基于27-plex SNPs的内蒙古地区4个人群的族源推断研究

目的基于27-plex SNPs族群推断体系对内蒙古地区汉族、蒙古族、鄂温克族及达翰尔族的遗传结构及族群成分进行研究。方法使用27-plex SNPs试剂盒检验四个人群的989份样本并获取SNPs位点分型,利用STRUCTURE聚类分析、主成分分析及系统发育树综合分析人群之间的遗传关系,使用族群推断软件DAA v1.0(DNA Ancestry Analyzer,DAA)对族群来源进行推断,通过与已知样本信息对比,推断结果的准确性。结果 STRUCTURE聚类分析和主成分分析结果显示调查的四个民族主要族群成分均为东亚(占92%以上);系统发育树显示四个民族与其他东亚族群的亲缘关系较近,聚为一支;除27份样本祖先来源被归为混合族群或不排除混合族群外,其余样本祖先来源均为东亚,推断准确率达97.27%。结论内蒙古地区汉族、蒙古族、达翰尔族及温克族均为东亚族群,蒙古族、达翰尔族及鄂温克族3个少数民族的遗传关系更近。使用27-plex SNPs族群推断系统对内蒙古地区汉族、蒙古族、达翰尔族及鄂温克族进行遗传推断,结果可靠。     

27-plex SNPs复合扩增检测体系构建与应用评价

目的建立27个常染色体SNPs复合检测体系,用于未知个体种族来源推断。方法通过对Hap Map数据库中描述祖先(非洲、欧洲、东亚)的遗传标记信息分析,选出27个SNPs位点,构建27个SNPs复合扩增体系;采用该体系对17个不同祖先人群的1 164份样本进行测试,得到的分型数据和在Hap Map数据库查询到的11个相关人群的数据;采用据聚类分析方法(K=3)进行祖先成分和匹配率计算,分析推算样品9947A的祖先来源,并进行体系性能验证。结果该体系可以进行单一和混合人群的种族来源和种族成分推断,来自新疆的人群遗传成分呈现在欧洲与东亚祖先之间连续分布,样品9947A祖先成分和匹配率与相关文献分析结果一致。浓度最低为0.1ng/μL时27个等位基因均可正确判型。结论本文构建的27-plex SNPs复合体系可以精确推断非洲、欧洲、东亚血统的个体祖先起源,且对欧亚混合人群(欧洲/东亚)有较好的推断能力,可在相关研究和实践中选择使用。     

基于38-plex InDels的西北地区人群遗传推断研究

目的基于38-plex InDels族群推断体系对中国西北地区新疆汉族、兰州汉族、兰州东乡族、兰州撒拉族、兰州裕固族5个族群的群体遗传结构和族群成分进行研究,评估该体系的推断效能。方法使用38-plex InDels体系检验西北地区5个族群共165份样本并获取InDel位点分型,使用Structure聚类分析、主成分分析及系统发育树综合分析族群间遗传关系,使用族群推断软件(DNA Ancestry Analyzer, DAA)对样本的族群来源进行推断,通过与已知样本信息以及27-plex SNPs族群推断体系检测结果的对比,分析38-plex InDels体系的推断效能。结果 Structure聚类分析和主成分分析显示5个族群的主要祖先成分均为东亚(占88%以上);系统发育树显示新疆汉族、兰州汉族、东乡族、撒拉族、裕固族均聚集到东亚一支,且兰州东乡族、撒拉族、裕固族遗传关系较近;两种族群推断体系检测结果一致性为95.15%(157/165)。结论新疆汉族、兰州汉族、东乡族、撒拉族、裕固族均为东亚族群,兰州东乡族、撒拉族、裕固族遗传关系更近。使用38-plex InDels族群推断体系研究西北地区5个族群的群体遗传结构和遗传关系,结果可供实践应用。     

