12-21)。分离株的ITS序列长度为669 bp,该片段包括ITS1、5.8S r DNA和ITS2的全部序列以及18S r DNA和28S r DNA的部分序列。NCBI Blast比对结果显示,分离株的ITS序列与须癣毛癣菌的有性型万博节皮菌(EU683894.1)的相似性为99%。根据形态学特征、ITS序列分析结果和构建的系统发育树可以将分离株鉴定为万博节皮菌。动物试验结果表明,该菌对小鼠皮肤有较强的致病性。     

野生动物捻转血矛线虫的分子鉴定及PCR检测方法的建立

为了对野生动物捻转血矛线虫进行分子鉴定并建立特异性PCR检测方法,基于ITS序列,对草食类野生动物粪便中毛圆线虫虫卵及幼虫DNA进行分子鉴定,并比较粪便和虫体样品的PCR扩增效果;基于ITS1序列建立了特异性PCR检测方法,并对20份临床粪样进行了检测。结果显示,2种草食动物(长颈鹿、弯角剑羚)粪便和虫体样品均扩增出ITS1和ITS2片段,且虫体DNA比虫卵DNA的扩增效果更好;经系统发育分析和BLAST比对,该毛圆线虫分离株属于毛圆科血矛属,与基因库中多株捻转血矛线虫ITS1和ITS2序列的相似性为98%~99%。结果表明,基于ITS1序列建立的PCR检测方法具有良好的特异性和敏感性,与幼虫鉴定法的符合率为95%,高于粪便虫卵检查法(70%),具有一定的临床应用价值。     

应用PCR-RFLP分析鉴别广西鸡毒霉形体

针对鸡毒霉形体 (MG) 16S和 2 3SrRNA基因间的高变区序列设计合成了 1对引物 ,对MG菌株进行了PCR扩增 ,获得了 1条 899bp的DNA片段 ,而其他禽病病原DNA无扩增。扩增产物经用限制性内切酶AfaⅠ和DraⅠ进行酶切片段长度多态性分析 ,表明各MG菌株酶切图谱间均存在差异。     

利用16 S rDNA序列对两种芽孢杆菌的鉴定

根据不同种属细菌的16 S rDNA序列两端的保守性区域设计通用引物,提取菌株的基因组DNA,对菌株的16 S rDNA进行了PCR扩增,对扩增到的目标片段进行了测序,将测序结果与NCBI上已知菌种的16 S rDNA序列进行了BLAST对比,并构建了系统进化树.结合传统的形态观察及生理生化特性鉴定,16 S rDNA序列分析结果证实芽孢杆菌Pab02为枯草芽孢杆菌,PAS38为蜡样芽孢杆菌.     

表达牛分枝杆菌esat-6和cfp-10基因的重组流产布氏杆菌S19疫苗株的构建及毒力评估

通过overlap PCR扩增了含有bp26基因上游片段、bp26基因下游片段及牛分枝杆菌esat6-cfp10基因的目的片段Δbp26-ec,利用含有sacB基因的自杀质粒pRE112为载体,通过等位基因交换的方法,将构建好的自杀质粒电转入已经构建好的缺失bp26基因的流产布氏杆菌减毒活疫苗S19突变株中,构建了具有非抗性基因标记的突变株S19-Δbp26-ec,并对构建好的新型基因突变株进行了生物学特性及毒力的鉴定及分析。PCR及核苷酸序列测序结果显示,S19-Δbp26-ec构建成功。与亲本株相比,疫苗株S19-Δbp26-ec的生长特性没有显著性差异;体外连续传至20代后,菌落PCR和核苷酸测序结果显示,S19-Δbp26-ec株具有良好的遗传稳定性。被感染小鼠脾重和脾中菌落数表明,S19-Δbp26-ec的毒力最弱,S19和S19-Δbp26次之。上述结果表明,本试验获得了毒力减弱的基因突变株S19-Δbp26-ec,为牛布氏杆菌病-结核病二联疫苗的研制奠定了基础。     

狂犬病的分子生物学诊断

从攻击咬伤人并致其死亡的犬脑组织中提取总RNA ,用特异性引物通过反转录聚合酶链反应 (RT PCR)获得了长度约为 14 2 3bp的核酸片段 ,与预期的片段大小相符 ;将扩增产物连接到pMD 18 T 载体中 ,转化大肠埃希氏菌JM 10 9,筛选氨苄青霉素抗性菌落 ,提取质粒 ,经酶切鉴定、PCR分析及测序 ,证明所克隆的 14 2 3bp片段含有完整的狂犬病病毒N基因 ,与国外参考毒株的序列相比同源性较高 ,从而做出正确的诊断。试验表明 ,用RT PCR技术检测狂犬病病毒灵敏度高、特异性强 ,适合于实验室应用     

