烟蒂DNA分型的研究

目的 研究烟蒂中DNA提取及其检验。方法 用Chelex-100法提取170枚烟蒂样本的DNA,进行PCR扩增及STR检验。结果 除1名志愿者提供的21枚烟蒂外层纸未能检出STR基因分型外,其余烟蒂外层纸均得到分型结果。加入少许烟丝的样本未能检出STR分型,与口唇接触的海绵有时可检出基因型,6个月内的烟蒂可检出小片段基因座。结论 烟蒂能进行DNA分型,在法医检案中具有应用价值。     

一次性牙刷上脱落细胞的DNA提取及STR分型

目的研究一次性使用牙刷上脱落细胞的DNA提取和STR分型。方法对一次性使用牙刷的采集方法、采集部位、DNA提取方法、存放时间对STR分型的影响进行比对研究。结果割取法可获得较高浓度的DNA,30例中检出9个以上基因座达27例,与擦拭法存在统计学差异（P〈0.05）。Chelex-100法、DNA IQTM法检出9个以上基因座分别为26例、24例,STR分型结果无统计学意义（P〉0.05）。提取牙刷的前、后部三束刷毛检出9个以上基因座分别达27例、28例,STR分型结果无统计学意义（P〉0.05）;放置1天、1周、1个月、3个月、6个月的时间后检出9个以上基因座分别为28例、27例、22例、12例、7例。结论割取法提取一次性牙刷上的脱落细胞进行STR分型效果良好;放置时间越长的牙刷,检出率越低。     

甲醛固定石蜡包埋组织STR分型检测

目的评估10%甲醛固定石蜡包埋组织STR分型结果的影响因素。方法采用QIAGEN法、IQ法、Chelex法对2具新鲜尸体在尸检时常规制备的心、脑、肝、脾、肾、肺、胃、肠石蜡包埋组织进行DNA提取,用AmpFlSTR Identifiler试剂盒进行PCR扩增,在3100-Avant上完成片段分析。另外对15个案例中室温保存1～5年的心、肝、肺、肠存档石蜡包埋组织共56份采用同样的方法进行STR分型。以STR基因座检出率评估分型有效性。结果各种组织DNA片段均随着保存时间延长而持续降解,其中心、肺组织STR基因座检出率与保存时间存在线性相关。相同保存时间时,各种组织基因座检出率差异有统计学意义。其中以肺组织在不同保存时间中基因座检出率最高。结论在甲醛固定时间一定的条件下,存放时间、组织类型、DNA提取方法和PCR模板质量浓度是影响石蜡包埋组织STR分型的重要因素。     

多重置换扩增技术用于法医学微量DNA检测效果

目的探讨多重置换扩增(MDA)技术对法医学微量DNA样品STR检测分型的效果。方法用MDA技术对不同模板量DNA进行全基因组扩增(WGA),扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用Profiler PlusTM试剂盒检测基因型。结果该方法可对模板DNA增加104～106倍。1ng样品DNA的MDA产物可获得9个STR基因座和Amelogenin性别基因座的准确分型结果;低于0.1ng的样品DNA经MDA扩增后,基因座检出数增加,但可见等位基因不平衡或丢失现象。结论MDA技术可有效增加DNA模板量和提高微量DNA分型效果。但样品DNA量低于0.1ng时,MDA产物的STR分型结果判读须慎重。     

多重置换扩增技术用于法医学微量DNA检测效果

目的探讨多重置换扩增（MDA）技术对法医学微量DNA样品STR检测分型的效果。方法用MDA技术对不同模板量DNA进行全基因组扩增（WGA）．扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用Prrfiler Plus^TM试剂盒检测基因型。结果该方法可对模板DNA增加10^4～10^6倍。1ng样品DNA的MDA产物可获得9个STR基因座和Amelogenin性别基因座的准确分型结果；低于0．1ng的样品DNA经MDA扩增后，基因座检出数增加。但可见等位基因不平衡或丢失现象。结论MDA技术可有效增加DNA模板量和提高微量DNA分型效果。但样品DNA量低于0．1ng时，MDA产物的STR分型结果判读须慎重。     

改良IPEP法用于痕量DNA检测的实验研究

目的探讨改良扩增前引物延伸(IPEP)法对痕量DNA样本STR检测分型的效果。方法用改良IPEP法对痕量样品DNA进行全基因组扩增(WGA),扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用AmpFLSTR~ Indentifiler~试剂盒作基因型检测。结果该方法可增加模板DNA约200~1100倍。基因组DNA不低于0.025ng时,可获得15个STR基因座和Amelogenin性别基因座的分型结果。基因组DNA0.01~0.025ng时,可获得9个以上基因座的分型结果。结论改良IPEP法可有效提高痕量DNA样本STR分型检验的灵敏度,有较好的实用价值。     