基于38-plex InDels的青海地区三个族群遗传推断

目的基于38-plex InDels族群推断体系研究青海地区汉族、回族及撒拉族的族群成分与遗传结构。方法使用38-plex InDels复合扩增体系检测3个族群的220份样本并获取InDels位点分型,利用主成分分析、STRUCTURE聚类分析及系统发育树综合分析族群之间的遗传关系,使用族群推断软件DAA v1.0(DNA Ancestry Analyzer,DAA)对220份样本的族群来源进行分析,并与已知样本信息来源对比,计算体系推断结果的准确性。结果主成分分析和STRUCTURE聚类分析结果显示青海地区汉族、回族及撒拉族主要族群成分为东亚(占90%以上);系统发育树显示青海地区汉族、回族及撒拉族与其他东亚族群的亲缘关系较近,聚为一支;除4份样本祖先来源被归为欧亚混合族群外,其余样本祖先来源均为东亚或不排除东亚,推断准确率达95.24%以上。结论青海地区汉族、回族及撒拉族均为东亚族群,且青海地区回族和撒拉族相较青海地区汉族有着更近的遗传关系,使用38-plex InDels族群推断体系对青海地区汉族、回族及撒拉族进行遗传推断,结果可靠。     

27个常染色体AIM-SNP的筛选和验证

目的构建27个常染色体AIM-SNP组合用于未知个体种族来源推断。方法通过对Hap Map数据库中描述祖先遗传信息标记的908个AIMs位点(非洲、欧洲、东亚人群)筛选,选出27个AIMs位点组合,利用相关软件同时与数据库908个AIMs不同子集合的分析进行对比,验证其推断祖先来源的可行性。结果应用本研究27个AIMs的SNP多态性分析方法可以正确推断未知样品祖先起源,估算祖先成分比例。结论本研究建立的常染色体27个AIMs的SNP多态性分析方法可准确推断来自于欧洲、非洲、东亚3大祖先血统个体的祖先来源,是SNP多态性分析用于个体种族来源推断的一种有效方法,在法医实践中可以用于DNA检验中未知DNA供者洲际人群祖先来源推断。     

基于27-plex SNPs的四川地区四个族群遗传推断研究

目的基于27-plex SNPs族群推断体系对四川地区汉族、藏族、羌族及彝族四个族群遗传结构及成分进行研究。方法使用27-plex SNPs试剂检验四个族群1054份样本并获取SNPs位点分型,利用主成分分析、聚类分析及系统发育树综合分析族群间遗传关系,使用族群推断软件(DNA Ancestry Analyzer,DAA)推断样本的族群来源并统计推断结果的准确性。结果系统发育树显示四川汉族、藏族、羌族、彝族和其他东亚族群共同聚为一支;主成分分析和聚类分析结果显示四川汉族、藏族、羌族及彝族主要祖先成分均为东亚。除1例样本祖先来源不排除东亚或混合族群外,其余1053份样本均来源于东亚。结论四川地区汉族、藏族、羌族和彝族均为典型的东亚族群,藏族、彝族和羌族的遗传关系较近。使用27-plex SNPs族群推断系统对四川汉族、藏族、羌族和彝族进行遗传推断,结果可靠。     

SeqType~? P52人类祖先识别SNP检测试剂盒性能验证

目的评估基于高通量测序平台研发的SeqType~? P52人类祖先识别SNP检测试剂盒对中国5个民族的区分效能。方法基于高通量测序平台检测SeqType~? P52人类祖先识别SNP检测试剂盒,对来自中国汉族、藏族、蒙古族、维吾尔族、彝族共计350份样本进行检测和族群聚类分析。结果单个样本单个位点有效测序深度≥720×,平均检出率96%。藏族、蒙古族、维吾尔族、彝族4个民族和汉族的群体间等位基因频率差均值分别为0.20、0.05、0.24和0.11。在Structure 2.3.4 K=5模式下可以检测到汉族、藏族和维吾尔族比较独立的祖先成分,这与主成分分析(pricipal component analysis,PCA)结果相一致。对于彝族,其2/3拥有相对独立的与藏族人群接近的祖先成分,1/3成分和维吾尔族相似。蒙古族则拥有与汉族人群相似的祖先来源成分。结论本研究筛选并建立的52个祖先信息SNP位点复合检测体系能够有效地实现汉族、藏族、维吾尔族人群的成分构成和个体遗传成分的分析,对汉族、蒙古族、彝族3个民族区分能力还有待提高。SeqType~? P52人类祖先识别SNP检测试剂盒可以用于法医DNA部分案件中个体祖先的来源推断。     