大熊猫等八种野生珍稀动物蛔虫ITS-2基因的序列分析

为了探讨寄生在大熊猫、小熊猫、黑猩猩、白眉长臂猿和4种熊科动物(北极熊、棕熊西藏亚种、狗熊四川亚种和棕熊东北亚种)体内蛔虫的分类地位,测定了核糖体第二内转录间隔区(ITS-2)基因序列,并对这些序列进行同源性分析和采用UPGMA法构建分子系统树。结果表明:寄生在大熊猫、小熊猫和4种熊科动物体内的蛔虫均为贝蛔属蛔虫;寄生在黑猩猩和白眉长臂猿体内的蛔虫为蛔属蛔虫。分析结果提示蛔虫与宿主之间存在协同进化关系。     

牛新孢子虫病和弓形虫病的流行病学调查

为了调查我国牛新孢子虫和弓形虫的感染情况,应用新孢子虫酶联免疫吸附试验(ELISA)和弓形虫间接血凝试验(IAT)分别检测了来自国内10个省(市、自治区)的262份乳牛、10份肉牛和40份水牛血清。结果显示,乳牛新孢子虫的抗体阳性率为17.2%,弓形虫的抗体阳性率为2.3%,没有检测到既有新孢子虫抗体又有弓形虫抗体的乳牛血清。各牛场所检乳牛血清的新孢子虫抗体阳性率在0~34.4%之间。在水牛和肉牛血清中未检测到新孢子虫抗体和弓形虫抗体。流产乳牛血清的新孢子虫抗体阳性率为20.2%,未流产乳牛为16.1%,其中血清抗体阳性乳牛主要在妊娠中晚期流产。各个年龄段乳牛血清的抗体阳性率差异不显著(P>0.05)。不同妊娠胎次的乳牛血清抗体阳性率差异不显著(P>0.05)。确认新孢子虫病在国内大部分牛场存在。     

青海省格尔木市乳牛新孢子虫病的血清学调查

用重组蛋白GST-NcSAG1t作为ELISA诊断抗原,对格尔木市乳牛犬新孢子虫病进行了调查。结果,从35份乳牛血清样品中检出犬新孢子虫抗体阳性血清4份,阳性率为11.42%。检测结果说明,青海省格尔木市饲养的乳牛牛群中存在犬新孢子虫感染。     

片形吸虫第一内转录间隔区DNA多态性的研究

以不同地区的片形吸虫虫株为研究对象 ,经PCR扩增出了ITS 1部分基因片段 ,采用单链构象多态性 (SSCP)方法 ,并结合序列分析研究了不同地区片形吸虫ITS 1DNA的多态性。不同地区的样品经SSCP分析 ,显示 3种带型 ,第 1种为大片形吸虫的带型 ,第 2种为肝片形吸虫的带型 ,第 3种为 2种带形的混合带型。广西区样品和大部分贵州省样品属于大片形吸虫带型 ;四川省、黑龙江省和部分贵州省样品为混合带型 ;南京市和甘肃省样品为肝片形吸虫带型或混合带型。测序结果表明 ,根据ITS 1基因的序列变异位点可区分 2种片形吸虫 ;表现为混合带型的样品在变异位点具有多态性。本研究结果显示 ,ITS 1片段可作为遗传标记用以区分大片形吸虫和肝片形吸虫 ,同时也证实 ,在我国除了这 2种片形吸虫外 ,还可能存在着“中间型”的片形吸虫     

鸭疫里氏杆菌鸭源致病性大肠埃希氏菌和鸭沙门菌的RAPD研究

以 4株不同血清型的鸭疫里氏杆菌、5株不同血清型的鸭源致病性大肠埃希氏菌和 5株同一血清型的鸭沙门菌为研究对象 ,分别提取基因组DNA ,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对其基因组DNA进行了分析。结果 ,从 2 0条随机引物中筛选出了 38条能在这 3种菌中有较好多态性的随机引物 ,8个有效引物共扩增出了 10 2个DNA片段 ,其中 14个菌株共有的谱带仅有 1条 ,显示多态性的片段有 10 1个 ,占 99.0 % ;对RA的 4个菌株扩增出的谱带数为 5 1条 ,共同片段有 12条 ,多态性片段 39条 ,占 76 .5 % ;对沙门菌的 5个菌株扩增出的条带数为 4 6条 ,共同片段为13条 ,多态性片段 33条 ,占 71.7% ;对大肠埃希氏菌的 5个菌株扩增出的条带数为 4 8条 ,共同片段 4条 ,多态性片段 4 4条 ,占 91.7%。在 8条引物中进一步筛选出 1条引物G12 ,其图谱中 5 35bp的条带为鸭疫里氏杆菌所特有 ,330bp的条带为沙门菌所特有 ,12 2 7bp的条带为大肠埃希氏菌所特有 ,表明G12可作为分子标记用来鉴别这 3种细菌。     