脱落毛发及毛干DNA的STR分型研究

目的探讨脱落毛发及毛干细胞核DNA提取、含量和STR分型问题。方法对脱落毛发或毛干进行DNA提取和定量,使用低扩增体系、增加循环次数和多次平行扩增等方法扩增DNA样本,采用叠加比较的方法分析STR分型。结果15cm脱落毛发样品DNA含量大于0．3ng的样品占52．8％,STR分型成功率为55．6％;15cm毛干样品DNA含量大于0．3ng的样品占30．6％,STR分型成功率为25％。结论采用增加循环次数、多次平行扩增等LCN—STR分型方法和Mini—STR试剂盒有助于脱落毛发及毛千的STR基因座分型获得。     

Chelex-100提取生物检材DNA实时PCR定量研究

目的研究Chelex-100法提取的生物检材DNA用量与复合STR分型成功率的关系。方法113份各种生物检材采用Chelex-100法提取DNA，应用Quantifiler人类DNA定量试剂盒在ABI 7500荧光定量PCR仪上进行实时PCR定量，同时用Identifiler复合扩增系统在ABI 3100遗传分析仪上对这些DNA样品进行STR分型。结果各种生物检材提取的DNA浓度分别为：37份滤纸、纱布血痕0．042～5．28ng／μl，16份口腔拭子1．15—4．21ng／μl，18份烟头0．016～1．46ng／μl，10份肋软骨0．531—14．40ng／μl，8份肌肉5．75—24．80ng／μl，7份指甲0．788—11．50ng／μl，17份精斑0．79～99．50ng／μl。在建立的8μl扩增体系中，根据上述结果，调整用于复合STR扩增的DNA模板量在0．5—3ng之间，大部分样品可获得完全的STR分型。结论Chelex-100法提取的检材DNA模板用量在0．5—3ng之间可得到有效STR扩增，浓度为0．5ng／μl以上的DNA样品，用小体积模板（1μl）比大体积（3μl）模板扩增效果好。     

福尔马林固定组织SNP与STR检测的比较

目的检测经长期福尔马林固定的组织降解情况,并比较组织中SNP与STR的检出率。方法本文对24例经福尔马林固定、-20℃保存5年的组织样本,采用Quantifiler?Trio DNA定量试剂盒检测样本DNA的降解系数及浓度,运用55-SNPs SNa Pshot复合分型体系和Power Plex?21试剂盒分别进行SNP与STR检测。结果大部分样本降解系数在1~8,发生不同程度的降解。与未降解样本相比,SNP分型完全一致,检出率为100%;其中8例样本STR分型存在33个等位基因丢失,降解系数均大于2.6,且75.8%的等位基因片段长度大于300bp。当样本检测出16个STR基因座时,似然率与54个SNP相当。当样本检出大于17个STR时,似然率大于54个SNP。STR基因座片段长度与等位基因检出率之间呈负相关。除2例样本降解系数较小却发生等位基因丢失外,其余样本降解系数与等位基因检出率之间呈负相关。结论经福尔马林长期固定的组织DNA易降解,检测SNP明显优于STR,但需要更多的SNP以提高个体识别能力。     

基于重组质粒制备STR分型阳性参照物

目的基于重组质粒制备可用于校准法医STR分型的阳性参照物。方法以常用阳性参照物9948人类基因组DNA STR分型为依据,基于重组质粒构建包含CSF1PO、D7S820、TH01等40个常染色体位点,DYS391、DYS522、DYS385a/b等22个Y染色体位点以及性别判定基因座Amelogenin的STR分型阳性参照物。将重组质粒定量、稀释后等比例混合,分别应用于DNATyper~?19、DNATyper~?24、DNATyper~?Y、Amp F?STR~?Identifiler~?Plus以及Power Plex~?18D System五种扩增试剂盒。结果阳性参照物中各重组质粒浓度为0.01pg/μL~0.001pg/μL;应用于Amp F?STR~?Identifiler~?Plus PCR扩增试剂盒,基于重组质粒制备的阳性参照物与人类基因组DNA扩增检测结果差异较小;将此阳性参照物分别应用于不同公司、不同STR基因座的四种STR扩增试剂盒,电泳检测图谱显示各基因座基因型完整,分型正确,峰高相当,基因座间均衡性良好。结论基于重组质粒制备STR分型阳性参照物,是一种可以替代细胞系制备阳性参照物的方法,具有一定的参考价值。基于此方法制备的阳性参照物可适用于市面上常用的STR检验试剂盒,普适性较强,对法医DNA分型检测有一定的实用价值。