中国南方两汉族群体的19个STR基因座的特征分析

目的获得南方汉族群体的基因多态性信息,分析16个东亚各人群的族源关系。方法 2018年3~7月收集贵州省和江西省汉族群体中健康且无亲缘关系的720份个体血液样本,其中贵州省407份,江西省313份。使用短串联重复序列(STR)试剂盒扩增检测样本,获得法医学参数;通过文献获取湖北汉族,湖南汉族,四川汉族,重庆汉族,贵州布依族、侗族和苗族,云南白族、彝族、哈尼族和纳西族,广西壮族以及日本和韩国共14个人群的法医学参数,采用Arlequin v3.5遗传软件计算16个东亚人群(本研究的贵州汉族、江西汉族以及文献获得的14个人群)之间的相对遗传距离(Fst),采用SPSS 21.0统计学软件进行多维尺度分析(MDS)和主成分分析(PCA),MEGA6软件绘制系统进化树。结果在贵州汉族人群中,累积个人识别率为1-3.3080×10-23,累积非父排除率为1-3.1792×10-8。在江西汉族人群中,累积个人识别率为1-5.4721×10-23,累积非父排除率为1-1.6544×10-8。少数民族(贵州布依族、贵州侗族、贵州苗族、广西壮族、云南哈尼族和云南纳西族)与汉族群体间存在明显的遗传距离。日本人群与汉族群体的遗传距离最大,韩国人群与汉族群体具有较近的遗传距离。进化树结果表明贵州汉族、江西汉族群体与其他汉族群体聚集在一起,未见明显区别。结论 14个基因座在贵州、广西人群中遗传多态性较好,少数民族与汉族之间、日本与汉族之间的遗传差异明显,而汉族人群内部遗传差异不明显。     

东北地区4个民族ABO血型基因频率的调查分析

目的研究东北地区汉族、满族、蒙古族和朝鲜族人群中ABO基因型及等位基因频率分布特点。方法应用GoldeneyeTMABO基因分型系统共检测1588例4民族人群样本的ABO基因型,并绘制遗传系统发生树。结果 4民族A、B、O基因频率分别为:0.208 9、0.241 5、0.549 6(汉族),0.230 8、0.233 0、0.536 2(满族),0.213 0、0.237 7、0.549 3(蒙古族),0.223 0、0.230 0、0.547 0(朝鲜族)。辽宁满族与吉林满族ABO血型分布存在显著性差异,并在系统发生树中,吉林满族相对其他六个群体,自成一簇。辽宁满族与吉林朝鲜族,辽宁汉族与辽宁蒙古族遗传关系较近。结论东北地区汉、满、蒙、朝4民族人群ABO血型分布状况及基因频率均相对稳定。比较相关群体间遗传距离发现,同地区或近地域内的不同民族群体之间存在一定的基因交流,个别群体又相对独立。     

高原适应基因中藏族祖先信息位点的研究

目的基于高原适应基因上的SNPs位点筛选出藏族祖先信息位点。方法本研究利用Mass ARRAY?基因分型系统对183份藏族个体在EGLN1和EPAS1基因上的87个SNPs位点进行分型检测,结合千人数据库中26个世界人群2504份样本的分型数据,进行群体间差异分析,筛选出藏族特异性高的位点作为藏族祖先信息位点(Ancestry informative SNPs,AISNPs),并通过群体间遗传结构对筛选出的位点进行分析评估。结果在87个高原适应基因SNPs位点中,有23个位点在藏族群体中的频率分布具有特异性,可作为藏族AISNPs。STRUCTURE聚类分析结果表明:在K=2时,藏族人群具有与其他26个人群不同的遗传主成分。结论本研究筛选出的23个藏族祖先信息位点可合并到现有的祖先推断体系中,进一步增加针对东亚亚人群的分辨率,也可为相关案件提供侦破线索。     