口蹄疫病毒A/WH/09株结构蛋白P1基因的克隆及其B细胞抗原表位的预测

对口蹄疫病毒(FMDV)A/WH/09株P1结构蛋白基因进行了扩增、克隆及序列测定。结果显示,FMDV A/WH/09株P1基因长2 208bp,包含完整的开放阅读框,编码736个氨基酸,其中VP1长636bp,编码212个氨基酸;VP2长654bp,编码218个氨基酸;VP3长663bp,编码221个氨基酸;VP4长255bp,编码85个氨基酸。采用DNAStar Protean软件对P1蛋白的二级结构、可塑性、亲水性、表面可及性及抗原指数等参数进行了综合分析,并预测其B细胞的抗原表位分布。结果表明,VP1、VP2和VP3上均有多个区域为B细胞抗原优势表位,VP4上也有少量潜在的B细胞抗原表位。与已鉴定的B细胞抗原表位相比,本试验所用方法预测的结果有较高的准确度,是一种较为先进的表位研究方法。     

新城疫病毒V4株L基因的克隆与序列分析

设计了 2对引物V4L1、V4L2和V4L3、V4L4 ,用RT PCR法对新城疫病毒 (NDV )V4克隆株的L基因进行了分段克隆。用V4L1、V4L2扩增出约 4 .1kb的V 4LA片段 ,用V4L3、V4L4扩增出约 3.5kb的V 4LB片段 ,分别对克隆出的 2个片段进行序列测定 ,并用DNAsis软件比较分析后进行拼接 ,得到长约 7.2kb、包含有NDVV4克隆株L基因全长的核苷酸序列。NDVV4克隆株L基因mRNA全长为 6 70 4bp ,拥有 1个 6 6 15bp的开放阅读框 ,推测其编码的氨基酸数为 22 0 4个。氨基酸同源性分析表明 :V4克隆株与HB92V4株L基因的同源性为 99.0 % ,与LaSota、B1、B1T(美国Takaaki分离株 )、BeaudetteC、Clone30、F4 8E9、SF0 2和ZJ1株的同源性为 94 .1%～96 .5 %。     

用RAPD技术分析鸡毒霉形体广西分离株的DNA多态性的研究

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术 ,以随机引物成对组合的方式对鸡毒霉形体(MG) 5株广西分离株和 3株标准株DNA进行了多态性分析。结果显示 ,所选用的 2 0条引物中 ,有 3对 (6条 )引物扩增的条带为 2～ 10条 ,大小在 2 0 0～ 30 0 0bp。相似指数分析显示 ,广西MG分离株Y2与WL、CH与Y3的相似指数最高 ,分别为 0 .92和 0 .86 ,其与H2的相似指数为 0 .36～ 0 .6 2。 3株MG标准毒株S6、K2 2 2 1、K15 0 1与广西分离株间的相似指数为 0 .17～ 0 .5 7。表明广西流行的MG与MG标准株存在差异 ,当地的流行株也呈现多样性     

犬源韦氏巴贝斯虫的分子鉴定和系统发育研究

无菌采集疑似巴贝斯虫感染血样,进行全血基因组DNA的抽提,用保守引物5-22F和1661R进行巴贝斯虫18SrRNA基因的PCR扩增,扩增产物经克隆、测序后,获得大小为1 677bp的核苷酸序列。序列比对和系统发育分析发现,该序列与韦氏巴贝斯虫(AB083374)18SrRNA基因的相似性达100%,而与犬巴贝斯虫(AY072926)、罗氏巴贝斯虫(L19079)和吉氏巴贝斯虫(AF271081)18SrRNA基因的相似性分别为98.0%,95.2%和93.4%。从分子水平证实了韦氏巴贝斯虫在广东宠物犬的存在,同时也对巴贝斯虫的分类进行了讨论。     

牛源犬新孢子虫MAG1基因的克隆及原核表达

为了解牛源犬新孢子虫MAG1基因的免疫学特性,根据MAG1基因序列,设计并合成了1对用于扩增MAG1基因的引物。将PCR扩增产物连接到原核表达载体pGEX-4T-2上,转化大肠杆菌BL21(DE3)中。SDS-PAGE结果显示,MAG1在大肠杆菌中获得了较高水平的表达,表达蛋白的分子质量为65ku。Western-blot结果显示,表达的MAG1蛋白可被牛源犬新孢子虫阳性血清特异性识别,表明该MAG1蛋白具有较好的反应原性。本研究为新孢子虫病疫苗及诊断试剂盒的研究奠定了基础。