常染色体21个SNPs多态性分型方法研究

目的建立常染色体21个SNPs的多态性分型方法。方法采用荧光标记公用引物和等位基因特异性引物原理设计SNP复合扩增引物体系,对45个备选SNP位点筛选,选出21个及性别Amelogenin构成复合扩增体系。PCR产物经3130XL型电泳仪电泳分离,GeneMaperTM3.0数据分析软件分析结果。同时随机选取6份样品,使用测序方法对SNP分型并进行测序验证。结果应用本研究建立的复合扩增体系扩增样品,产物经毛细管电泳后,每个SNPs均可正确判定基因型。随机选取6份样品SNPs位点测序结果显示,荧光标记SNPs复合扩增分型与直接测序结果完全一致。结论本研究建立的荧光标记公有引物特异性片段常染色体21个SNPs复合扩增方法是SNP多态性分析的一种有效方法,并有助于解决SNP分型识别能力、效率、通量和高成本的问题。     

单核苷酸多态性与法医学DNA分型技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分型技术越来越成为法医学领域关注的热点,它在研究Y染色体或线粒体单倍型以及DNA表型的分析中具有重要应用价值。本文着重比较分析了SNP技术与片段长度多态性技术之间的优劣,同时就当前STR位点识别概率与所需选择的SNP位点数进行探讨。此外,本文还就各类SNP分型方法的优缺点及其法医学应用进行了论述。     

单核苷酸多态性与DNA芯片技术在法医学中的应用

８０年代中期,Jeffreys建立的DNA指纹技术是法医学DNA分型的里程碑。针对人类基因组小卫星VNTR位点靶序列作RFLP分析,获得高度个体特异性DNA指纹图,使法医学第一次能够作出认定同一性,认定亲生关系的鉴定结论。此为第一代法医DNA分型技术。８０年代后期,Mullis建立PCR技术,以基因组内STR位点多态性位点为靶序列作PCR扩增,利用电泳分离,分析STR位点多态性。PCR－STR分型结合了PCR高效扩增和STR位点高度多态性的特点,成功地解决了检测灵敏度问题,采用复合扩增多STR位点的办法,鉴别能力达到或接近DNA指纹水平…     

印记基因KCNQl的遗传多态性及在亲权鉴定中的应用

目的 为了调查印记基因KCNQl的STR位点在中国汉族人群中的遗传多态性,利用亲源印记等位基因(parentally imprinting allele,PIA)分型法确定孩子的等位基因亲代来源,为亲权鉴定提供新的侯选STR位点.方法 应用Chelex法提取153例佳木斯地区汉族健康无血缘关系个体DNA,用QIAamp Blood l(jt(Qiagen)法提取3个家庭10个个体DNA,PCR扩增,凝胶电泳分型,ABlPRIsMTM3730xL DNA测序仪测序;甲基化敏感性限制性内切酶消化孩子基因组DNA,PCR扩增,确定孩子等位基因的亲代来源.结果 发现在中国佳木斯地区汉族人群中KCNQ1基因的STR有7个等位基因,多态信息含量为0.662,且KCNQI基因的STR位点呈父源印记.结论 印记基因KCNQl的STR位点有很好的多态性.可为亲权鉴定提供新的侯选遗传标记,其亲源特异性甲基化标记有望应用于单亲鉴定中.     

法医个人识别检验中SNPs的选择及技术考量

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）约占人类的基因多态性的80％,是一种重要的基因多态性。人类基因组中的SNPs含量丰富,有约1000万个之多。与STRs相比,SNPs突变率更低,等位基因更少,扩增产物长度更短。目前SNPs与个人识别方面的相关研究较多,并有一些应用方面的尝试,但在一些关键问题上还缺乏完全成熟的解决方案,如核心个体识别SNPs的选择、扩增方案、分型平台等尚无定论。本文就这些问题进行探讨,旨在为进一步研究和实践应用提供参考。     

武汉地区汉族人群线粒体DNA Region V区9bp片段缺失多态性

目的 研究武汉地区汉族群体线粒体DNA RegionV区9bp片段缺失多态性.方法 PCR扩增后采用银染技术分离片段,检测武汉地区汉族群体线粒体DNA RegionV区9bp片段缺失的频率.结果 在武汉地区汉族239个无关个体中发现标准型、缺失型两种多态类型,9bp片段缺失频率为17.15％.结论 武汉地区汉族群体在DNA RegionV区9bp片段存在缺失多态性.     