中国青海藏族、汉族mtDNA控制区遗传多态性

目的研究中国青海藏族、汉族mtDNA控制区遗传多态性。方法收集69份青海藏族和青海汉族无关人群外周血样本，对其mtDNA控制区进行序列分析，计算多个多态性指标。结合其他民族mtDNA遗传资料，根据Nei法计算包括青海藏族和汉族群体在内的11个群体之间的Fst和Rst遗传距离．进行聚类分析，绘制系统发生树。结果在青海藏族和汉族群体mtDNA控制区中分别发现56和59个多态性位点。Rst遗传距离显示青海藏族人群与各人群之间遗传距离均较远（P〈0．05）；青海汉族人群与西安汉族、蒙古族、长沙汉族等人群之间距离较近（P〉0．05）。结论我国青海藏族和汉族人群mtDNA具有相对独特的遗传特征，其遗传多态性和个体识别力较高，可用于民族起源、迁徙、法医学个体识别等领域研究。     

两种DNA族群推断技术在一组家系样本中的比较

目的使用课题组构建的27-plex SNPs和38-plex InDels两套族群推断体系,检测一组维族与回族通婚家系样本,通过两种体系间的相互印证,以获得更可靠的种族分析结果。方法分别利用两套检测体系,对来自一维族—回族通婚家系的三代成员共16份样本进行检测,推断其族源信息。结果 16份样本在两种体系下的推断结果与样本的实际来源信息基本一致,该家族成员的遗传成分呈现出欧亚混合特征。结论本实验室构建的两种不同遗传标记的族群推断体系可以有效区分洲际人群的祖先来源,通过两种体系的相互印证,可为案件的侦查提供更为准确的科学线索和依据,同时38-plex InDels体系具有操作步骤简单,检测时间短,可以直接扩增等优势。     

线粒体DNA单倍型在回族等群体识别中的法医学应用研究

甘肃省位于古丝绸之路的上游地区,是古代连接东亚和中亚地区的最主要通道。该地区多种族人群频繁流动,通婚、战争等事件也频繁发生,造成该地区人群结构复杂,不同人种、不同民族的人群频发基因流现象。通过二代测序方法研究18个单倍型在回族、东乡族以及汉族人群486个无关个体线粒体DNA中的分布,并与蒙古族以及东亚、中亚、西亚以及欧洲人群数据进行比较。从而以线粒体DNA为基础分析该地区世居回族、东乡族及汉族人群的遗传关系,并探讨其在法医个体识别中的应用前景。     

内蒙古鄂温克族人群30个InDel位点遗传多态性

目的研究30个插入/缺失(insertion/deletion,InDel)位点在内蒙古地区鄂温克族人群中的遗传多态性,并评估其在法医学中的应用价值。方法采集87名鄂温克族健康无关个体的外周血样,提取基因组DNA,对样本的30个InDel位点进行复合扩增并分型,运用优化的Power Stats v1.2软件对各位点进行HardyWeinberg平衡检验及遗传学参数的计算,并采用SNPAnalyzer v2.0软件检验各位点间是否存在连锁不平衡。基于30个InDel位点的等位基因频率进行分子方差分析、主成分分析、系统发育树的构建,探讨鄂温克族与其他群体的关系。结果 30个InDel位点经校正检验后符合Hardy-Weinberg平衡定律。经Bonferroni法校正后,两两配对的InDel位点之间处于连锁平衡状态。群体遗传学研究结果表明,鄂温克族与河南汉族和北京汉族的遗传关系较近,与欧洲和墨西哥地区的族群较远。结论 30个InDel位点在内蒙古鄂温克族人群中具有相对较好的遗传多态性,可作为STR检测体系的有益补充。     

内蒙古鄂尔多斯地区蒙古族人群20个STR基因座遗传多态性

本文对内蒙古鄂尔多斯地区蒙古族262个无关个体的20个常染色体STR基因座遗传多态性进行调查。采用STRtyper-21G试剂盒复合扩增,3500XL遗传分析仪进行检测。结果 20个基因座共检出224个等位基因,各基因座基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),PM为1.94×10-24,TDP为0.999 999 999 999 999 999 999 999806 447,CPE为0.999 999 998 292,所调查的20个STR基因座在该地区蒙古族人群中具有良好的多态性,可满足该群体个体识别和亲权鉴定。     

内蒙古蒙古族人群17个Y-STR基因座频率分布及单倍型组成

目的调查17个Y-STR基因座在内蒙古蒙古族男性人群中的分布情况。方法收集184例蒙古族男性无关个体血样,Chelex-100提取DNA,PCR复合扩增17个Y-STR基因座,3130-XL全自动基因分析仪分型。结果 184例男性共检出181种不同的单倍型,其中178种为单一型,另有3种单倍型均检出2例,HD（单倍型）值为0.9998;17个Y-STR基因座座的GD值为0.4326～0.9296。结论 17个Y-STR基因座多数在内蒙古蒙古族男性人群中有较好分布,对法医学和人类群体遗传学研究具有重要价值。     

广州非洲籍人群15个STR基因座多态性分析

目的调查居住在广州的非洲籍人群的15个STR基因座多态性。方法应用Sinofiler TM荧光标记检测系统对122个无关个体样本进行分型检测,使用Powerstats V12、Genopop 3.4、Mega 3.4等软件进行统计计算与群体间遗传距离比较。结果居住在广州的非洲籍人群15个STR基因座的累积个体识别率为1-5.80147×10-18、累积非父排除率为1-8.6019×10-8,居住在广州的非洲籍人群与广州汉族人群遗传距离最远,与巴哈马群岛非裔混合群体间的遗传距离最近。结论该系统可满足广州地区非洲籍人群个体识别与亲权鉴定的需要,同时与广州汉族人群存在的较大统计学差异,在进行人群区分时具有重要意义。     

内蒙古中西部地区汉族、蒙古族ApoB基因遗传多态性

目的研究内蒙古中西部地区汉族、蒙古族ApoB基因遗传多态性。方法选取内蒙古中西部地区汉族、蒙古族无关个体,采用聚合酶链反应一限制性片段长度多态性技术,判断样本中是否含有ApoB基因中的稀有等位基因：XbaI（x＋）和＆DRI（E-）,并计算其基因型频率、等位基因频率及相关的群体遗传学参数。结果内蒙古汉族群体中稀有等位基因XbaI（x＋）和＆0RI（E-）频率分别为2％和4．6％,而在蒙古族群体中没有检测出此两种稀有等位基因。结论ApoB基因XbaI和＆0RI位点的等位基因频率分布在不同种族中差异较大,具有种族鉴定的应用可能。     

中国东部蒙古族人群15个STR基因座多态性研究

目的调查15个STR基因座在中国东部蒙古族人群中的基因频率分布。方法应用四色荧光标记引物复合扩增技术,对105名东部蒙古族无关个的血样15个STR基因座进行多态性研究。结果在东部蒙古族人群中15个STR基因座偶合率在0.0084～0.2169之间,个体识别概率(DP)在0.7831～0.9916之间,杂合度在0.5619～0.9231之间,三联非父排除率(PE)在0.4490～0.8444之间,多态性信息总量(PIC)在0.5438～0.9178之间,15个STR基因座总TDP值为0.9999999999998,所有基因座经χ2检验符合Hard-Weinberg平衡。结论上述15个STR基因座在东部蒙古族人群中等位基因分布较好,个体识别率高,适合法医个体识别和亲子鉴定。     

个体识别SNPs位点组合筛选与法医学应用价值初探

目的筛选用于包括中国主要民族在内的多个群体个体识别的SNPs位点组合体系。方法以Kidd实验室筛选的86个SNPs位点、欧洲SNPforID组织构建的52-plex SNPs复合检测体系为基础,收集和整理这些位点在HapMap数据库中11个人群的分型数据,计算各位点杂合度和Fst值,筛选杂合度〉0.4,Fst值〈0.06,并在研究人群中处于Hardy-Weinberg和连锁平衡的位点组合。针对这些位点,采用MassARRAY分子阵列技术对自行收集的8个人群（尼日利亚人、坦桑尼亚查加人、印度人、丹麦人、俄罗斯汉特人、中国汉族、藏族、维吾尔族）308份样本进行分型,统计群体遗传学参数。结果按本文标准共筛选出66个SNPs位点,均符合Hardy-Weinberg平衡,之间互不连锁,平均杂合度和Fst值分别为0.475、0.014。在本文收集的8个人群中的随机匹配概率在1.45E-24~4.72E-27之间,累积非父排除率为0.999 995 608~0.999 997 876之间。结论本文筛选的SNPs组合系统具有较强的个体识别能力,可用于本文调查的HapMap数据库中11个人群和本文收集的8个人群的个体识别鉴定。