线粒体DNA编码区的多态性

目的研究线粒体DNA(mtDNA)编码区单核苷酸多态性,建立mtDNA编码区多态性在法庭科学中应用的理论基础。方法针对mtDNA编码区nt8162-8483以及nt13070-13299两段序列设计引物,应用直接测序技术研究其多态性。结果两对引物扩增片段长分别为322bp和230bp,共检测到21种变异,24种单倍型,基因多样性为0.7511,两个无关个体的偶合概率为0.2564。结论线粒体DNA编码区多态性位点作为线粒体DNA控制区多态性位点的补充,联合应用可以提高线粒体DNA在法医学应用中的个体识别能力。     

DNA芯片分析单核苷酸多态性及其法医学应用

DNA芯片技术作为一门新兴的高科技生物技术,显示了它旺盛的生命力和迅猛的发展势头。单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms,SNPs)是最常见的人类基因组变异类型。它作为一种有效的人类遗传标记,在疾病相关性研究、药物基因组学、法医学、人类进化和迁移等研究中发挥了重要作用。它同DNA芯片技术结合运用也将在法医检验,尤其是亲子鉴定和个人识别中发挥重要作用。本文主要讨论了DNA芯片和SNPs的特点,以及二者联合运用于法医学的价值。     

用等位基因特异扩增技术检测人类补体第八成份C8A DNA多态性的研究

建立补体第八成份蛋白质多态性的DNA检测方法。根据导致C8A多态性的DNA点突变核苷酸差异 ,建立一个检测C8A基因型的特异性扩增方法。采用该法 ,对 10 0份血样本进行检测 ,并同时用传统的检测C8A蛋白质多态性的SDS 凝胶电泳方法进行对照检测 ,结果显示新建立的C8A多态性PCR分型方法不仅快速、灵敏、稳定 ,而且分型结果清晰 ,容易判读 ,适用于法医学中多种检材的C8A多态性分型     

安徽地区汉族人群15个STR基因座遗传多态性

应用荧光标记引物复合扩增技术,对安徽地区263名汉族无关个体的D3S1358、TH01、D21S11、D18S51、Penta E、D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、Penta D、vWA、D8S1179、TPOX、FGA等15个STR基因座的多态性调查,现报道如下。1材料与方法1.1样本及DNA提取263例汉族无关个体血样由本实验室日常检案积累,采用常规Chelex法提取样本DNA[1]。1.2复合扩增及分型按PowerPlexTM(Promega公司)16 System试剂盒说明书进行复合扩增及分型。PCR反应总体系10μl,其中Buffer 1μl,primer 1μl,Taq Gold酶0.3μl,DNA模板适量,…     

Melting curve SNP (McSNP) genotyping: a useful approach for diallelic genotyping in forensic science

The increasing availability of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) and Deletion/Insertion Polymorphisms (DIPs), as well as the outstanding progress in SNP genotyping technologies, will impact forensics profoundly. We have developed a new method for genotyping SNPs and DIPs, which is based on the determination of melting curve profiles of amplified DNA in solution. We have termed this method Melting curve SNP (McSNP) genotyping. Melting curve profiles are composites of the particular melting temperatures (Tm) of the individual fragments that comprise the DNA sample. Simple mixtures of DNA can be resolved in a very robust and efficient fashion, since the samples can be scored in the plates in which they were amplified with no or very few post-PCR manipulations. As such, McSNP is one of the least expensive genotyping methods available and can and should be useful in forensic science.     

Combined analysis of two different ancestry informative assays using SNPs and Indels in Eurasian populations

In the absence of a suspect or DNA database match, small multiplex assays with ancestry informative markers (AIMs) provide an alternative to comparative DNA analysis as the knowledge of an unknown stain donor's biogeographic ancestry can be helpful in guiding criminal investigations. AIMs can provide valuable information in such cases. The research focus for AIMs has been on multiplex assays of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertion/deletion polymorphisms (Indels). This work presents a combined analysis of two different AIM assays to increase differentiation between Eurasian populations.     

Distribution of the AMPFLPs YNZ22, 3′APOB and COL2A1 in the population of Galicia (NW Spain)

Two different electrophoretic methods were used for typing three amplified fragment length polymorphisms (AMPFLPs), (3′ApoB, YNZ22 and COL2A1) in a Galician (NW Spain) population sample. Because of the problems of anomalous mobility for the 3′ApoB system and the intermediate alleles found in the COL2A1 system, the use of automated sequencers and denaturing conditions is recommended for typing these two systems. Nevertheless, simple electrophoretic methods, such as the PhastSystem, can be used for YNZ22 typing. Although intermediate COL2A1 alleles can be distinguished with the sequencers, a binning approach was adopted for comparison purposes. The population sampled was in Hardy-Weinberg equilibrium for the three systems using an exact test. This type of statistical analysis is more appropriate when the number of alleles in a system is high. No significant differences with other Caucasian populations were found for the three systems studied. The characteristics of the polymorphisms, shown by 3′ApoB, YNZ22 and COL2A1, reflected in the statistical parameters studied, demonstrate that these AMPFLPs are of considerable interest for forensic purposes.     

用新设计引物调查武汉汉族Penta D和Penta E基因座遗传多态性

目的　研究PentaD和PentaE基因座分型引物设计 ,调查PentaD和PentaE基因座在武汉汉族人群中的遗传多态性。方法　用重新设计的PentaD和PentaE基因座分型引物 ,采用热启动PCR和PAGE技术对 2 81名武汉地区汉族无关个体进行分型调查 ,并将其分型结果与Promega公司的PowerPlexTM16系统荧光标记复合扩增试剂盒分型结果进行比较。结果　新设计引物扩增产物的片段大小范围分别为 15 3～ 198bp和 10 7～ 2 12bp ,其分型结果与PowerPlexTM16系统的分型结果完全一致 ,且用银染法检测的灵敏度显著提高 (由 0 5ng提高到 0 2ng)。PentaD和PentaE基因座在武汉汉族群体分别检出 10个和 2 1个等位基因 ,其基因型频率分布均符合Hardy Weinberg平衡。家系调查证实了其等位基因的传递符合孟德尔遗传规律。两基因座的个体识别能力 (DP)分别为 0 92 62、 0 9860 ,非父排除率 (PE)分别为 0 665 1、 0 83 2 5。结论　新设计引物用于PentaD和PentaE基因座的分型检测准确可靠 ,两基因座多态性程度高 ,在法医学个人识别和亲子鉴定中具有使用价值。     

中国人p33.6位点的扩增片段长度多态性

用PCR、小型聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染法对小卫星区域p33.6(D1S111)位点的扩增片段长度多态性(Amp—FLP)进行分析和对100例无关中国人p33.6位点的等位基因频率进行调查及数据处理,发现该位点核心序列重复数从9到22之间的全部14个等位基因,片段长度分布于435～925bp之间,基因频率为0.5～35.5％,杂合度为76％。对6个家系共22名相关个体进行分析,符合孟德尔遗传定律;对人体各种不同组织DNA进行该位点的分析,显示出高度的一致性。该位点适用于法医学上的个人识别以及亲子鉴定。     

微测序技术检测12个Y—SNP及其遗传多态性

目的应用SNaPshotKit对Y染色体上12个SNP位点进行快速而准确的检测,对四川地区78个汉族男性无关个体进行群体遗传学研究,并对陈旧骨骼和性犯罪案件的相关物证进行检验。方法对SRY2627、SRY1532、M13、M20、SRY8299、Tat、M69及M9、92R7、M17、M19、M112两组共12个Y-SNP位点进行复合扩增,PCR产物经纯化处理后,采用SNaPshotKit试剂结合毛细管电泳技术对单核苷酸多态性进行检测。结果建立了12个Y-SNP位点的微测序快速检测系统,在四川地区人群中发现M9、SRY8299二个位点存在变异。结论复合扩增结合微测序技术能够同时对多个Y-SNP的多态性进行快速而准确的检测,建立的检测系统在法医学个体识别中具有应用价值。     

Development of a fast, simple profiling method for sample screening using high resolution melting (HRM) of STRs

A screening assay has been developed to provide preliminary individualization of crime scene samples thus eliminating expensive, time-consuming short tandem repeat (STR) profiling of nonprobative samples. High resolution melting performed in a real-time PCR instrument is used to detect the slight melting differences between the length and sequence variations of 22 forensic STRs. Three STRs (vWA, D18S51, THO1) were chosen to develop an assay which was optimized for Mg++ concentration, annealing/extension time/temperature, assay volume, and bovine serum albumin addition. The assay was tested for reproducibility, uniformity for genotype, melting profile consistency, effects of inhibitors, and mixture effects. The assay could be used to determine DNA concentration when a standard curve is run simultaneously. Calculations of costs show that the assay can save significant time and money for a crime with many samples or suspects.     

Genetic population data of 38 autosomal InDels for the Amerindian community Embera-Chami of Lapo,Antioquia-Colombia

This paper presents the genetic characterization of the Embera-Chami Amerindian community of Lapo-Antioquia-Colombia using 38 autosomal Indels. This group of markers showed a high discriminatory power (>99.9999%) and an appropriate power of exclusion (99.40%), allowing the use of these markers in the field of forensic genetics in this population.     

中国朝鲜族线粒体DNA编码区序列多态性

目的调查中国朝鲜族群体线粒体DNA（mtDNA）编码区内5个部位 3954～4506nt、5218～5974nt、7942～871Int、10296～10653nt 及14496～14867nt的序列多态性。方法采用PCR产物直接测序方法,对212名中国朝鲜族（吉林省延边地区）无关个体进行序列多态性变化和单倍型分布调查。结果在212名无关个体中,共分出148种单倍型。遗传变异度为0．9931,耦合概率为0．0116。测序结果与Anderson标准序列比较,共检测出109个变异位点,其中79个已收录于MITOMAP。结论mtDNA编码区多态性联合应用可以提高mtDNA的个体识别能力。町为相关遗传学研究提供基础数据资料。